cluster # 5822

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Anopheles gambiae
cluster # 5822 cluster # 5822 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5822#0 length = 443 sequences # 3

consensus_5822#1 length = 389 sequences # 1

consensusID : consensus_5822#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 443
fasta sequence

                              [TTTGTTGTGATAAAAAATGAGGCGTCCCTTTGTGAAGGTAGCTCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCG-GGAAGGGCTGTATTGCTGGA-AGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCG-G-GAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCCGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAATAAAC--AAAAAAAAAAAAAAGGCCACATGTGGTGGGGG]

[+] EMBL CNS08WOW             [TTTGTTGTGATAAAAAATGAGGCGTCCCTTTGTGAAGGTAGCTCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCG GGAAGGGCTGTATTGCTGGA AGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCG G GAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCCGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAATAAAC  AAAAAAAAAAAAAAGGCCACATGTGGTGGGGG]
[+] EMBL CNS08KOU             [                                                                   TTCGTGTACGTGCAGCTGCGCGGAAGGGCTGTATTGCTGGATAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGCGCGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCACCCTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAATAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCACA           ]
[-] EMBL CNS08KX9             [                                                                                                                                                                                                                      aTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCG G GAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCTGGTT                                                                                            ]




>consensus_5822#0
TTTGTTGTGATAAAAAATGAGGCGTCCCTTTGTGAAGGTAGCTCGCAACAAACGATCGAC
AGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAG
CTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCT
GCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGC
AGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCT
ATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCCGGTTTTTCATC
GTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAATAAACAAAAAAAAA
AAAAAGGCCACATGTGGTGGGGG

consensusID : consensus_5822#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 389
fasta sequence

                              [CCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCTGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGACCTCAAAGTTTTTTGTGATATAAAAATAAACCAAAAG]

[+] EMBL BM612364             [CCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCTGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGACCTCAAAGTTTTTTGTGATATAAAAATAAACCAAAAG]




>consensus_5822#1
CCGCAACAAACGATCGACAGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTG
CTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCT
GGAAGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAG
CTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCT
GGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGG
TTGCTGTTAGCTGCAGCTGCTGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGACCTCAAAG
TTTTTTGTGATATAAAAATAAACCAAAAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5822#0      TTTGTTGTGATAAAAAATGAGGCGTCCCTTTGTGAAGGTAGCTCGCAACAAACGATCGAC 60
consensus_5822#1      ------------------------------------------CCGCAACAAACGATCGAC 18
                                                                 *****************

consensus_5822#0      AGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAG 120
consensus_5822#1      AGCACGGTTCGTGTACGTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAG 78
                      ************************************************************

consensus_5822#0      CTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCT 180
consensus_5822#1      CTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCT 138
                      ********** *************************************************

consensus_5822#0      GCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGC 240
consensus_5822#1      GCAGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGC 198
                      ************************************************************

consensus_5822#0      AGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGATAGCTG--------------CAG 286
consensus_5822#1      AGCTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAG 258
                      ************************************ ******              ***

consensus_5822#0      CTGCGGGAAGGGCTATATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGGTAGCTGCAGCT 346
consensus_5822#1      CTGCGGGAAGGGCTGTATTGCTGGAAGGTTGCTGGTAGCTGGTTGCTGTTAGCTGCAGCT 318
                      ************** ********************************* ***********

consensus_5822#0      GCCGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGAGCTCAAAGTTTTTGGTGATATAAAAA 406
consensus_5822#1      GCTGGTTTTTCATCGTTCCGGTACGCCACGAAGACCTCAAAGTTTTTTGTGATATAAAAA 378
                      ** ******************************* ************ ************

consensus_5822#0      TAAACAAAAAAAAAAAAAAGGCCACATGTGGTGGGGG 443
consensus_5822#1      TAAACCAAAAG-------------------------- 389
                      ***** ****