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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Dear list,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Does anybody have any hints about rendering DNA molecules in
<span class=SpellE>Molscript</span>?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>I'm trying to get a good image of a DNA molecule from <span
class=SpellE>Molscript</span>, but it's only giving me a helical backbone
trace, not full visualisation of all nucleotides. I'm using the following
method...<o:p></o:p></span></font></p>

<ol style='mso-margin-top-alt:0cm' start=1 type=1>
 <li class=MsoNormal style='mso-list:l0 level1 lfo1;tab-stops:list 36.0pt'><span
     class=SpellE><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
     font-family:Arial'>Molauto</span></font></span><font size=2 face=Arial><span
     style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'> <span class=SpellE>DNA.pdb</span>
     &gt; <span class=SpellE>DNA.out</span><o:p></o:p></span></font></li>
 <li class=MsoNormal style='mso-list:l0 level1 lfo1;tab-stops:list 36.0pt'><span
     class=SpellE><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
     font-family:Arial'>Molscript</span></font></span><font size=2 face=Arial><span
     style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'> -<span class=SpellE>gl</span>
     -pretty -in <span class=SpellE>DNA.out</span><o:p></o:p></span></font></li>
</ol>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>... <span class=GramE>with</span> <span class=SpellE>Molscript</span>
version 2.1<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Any advice/help is appreciated.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Regards<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Steve<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoAutoSig><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Steve Platt<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoAutoSig><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Genomics, Proteomics &amp; Bioinformatics Unit<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoAutoSig><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>HPA Colindale<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoAutoSig><st1:Street><st1:address><font size=3 face="Times New Roman"><span
  style='font-size:12.0pt'>61 Colindale Avenue</span></font></st1:address></st1:Street><o:p></o:p></p>

<p class=MsoAutoSig><st1:City><st1:place><font size=3 face="Times New Roman"><span
  style='font-size:12.0pt'>London</span></font></st1:place></st1:City><o:p></o:p></p>

<p class=MsoAutoSig><st1:country-region><st1:place><font size=3
  face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>UK</span></font></st1:place></st1:country-region><o:p></o:p></p>

<p class=MsoAutoSig><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>NW9 5HT<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

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