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Anopheles gambiae
cluster # 4868 cluster # 4868       Sequences # 4       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4868#0 length = 1327 sequences # 3  
consensus_4868#1 length = 683 sequences # 1  

consensusID : consensus_4868#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1327
fasta sequence
                              [CCGCAGCGATACAAGAATAAGAATAAAAGTTAATGGAACAAAACGATGTAACCACACAACAAAAATCAAATACTTTGCACACACAGCTAAACACCGTAAAAGAAGAGCGGTCAAAAGACGCTTCCGGGGATTGCTAACTATTGTATTATTTACAGAAACTTTTAATAATGCAGTACGAATAAAAATACACTTTCACACTAAGCATCTTATAAACCATCCCACTCATTCATTCATTCTCAAAATCCATAAGCAACGTAATGGTTGCGAAGACTCTTGGGCGAAAACACACAGACACTGGCAAATATTGTTAAAAGTATAAAACATATGAGCTAAAAGAGAACCTAATAGTTATTCCTTACTGGCATTTAAAGCAACAGGTGCGCAATATGCACAATTAAAAACACAAATTACACAATAAAAGCTACAAAACAACTATTGGACTGTGCTGGGTAGAGAGTACTGCTGGATAGCTAAGTGGGTATACAGAAGTTTTTTTTAATTTAAACGGCAAAACATGGGACAACAAGCACAATTTAAATAAACAAAAGAATTATAGAACAGGTAATAAATGTAGTCTTACTTCATAATTGCTTTTATCAGTTTGATTATCGCAAAAACAAAACACACTTTCAGTTTGCTTCACACAGGTGTGTGTTGAGTCCATACTCTCCCACCAAAAGATTTCCAAACTATTAACGTTTTCACGAATACAAAGATTTCAGAAGATGTAGCTAGGGTTTCAATAACTTCTTCCATCTTGTCATATTTGTTATGATTTTTTTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCTTAACTGCTAATGTCTAATGGAAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATTGTTTTATACCAAAATTATATGTATTTTAAGAACAGGCAGCTAGGTAATAGTTTCTTTCGCTCTCTTGTTTATAATAAAAGAGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAACCAACGATATGTATGAATGATTTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACGAGAATCTATCGGAAAAAAATGTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAGTAGTGACAACAAACTGTTTGCTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTTCGTGTAACGTACCCTAGAGCGCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAACAAAATGCGATCGTAGAAGATGAACACATTATTAACCAGCGTCCAACAACGAGGCATGCACGAACTCA]

[+] EMBL BM653585             [CCGCAGCGATACAAGAATAAGAATAAAAGTTAATGGAACAAAACGATGTAACCACACAACAAAAATCAAATACTTTGCACACACAGCTAAACACCGTAAAAGAAGAGCGGTCAAAAGACGCTTCCGGGGATTGCTAACTATTGTATTATTTACAGAAACTTTTAATAATGCAGTACGAATAAAAATACACTTTCACACTAAGCATCTTATAAACCATCCCACTCATTCATTCATTCTCAAAATCCATAAGCAACGTAATGGTTGCGAAGACTCTTGGGCGAAAACACACAGACACTGGCAAATATTGTTAAAAGTATAAAACATATGAGCTAAAAGAGAACCTAATAGTTATTCCTTACTGGCATTTAAAGCAACAGGTGCGCAATATGCACAATTAAAAACACAAATTACACAATAAAAGCTACAAAACAACTATTGGACTGTGCTGGGTAGAGAGTACTGCTGGATAGCTAAGTGGGTATACAGAAGTTTTTTTTAATTTAAACGGCAAAACATGGGACAACAAGCACAATTTAAATAAACAAAAGAATTATAGAACAGGTAATAAATGTAGTCTTACTTCATAATTGCTTTTATCAGTTTGATTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL BM589122             [                                                                                                                                                       ccgGAAACTTTTAATAATGCAGTACGAATAAAAATACACTTTCACACTAAGCATCTTATAAACCATCCCACTCATTCATTCATTCTCAAAATCCATAAGCAACGTAATGGTTGCGAAGACTCTTGGGCGAAAACACACAGACACTGGCAAATATTGTTAAAAGTATAAAACATATGAGCTAAAAGAGAACCTAATAGTTATTCCTTACTGGCATTTAAAGCAACAGGTGCGCAATATGCACAATTAAAAACACAAATTACACAATAAAAGCTACAAAACAACTATTGGACTGTGCTGGGTAGAGAGTACTGCTGGATAGCTAAGTGGGTATACAGAAGTTTTTTTTAATTTAAACGGCAAAACATGGGACAACAAGCACAATTTAAATAAACAAAAGAATTATAGAACAGGTAATAAATGTAGTCTTACTTCATAATTGCTTTTATCAGTTTGATTATCGCAAAAACAAAACACACTTTCAGTTTGCTTCACACAGGTGTGTGTTGAGTCCATACTCTCCCACCAAAAGATTTCCAAACTATTAACGTTTTCACGAATACAAAGATTTCAGAAGATGTAGCTAGGGTTTCAATAACTTCTTCCATCTTGTCATATTTGTTATGATTTTTTTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL BX627729             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCATACTCTCCCACCAAAAGATTTCCAAACTATTAACGTTTTCACGAATACAAAGATTTCAGAAGATGTAGCTAGGGTTTCAATAACTTCTTCCATCTTGTCATATTTGTTATGATTTTTTTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCTTAACTGCTAATGTCTAATGGAAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATTGTTTTATACCAAAATTATATGTATTTTAAGAACAGGCAGCTAGGTAATAGTTTCTTTCGCTCTCTTGTTTATAATAAAAGAGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAACCAACGATATGTATGAATGATTTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACGAGAATCTATCGGAAAAAAATGTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAGTAGTGACAACAAACTGTTTGCTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTTCGTGTAACGTACCCTAGAGCGCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAACAAAATGCGATCGTAGAAGATGAACACATTATTAACCAGCGTCCAACAACGAGGCATGCACGAACTCA]


>consensus_4868#0 CCGCAGCGATACAAGAATAAGAATAAAAGTTAATGGAACAAAACGATGTAACCACACAAC AAAAATCAAATACTTTGCACACACAGCTAAACACCGTAAAAGAAGAGCGGTCAAAAGACG CTTCCGGGGATTGCTAACTATTGTATTATTTACAGAAACTTTTAATAATGCAGTACGAAT AAAAATACACTTTCACACTAAGCATCTTATAAACCATCCCACTCATTCATTCATTCTCAA AATCCATAAGCAACGTAATGGTTGCGAAGACTCTTGGGCGAAAACACACAGACACTGGCA AATATTGTTAAAAGTATAAAACATATGAGCTAAAAGAGAACCTAATAGTTATTCCTTACT GGCATTTAAAGCAACAGGTGCGCAATATGCACAATTAAAAACACAAATTACACAATAAAA GCTACAAAACAACTATTGGACTGTGCTGGGTAGAGAGTACTGCTGGATAGCTAAGTGGGT ATACAGAAGTTTTTTTTAATTTAAACGGCAAAACATGGGACAACAAGCACAATTTAAATA AACAAAAGAATTATAGAACAGGTAATAAATGTAGTCTTACTTCATAATTGCTTTTATCAG TTTGATTATCGCAAAAACAAAACACACTTTCAGTTTGCTTCACACAGGTGTGTGTTGAGT CCATACTCTCCCACCAAAAGATTTCCAAACTATTAACGTTTTCACGAATACAAAGATTTC AGAAGATGTAGCTAGGGTTTCAATAACTTCTTCCATCTTGTCATATTTGTTATGATTTTT TTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCTT AACTGCTAATGTCTAATGGAAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATTG TTTTATACCAAAATTATATGTATTTTAAGAACAGGCAGCTAGGTAATAGTTTCTTTCGCT CTCTTGTTTATAATAAAAGAGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAACC AACGATATGTATGAATGATTTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACGA GAATCTATCGGAAAAAAATGTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAGT AGTGACAACAAACTGTTTGCTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTTC GTGTAACGTACCCTAGAGCGCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAAC AAAATGCGATCGTAGAAGATGAACACATTATTAACCAGCGTCCAACAACGAGGCATGCAC GAACTCA



consensusID : consensus_4868#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 683
fasta sequence
                              [CAGAATCCCCGAGGCATCTGGTCATATTTGTTATGATTTTTTTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCTTAACTGCTAATGTCTAATGGAAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATTGTTTTATACCAAAATTATATGTATTTTAAGAACAGGCAGCTATGTAATAGTTTCTTTCGCTCTCTTGTTTATAATAAAAGAGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAACCAACGATATGTATGAATGATTTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACGAGAATCGATCGGAAAAAAATGTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAGTAGTGACAACAAACTGTTTGCTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTTCGTGTAACGTACCCTAGAGCGCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAACAAAATGCGATCGTAAACGATGAACACATTATTAACAAGCGTCCAACAACGAGGCATGCACGAACTCATAATCTATTTATGCAGAAGCTTTGAAAAGCAAACACAAAACTCACTTAATAAGTAATCTATCAAACAAACAAACAAAAAACAAAACAAACACAAT]

[+] EMBL AL932465             [CAGAATCCCCGAGGCATCTGGTCATATTTGTTATGATTTTTTTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCTTAACTGCTAATGTCTAATGGAAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATTGTTTTATACCAAAATTATATGTATTTTAAGAACAGGCAGCTATGTAATAGTTTCTTTCGCTCTCTTGTTTATAATAAAAGAGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAACCAACGATATGTATGAATGATTTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACGAGAATCGATCGGAAAAAAATGTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAGTAGTGACAACAAACTGTTTGCTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTTCGTGTAACGTACCCTAGAGCGCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAACAAAATGCGATCGTAAACGATGAACACATTATTAACAAGCGTCCAACAACGAGGCATGCACGAACTCATAATCTATTTATGCAGAAGCTTTGAAAAGCAAACACAAAACTCACTTAATAAGTAATCTATCAAACAAACAAACAAAAAACAAAACAAACACAAT]


>consensus_4868#1 CAGAATCCCCGAGGCATCTGGTCATATTTGTTATGATTTTTTTCAGTAAGGTCTATAATA TCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCTTAACTGCTAATGTCTAATGG AAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATTGTTTTATACCAAAATTATAT GTATTTTAAGAACAGGCAGCTATGTAATAGTTTCTTTCGCTCTCTTGTTTATAATAAAAG AGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAACCAACGATATGTATGAATGAT TTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACGAGAATCGATCGGAAAAAAAT GTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAGTAGTGACAACAAACTGTTTG CTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTTCGTGTAACGTACCCTAGAGC GCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAACAAAATGCGATCGTAAACGA TGAACACATTATTAACAAGCGTCCAACAACGAGGCATGCACGAACTCATAATCTATTTAT GCAGAAGCTTTGAAAAGCAAACACAAAACTCACTTAATAAGTAATCTATCAAACAAACAA ACAAAAAACAAAACAAACACAAT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4868#0      CCGCAGCGATACAAGAATAAGAATAAAAGTTAATGGAACAAAACGATGTAACCACACAAC 60
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      AAAAATCAAATACTTTGCACACACAGCTAAACACCGTAAAAGAAGAGCGGTCAAAAGACG 120
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      CTTCCGGGGATTGCTAACTATTGTATTATTTACAGAAACTTTTAATAATGCAGTACGAAT 180
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      AAAAATACACTTTCACACTAAGCATCTTATAAACCATCCCACTCATTCATTCATTCTCAA 240
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      AATCCATAAGCAACGTAATGGTTGCGAAGACTCTTGGGCGAAAACACACAGACACTGGCA 300
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      AATATTGTTAAAAGTATAAAACATATGAGCTAAAAGAGAACCTAATAGTTATTCCTTACT 360
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      GGCATTTAAAGCAACAGGTGCGCAATATGCACAATTAAAAACACAAATTACACAATAAAA 420
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      GCTACAAAACAACTATTGGACTGTGCTGGGTAGAGAGTACTGCTGGATAGCTAAGTGGGT 480
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      ATACAGAAGTTTTTTTTAATTTAAACGGCAAAACATGGGACAACAAGCACAATTTAAATA 540
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      AACAAAAGAATTATAGAACAGGTAATAAATGTAGTCTTACTTCATAATTGCTTTTATCAG 600
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      TTTGATTATCGCAAAAACAAAACACACTTTCAGTTTGCTTCACACAGGTGTGTGTTGAGT 660
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      CCATACTCTCCCACCAAAAGATTTCCAAACTATTAACGTTTTCACGAATACAAAGATTTC 720
consensus_4868#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4868#0      AGAAGATGTAGCTAGGGTTTCAATAACTTCTTC-CATCTTGTCATATTTGTTATGATTTT 779
consensus_4868#1      --------------------CAGAATCCCCGAGGCATCTGGTCATATTTGTTATGATTTT 40
                                          **  * *  *    ***** ********************

consensus_4868#0      TTTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCT 839
consensus_4868#1      TTTCAGTAAGGTCTATAATATCGAATTTAACGTCAATTGACGAATTCACAAGCATCTTCT 100
                      ************************************************************

consensus_4868#0      TAACTGCTAATGTCTAATGGAAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATT 899
consensus_4868#1      TAACTGCTAATGTCTAATGGAAAGTCTTTACTCATTTGATAGTTTTAGGAGCTAGGGATT 160
                      ************************************************************

consensus_4868#0      GTTTTATACCAAAATTATATGTATTTTAAGAACAGGCAGCTAGGTAATAGTTTCTTTCGC 959
consensus_4868#1      GTTTTATACCAAAATTATATGTATTTTAAGAACAGGCAGCTATGTAATAGTTTCTTTCGC 220
                      ****************************************** *****************

consensus_4868#0      TCTCTTGTTTATAATAAAAGAGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAAC 1019
consensus_4868#1      TCTCTTGTTTATAATAAAAGAGTTGTGTAGATATATATTAAGAATGAGTTTGTTCGAAAC 280
                      ************************************************************

consensus_4868#0      CAACGATATGTATGAATGATTTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACG 1079
consensus_4868#1      CAACGATATGTATGAATGATTTAACGTATAAATTAAAACTCACTTTGCGCGTGGTTAACG 340
                      ************************************************************

consensus_4868#0      AGAATCTATCGGAAAAAAATGTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAG 1139
consensus_4868#1      AGAATCGATCGGAAAAAAATGTTATGTTAGTCCAATAGACCAGTACAAAAGGGTACGTAG 400
                      ****** *****************************************************

consensus_4868#0      TAGTGACAACAAACTGTTTGCTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTT 1199
consensus_4868#1      TAGTGACAACAAACTGTTTGCTCTCATCGTGTTGATGAGTTTTACCATCTCTATGGCCTT 460
                      ************************************************************

consensus_4868#0      CGTGTAACGTACCCTAGAGCGCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAA 1259
consensus_4868#1      CGTGTAACGTACCCTAGAGCGCAGTAACATGAAACTTTCTATTTGATTTGAGAAAATGAA 520
                      ************************************************************

consensus_4868#0      CAAAATGCGATCGTAGAAGATGAACACATTATTAACCAGCGTCCAACAACGAGGCATGCA 1319
consensus_4868#1      CAAAATGCGATCGTAAACGATGAACACATTATTAACAAGCGTCCAACAACGAGGCATGCA 580
                      *************** * ****************** ***********************

consensus_4868#0      CGAACTCA---------------------------------------------------- 1327
consensus_4868#1      CGAACTCATAATCTATTTATGCAGAAGCTTTGAAAAGCAAACACAAAACTCACTTAATAA 640
                      ********                                                    

consensus_4868#0      -------------------------------------------
consensus_4868#1      GTAATCTATCAAACAAACAAACAAAAAACAAAACAAACACAAT 683
                                                                 




Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)