These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_3792#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! 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NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 604 fasta sequence [GCAGAATCGCCACGCAGGTCTAATATCGCGTGATCGTGAAGTNACCGTA-CACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTCGTAGTGTTGATGG-CCTGGTGGCCGCTGCAGTTGCTGCACCGG-GCCCCAGTTTGGCTTCGGATATCCCGGCTTTGGAGGAGGATACCGACAACATCCACGCTACTATCGCCCGTATCCAGG-CCCCACTATGGTGGACACTACGGTGGTCCGGTCGGTGGTCTGCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGATTCTCCGGCAGCCAGGCTAACGCACAGTCCGCTCGTTCAACATCGGTCTAGCGGCATTTCGGGCTCGTTTAGTAACTCGAACGCTAACTCGTTCGGCGGTGGTCATGGCCGGTGGTTTCCGGTGGATCCGGTGCCACAGGCATCGGCACAGTCCGCTCGTTCGGCGGTGGTCTGGCGNAGGTTTCGCNTAGGTTCCGGACTCTAATGGCCAAAGCGTCGGCTAACTCGTTCAGGTCGGAGAGCCGGNAGGTGGTTTAGGGCTCTCTAAGTGAAGCGACC] [+] EMBL AL696343 [GCAGAATCGCCACGCAGGTCTAATATCGCGTGATCGTGAAGTNACCGTA CACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTCGTAGTGTTGATGG CCTGGTGGCCGCTGCAGTTGCTGCACCGG GCCCCAGTTTGGCTTCGGATATCCCGGCTTTGGAGGAGGATACCGACAACATCCACGCTACTATCGCCCGTATCCAGG CCCCACTATGGTGGACACTACGGTGGTCCGGTCGGTGGTCTGCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGATTCTCCGGCAGCCAGGCTAACGCACAGTCCGCTCGTTCAACATCGGTCTAGCGGCATTTCGGGCTCGTTTAGTAACTCGAACGCTAACTCGTTCGGCGGTGGTCATGGCCGGTGGTTTCCGGTGGATCCGGTGCCACAGGCATCGGCACAGTCCGCTCGTTCGGCGGTGGTCTGGCGNAGGTTTCGCNTAGGTTCCGGACTCTAATGGCCAAAGCGTCGGCTAACTCGTTCAGGTCGGAGAGCCGGNAGGTGGTTTAGGGCTCTCTAAGTGAAGCGACC] [+] EMBL BX629091 [ CGTGAAGTTACCGTACCACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTGTGAAATCTGTGAAGAGTCATCACCGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTT GTAGTGTTGATGGCCCTGGTGGCCGCTGCAGTTGCTGCACCGGCGCCCCAGTTTGGCTTCNGATATCCCGGCTTTGGAGGAGGATACCGACACCATCCACGCTACTATCGCCCGTATCCAGGCCCCCACTATGGTGGACACTACGG ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_3792#0 GCAAGAATCCCCCGAGTGTTTTAGCGTCGTCGGACGGAAAGCACGGTATCTGCGTGATCG 60 consensus_3792#1 -----------------------GCAGAATCGCCACGCAGGTCTAATATC-GCGTGATCG 36 ** *** * * * **** ********* consensus_3792#0 TGAAGTTACCGTACCACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATTTGTGAAAT 120 consensus_3792#1 TGAAGTNACCGTAC-ACACTGTAACCTGCTGTTCGTTTGGTGTTGTTTAATT-GTGAAAT 94 ****** ******* ************************************* ******* consensus_3792#0 CTGTGAAGAGTCATCACCTGTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTT-GTAGTGTTGAT 179 consensus_3792#1 CTGTGAAGAGTCATCACC-GTACCCCCCGTTTCAGCATGAAACTGTTTCGTAGTGTTGAT 153 ****************** ***************************** *********** consensus_3792#0 GGCCCTGGTGGCCTGCTGCAGTTGCTGCACCGGGCCCCAGTTTGTGCTTCGGATATCCCT 239 consensus_3792#1 GGCC-TGGTGGCC-GCTGCAGTTGCTGCACCGGGCCCCAGTTTG-GCTTCGGATATCCC- 209 **** ******** ****************************** ************** consensus_3792#0 GGCTTTTGGAGGAGGATACCTGACACATCCACGCTACTATCGCCCGTATTCCAGGCCCCA 299 consensus_3792#1 -GGCTTTGGAGGAGGATACCGACAACATCCACGCTACTATCGCCCGTAT-CCAGGCCCCA 267 * **************** ************************* ********** consensus_3792#0 -TATGGTGGACACTACGGTGGTCCTGGTCGGTGGGTCTGCTCGGTGGTGGGTGGTGGGTG 358 consensus_3792#1 CTATGGTGGACACTACGGTGGTCC-GGTCGGTGG-TCTGCTCGGTGGTGG-TGGTGG-TG 323 *********************** ********* *************** ****** ** consensus_3792#0 GATTTCTCCGTGCAGCCAGGCTAACTGCACAAGTCCTGCTCGTTCAACATTCGGTCTAGT 418 consensus_3792#1 GATT-CTCCG-GCAGCCAGGCTAAC-GCACAG--TCCGCTCGTTCAACAT-CGGTCTAGC 377 **** ***** ************** ***** * ************* ******** consensus_3792#0 GCTGTGCCATTTATCAGGTGCTCCGTTTTAGTAAACTCGAAACTGCTAAACTTCCGTATC 478 consensus_3792#1 GGCATTTC---------GGGCTCG--TTTAGTAA-CTCGAA--CGCTAA---CTCGTTCG 420 * * * * **** ******** ****** ***** *** consensus_3792#0 GGGCTGGTTGGTNCCATTGTGGCTGTGCTGGGTATATCGGTGGATCCTGTGTTGCACATG 538 consensus_3792#1 GCGGTGGTCATGGCCG--GTGGTTTC-----------CGGTGGATCCGGTGCCACAGGCA 467 * * **** ** **** * ********** *** ** consensus_3792#0 TGCAATCTGGCACAGGTCCTGCGCTCAGTTCTGTGCCGGTGTGTCTGAGGAAGAGGTATC 598 consensus_3792#1 T------CGGCACAGTCCGCTCGTTCGGCGGTGGTCTGGCGNAGGTTTCGCNTAGGTTCC 521 * ******* * ** ** * ** * ** * * * **** * consensus_3792#0 TACGGGTCGAGTATCCTGNGCCTTACTTAAATTTGGCGCACAAATGGCGGTACAGAGACT 658 consensus_3792#1 --GGACTCTAATGGCCAAAGCGTCGGCTAACT----CGTTCAGGTCGGAGAGCCGGNAGG 575 * ** * * ** ** * *** * ** ** * * * * * * consensus_3792#0 TAAACTCCGGTNTACTGAGTAGGGAGTGCCCTGTGGCCTGTGTGGGTCATACTCTGTTCC 718 consensus_3792#1 TGGTTTAGGGCTCTCTAAGT--GAAGCGACC----------------------------- 604 * * ** ** *** * ** * ** consensus_3792#0 ATTTCCCTTAACAGGTTGGAAAAGGCTAGAAAACACCCCCTGGATTCATACTACTTGGCG 778 consensus_3792#1 ------------------------------------------------------------ consensus_3792#0 GAAGTTCCTTGGCTCAAACACTTTAAAACNGCAAAA 814 consensus_3792#1 ------------------------------------ |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||