Dear All!<br><br>I am now trying to parse a Blast output using PERL.<br><br>I have to extract each alignment and have to parse the alignment. I mean, I have to check whether a particular part of the given sequence got aligned 100%. 
<br><br>Anybody please tell me what module in PERL I have to use for getting this.<br><br>I've tried Bio::SearchIO.&nbsp; But I didnt get any method to get the alignment.<br><br>Kindly help.<br><br>Thanks,<br>R. Prabu<br><br>