<br><br>---------- Forwarded message ----------<br><span class="gmail_quote">From: <b class="gmail_sendername">Paolo Romano</b> &lt;<a href="mailto:paolo.romano@istge.it">paolo.romano@istge.it</a>&gt;<br>Date: Dec 2, 2006 1:30 PM
<br>Subject: CFP Semantic Web in Bioinformatics<br>To: <a href="mailto:georgkam@gmail.com">georgkam@gmail.com</a><br><br></span>Dear George Githinji Kamanu,<br><br>I'm sending you the first Call for papers of the seventh NETTAB workshop.
<br>If you feel it can be of interest for the<br><a href="http://bioinfokenia.org">bioinfokenia.org</a> community, could you please submit it to the list?<br>Thank you very much in advance.<br><br>Ciao. Paolo<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7th International Workshop NETTAB 2007
<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;FOCUS THEME<br>A Semantic Web for Bioinformatics: Goals, Tools, Systems, Applications<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ADJUNCT THEMES<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Algorithms in bioinformatics
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Formal Methods for Systems Biology<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Network Tools and Applications in Bioinformatics<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; June 12-15, 2006<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Department of Computer Science, University of Pisa, Pisa
<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.nettab.org/2007/">http://www.nettab.org/2007/</a><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;FIRST CALL FOR PAPERS<br><br>RATIONALE<br><br>Biological information is increasing at an impressive rate.
<br>An integrated access to this huge amount of information requires<br>complex searching and retrieval software. In particular, the<br>integration activity is concerned with how to link data, how to<br>select and extract information and how to pipe retrieval and
<br>analysis steps. This automated approach requires the adoption<br>of new technologies and tools and their applications in<br>the bioinformatics domain.<br><br>Some reference points have already been assessed or are<br>
emerging: the adoption of XML schemas for information models'<br>specification, the definition of XML based languages for data<br>representation and exchange, the implementation of Web Services<br>for automated access to analysis tools and dat , the creation
<br>of computerised pipelines and workflows for the definition<br>and the execution of basic and complex analysis. Workflow<br>enactment portals can bring added value, allowing also non<br>expert researchers to have analysis automation at their disposal.
<br><br>However, while these first steps towards data integration and<br>processes automation have been made, little has been made<br>for supporting semantic integration. What we need are shared<br>definitions of knowledge domains, 
i.e. ontologies, association<br>of biological concepts to existing data, metadata information<br>describing information sources and search tools able to make<br>the best use of this additional information.<br><br>The definition of ontologies and their application to software
<br>and database tools may be seen as a first, needed attempt to<br>organize the information, overcoming heterogeneity of data<br>structures. But the problem of associating the information<br>sources and the huge amount of data with concepts defined in
<br>these ontologies is a big one. The addition of semantic<br>contents in current databases would give an essential<br>contribution to the best integration of distributed biological<br>information.<br><br>The development of metadata for biological information, on the
<br>basis of Semantic Web standards, and its definition for all<br>information sources can also be seen as a promising approach<br>for a semantic based integration of biological information.<br>Text mining is of a fundamental importance since literature
<br>still is the most relevant information source in biomedical<br>research. It is the most clear example of an unstructured<br>information source whose content should be integrated with<br>structured data in order to be fully exploited.
<br><br>AIMS<br><br>This workshop aims at getting together biologists,<br>bioinformaticians, computer scientists and linguists to<br>try to answer the following questions:<br>- Is the Semantic Web of some use for Bioinformatics?
<br>- Which goals should have a Semantic Web for Bioinformatics?<br>- Which standards, technologies and tools of the Semantic Web<br>&nbsp;&nbsp; can most profitably be used in Bioinformatics?<br>- Which application did the Semantic Web already find
<br>&nbsp;&nbsp; in Bioinformatics?<br>- Which current Bioinformatics research problems can be<br>&nbsp;&nbsp; solved by the Semantic Web?<br>- Which are the short, medium and long term perspectives in<br>&nbsp;&nbsp; applying Semantic Web technologies to Biinformatics?
<br>The workshop also intends to:<br>- introduce the basic knowledge of related standards and<br>&nbsp;&nbsp; technologies, in a non trivial way through invited lectures<br>&nbsp;&nbsp; and tutorials<br>- outline the promising features of the Semantic Web in
<br>&nbsp;&nbsp; bioinformatics through invited lectures and open discussion<br>- show some valuable examples in bioinformatics through<br>&nbsp;&nbsp; invited lectures, oral communications and posters<br>- support as much discussion as possible through open
<br>&nbsp;&nbsp; discussions and a panel discussion<br>- practically demonstrate &quot;how it works&quot; through tutorials<br><br>TOPICS OF THE FOCUS THEME<br><br>Goals:<br>- Roles and uses of ontologies in knowledge discovery,<br>
&nbsp;&nbsp; text analysis and data mining<br>- Expected results of adoption of Semantic Web tools in<br>&nbsp;&nbsp; Bioinformatics<br><br>Standards, Technologies, Tools:<br>- Semantic Web standards (RDF, OWL)<br>- RDF Schemas and Query systems
<br>- Biomedical Ontologies and related tools<br>- Formal approaches to large biomedical controlled<br>&nbsp;&nbsp; terminologies and vocabularies<br><br>Systems:<br>- RDF repositories and query systems for life sciences<br>- Semantically aware biomedical Web Services
<br>- Semantic Biological Data Integration Systems<br><br>Existing and perspective applications:<br>- Case studies, use cases, and scenarios<br>- Semantic Web applications in life sciences<br><br>TOPICS OF THE ADJUNCT THEMES
<br><br>Starting from this edition, NETTAB workshops will also include<br>special sessions devoted both to the general theme of the series<br>of workshops, &quot;Network Tools and Applications in Biology&quot;, and<br>on further topics selected by local organizers.
<br>This year, you are therefore welcome to submit your work on any<br>of the followings general adjunct topics:<br>- Algorithms in bioinformatics<br>- Formal Methods for Systems Biology<br>- Network Tools and Applications in Bioinformatics
<br><br>DEADLINES<br><br>Submission of oral communications: March 16, 2007<br>Proposals for tutorials: March 16, 2007<br>Submission of posters: April 20, 2007<br>Early Registration Deadline: April 27, 2007<br><br>PUBLICATION OF PAPERS AND POSTERS
<br><br>All accepted oral communications and posters will be<br>published in the abstracts' book.<br>Selected papers will also be published in an international<br>peer reviewed journal that will soon be announced.<br>Further more detailed information will be added to the web
<br>site and in the texts of the Call for Papers presented in<br>upcoming occasions.<br><br>CHAIRS<br><br>P. Romano, Bioinformatics, Natl Cancer Research Inst., Italy<br>M. Schröder, Biotechnology Centre, TU Dresden, Germany
<br>N. Cannata, Mathematics &amp; Computer Science Dept, Univ. of Camerino, Italy<br>O. Signore, ISTI, National Research Council, Italy<br><br>PROGRAMME COMMITTEE<br><br>G. Armano, Electrical and Electronic Engineering Dept, Univ. of Cagliari, IT
<br>C. Baker, Institute for Infocomm Research (I2R), SG<br>P. Barahona, Department of Informatics, New University of Lisboa, PT<br>L. Barrio-Alvers, Transinsight GmbH, DE<br>O. Bodenreider, National Library of Medicine, USA
<br>A. Burger, Department of Computer Science, Heriot-Watt University, UK<br>M. Cannataro, Experimental and Clinical Medicine<br>Dept, Univ. of Catanzaro &quot;Magna Graecia&quot;, IT<br>W. Ceusters, Bioinformatics and Life Sciences, University at Buffalo, USA
<br>M. Cockerill, BioMed Central, UK<br>M.-D. Devignes, LORIA, Vandoeuvre les Nancy, FR<br>R. Dieng, INRIA, Sophia Antipolis, FR<br>L. Grivell, European Molecular Biology Organisation, DE<br>M. Harris, European Bioinformatics Institute, UK
<br>M. Helmer-Citterich, Biology Dept, University of Rome &quot;Tor Vergata&quot;, IT<br>C. M. Keet, Computer Science Faculty, Free University of Bozen-Bolzano, IT<br>J. Koehler, Biomathematics and Bioinformatics, Rothamsted Research, UK
<br>M. Krallinger, Spanish National Cancer Research Center (CNIO), ES<br>L. Krippahl, Department of Informatics, New University of Lisboa, PT<br>P. Lambrix, Computer and Information Science Dept, Linköping University, SE<br>
U. Leser, Institute for Computer Science, Humboldt-University of Berlin, DE<br>J. Luciano, Department of Genetics, Harvard Medical School, USA<br>R. Marangoni, Computer Science Department, University of Pisa, IT<br>M. Marchiori, Pure and Applied Mathematics Dept, University of Padua, IT
<br>M. Masseroli, Department of BioEngineering, Polytechnic of Milan, IT<br>G. Mauri, Informatics Systems and Communication Dept, Univ. Milan &quot;Bicocca&quot;, IT<br>E. Merelli, Mathematics and Computer Science Dept, University of Camerino, IT
<br>S. Moeller, Institute of Neuro- and Bioinformatics, University of Lübeck, DE<br>S. Philippi, Institute for Software Technology, Univ. of Koblenz-Landau, DE<br>D. Quann, IBM Software Group, USA<br>D. Rubin, Stanford Medical Informatics, Stanford University Medical Center, USA
<br>S.-A. Sansone, European Bioinformatics Institute, UK<br>M. Senger, International Rice Research Institute, PH<br>D. Turi, School of Computer Science, University of Manchester, UK<br>G. Vetere, IBM Center for Advanced Studies of Rome, IT
<br>D. Zaccagnini, Language and Computing, USA<br><br><br><br>Paolo Romano (<a href="mailto:paolo.romano@istge.it">paolo.romano@istge.it</a>)<br>Bioinformatics and Structural Proteomics<br>National Cancer Research Institute (IST)
<br>Largo Rosanna Benzi, 10, I-16132, Genova, Italy<br>Tel: +39-010-5737-288&nbsp;&nbsp;Fax: +39-010-5737-295<br><br><br><br clear="all"><br>-- <br>---rgds<br>&nbsp;&nbsp;George