cluster # 2363

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Anopheles gambiae
cluster # 2363 cluster # 2363 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2363#0 length = 645 sequences # 1

consensus_2363#1 length = 612 sequences # 1

consensusID : consensus_2363#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 645
fasta sequence

                              [CCGGTACAGTTTGCGTGTTAACAAGTTTTCTAGCGTAGACGATCCGGATCGGATCCGGATCGTGTATAGAAAGTGGTGTGTAACGAGGGGGGGAGAGAGCAGAGTAATCGTGAAGGGGGAAAAAGGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGATGAAAGAGACCATACAAAATAAATGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTTAATTTTAATTTGCAATGTATGTTTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGAGAAAGAGTGAATGTTTGTTGAACATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGTATAATTATCTCAGGCAAAAGCGTTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAATTGTAATTCCCACACAACAATCAAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTGCGCATATTGTTACGTTTTTTGTAACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATGTACAAGTTCATTGTTGCAATGAAACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAACAGTAAAGCGCGATACCATCTTCCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGTCGGAGAT]

[+] EMBL BM597434             [CCGGTACAGTTTGCGTGTTAACAAGTTTTCTAGCGTAGACGATCCGGATCGGATCCGGATCGTGTATAGAAAGTGGTGTGTAACGAGGGGGGGAGAGAGCAGAGTAATCGTGAAGGGGGAAAAAGGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGATGAAAGAGACCATACAAAATAAATGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTTAATTTTAATTTGCAATGTATGTTTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGAGAAAGAGTGAATGTTTGTTGAACATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGTATAATTATCTCAGGCAAAAGCGTTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAATTGTAATTCCCACACAACAATCAAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTGCGCATATTGTTACGTTTTTTGTAACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATGTACAAGTTCATTGTTGCAATGAAACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAACAGTAAAGCGCGATACCATCTTCCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGTCGGAGAT]




>consensus_2363#0
CCGGTACAGTTTGCGTGTTAACAAGTTTTCTAGCGTAGACGATCCGGATCGGATCCGGAT
CGTGTATAGAAAGTGGTGTGTAACGAGGGGGGGAGAGAGCAGAGTAATCGTGAAGGGGGA
AAAAGGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGATGAAAGAGACCATACAAAATAAA
TGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTTAATTTTAATTTGCAATGTATGT
TTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGAGAAAGAGTGAATGTTTGTTGAA
CATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGTATAATTATCTCAGGCAAAAGCG
TTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAATTGTAATTCCCACACAACAATC
AAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTGCGCATATTGTTACGTTTTTTGT
AACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATGTACAAGTTCATTGTTGCAATGA
AACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAACAGTAAAGCGCGATACCATCTT
CCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGTCGGAGAT

consensusID : consensus_2363#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 612
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGATGAAAGAGACCATACAAAATAAATGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTTAATTTTAATTTGCAATGTATGTTTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGAGAAAGAGTGAATGTTTGTTGAACATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGTATAATTATCTCAGGCAAAAGCGTTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAATTGTAATTCCCACACAACAATCAAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTGCGCATATTGTTACGTTTTTTGTAACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATGTACAAGTTCATTGTTGCAATGAAACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAACAGTAAAGCGCGATACCATCTTCCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGTCGGAGATGTACAAAATGAATTCTAGTTTCAGTTTCTGGGATGGTTTTTAATTTGGATATAGATCCGGCCGGC]

[+] EMBL BM652368             [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGATGAAAGAGACCATACAAAATAAATGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTTAATTTTAATTTGCAATGTATGTTTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGAGAAAGAGTGAATGTTTGTTGAACATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGTATAATTATCTCAGGCAAAAGCGTTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAATTGTAATTCCCACACAACAATCAAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTGCGCATATTGTTACGTTTTTTGTAACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATGTACAAGTTCATTGTTGCAATGAAACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAACAGTAAAGCGCGATACCATCTTCCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGTCGGAGATGTACAAAATGAATTCTAGTTTCAGTTTCTGGGATGGTTTTTAATTTGGATATAGATCCGGCCGGC]




>consensus_2363#1
CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGAT
GAAAGAGACCATACAAAATAAATGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTT
AATTTTAATTTGCAATGTATGTTTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGA
GAAAGAGTGAATGTTTGTTGAACATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGT
ATAATTATCTCAGGCAAAAGCGTTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAA
TTGTAATTCCCACACAACAATCAAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTG
CGCATATTGTTACGTTTTTTGTAACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATG
TACAAGTTCATTGTTGCAATGAAACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAA
CAGTAAAGCGCGATACCATCTTCCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGT
CGGAGATGTACAAAATGAATTCTAGTTTCAGTTTCTGGGATGGTTTTTAATTTGGATATA
GATCCGGCCGGC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2363#0      CCGGTACAGTTTGCGTGTTAACAAGTTTTCTAGCGTAGACGATCCGGATCGGATCCGGAT 60
consensus_2363#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2363#0      CGTGTATAGAAAGTGGTGTGTAACGAGGGGGGGAGAGAGCAGAGTAATCGTGAAGGGGGA 120
consensus_2363#1      -----------------------------------CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTC 25
                                                             *   *    **   * * *  

consensus_2363#0      AAAAGGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGATGAAAGAGACCATACAAAATAAA 180
consensus_2363#1      C---GGACAAGTGGTAGCAAGGAAAACAAGGCCAAGATGAAAGAGACCATACAAAATAAA 82
                          ********************************************************

consensus_2363#0      TGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTTAATTTTAATTTGCAATGTATGT 240
consensus_2363#1      TGTAATCCACGACCTGATATGAAACCCAATGTAGTGTTAATTTTAATTTGCAATGTATGT 142
                      ************************************************************

consensus_2363#0      TTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGAGAAAGAGTGAATGTTTGTTGAA 300
consensus_2363#1      TTTTTGTTTGTTTAATATTATGCATATAAGTAATACGAGAAAGAGTGAATGTTTGTTGAA 202
                      ************************************************************

consensus_2363#0      CATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGTATAATTATCTCAGGCAAAAGCG 360
consensus_2363#1      CATACATAAAGTTTCTTGTGTTGTGTAAGCAAAACAGTATAATTATCTCAGGCAAAAGCG 262
                      ************************************************************

consensus_2363#0      TTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAATTGTAATTCCCACACAACAATC 420
consensus_2363#1      TTCTTAGTTTCCCTGGATGAAGATAAACATAAGCTGAATTGTAATTCCCACACAACAATC 322
                      ************************************************************

consensus_2363#0      AAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTGCGCATATTGTTACGTTTTTTGT 480
consensus_2363#1      AAACAACAAATGCACACTCACACATACCCGCACACTTGCGCATATTGTTACGTTTTTTGT 382
                      ************************************************************

consensus_2363#0      AACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATGTACAAGTTCATTGTTGCAATGA 540
consensus_2363#1      AACGCTTCGTTTTGGTTTTAAAACAGTGTAACGCCATGTACAAGTTCATTGTTGCAATGA 442
                      ************************************************************

consensus_2363#0      AACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAACAGTAAAGCGCGATACCATCTT 600
consensus_2363#1      AACTGATTCGTTTGTGAGTGGTACTCCGCTGCAACAAACAGTAAAGCGCGATACCATCTT 502
                      ************************************************************

consensus_2363#0      CCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGTCGGAGAT--------------- 645
consensus_2363#1      CCTCATTGTTTAACGTCATTCACTGCTACTAAACTTGTCGGAGATGTACAAAATGAATTC 562
                      *********************************************               

consensus_2363#0      --------------------------------------------------
consensus_2363#1      TAGTTTCAGTTTCTGGGATGGTTTTTAATTTGGATATAGATCCGGCCGGC 612