
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7226.0">

<TITLE>All-vs-All Global protein seq alignment score</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/rtf format -->


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Hi All, </FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I have a database of about 400 squences, which I want to compare All-vs-All to get the global alignment score of each protein sequence pair.</FONT></P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I tried using bl2seq but that gives me local alignments.</FONT>


<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">What other program would suit this function best ?</FONT>


<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I would probably like to have the flexibility of being able to use various matrices. </FONT>

</P>


<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Thanks a lot,</FONT>


<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">-Manisha</FONT>

</P>

<BR>


</BODY>

</HTML>