ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/owl/trunk/proteinstructure/AA.java
Revision: 200
Committed: Mon Jun 18 17:43:43 2007 UTC (17 years, 8 months ago) by duarte
File size: 13613 byte(s)
Log Message: 
New isValidCT methods in AA
New method get_resser_from_atomser in Pdb
Line User Rev File contents
1 duarte 123 package proteinstructure;
2     import java.util.HashMap;
3     import java.util.ArrayList;
4    
5     public class AA {
6    
7 duarte 195 public static String[] contactTypes() {
8 duarte 194 // NOTE: whenever a new contact type is added it needs to be added here as well as in ct2atoms
9 duarte 195 String[] cts ={"ALL","BB","SC","Ca","Cb","Cg","C"};
10 duarte 194 return cts;
11 duarte 126 }
12 duarte 123
13 duarte 200 public static String[] singleAtomContactTypes() {
14     // NOTE: whenever a new contact type is added it needs to be added here as well as in ct2atoms
15     String[] cts ={"Ca","Cb","Cg","C"};
16     return cts;
17     }
18    
19     public static String[] multiAtomContactTypes() {
20     // NOTE: whenever a new contact type is added it needs to be added here as well as in ct2atoms
21     String[] cts ={"ALL","BB","SC"};
22     return cts;
23     }
24 duarte 194
25 duarte 200 /**
26     * Returns true if given contact type is a valid one
27     * @param ct
28     * @return
29     */
30     public static boolean isValidCT(String ct){
31     for (String validCt:contactTypes()){
32     if (ct.equals(validCt)) return true;
33     }
34     return false;
35     }
36    
37     /**
38     * Returns true if given contact type is a valid single atom contact type
39     * @param ct
40     * @return
41     */
42     public static boolean isValidSingleAtomCT(String ct) {
43     for (String validCt:singleAtomContactTypes()){
44     if (ct.equals(validCt)) return true;
45     }
46     return false;
47     }
48    
49     /**
50     * Returns true if given contact type is a valid multiple atom contact type
51     * @param ct
52     * @return
53     */
54     public static boolean isValidMultiAtomCT(String ct) {
55     for (String validCt:multiAtomContactTypes()){
56     if (ct.equals(validCt)) return true;
57     }
58     return false;
59     }
60    
61 duarte 194 private static HashMap<String,String> getThreeletter2oneletter() {
62 duarte 123 HashMap<String,String> three2oneletter = new HashMap<String,String>();
63     three2oneletter.put("CYS", "C");
64     three2oneletter.put("ASP", "D");
65     three2oneletter.put("SER", "S");
66     three2oneletter.put("GLN", "Q");
67     three2oneletter.put("LYS", "K");
68     three2oneletter.put("ILE", "I");
69     three2oneletter.put("PRO", "P");
70     three2oneletter.put("THR", "T");
71     three2oneletter.put("PHE", "F");
72     three2oneletter.put("ALA", "A");
73     three2oneletter.put("GLY", "G");
74     three2oneletter.put("HIS", "H");
75     three2oneletter.put("GLU", "E");
76     three2oneletter.put("LEU", "L");
77     three2oneletter.put("ARG", "R");
78     three2oneletter.put("TRP", "W");
79     three2oneletter.put("VAL", "V");
80     three2oneletter.put("ASN", "N");
81     three2oneletter.put("TYR", "Y") ;
82     three2oneletter.put("MET", "M");
83     return three2oneletter;
84     }
85    
86     public static String threeletter2oneletter(String three) {
87     HashMap<String,String> three2oneletter = getThreeletter2oneletter();
88     return three2oneletter.get(three);
89     }
90    
91 duarte 194 private static HashMap<String,String> getOneletter2Threeletter(){
92 duarte 135 HashMap<String,String> one2threeletter = new HashMap<String,String>();
93     one2threeletter.put("C", "CYS");
94     one2threeletter.put("D", "ASP");
95     one2threeletter.put("S", "SER");
96     one2threeletter.put("Q", "GLN");
97     one2threeletter.put("K", "LYS");
98     one2threeletter.put("I", "ILE");
99     one2threeletter.put("P", "PRO");
100     one2threeletter.put("T", "THR");
101     one2threeletter.put("F", "PHE");
102     one2threeletter.put("A", "ALA");
103     one2threeletter.put("G", "GLY");
104     one2threeletter.put("H", "HIS");
105     one2threeletter.put("E", "GLU");
106     one2threeletter.put("L", "LEU");
107     one2threeletter.put("R", "ARG");
108     one2threeletter.put("W", "TRP");
109     one2threeletter.put("V", "VAL");
110     one2threeletter.put("N", "ASN");
111     one2threeletter.put("Y", "TYR");
112     one2threeletter.put("M", "MET");
113     return one2threeletter;
114     }
115    
116     public static String oneletter2threeletter(String one) {
117     HashMap<String,String> one2threeletter = getOneletter2Threeletter();
118     return one2threeletter.get(one);
119     }
120    
121 duarte 123 public static ArrayList<String> aas() {
122     HashMap<String,String> three2oneletter = getThreeletter2oneletter();
123     ArrayList<String> aas = new ArrayList<String>();
124     for (String aa:three2oneletter.keySet()) {
125     aas.add(aa);
126     }
127     return aas;
128     }
129    
130     public static HashMap<String,ArrayList<String>> getaas2atoms() {
131     HashMap<String,ArrayList<String>> aas2atoms = new HashMap<String,ArrayList<String>>();
132 duarte 198 aas2atoms.put("CYS", new ArrayList<String>());
133     aas2atoms.get("CYS").add("SG");
134     aas2atoms.get("CYS").add("CB");
135     aas2atoms.get("CYS").add("O");
136     aas2atoms.get("CYS").add("CA");
137     aas2atoms.get("CYS").add("C");
138     aas2atoms.get("CYS").add("N");
139     aas2atoms.put("ASP", new ArrayList<String>());
140     aas2atoms.get("ASP").add("N");
141     aas2atoms.get("ASP").add("CB");
142     aas2atoms.get("ASP").add("OD2");
143     aas2atoms.get("ASP").add("CG");
144     aas2atoms.get("ASP").add("CA");
145     aas2atoms.get("ASP").add("C");
146     aas2atoms.get("ASP").add("O");
147     aas2atoms.get("ASP").add("OD1");
148     aas2atoms.put("SER", new ArrayList<String>());
149     aas2atoms.get("SER").add("C");
150     aas2atoms.get("SER").add("N");
151     aas2atoms.get("SER").add("CA");
152     aas2atoms.get("SER").add("O");
153     aas2atoms.get("SER").add("CB");
154     aas2atoms.get("SER").add("OG");
155     aas2atoms.put("GLN", new ArrayList<String>());
156     aas2atoms.get("GLN").add("CA");
157     aas2atoms.get("GLN").add("CG");
158     aas2atoms.get("GLN").add("N");
159     aas2atoms.get("GLN").add("NE2");
160     aas2atoms.get("GLN").add("OE1");
161     aas2atoms.get("GLN").add("CD");
162     aas2atoms.get("GLN").add("C");
163     aas2atoms.get("GLN").add("O");
164     aas2atoms.get("GLN").add("CB");
165     aas2atoms.put("LYS", new ArrayList<String>());
166     aas2atoms.get("LYS").add("C");
167     aas2atoms.get("LYS").add("CA");
168     aas2atoms.get("LYS").add("N");
169     aas2atoms.get("LYS").add("O");
170     aas2atoms.get("LYS").add("CB");
171     aas2atoms.get("LYS").add("CG");
172     aas2atoms.get("LYS").add("CD");
173     aas2atoms.get("LYS").add("CE");
174     aas2atoms.get("LYS").add("NZ");
175     aas2atoms.put("ASN", new ArrayList<String>());
176     aas2atoms.get("ASN").add("ND2");
177     aas2atoms.get("ASN").add("OD1");
178     aas2atoms.get("ASN").add("CB");
179     aas2atoms.get("ASN").add("O");
180     aas2atoms.get("ASN").add("CG");
181     aas2atoms.get("ASN").add("C");
182     aas2atoms.get("ASN").add("CA");
183     aas2atoms.get("ASN").add("N");
184     aas2atoms.put("PRO", new ArrayList<String>());
185     aas2atoms.get("PRO").add("O");
186     aas2atoms.get("PRO").add("C");
187     aas2atoms.get("PRO").add("CB");
188     aas2atoms.get("PRO").add("CG");
189     aas2atoms.get("PRO").add("CA");
190     aas2atoms.get("PRO").add("CD");
191     aas2atoms.get("PRO").add("N");
192     aas2atoms.put("THR", new ArrayList<String>());
193     aas2atoms.get("THR").add("CA");
194     aas2atoms.get("THR").add("N");
195     aas2atoms.get("THR").add("C");
196     aas2atoms.get("THR").add("CG2");
197     aas2atoms.get("THR").add("OG1");
198     aas2atoms.get("THR").add("CB");
199     aas2atoms.get("THR").add("O");
200     aas2atoms.put("PHE", new ArrayList<String>());
201     aas2atoms.get("PHE").add("O");
202     aas2atoms.get("PHE").add("CE2");
203     aas2atoms.get("PHE").add("CE1");
204     aas2atoms.get("PHE").add("CG");
205     aas2atoms.get("PHE").add("C");
206     aas2atoms.get("PHE").add("N");
207     aas2atoms.get("PHE").add("CA");
208     aas2atoms.get("PHE").add("CB");
209     aas2atoms.get("PHE").add("CD2");
210     aas2atoms.get("PHE").add("CD1");
211     aas2atoms.get("PHE").add("CZ");
212     aas2atoms.put("ALA", new ArrayList<String>());
213     aas2atoms.get("ALA").add("CA");
214     aas2atoms.get("ALA").add("C");
215     aas2atoms.get("ALA").add("N");
216     aas2atoms.get("ALA").add("CB");
217     aas2atoms.get("ALA").add("O");
218     aas2atoms.put("HIS", new ArrayList<String>());
219     aas2atoms.get("HIS").add("CE1");
220     aas2atoms.get("HIS").add("CD2");
221     aas2atoms.get("HIS").add("ND1");
222     aas2atoms.get("HIS").add("CG");
223     aas2atoms.get("HIS").add("CB");
224     aas2atoms.get("HIS").add("O");
225     aas2atoms.get("HIS").add("C");
226     aas2atoms.get("HIS").add("CA");
227     aas2atoms.get("HIS").add("N");
228     aas2atoms.get("HIS").add("NE2");
229     aas2atoms.put("GLY", new ArrayList<String>());
230     aas2atoms.get("GLY").add("N");
231     aas2atoms.get("GLY").add("CA");
232     aas2atoms.get("GLY").add("C");
233     aas2atoms.get("GLY").add("O");
234     aas2atoms.put("ILE", new ArrayList<String>());
235     aas2atoms.get("ILE").add("CG2");
236     aas2atoms.get("ILE").add("CD1");
237     aas2atoms.get("ILE").add("O");
238     aas2atoms.get("ILE").add("N");
239     aas2atoms.get("ILE").add("CA");
240     aas2atoms.get("ILE").add("C");
241     aas2atoms.get("ILE").add("CB");
242     aas2atoms.get("ILE").add("CG1");
243     aas2atoms.put("LEU", new ArrayList<String>());
244     aas2atoms.get("LEU").add("N");
245     aas2atoms.get("LEU").add("CA");
246     aas2atoms.get("LEU").add("C");
247     aas2atoms.get("LEU").add("O");
248     aas2atoms.get("LEU").add("CB");
249     aas2atoms.get("LEU").add("CG");
250     aas2atoms.get("LEU").add("CD2");
251     aas2atoms.get("LEU").add("CD1");
252     aas2atoms.put("ARG", new ArrayList<String>());
253     aas2atoms.get("ARG").add("NH2");
254     aas2atoms.get("ARG").add("CZ");
255     aas2atoms.get("ARG").add("NE");
256     aas2atoms.get("ARG").add("CD");
257     aas2atoms.get("ARG").add("CG");
258     aas2atoms.get("ARG").add("C");
259     aas2atoms.get("ARG").add("CA");
260     aas2atoms.get("ARG").add("N");
261     aas2atoms.get("ARG").add("NH1");
262     aas2atoms.get("ARG").add("CB");
263     aas2atoms.get("ARG").add("O");
264     aas2atoms.put("TRP", new ArrayList<String>());
265     aas2atoms.get("TRP").add("CE2");
266     aas2atoms.get("TRP").add("CA");
267     aas2atoms.get("TRP").add("C");
268     aas2atoms.get("TRP").add("O");
269     aas2atoms.get("TRP").add("CB");
270     aas2atoms.get("TRP").add("CG");
271     aas2atoms.get("TRP").add("CD1");
272     aas2atoms.get("TRP").add("CD2");
273     aas2atoms.get("TRP").add("CH2");
274     aas2atoms.get("TRP").add("CZ3");
275     aas2atoms.get("TRP").add("CZ2");
276     aas2atoms.get("TRP").add("CE3");
277     aas2atoms.get("TRP").add("NE1");
278     aas2atoms.get("TRP").add("N");
279     aas2atoms.put("VAL", new ArrayList<String>());
280     aas2atoms.get("VAL").add("CG1");
281     aas2atoms.get("VAL").add("CB");
282     aas2atoms.get("VAL").add("O");
283     aas2atoms.get("VAL").add("C");
284     aas2atoms.get("VAL").add("CA");
285     aas2atoms.get("VAL").add("N");
286     aas2atoms.get("VAL").add("CG2");
287     aas2atoms.put("GLU", new ArrayList<String>());
288     aas2atoms.get("GLU").add("C");
289     aas2atoms.get("GLU").add("N");
290     aas2atoms.get("GLU").add("CA");
291     aas2atoms.get("GLU").add("OE2");
292     aas2atoms.get("GLU").add("OE1");
293     aas2atoms.get("GLU").add("CD");
294     aas2atoms.get("GLU").add("CG");
295     aas2atoms.get("GLU").add("CB");
296     aas2atoms.get("GLU").add("O");
297     aas2atoms.put("TYR", new ArrayList<String>());
298     aas2atoms.get("TYR").add("CD2");
299     aas2atoms.get("TYR").add("CD1");
300     aas2atoms.get("TYR").add("OH");
301     aas2atoms.get("TYR").add("CZ");
302     aas2atoms.get("TYR").add("CE2");
303     aas2atoms.get("TYR").add("N");
304     aas2atoms.get("TYR").add("CA");
305     aas2atoms.get("TYR").add("C");
306     aas2atoms.get("TYR").add("O");
307     aas2atoms.get("TYR").add("CB");
308     aas2atoms.get("TYR").add("CG");
309     aas2atoms.get("TYR").add("CE1");
310     aas2atoms.put("MET", new ArrayList<String>());
311     aas2atoms.get("MET").add("CA");
312     aas2atoms.get("MET").add("O");
313     aas2atoms.get("MET").add("C");
314     aas2atoms.get("MET").add("CB");
315     aas2atoms.get("MET").add("CE");
316     aas2atoms.get("MET").add("N");
317     aas2atoms.get("MET").add("CG");
318     aas2atoms.get("MET").add("SD");
319 duarte 123 return aas2atoms;
320    
321     }
322    
323     public static HashMap<String,String[]> ct2atoms(String ct) {
324     ArrayList<String> aas = aas();
325     HashMap<String,String[]> ct2atoms = new HashMap<String,String[]>();
326     if (ct.equals("Ca")){
327     String[] atoms = {"CA"};
328     for (String aa:aas) {
329     ct2atoms.put(aa, atoms);
330     }
331     }
332     else if (ct.equals("Cb")){
333     String[] atoms = {"CB"};
334     for (String aa:aas) {
335     ct2atoms.put(aa, atoms);
336     }
337     atoms = new String[1];
338     atoms[0]="CA";
339     ct2atoms.put("GLY", atoms);
340     }
341     else if (ct.equals("C")){
342     String[] atoms = {"C"};
343     for (String aa:aas) {
344     ct2atoms.put(aa, atoms);
345     }
346     }
347     else if (ct.equals("Cg")){
348     String[] atoms = {"SG"};
349     ct2atoms.put("CYS", atoms);
350     atoms = new String[1];
351     atoms[0]= "CG";
352     ct2atoms.put("ASP", atoms);
353     atoms = new String[1];
354     atoms[0]="OG";
355     ct2atoms.put("SER", atoms);
356     atoms = new String[1];
357     atoms[0]="CG";
358     ct2atoms.put("GLN", atoms);
359     atoms = new String[1];
360     atoms[0]="CD";
361     ct2atoms.put("LYS", atoms);
362     atoms = new String[1];
363     atoms[0]="CG1";
364     ct2atoms.put("ILE", atoms);
365     atoms = new String[1];
366     atoms[0]="CG";
367     ct2atoms.put("PRO", atoms);
368     atoms = new String[1];
369     atoms[0]="OG1";
370     ct2atoms.put("THR", atoms);
371     atoms = new String[1];
372     atoms[0]="CG";
373     ct2atoms.put("PHE", atoms);
374     ct2atoms.put("ALA", new String[0]);
375     ct2atoms.put("GLY", new String[0]);
376     atoms = new String[1];
377     atoms[0]="CG";
378     ct2atoms.put("HIS", atoms);
379     atoms = new String[1];
380     atoms[0]="CG";
381     ct2atoms.put("GLU", atoms);
382     atoms = new String[1];
383     atoms[0]="CG";
384     ct2atoms.put("LEU", atoms);
385     atoms = new String[1];
386     atoms[0]="NE";
387     ct2atoms.put("ARG", atoms);
388     atoms = new String[1];
389     atoms[0]="CD2";
390     ct2atoms.put("TRP", atoms);
391     atoms = new String[1];
392     atoms[0]="CG1";
393     ct2atoms.put("VAL", atoms);
394     atoms = new String[1];
395     atoms[0]="CG";
396     ct2atoms.put("ASN", atoms);
397     atoms = new String[1];
398     atoms[0]="CG";
399     ct2atoms.put("TYR", atoms);
400     atoms = new String[1];
401     atoms[0]="CG";
402     ct2atoms.put("MET", atoms);
403     }
404     else if (ct.equals("BB")){
405     String[] atoms = {"CA", "N", "C", "O"};
406     for (String aa:aas) {
407     ct2atoms.put(aa, atoms);
408     }
409     }
410     else if (ct.equals("SC")){
411     HashMap<String,ArrayList<String>> aas2atoms = getaas2atoms();
412     for (String aa:aas) {
413     ArrayList<String> SCatoms =aas2atoms.get(aa);
414     SCatoms.remove("CA");
415     SCatoms.remove("N");
416     SCatoms.remove("C");
417     SCatoms.remove("O");
418     String[] SCatomsar= new String[SCatoms.size()];
419     SCatomsar=SCatoms.toArray(SCatomsar);
420     ct2atoms.put(aa, SCatomsar);
421     }
422     }
423     else if (ct.equals("ALL")){
424     HashMap<String,ArrayList<String>> aas2atoms = getaas2atoms();
425     for (String aa:aas) {
426     ArrayList<String> ALLatoms = aas2atoms.get(aa);
427     String[] ALLatomsar= new String[ALLatoms.size()];
428     ALLatomsar=ALLatoms.toArray(ALLatomsar);
429     ct2atoms.put(aa,ALLatomsar);
430     }
431     }
432     return ct2atoms;
433     }
434     }