cluster # 1759

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Anopheles gambiae
cluster # 1759 cluster # 1759 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1759#0 length = 707 sequences # 1

consensus_1759#1 length = 526 sequences # 1

consensusID : consensus_1759#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 707
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGGAAAAGGAACGGAAAATGAAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGTACGTCGGATTGTGAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTATATAGATTTTATGTTACTAATCGTAACGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTGAGTAAGATTAATTATTAAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGCAACCACGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACACGATTGTTTTTTTTTATATGTACATTTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCTCAAAAGGTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTCATACAAAAGGTAGCGCATATGTATTTAGCAAGCGTTTAATTTACGTTCTACTACGCAAGGTACACACTCCTGTGTGTATTTGTAGTTTCGAACGCCGCTTAAGGAATGTTGTAATCTTTTTTCGTTGTTTTCGCTTAAGGTTTATGGTCGGTTTGTTTGTTTAAAAAAATTGTTTGTGCTTTTAAATTTTTGGTTTGGTTGCTGACGTCCGGAAAATAATTTGTTAAAAGCAGTCGATTTTCGTTACGACCATTAAATGCTGTGTTATATAGTTTCATAAAGCGTAAGTGAAAACGGTCGCGGCACCCGTTGC]

[+] EMBL BM588955             [CCGCCCACGCGTCCGGAAAAGGAACGGAAAATGAAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGTACGTCGGATTGTGAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTATATAGATTTTATGTTACTAATCGTAACGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTGAGTAAGATTAATTATTAAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGCAACCACGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACACGATTGTTTTTTTTTATATGTACATTTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCTCAAAAGGTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTCATACAAAAGGTAGCGCATATGTATTTAGCAAGCGTTTAATTTACGTTCTACTACGCAAGGTACACACTCCTGTGTGTATTTGTAGTTTCGAACGCCGCTTAAGGAATGTTGTAATCTTTTTTCGTTGTTTTCGCTTAAGGTTTATGGTCGGTTTGTTTGTTTAAAAAAATTGTTTGTGCTTTTAAATTTTTGGTTTGGTTGCTGACGTCCGGAAAATAATTTGTTAAAAGCAGTCGATTTTCGTTACGACCATTAAATGCTGTGTTATATAGTTTCATAAAGCGTAAGTGAAAACGGTCGCGGCACCCGTTGC]




>consensus_1759#0
CCGCCCACGCGTCCGGAAAAGGAACGGAAAATGAAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGT
ACGTCGGATTGTGAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTA
TATAGATTTTATGTTACTAATCGTAACGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTG
AGTAAGATTAATTATTAAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGC
AACCACGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACACGATTGTTTTTTTTTATAT
GTACATTTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCT
CAAAAGGTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTCATACAAAAGGTAGCGCATATGTATTT
AGCAAGCGTTTAATTTACGTTCTACTACGCAAGGTACACACTCCTGTGTGTATTTGTAGT
TTCGAACGCCGCTTAAGGAATGTTGTAATCTTTTTTCGTTGTTTTCGCTTAAGGTTTATG
GTCGGTTTGTTTGTTTAAAAAAATTGTTTGTGCTTTTAAATTTTTGGTTTGGTTGCTGAC
GTCCGGAAAATAATTTGTTAAAAGCAGTCGATTTTCGTTACGACCATTAAATGCTGTGTT
ATATAGTTTCATAAAGCGTAAGTGAAAACGGTCGCGGCACCCGTTGC

consensusID : consensus_1759#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 526
fasta sequence

                              [CCGAGTTAATCGCAAATGGTATAAAACGAGTAGATAAAGGATAGAGAGCAAGTAAAAGAGGGACAATGCTACTATTGAAAAGGAAAATGGAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGGGCATCGGATTGTAAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTATATAGATTTTATGTTACTAATCGTAAAGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTGAGTAAGATTAATTATAAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGCAAACACGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACAAGATTGTTTTTTTTATATGCACATTTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCGCAAAAGGTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTCGCATATGTATGTAGCAAGCGTTTAATTTACGTTCTACTACGCAAGGTACACTCTCTTGTGTGTATTAATGTATAGTTT]

[+] EMBL BM653383             [CCGAGTTAATCGCAAATGGTATAAAACGAGTAGATAAAGGATAGAGAGCAAGTAAAAGAGGGACAATGCTACTATTGAAAAGGAAAATGGAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGGGCATCGGATTGTAAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTATATAGATTTTATGTTACTAATCGTAAAGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTGAGTAAGATTAATTATAAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGCAAACACGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACAAGATTGTTTTTTTTATATGCACATTTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCGCAAAAGGTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTCGCATATGTATGTAGCAAGCGTTTAATTTACGTTCTACTACGCAAGGTACACTCTCTTGTGTGTATTAATGTATAGTTT]




>consensus_1759#1
CCGAGTTAATCGCAAATGGTATAAAACGAGTAGATAAAGGATAGAGAGCAAGTAAAAGAG
GGACAATGCTACTATTGAAAAGGAAAATGGAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGGGCAT
CGGATTGTAAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTATATA
GATTTTATGTTACTAATCGTAAAGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTGAGTA
AGATTAATTATAAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGCAAACA
CGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACAAGATTGTTTTTTTTATATGCACAT
TTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCGCAAAAG
GTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTCGCATATGTATGTAGCAAGCGTTTAATTTACGT
TCTACTACGCAAGGTACACTCTCTTGTGTGTATTAATGTATAGTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1759#0      --------------------------------------------------------CCGC 4
consensus_1759#1      CCGAGTTAATCGCAAATGGTATAAAACGAGTAGATAAAGGATAGAGAGCAAGTAAAAGAG 60
                                                                                  

consensus_1759#0      CCACGCGTCCGGAAAAGGAACGGAAAATGAAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGTACGT 64
consensus_1759#1      GGACAATGCTACTATTGAAAAGGAAAATGGAAAGGCCACTAATTGTGAACATCCGGGCAT 120
                        **    *    *  * ** ******** *************************  * *

consensus_1759#0      CGGATTGTGAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTATATA 124
consensus_1759#1      CGGATTGTAAGGAAACGAATGTTTAAAGGAAAGCACATACACATACATAAGTTGTATATA 180
                      ******** ***************************************************

consensus_1759#0      GATTTTATGTTACTAATCGTAACGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTGAGTA 184
consensus_1759#1      GATTTTATGTTACTAATCGTAAAGTTACTGATTGGTGGCAGTATGAAGGAGCATTGAGTA 240
                      ********************** *************************************

consensus_1759#0      AGATTAATTATTAAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGCAACC 244
consensus_1759#1      AGATTAATTAT-AAAAAAAAGGTTTCTGTTAACATTTTTCTTCGTTCTGAAGAAGCAAAC 299
                      *********** ********************************************** *

consensus_1759#0      ACGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACACGATTGTTTTTTTTTATATGTAC 304
consensus_1759#1      ACGTGTGTGAAAATGTAAGATAAGGCTATACATCACAAGATTGTTTTTTTT-ATATGCAC 358
                      ************************************* ************* ***** **

consensus_1759#0      ATTTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCTCAAA 364
consensus_1759#1      ATTTTTAATTTAATCTTTTCGAAGATTTGCTTAAAAAGGCTCATTTGTACAGGCCGCAAA 418
                      ******************************************************* ****

consensus_1759#0      AGGTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTCATACAAAAGGTAGCGCATATGTATTTAGCA 424
consensus_1759#1      AGGTGTATGCGATAAGGTAACGTTTCGTTC--------------GCATATGTATGTAGCA 464
                      ******************************              ********** *****

consensus_1759#0      AGCGTTTAATTTACGTTCTACTACGCAAGGTACACACTCCTGTGTGTATT----TGTAGT 480
consensus_1759#1      AGCGTTTAATTTACGTTCTACTACGCAAGGTACACTCTCTTGTGTGTATTAATGTATAGT 524
                      *********************************** *** **********    * ****

consensus_1759#0      TTCGAACGCCGCTTAAGGAATGTTGTAATCTTTTTTCGTTGTTTTCGCTTAAGGTTTATG 540
consensus_1759#1      TT---------------------------------------------------------- 526
                      **                                                          

consensus_1759#0      GTCGGTTTGTTTGTTTAAAAAAATTGTTTGTGCTTTTAAATTTTTGGTTTGGTTGCTGAC 600
consensus_1759#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1759#0      GTCCGGAAAATAATTTGTTAAAAGCAGTCGATTTTCGTTACGACCATTAAATGCTGTGTT 660
consensus_1759#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1759#0      ATATAGTTTCATAAAGCGTAAGTGAAAACGGTCGCGGCACCCGTTGC 707
consensus_1759#1      -----------------------------------------------