<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7226.0">
<TITLE>Parsing taxonomy from blast output</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Hi All,</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I need to parse the blast ouput to get the taxonomy information. </FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">If I could get the taxonomy nodes associted with each gi number .. This would also work.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I have been trying SEALS taxonomy commands but somehow quite a few sequences turn up &quot;not_retrieved&quot;, although we have tried updating the database etc.</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I do not want to use the BLAST web server because I have too many files to run.</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Please suggest any program/script that might be useful.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Thanks,</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">-Manisha</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>