cluster # 1514

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Anopheles gambiae
cluster # 1514 cluster # 1514 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1514#0 length = 547 sequences # 1

consensus_1514#1 length = 537 sequences # 1

consensusID : consensus_1514#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 547
fasta sequence

                              [TTAATAATAATATAATATGGAGTGCTTGTAATTTCACTTGAAGCACGAAGCTACATTTAAAGCAAAAGATGAGCTAGGGATGTTAAAGTACAATAATTAACTCCTAGGAATGATCTCCTTCTTACCCTGCGATTTGAGCTATTTTTTCCTAGTGTTAGCCCGGAGCTTACAGCCAGCTGAAGTCTTTGAATTGACTACAAACTAAGAATTGACCCCAGCAAGCCCTGTAAGTAAAGATTAGAATGTCGCTGCCGCTCTTTAATCTACTTCTATAGCTGGATGTTGTACTCAATTCAATCATCCCGCCCTGCTTGTCCCCTGTTACCAGATTTGTAATCCAATTTCGTACAACTACTTAATATGATGAATATTTAAGCTGAAAATTGTACCTATCTTGCATAACCGGCAGTAATACTAAACATTTTCTATTAGTGTATGAGCATAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTCCTAATACTCTTGACCTCTTGATCCAAACCCTTAGGAACGTTCCTTCCTAATAAACGACTCCGAGCCCGAGCT]

[+] EMBL CNS08Z7P             [TTAATAATAATATAATATGGAGTGCTTGTAATTTCACTTGAAGCACGAAGCTACATTTAAAGCAAAAGATGAGCTAGGGATGTTAAAGTACAATAATTAACTCCTAGGAATGATCTCCTTCTTACCCTGCGATTTGAGCTATTTTTTCCTAGTGTTAGCCCGGAGCTTACAGCCAGCTGAAGTCTTTGAATTGACTACAAACTAAGAATTGACCCCAGCAAGCCCTGTAAGTAAAGATTAGAATGTCGCTGCCGCTCTTTAATCTACTTCTATAGCTGGATGTTGTACTCAATTCAATCATCCCGCCCTGCTTGTCCCCTGTTACCAGATTTGTAATCCAATTTCGTACAACTACTTAATATGATGAATATTTAAGCTGAAAATTGTACCTATCTTGCATAACCGGCAGTAATACTAAACATTTTCTATTAGTGTATGAGCATAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTCCTAATACTCTTGACCTCTTGATCCAAACCCTTAGGAACGTTCCTTCCTAATAAACGACTCCGAGCCCGAGCT]




>consensus_1514#0
TTAATAATAATATAATATGGAGTGCTTGTAATTTCACTTGAAGCACGAAGCTACATTTAA
AGCAAAAGATGAGCTAGGGATGTTAAAGTACAATAATTAACTCCTAGGAATGATCTCCTT
CTTACCCTGCGATTTGAGCTATTTTTTCCTAGTGTTAGCCCGGAGCTTACAGCCAGCTGA
AGTCTTTGAATTGACTACAAACTAAGAATTGACCCCAGCAAGCCCTGTAAGTAAAGATTA
GAATGTCGCTGCCGCTCTTTAATCTACTTCTATAGCTGGATGTTGTACTCAATTCAATCA
TCCCGCCCTGCTTGTCCCCTGTTACCAGATTTGTAATCCAATTTCGTACAACTACTTAAT
ATGATGAATATTTAAGCTGAAAATTGTACCTATCTTGCATAACCGGCAGTAATACTAAAC
ATTTTCTATTAGTGTATGAGCATAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTCCTAAT
ACTCTTGACCTCTTGATCCAAACCCTTAGGAACGTTCCTTCCTAATAAACGACTCCGAGC
CCGAGCT

consensusID : consensus_1514#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 537
fasta sequence

                              [TTTTTAGCTTTAAAGCTAAACTGGTTAAAGCCACCAACATTTATATTTTGAGGTAGTACATTTACAAAACAACGAACGATTTTCCAACATGTTGGACAGTGATCCCTTCTTGCGTACAAGAATTTAAATATTATTATGGCTACCGTGGCAAAACAAATAATTATACCAAGAAGAGTACGTTCAGTCGCCAGTTAGATGGTCTATTTTGCTACAGATTGGTCGTTTACACGCCCTGCAAGTATATATTAGAATATTCGTTTATCAATTAATCTACAATGTGAGATGTGATGGTAAATTGCACCGTTCTGATATACCCTTTCATCCTCTTCCATTGCTGGATGTTGTACTCAAGTCAACTATCCCGTCCTGCTTGACCCCTGTCTACAGATTTGTAATCCGATTTCGTACAATTAGTTAATATGATTAATATTTTGCCATTCTACCTGTAGTTATCATGCATAAACAGTAATATTTAACATTTTCTGTTATTGTATGAGCAAAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTCCTAAT]

[+] EMBL CNS099A5             [TTTTTAGCTTTAAAGCTAAACTGGTTAAAGCCACCAACATTTATATTTTGAGGTAGTACATTTACAAAACAACGAACGATTTTCCAACATGTTGGACAGTGATCCCTTCTTGCGTACAAGAATTTAAATATTATTATGGCTACCGTGGCAAAACAAATAATTATACCAAGAAGAGTACGTTCAGTCGCCAGTTAGATGGTCTATTTTGCTACAGATTGGTCGTTTACACGCCCTGCAAGTATATATTAGAATATTCGTTTATCAATTAATCTACAATGTGAGATGTGATGGTAAATTGCACCGTTCTGATATACCCTTTCATCCTCTTCCATTGCTGGATGTTGTACTCAAGTCAACTATCCCGTCCTGCTTGACCCCTGTCTACAGATTTGTAATCCGATTTCGTACAATTAGTTAATATGATTAATATTTTGCCATTCTACCTGTAGTTATCATGCATAAACAGTAATATTTAACATTTTCTGTTATTGTATGAGCAAAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTCCTAAT]




>consensus_1514#1
TTTTTAGCTTTAAAGCTAAACTGGTTAAAGCCACCAACATTTATATTTTGAGGTAGTACA
TTTACAAAACAACGAACGATTTTCCAACATGTTGGACAGTGATCCCTTCTTGCGTACAAG
AATTTAAATATTATTATGGCTACCGTGGCAAAACAAATAATTATACCAAGAAGAGTACGT
TCAGTCGCCAGTTAGATGGTCTATTTTGCTACAGATTGGTCGTTTACACGCCCTGCAAGT
ATATATTAGAATATTCGTTTATCAATTAATCTACAATGTGAGATGTGATGGTAAATTGCA
CCGTTCTGATATACCCTTTCATCCTCTTCCATTGCTGGATGTTGTACTCAAGTCAACTAT
CCCGTCCTGCTTGACCCCTGTCTACAGATTTGTAATCCGATTTCGTACAATTAGTTAATA
TGATTAATATTTTGCCATTCTACCTGTAGTTATCATGCATAAACAGTAATATTTAACATT
TTCTGTTATTGTATGAGCAAAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTCCTAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1514#0      ------------------------------------------------------TTAATA 6
consensus_1514#1      TTTTTAGCTTTAAAGCTAAACTGGTTAAAGCCACCAACATTTATATTTTGAGGTAGTACA 60
                                                                               * *

consensus_1514#0      ATAATATAATATGGAGTGCTTGTAATTTCACTTGAAGCACGAAGCTACATTTAAAGCAAA 66
consensus_1514#1      TTTACAAAACAACGAACGATTTTCCAACATGTTGGACAGTGATCCCTTCTTGCGTACAAG 120
                       * * * ** *  **  * ** *        *** *    **  *    **     *** 

consensus_1514#0      AGATGAG------CTAGGGATGTTAAAGTACAATAATTAACTC--CTAGGAATGATCTCC 118
consensus_1514#1      AATTTAAATATTATTATGGCTACCGTGGCAAAACAAATAATTATACCAAGAAGAGTACGT 180
                      *  * *        ** ** *      * * ** ** *** *   * * ***   *    

consensus_1514#0      TTCTTACCCTGCGATTTGAGCTATTTTTTCCTAGTGTTAGCCCGGAGCTTACAGCCAGCT 178
consensus_1514#1      TCAGTCGCCAGTTAGATGGTCTATTTTGCTACAG-ATTGGTC----GTTTACACGCCCTG 235
                      *   *  ** *  *  **  *******     **  ** * *    * *****  *    

consensus_1514#0      GAAGTCTTTGAATTGACTACAAACTAAGAATTGACCC-CAGCAAGCCCTGTAAGTAAAGA 237
consensus_1514#1      CAAGTATATATTAGAATATTCGTTTATCAATTAATCTACAATGTGAGATGTGATGGTAAA 295
                       **** * *      *        **  **** * *  **    *   *** *    * *

consensus_1514#0      TTAGAATGTCGCTGC-CGCTCTTTAATCTACTTCTATAGCTGGATGTTGTACTCAATTCA 296
consensus_1514#1      TTGCACCGTTCTGATATACCCTTTCATCCTCTTCCATTGCTGGATGTTGTACTCAAGTCA 355
                      **  *  **         * **** ***  **** ** ****************** ***

consensus_1514#0      ATCATCCCGCCCTGCTTGTCCCCTGTTACCAGATTTGTAATCCAATTTCGTACAACTACT 356
consensus_1514#1      ACTATCCCGTCCTGCTTGACCCCTGTCTACAGATTTGTAATCCGATTTCGTACAATTAGT 415
                      *  ****** ******** *******   ************** *********** ** *

consensus_1514#0      TAATATGATGAATATTTAAGC-TGAAAATTGTACCTATCTTGCATAACCGGCAGTAATAC 415
consensus_1514#1      TAATATGATTAATATTTTGCCATTCTACCTGTAGTTATCATGCATAA---ACAGTAATAT 472
                      ********* *******   * *   *  ****  **** *******    ******** 

consensus_1514#0      TAAACATTTTCTATTAGTGTATGAGCATAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTC 475
consensus_1514#1      TTAACATTTTCTGTTATTGTATGAGCAAAATCACATACCATGTTTCGAATTGCACTCCTC 532
                      * ********** *** ********** ********************************

consensus_1514#0      CTAATACTCTTGACCTCTTGATCCAAACCCTTAGGAACGTTCCTTCCTAATAAACGACTC 535
consensus_1514#1      CTAAT------------------------------------------------------- 537
                      *****                                                       

consensus_1514#0      CGAGCCCGAGCT 547
consensus_1514#1      ------------