<DIV>Hello everyone,</DIV>
<DIV>I am graduate student in computer engineering doing my thesis in the<BR>following topic:</DIV>
<DIV>"Matching Protein sequences with HMM models in FPGAs ( Field<BR>Programmable Gate Arrays ) using Run Time Reconfiguration"</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>If you are familiar with Decypher tool from TimeLogic, my work<BR>involves something similar to that on a very small scale.&nbsp; Decypher is<BR>a very comprehensive and expensive tool and sure it does deliver<BR>excellent performance compared to the software tools such as HMMR, SAM<BR>or the other tools. My work falls in between the software solution and<BR>that of Decypher.</DIV>
<DIV>Specifically, when developed my tool would be considerably faster than<BR>that of the software tools currently available and also be affordable<BR>at a fraction of the cost of using Decypher.</DIV>
<DIV>I have just started digging into Bioinformatics and have read quite a<BR>number of papers and all, but I am still a little confused and would<BR>like any comments or suggestions from you:</DIV>
<DIV>1) Does my tool make any sense at all? or Should I try to solve<BR>another problem in Bioinformatics in Hardware?<BR>2) What is the current customer base like for this technology? <BR>3) What sort of companies do the work of matching protein/DNA<BR>sequences with existing models?<BR>4) Is there a need for a less comprehensive and less expensive tool as<BR>opposed to Decypher for customers who want to get it done a lot less<BR>cheaper but wouldnt mind the extra penalty in performace <BR>6) Any comments, questions, suggestions?<BR>7) Any pointers for me in terms of websites or resources.</DIV>
<DIV>I would very much appreciate your comments</DIV>
<DIV>TIA<BR>Kode<BR></DIV><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=10469/*http://sitebuilder.yahoo.com">Yahoo! SiteBuilder</a> - Free, easy-to-use web site design software