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<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7638.1">
<TITLE>RE: [Bioclusters] Which Sun Grid Engine?</TITLE>
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<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>I haven't tried the ARCo (accounting) stuff, but it sounds great and I'm sure it's great in practise.&nbsp; I don't have the exact link, but perhaps Rayson can point you at the correct direction :)<BR>
<BR>
It's free (not open source) but there is no problem integrating with the open source version of Grid Engine.<BR>
<BR>
Have you looked at mpiBLAST?&nbsp; I think Joe Landman has some integration scripts for SGE to make it even easier to use.<BR>
<BR>
Regarding SGE 5 &amp; 6's definition of what a &quot;queue&quot; is - actually the way it is defined in 6 is the more &quot;popular&quot; defintion as you allocate resources (nodes) to it, whereas previously in 5, each node has its own queue, which is somewhat &quot;strange&quot; to traditional clustering.&nbsp; For instance our cluster is still 5.x based and our users submit jobs to Projects, however when we migrate to 6, they will be submitting to queues.<BR>
<BR>
Cheers,<BR>
<BR>
Bernard<BR>
<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: Michael James [<A HREF="mailto:Michael.James@csiro.au">mailto:Michael.James@csiro.au</A>]<BR>
Sent: Wed 16/08/2006 23:21<BR>
To: HPC in Bioinformatics; Bernard Li<BR>
Subject: Re: [Bioclusters] Which Sun Grid Engine?<BR>
<BR>
On Thu, 17 Aug 2006 03:04 pm, Bernard Li wrote:<BR>
<BR>
&gt; You can get official support from Sun<BR>
&gt; if you purchase Sun N1 Grid Engine.<BR>
&gt; &quot;Sun Grid Engine&quot; is the open source version.<BR>
&gt; As far as I know they are working off the same tree,<BR>
&gt; and even some previously proprietary things<BR>
&gt; like Windows execution hosts,<BR>
&gt; accounting are now freely downloadable (not open source though).&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
<BR>
&quot;Official Support&quot; phooey.<BR>
&quot;Windows execution hosts&quot; even more phooey.<BR>
<BR>
However&nbsp; &quot;Accounting&quot;&nbsp; Oh yes please!<BR>
I lost hair and sleep over that confounded &quot;accounting&quot; file.<BR>
Eventually restored sanity with a perl script<BR>
&nbsp;that put the entries in order by month<BR>
&nbsp;and weeded out the half that were dead jobs<BR>
&nbsp;with no resource usage attached ...<BR>
<BR>
&gt; The users@gridengine.sunsource.net mailing<BR>
&gt; is extremely high traffic, so you usually get<BR>
&gt; pretty good support for questions.&nbsp;<BR>
<BR>
Thanks, I'll have a look.<BR>
<BR>
&gt; In terms of upgrade -<BR>
&gt; I suppose they have some upgrade scripts,<BR>
&gt; but 5.x is fundamentally different from 6...&nbsp;<BR>
<BR>
Our cluster is simple enough (66 identical nodes)<BR>
&nbsp;that we can re-build that from scratch.<BR>
<BR>
More difficult is any adjustment to the calling scripts,<BR>
&nbsp;the batchblast script that cuts a concatenated fasta file<BR>
&nbsp;into single sequences, and issues the qsub -t&nbsp; command<BR>
<BR>
And then there's grocking the underlying paradigm;<BR>
&nbsp;in sge5.3 the queue is something that describes a computing resource<BR>
&nbsp;in sge6 (I believe) a queue characterises a job.<BR>
<BR>
So in 6 you submit a job to a queue (&quot;urgent&quot;, &quot;batch&quot;, etc)<BR>
&nbsp;whereupon it takes on that queue's characteristics.<BR>
In 5 it was the job of the scheduling system to decide<BR>
&nbsp;which computing resource (also called a queue)<BR>
&nbsp;should process a given job<BR>
&nbsp;based solely on the flags in the qsub command.<BR>
<BR>
Thanks again,<BR>
michaelj<BR>
<BR>
--<BR>
Michael James&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; michael.james@csiro.au<BR>
System Administrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; voice:&nbsp; 02 6246 5040<BR>
CSIRO Bioinformatics Facility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fax:&nbsp; 02 6246 5166<BR>
<BR>
No matter how much you pay for software,<BR>
&nbsp;you always get less than you hoped.<BR>
Unless you pay nothing, then you get more.<BR>
<BR>
</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>