cluster # 4020

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Anopheles gambiae
cluster # 4020 cluster # 4020 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4020#0 length = 1039 sequences # 2

consensus_4020#1 length = 595 sequences # 1

consensusID : consensus_4020#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1039
fasta sequence

                              [CCAGGGTTACTCTCAAAAACCAGCTTCATTCNTATGGGCGCCGTCGGAGGAGGCAGCGTAAACGGATTCTTGTCAATGGCAGGCGAAGAAATGAGGCAACGTGAGCAATACAGTGTGGATGCATTTGATAAGACGGGTGCTGGAGTAGCTGCTGTCACCAATGCTTTTGCCGCCAATAAACCTGCTGGATCTAATGGAGGTGGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATCATGTCATCCGAATATACTATGGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTGCACATGGCCGACGACCTCAATAAAGCTGTGGAGGAATTGGTGCACATCATGACGACGGAGTCNAACAGATGATTTGCCAAACGATAGCACAAACGTTGGACTGCAATAAACAATAAGGTAGTAGTGGTAGTGCGTATCGCTAAAAGATAGTTAATGAACCCCCATTGTCTAATTCGATCGATATCCTATTGGGAAACGTAGTCATGCATATCCTTTACGTATCATGAAATAATTACAGGCTTTTGAATTGAATAGCTAACATCTAGTAACAAACAGGCATCATTTGGAAACACACACGTTGCTCCAATTGCCGATTTCACACTCGATAGCGAAGTTCGTGTTTCACAAATATTTATATTATTATTATTAGTTATTGATCCAAGTATGATATCCATCATTGGTACGGACATTATCTATTATACAAAGATATATCCTATATACGAAAAATATGCATACATGCAAATAATTTTAACAAAGCCACATAGCTTACCTTCAGCTAAATAACCATTCATATCATATGATGCATAATGTTAACTATCGTAAAAAGGCAAAAAGAATACGCGCAACAACTGACGATACGTTTTTCATTCATTTAATTTGTGCTGCGTTTCCTCTGCTCAGTTTAGCAAGTTTAACAAAGCGACTTTTTAAAGTATGTTTCGTAACATGGTATATATCTTGGATGCTCTTGGATGAAAAGTGGATTAAATCATACCTTTCCCTGGTGGGTTTGGTGCAA]

[+] EMBL AL929900             [CCAGGGTTACTCTCAAAAACCAGCTTCATTCNTATGGGCGCCGTCGGAGGAGGCAGCGTAAACGGATTCTTGTCAATGGCAGGCGAAGAAATGAGGCAACGTGAGCAATACAGTGTGGATGCATTTGATAAGACGGGTGCTGGAGTAGCTGCTGTCACCAATGCTTTTGCCGCCAATAAACCTGCTGGATCTAATGGAGGTGGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATCATGTCATCCGAATATACTATGGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTGCACATGGCCGACGACCTCAATAAAGCTGTGGAGGAATTGGTGCACATCATGACGACGGAGTCNAACAGATGATTTGCCAAACGATAGCACAAACGTTGGACTGCAATAAACAATAAGGTAGTAGTGGTAGTGCGTATCGCTAAAAGATAGTTAATGAACCCCCATTGTCTAATTCGATCGATATCCTATTGGGAAACGTAGTCATGCATATCCTTTACGTATCATGAAATAATTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL BM628794             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ccGCTGTGGAGGAATTGGTGCACATCATGACGACGGAGTC AAAAGATGATTTGCAAAACGATAGCACAAACGTTGGACTGCAATAAACAATAAGGTAGTAGTGGTAGTGCGTATCGCTAAAAGATAGTTAATGAA CCCCATTGTCTAATTCGATCGATATCCTATTGGGAAACGTAGTCATGCATATCCTTTACGTATCATGAAATAATTACAGGCTTTTGAATTGAATAGCTAACATCTAGTAACAAACAGGCATCATTTGGAAACACACACGTTGCTCCAATTGCCGATTTCACACTCGATAGCGAAGTTCGTGTTTCACAAATATTTATATTATTATTATTAGTTATTGATCCAAGTATGATATCCATCATTGGTACGGACATTATCTATTATACAAAGATATATCCTATATACGAAAAATATGCATACATGCAAATAATTTTAACAAAGCCACATAGCTTACCTTCAGCTAAATAACCATTCATATCATATGATGCATAATGTTAACTATCGTAAAAAGGCAAAAAGAATACGCGCAACAACTGACGATACGTTTTTCATTCATTTAATTTGTGCTGCGTTTCCTCTGCTCAGTTTAGCAAGTTTAACAAAGCGACTTTTTAAAGTATGTTTCGTAACATGGTATATATCTTGGATGCTCTTGGATGAAAAGTGGATTAAATCATACCTTTCCCTGGTGGGTTTGGTGCAA]




>consensus_4020#0
CCAGGGTTACTCTCAAAAACCAGCTTCATTCNTATGGGCGCCGTCGGAGGAGGCAGCGTA
AACGGATTCTTGTCAATGGCAGGCGAAGAAATGAGGCAACGTGAGCAATACAGTGTGGAT
GCATTTGATAAGACGGGTGCTGGAGTAGCTGCTGTCACCAATGCTTTTGCCGCCAATAAA
CCTGCTGGATCTAATGGAGGTGGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATC
ATGTCATCCGAATATACTATGGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTG
CACATGGCCGACGACCTCAATAAAGCTGTGGAGGAATTGGTGCACATCATGACGACGGAG
TCNAACAGATGATTTGCCAAACGATAGCACAAACGTTGGACTGCAATAAACAATAAGGTA
GTAGTGGTAGTGCGTATCGCTAAAAGATAGTTAATGAACCCCCATTGTCTAATTCGATCG
ATATCCTATTGGGAAACGTAGTCATGCATATCCTTTACGTATCATGAAATAATTACAGGC
TTTTGAATTGAATAGCTAACATCTAGTAACAAACAGGCATCATTTGGAAACACACACGTT
GCTCCAATTGCCGATTTCACACTCGATAGCGAAGTTCGTGTTTCACAAATATTTATATTA
TTATTATTAGTTATTGATCCAAGTATGATATCCATCATTGGTACGGACATTATCTATTAT
ACAAAGATATATCCTATATACGAAAAATATGCATACATGCAAATAATTTTAACAAAGCCA
CATAGCTTACCTTCAGCTAAATAACCATTCATATCATATGATGCATAATGTTAACTATCG
TAAAAAGGCAAAAAGAATACGCGCAACAACTGACGATACGTTTTTCATTCATTTAATTTG
TGCTGCGTTTCCTCTGCTCAGTTTAGCAAGTTTAACAAAGCGACTTTTTAAAGTATGTTT
CGTAACATGGTATATATCTTGGATGCTCTTGGATGAAAAGTGGATTAAATCATACCTTTC
CCTGGTGGGTTTGGTGCAA

consensusID : consensus_4020#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 595
fasta sequence

                              [CCGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATCATGTCATCCGAATATACTATGGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTGCACATGGCCGGTAAGTGTACAATTACAAGTTAGAAATGGCAACAATAATCAAATCATAACAACAATAATAATAATAACAATAATACTAATGTTTTCCTAACGCTTTCTAACCTACTAACTACCACATTTTTCTGTGTGGTCTGTTTGTTGTTTTTTTCATGCTACATTACGTATTGACCTTATAACATATCGGGTTTTGGCTTCTCATATAATGCAATAATATGCTTGGAACCGATCCCGTCGCCGTGACACCATAATACCTGTAGGAAGAATACAGTAAATAAAATTATTTATCTTATTCTATGTTATACTTCTCGCATAGTCGCAGTTATTAAAATTAATTGCGTAGACTATTTGAAAAATTTTGATTTCTCGCTTCTTGAATATAAATTTAGTTAACAATATTGTAATAATTTGTTATATTATCTTCTTTTGTGTTGTTTCACCCCTCATCAGACGACCTCAATAAAGCTGTGGGAGGAATTGGTGCACATC]

[+] EMBL BM597938             [CCGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATCATGTCATCCGAATATACTATGGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTGCACATGGCCGGTAAGTGTACAATTACAAGTTAGAAATGGCAACAATAATCAAATCATAACAACAATAATAATAATAACAATAATACTAATGTTTTCCTAACGCTTTCTAACCTACTAACTACCACATTTTTCTGTGTGGTCTGTTTGTTGTTTTTTTCATGCTACATTACGTATTGACCTTATAACATATCGGGTTTTGGCTTCTCATATAATGCAATAATATGCTTGGAACCGATCCCGTCGCCGTGACACCATAATACCTGTAGGAAGAATACAGTAAATAAAATTATTTATCTTATTCTATGTTATACTTCTCGCATAGTCGCAGTTATTAAAATTAATTGCGTAGACTATTTGAAAAATTTTGATTTCTCGCTTCTTGAATATAAATTTAGTTAACAATATTGTAATAATTTGTTATATTATCTTCTTTTGTGTTGTTTCACCCCTCATCAGACGACCTCAATAAAGCTGTGGGAGGAATTGGTGCACATC]




>consensus_4020#1
CCGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATCATGTCATCCGAATATACTAT
GGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTGCACATGGCCGGTAAGTGTAC
AATTACAAGTTAGAAATGGCAACAATAATCAAATCATAACAACAATAATAATAATAACAA
TAATACTAATGTTTTCCTAACGCTTTCTAACCTACTAACTACCACATTTTTCTGTGTGGT
CTGTTTGTTGTTTTTTTCATGCTACATTACGTATTGACCTTATAACATATCGGGTTTTGG
CTTCTCATATAATGCAATAATATGCTTGGAACCGATCCCGTCGCCGTGACACCATAATAC
CTGTAGGAAGAATACAGTAAATAAAATTATTTATCTTATTCTATGTTATACTTCTCGCAT
AGTCGCAGTTATTAAAATTAATTGCGTAGACTATTTGAAAAATTTTGATTTCTCGCTTCT
TGAATATAAATTTAGTTAACAATATTGTAATAATTTGTTATATTATCTTCTTTTGTGTTG
TTTCACCCCTCATCAGACGACCTCAATAAAGCTGTGGGAGGAATTGGTGCACATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4020#0      CCAGGGTTACTCTCAAAAACCAGCTTCATTCNTATGGGCGCCGTCGGAGGAGGCAGCGTA 60
consensus_4020#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4020#0      AACGGATTCTTGTCAATGGCAGGCGAAGAAATGAGGCAACGTGAGCAATACAGTGTGGAT 120
consensus_4020#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4020#0      GCATTTGATAAGACGGGTGCTGGAGTAGCTGCTGTCACCAATGCTTTTGCCGCCAATAAA 180
consensus_4020#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4020#0      CCTGCTGGATCTAATGGAGGTGGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATC 240
consensus_4020#1      --------------------CCGCGTTGGTATTGGGAGTAGTGGTGCAAATAGTAATATC 40
                                            **************************************

consensus_4020#0      ATGTCATCCGAATATACTATGGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTG 300
consensus_4020#1      ATGTCATCCGAATATACTATGGATGAGCGACCACCTCCGCCACCCCATTCAAGTTTGTTG 100
                      ************************************************************

consensus_4020#0      CACATGGCCGACGACCTCAATAAAGCTGTGGAGGAATTGGTGCACATCATGACGACGGAG 360
consensus_4020#1      CACATGGCCGGTAAGTGTA-CAATTACAAGTTAGAAATGGCAACAATAATCAAATCATAA 159
                      **********   *    *  **      *   *** ***     ** ** *   *  * 

consensus_4020#0      TCNAACAGATGATTTGCCAAACGATAGCACAAACGTTGGACTGCAATAAACAATAAGGTA 420
consensus_4020#1      --CAACA-ATAATAATAATAACAATAATACTAATGTTTTCCT--AACGCTTTCTAACCTA 214
                         **** ** **      *** ***  ** ** ***   **  **       ***  **

consensus_4020#0      GTAGTGGTAGTGCGTATCGCTAAAAGATAGTTAATGAACCCCCATTGTCTAATTCGATCG 480
consensus_4020#1      CTAACTACCACATTTTTCTGTGTGGTCTGTTTGTTGTTTTTTTCATGCTACATTACGTAT 274
                       **           * **  *      *  **  **         **    ***   *  

consensus_4020#0      ATATCCTATTGGGAAACGTAGTCATGCATATCCTTTACGTATCATGAAATAATTACAGGC 540
consensus_4020#1      TGACCTTAT-----AACATA-TCGGGTTTTGGCTTCTCATATAATGCAATAAT---ATGC 325
                        * * ***     *** ** **  *  *   ***  * *** *** ******   * **

consensus_4020#0      TTTTGAATTGAATAGCTAACATCTAGTAACAAACAGGCATCATTTGGAAACACACACGTT 600
consensus_4020#1      TTG-GAACCGATC--CCGTCGCC--GTGACACCATAATACCTGTAGGAAGAATACA-GTA 379
                      **  ***  **    *   *  *  ** ***       * *  * ****  * *** ** 

consensus_4020#0      GCTCCAATTGCCGATTTCACACTCGATAGCGAAGTTCGTGTT-TCACAAATATTTATATT 659
consensus_4020#1      AATAAAATTATTTATCTTATTCTATGTTATACTTCTCGCATAGTCGCAGTTATTAAAATT 439
                        *  ****    ** * *  **   *        ***  *  ** **  **** * ***

consensus_4020#0      ATTATTATTAGTTATTGATCCAAGTATGATATC---CATCATTGGTACGGACATTATCTA 716
consensus_4020#1      AATTGCGTAGACTATTTGAAAAATTTTGATTTCTCGCTTCTTGAATATAAATTTAGTTAA 499
                      * *    *    ****     ** * **** **   * ** *   **   *  *  *  *

consensus_4020#0      TTATACAAAGATATATCCTATATACGAAAAATATGCATACATGCAAAT--AATTTTAACA 774
consensus_4020#1      CAATATTGTAATA-ATTTGTTATATT----ATCTTCTTTTGTGTTGTTTCACCCCTCATC 554
                        ***     *** **    ****      ** * * *   **    *  *    * *  

consensus_4020#0      AAGCCACATAGCTTACCTTCAGCTAAATAACCATTCATATCATATGATGCATAATGTTAA 834
consensus_4020#1      AGACGACCTCAATAAAGCTGTGGGAGGAATTGGTGCACATC------------------- 595
                      *  * ** *   * *   *  *  *   *    * ** ***                   

consensus_4020#0      CTATCGTAAAAAGGCAAAAAGAATACGCGCAACAACTGACGATACGTTTTTCATTCATTT 894
consensus_4020#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4020#0      AATTTGTGCTGCGTTTCCTCTGCTCAGTTTAGCAAGTTTAACAAAGCGACTTTTTAAAGT 954
consensus_4020#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4020#0      ATGTTTCGTAACATGGTATATATCTTGGATGCTCTTGGATGAAAAGTGGATTAAATCATA 1014
consensus_4020#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4020#0      CCTTTCCCTGGTGGGTTTGGTGCAA 1039
consensus_4020#1      -------------------------