[Apologies if you receive this more than once]<br>
<br>
Dear Colleague,<br>
<br>
We are pleased to share with you a recent review of several hundred papers in the field
of computational protein function prediction:<br>
<br>
<span style="font-weight: bold; text-decoration: underline;">Title</span>: Computational Approaches for Protein Function Prediction: A Survey<br>
<br>
<span style="font-weight: bold; text-decoration: underline;">Authors</span>: <a href="http://www.cs.umn.edu/%7Egaurav">Gaurav Pandey</a>, <a href="http://www.cs.umn.edu/%7Ekumar">Vipin Kumar</a> and <a href="http://www.cs.umn.edu/%7Esteinbac">
Michael Steinbach</a><br>
<br>
<span style="font-weight: bold; text-decoration: underline;">Available at</span>: <a href="http://www.cs.umn.edu/%7Ekumar/papers/survey.php">http://www.cs.umn.edu/~kumar/papers/survey.php</a><br>
<span style="font-weight: bold; text-decoration: underline;"></span><br>
<span style="font-weight: bold; text-decoration: underline;">Abstract</span><br>
<br>
Proteins are the most essential and versatile macromolecules of life,
and the knowledge of their functions is a crucial link in the
development of new drugs, better crops, and even the development of
synthetic biochemicals such as biofuels. Experimental procedures for
protein function prediction are inherently low throughput and are thus
unable to annotate a non-trivial fraction of proteins that are becoming
available due to rapid advances in genome sequencing technology. This
has motivated the development of computational techniques that utilize
a variety of high-throughput experimental data for protein function
prediction, such as protein and genome sequences, gene expression data,
protein interaction networks and phylogenetic profiles. Indeed, in a
short period of a decade, several hundred articles have been published
on this topic. This review aims to discuss this wide spectrum of
approaches <br>
by categorizing them in terms of the data type they use for predicting
function, and thus identify the trends and needs of this very important
field. The survey is expected to be useful for computational biologists
and bioinformaticians aiming to get an overview of the field of
computational function prediction, and identify areas that can benefit
from further research.<br>
<br>
<br>Your comments on the article, or any part thereof, are welcome.<br>
<br>
Thanks and best regards<br>
<br>
Gaurav Pandey (<a href="mailto:gaurav@cs.umn.edu">gaurav@cs.umn.edu</a>)<br>
Vipin Kumar (<a href="mailto:kumar@cs.umn.edu">kumar@cs.umn.edu</a>)<br>
Michael Steinbach (<a href="mailto:steinbac@cs.umn.edu">steinbac@cs.umn.edu</a>)
<br>