cluster # 6840

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Anopheles gambiae
cluster # 6840 cluster # 6840 Sequences # 6 consensus # 2

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consensus_6840#0 length = 985 sequences # 5

consensus_6840#1 length = 789 sequences # 1

consensusID : consensus_6840#0
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Sequences nbr = 5
consensus length = 985
fasta sequence

                              [ACTGAATGTACGATCGGCTTGAGGTCGCTTTCGGTTTTACTTGAGTGCGTACTTAGTTGGTGTGCCTTTCTACCACAAATATTATATTGCTGCTGTCTGTACTTTATAGAAGCACGGGTTTTGTGTTTTGTTTTTTTGGTTTGCCTCTTGCTTACCAATTTGAATACGCATGTATGAACCCTTATCGATGCTCTTTCGAATGTACCAAAAACTTTGACAGTGTAAATTGATTTTCCCTT-TAAATGTGCTATGACGGTAAATCTTAGGAAAATAACCATTTCCAGCCCCGTATAGAGTCATGCTATGCGTAAAGGTTTAAGTAAAGCAGTTGGTGGGAAGATTGAACAGCAGGTTGGCGGACGTGCTGAAGAGCAAGATGGGTGACTATCTTTCTACAACATCGACCCTGTACCCTGTTGAAAACTGATATGAATTCGGTATTGGTAATTGGTTAAGCACAAACGGATAATAATTTAGCGCACTGTATCTACAAAGTAAACTATTCTTGGTAGCAATTTTCCGAGCCATCCGATAACAAGTAACAACGAACCCTGTACCCCCATCGCGCGCGCGTGTTTGTGTGTGTGTGTTCCCGTCCGTATTGCGTGTTTTGCATTTCAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGGC-TAATTTACAACAGTAAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGGAAGTGAAGGCAGAAAACAAAACGCAGCTTTTCACCGATCACTGGCAGTTGTTGGTTCTTAATTTAAGACAAAAAA-AATGGTAGGGGCCTACGAAACAAACACCCCCTCTAAACACACATCGACTATGCTTTAGTATCGACTGGCATGGCACTCGGCATGAAACGTCGTCGGCATAACCCGTGTTTAACGATAGGTGAATATATCGGGAATATCGTGAAACGGGCAGATACGCACACATC]

[+] EMBL BX613775             [ACTGAATGTACGATCGGCTTGAGGTCGCTTTCGGTTTTACTTGAGTGCGTACTTAGTTGGTGTGCCTTTCTACCACAAATATTATATTGCTGCTGTCTGTACTTTATAGAAGCACGGGTTTTGTGTTTTGTTTTTTTGGTTTGCCTCTTGCTTACCAATTTGAATACGCATGTATGAACCCTTATCGATGCTCTTTCGAATGTACCAAAAACTTTGACAGTGTAAATTGATTTTCCCTT TAAATGTGCTATGACGGTAAATCTTAGGAAAATAACCATTTCCAGCCCCGTATAGAGTCATGCTATGCGTAAAGGTTTAAGTAAAGCAGTTGGTGGGAAGATTGAACAGCAGGTTGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[-] EMBL BX616908             [                            TTTCGGTTTTACTTGAGTGCGTACTTAGTTGGTGTGCCTTTCTACCACAAATATTATATTGCTGCTGTCTGTACTTTATAGAAGCACGGGTTTTGTGTTTTGTTTTTTTGGTTTGCCTCTTGCTTACCAATTTGAATACGCATGTATGAACCCTTATCGATGCTCTTTCGAATGTACCAAAAACTTTGACAGTGTAAATTGATTTTCCCTT TAAATGTGCTATGACGGTAAATCTTAGGAAAATAACCATTTCCAGCCCCGTATAGAGTCATGCTATGCGTAAAGGTTTAAGTAAAGCAGTTGGTGGGAAGATTGAACAGCAGGTTGGCGGACGTGCTGAAGAGCAAGATGGGTGACTATCTTTCTACAACATCGACCCTGTACCCTGTTGAAAACTGATATGAATTCGGTATTGGTAATTGGTTAAGCACAAACGGATAATAATTTAGCGCACTGTATCTACAAAGTAAACTATTCTTGGTAGCAATTTTCCGAGCCATCCGATAACAAGTAACAACGAACCCTGTACCCCCATCGCGCGCGCGTGTTTGTGTGTGTGTGTTCCCGTCCGTATTGCGTGTTTTGCATTTCAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGGC TAATTTACAACAGTAAGTTTT TGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGGAAGTGAAGGCAGAAAACAAAACGCAGCTTTTCACCGATCACTGGC                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL BX614694             [                                                        TTGGTGTGCCTTTCTACCACAAATATTATATTGCTGCTGTCTGTACTTAATAGAAGCACGGGTTTTGTGTTTTGTTTTTTTGGTTTGCCTCTTGCTTACCAATTTGAATACGCATGTATGAACCCTTATAGATGCTCTTTCGAATGTACCAAAAACTTTGACAGTGTAAATTGATTTTCCCTTCTAAATGTGTTATGACGGTAAATCTTAGGAAAATAACCATTTCCAGCCCCGTATAGAGTCATGCTATGCGTAAAGGTTTAAGTAAAGCAGTTGGTGGGAAGATTGAACAGCAGGTTGGCGGACGTGCTGAAGAGCAAGATGGGTGACTATCTTTCTACAACATCGACCCTGTACCCTGTTGAAAACTGATATGAATTCGGTATTGGTAATTGGTTAAGCACAAACGGATAATAATTTAGCGCACTGTATCTACAAAGTAAACTATTCTTGGTAGCAATTTTCCGAGCCATCCGATAACAAGTAACAACGAACCCTGTACCCCCATCGCGCGCGCGTGTTTGTGTGTGTGTGTTCCCGTCCGTATTGCGTGTTTTGCATTTCAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGGCATAATTTACAACAGTAAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL BX611573             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAGAGTCATGCTATGCGTAAAGGTTTAAGTAAAGCAGTTGGTGGAAAGATTGAACAGCAGGTTGCGGGACGTGCTGAAGAGCAAGATGGGTGACTATCTTTCTACAACATCGACCCTGTACCCTGTTGAAAACTGATATGAATTCGGTATTGGTAATTGGTTAAGCACAAACGGATAATAATTTAGCGCACTGTATCTACAAAGTAAACTATTCTTGGTAGCAATTTTCCGAGCCATCCGATAACAAGTAACAACGAACCCTGTACCCCCATCGCGCGCGCGTGTTTGTGTGTGTGTGTTCCCGTCCGTATTGCGTGTTTTGCATTTCAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGGC TAATTTACAACAGTAAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGGAAGTGAAGGCAGAAAACAAAACGCAGCTTTTCACCGATCACTGGCAGTTGTTGGTTCTTAATTTAAGACAAAAAA AATGGTAGGGGCCTACGAAACAAACACCCCCTCTAAACACACATCGACTATGCTTTAGTATCGACTGGCATGGCACTCGGCATGAAACGTCGTCGGCATAACCCGTGTTTAACGATAGGTGAATATATCGGGAATATCGTGAAACGGGCAGATACGCACACATC]
[-] EMBL BM635660             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTATCTTTCTACAGCATCGACCCTGTACCCTGTTGAAAACTGATATGAATTCGGTATCGGTAATTGGTTAAGCTCAAACGGATAATAATTCAGCGCACTGTATCTACAAAGTAAACTATTCTTGGTAGCAATTTTCCGAGCCATCCGATAACAAGTAACAACGAACCCTGTACCCCCATCGCGCGCGCGTGTT  TGTGTGTGTGTTCCCGTCCGTATTGCGTGTTTTGCATTTCAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGGC TAATTTACAACAGTAAGATTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATATAATGTGGGATGTAAAGGAAGTGAAGGCAGAAAACAAAACGCAGCTTTTCACCGATCACTGGCAGTTGTTGGTTCTTAATTTAAGACAAAAAATAATGGTAGGGGCCTACGAAACATACACCCCC CTAAACACAGATCGACTATGCTTTAGTATCGACTGGCATGGCACTCGGCATGAAACGTCGTCGGCATAACCCGTTTTTAACGATAGGTGAATATATCGGGAATATCGcgg                      ]




>consensus_6840#0
ACTGAATGTACGATCGGCTTGAGGTCGCTTTCGGTTTTACTTGAGTGCGTACTTAGTTGG
TGTGCCTTTCTACCACAAATATTATATTGCTGCTGTCTGTACTTTATAGAAGCACGGGTT
TTGTGTTTTGTTTTTTTGGTTTGCCTCTTGCTTACCAATTTGAATACGCATGTATGAACC
CTTATCGATGCTCTTTCGAATGTACCAAAAACTTTGACAGTGTAAATTGATTTTCCCTTT
AAATGTGCTATGACGGTAAATCTTAGGAAAATAACCATTTCCAGCCCCGTATAGAGTCAT
GCTATGCGTAAAGGTTTAAGTAAAGCAGTTGGTGGGAAGATTGAACAGCAGGTTGGCGGA
CGTGCTGAAGAGCAAGATGGGTGACTATCTTTCTACAACATCGACCCTGTACCCTGTTGA
AAACTGATATGAATTCGGTATTGGTAATTGGTTAAGCACAAACGGATAATAATTTAGCGC
ACTGTATCTACAAAGTAAACTATTCTTGGTAGCAATTTTCCGAGCCATCCGATAACAAGT
AACAACGAACCCTGTACCCCCATCGCGCGCGCGTGTTTGTGTGTGTGTGTTCCCGTCCGT
ATTGCGTGTTTTGCATTTCAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGGCTAATTTACAACAGT
AAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGT
ATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGGAAGTGAAGGCAGAAAACAAAACGCAGCTTTTCAC
CGATCACTGGCAGTTGTTGGTTCTTAATTTAAGACAAAAAAAATGGTAGGGGCCTACGAA
ACAAACACCCCCTCTAAACACACATCGACTATGCTTTAGTATCGACTGGCATGGCACTCG
GCATGAAACGTCGTCGGCATAACCCGTGTTTAACGATAGGTGAATATATCGGGAATATCG
TGAAACGGGCAGATACGCACACATC

consensusID : consensus_6840#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 789
fasta sequence

                              [TGGGCTAATGTCCGTTGAATGTAGGCGTTTTTATATGGGTAATAGTGCCACGNTTTNGGGTGGGGGAAATGNTTTGGTGATCAGGGCCAAGGGGTGTTGGCGCNGGGAGCNCTGGTGCGGCGTGGATAGGGAGGCCATAGNGANTTGGGGTCGTGGAGCTGAAGTCGGGGTGTCGTTAGCGTAANCACTCGCGGNAAGCCNCTTTGGTTAGCCAGNGTGGTTTGGAGTGATAGTTGGATATGGANAGTTCGGTATTGGTAANTTGGGTNTAAGCATCAGTGNCGGGATGAAGTAAGTTTTAGCCGGCACCTGTTATGCTTAGCAGTNGAGGTAGAGCTATTTGCGTGGTGTATGCAANTGTGTGTGCGCGAGCCANTCCGATTAACANAGTATATCAGAGCTGAACCCNTGTACCGCCGCATCGCGCGCGCGTGTTTGGTGTGTGGTGTGTTCCACGTCACAGTATTTGCGTGTTTTGCATTTCAAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGCCTAATGTGACAACAGTAAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGGTAAGTGAAGGCNAGATAAACAAAATATATGTTTTCGTATTTTTGTTTTCCTTTGGGTTTTCGCACTCTTATGCTTTTTTGTTTCTTCTTCTCCTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTAATGTTGCATCACGTTTTCGGTGTATTGTCATTATCTCTGTGCTTTCTTCTTAACCGCGG]

[-] EMBL AL692129             [TGGGCTAATGTCCGTTGAATGTAGGCGTTTTTATATGGGTAATAGTGCCACGNTTTNGGGTGGGGGAAATGNTTTGGTGATCAGGGCCAAGGGGTGTTGGCGCNGGGAGCNCTGGTGCGGCGTGGATAGGGAGGCCATAGNGANTTGGGGTCGTGGAGCTGAAGTCGGGGTGTCGTTAGCGTAANCACTCGCGGNAAGCCNCTTTGGTTAGCCAGNGTGGTTTGGAGTGATAGTTGGATATGGANAGTTCGGTATTGGTAANTTGGGTNTAAGCATCAGTGNCGGGATGAAGTAAGTTTTAGCCGGCACCTGTTATGCTTAGCAGTNGAGGTAGAGCTATTTGCGTGGTGTATGCAANTGTGTGTGCGCGAGCCANTCCGATTAACANAGTATATCAGAGCTGAACCCNTGTACCGCCGCATCGCGCGCGCGTGTTTGGTGTGTGGTGTGTTCCACGTCACAGTATTTGCGTGTTTTGCATTTCAAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGCCTAATGTGACAACAGTAAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGGTAAGTGAAGGCNAGATAAACAAAATATATGTTTTCGTATTTTTGTTTTCCTTTGGGTTTTCGCACTCTTATGCTTTTTTGTTTCTTCTTCTCCTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTAATGTTGCATCACGTTTTCGGTGTATTGTCATTATCTCTGTGCTTTCTTCTTAACCGCGG]




>consensus_6840#1
TGGGCTAATGTCCGTTGAATGTAGGCGTTTTTATATGGGTAATAGTGCCACGNTTTNGGG
TGGGGGAAATGNTTTGGTGATCAGGGCCAAGGGGTGTTGGCGCNGGGAGCNCTGGTGCGG
CGTGGATAGGGAGGCCATAGNGANTTGGGGTCGTGGAGCTGAAGTCGGGGTGTCGTTAGC
GTAANCACTCGCGGNAAGCCNCTTTGGTTAGCCAGNGTGGTTTGGAGTGATAGTTGGATA
TGGANAGTTCGGTATTGGTAANTTGGGTNTAAGCATCAGTGNCGGGATGAAGTAAGTTTT
AGCCGGCACCTGTTATGCTTAGCAGTNGAGGTAGAGCTATTTGCGTGGTGTATGCAANTG
TGTGTGCGCGAGCCANTCCGATTAACANAGTATATCAGAGCTGAACCCNTGTACCGCCGC
ATCGCGCGCGCGTGTTTGGTGTGTGGTGTGTTCCACGTCACAGTATTTGCGTGTTTTGCA
TTTCAAGATCATAATTCAAGCAATTAAGCGCCTAATGTGACAACAGTAAGTTTTCTGGCT
AGTCTTCTGCTAAACAGAGCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATG
TGGGATGTAAAGGTAAGTGAAGGCNAGATAAACAAAATATATGTTTTCGTATTTTTGTTT
TCCTTTGGGTTTTCGCACTCTTATGCTTTTTTGTTTCTTCTTCTCCTTGTTGTTGTTGTT
GTTTTGTTTAATGTTGCATCACGTTTTCGGTGTATTGTCATTATCTCTGTGCTTTCTTCT
TAACCGCGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6840#0      ACTGAATGTACGATCGGCTTGAGGTCGCTTTCGGTTTTACTTGAGTGCGTACTTAGTTGG 60
consensus_6840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6840#0      TGTGCCTTTCTACCACAAATATTATATTGCTGCTGTCTGTACTTTATAGAAGCACGGGTT 120
consensus_6840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6840#0      TTGTGTTTTGTTTTTTTGGTTTGCCTCTTGCTTACC-AATTTGAATACGCATGTATGAAC 179
consensus_6840#1      --------------------TGGGCTAATGTCCGTTGAATGTAGGCGTTTTTATATGGGT 40
                                          * * **  **       *** *         * ****   

consensus_6840#0      CCTTATCGATGCTCTTTCGAATGTACCAAAAACTTTGA----CAGTGTAAATTGATTTTC 235
consensus_6840#1      AAT-AGTGCCACGNTTTNGGGTGGGGGAAATGNTTTGGTGATCAGGGCCAAGGGGTGTTG 99
                        * *  *   *  *** *  **    ***   ****     *** *  **  * * ** 

consensus_6840#0      CCTTTAAATGTGCTATGACGGTAAATCTTAGGAAA--ATAACCATTTCCAGCCCCGTA-- 291
consensus_6840#1      GCGCNGGGAGCNCTGGTGCGGCGTGGATAGGGAGGCCATAGNGANTTGGGGTCGTGGAGC 159
                       *       *  **    ***      *  ***    ***   * **   * *  * *  

consensus_6840#0      TAGAGTCATGCTAT-----GCGTAAAGGTTTAAGTAAAGCAGTT---GGTGGGAAGATTG 343
consensus_6840#1      TGAAGTCGGGGTGTCGTTAGCGTAANCACTCGCGGNAAGCCNCTTTGGTTAGCCAGNGTG 219
                      *  ****  * * *     ******    *   *  ****   *   * * *  **  **

consensus_6840#0      AACAGCAG--GTTGGCGGACGTGCTGAAGAGCAAGATGGGTGACTATCTTTCTACAACAT 401
consensus_6840#1      GTTTGGAGTGATAGTTGGATATGG-ANAGTTCGGTATTGGTAANT-TGGGTNTA-AGCAT 276
                          * **   * *  ***  **    **  *   ** *** * * *   * ** * ***

consensus_6840#0      CGACCCTGTACCCTGTTGAAAACTGATATGAATTCGGTATTGGTAATTGGTTAAGCACAA 461
consensus_6840#1      CA-----GTGNCGGGATGAAG--TAAGTTTTAGCCGGCACCTGTTAT-GCTTAGCAGTNG 328
                      *      **  *  * ****   * *  *  *  *** *   ** ** * ***       

consensus_6840#0      ACGGATAATAATTTAGCGCACTGTATCTACAAAGTAAACTATTCTTGGTAGCAATTTTCC 521
consensus_6840#1      AGGTAGAGCTATTT-GCGTGGTGTATGCA--------ANTGTGTGTGCGCGAGCCANTCC 379
                      * * * *   **** ***   *****  *        * * *   **   *      ***

consensus_6840#0      GAGCCATCCGATAACAAGTAACAACGAACCCTGTACCCCC--ATCGCGCGCGCGTGTTTG 579
consensus_6840#1      GATTAACANAGTATATCAGAGCTG-AACCCNTGTACCGCCGCATCGCGCGCGCGTGTTTG 438
                      **   *     **      * *    * ** ****** **  ******************

consensus_6840#0      -TGTGTG-TGTGTTCC-CGTCC--GTATT-GCGTGTTTTGCATTTCA-GATCATAATTCA 632
consensus_6840#1      GTGTGTGGTGTGTTCCACGTCACAGTATTTGCGTGTTTTGCATTTCAAGATCATAATTCA 498
                       ****** ******** ****   ***** ***************** ************

consensus_6840#0      AGCAATTAAGCGGCTAATTT-ACAACAGTAAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGA 691
consensus_6840#1      AGCAATTAAGCGCCTAATGTGACAACAGTAAGTTTTCTGGCTAGTCTTCTGCTAAACAGA 558
                      ************ ***** * ***************************************

consensus_6840#0      GCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGG-AAGT 750
consensus_6840#1      GCATTCTAATATCTCGTATCTTTGGAAGTATATCATCTAATGTGGGATGTAAAGGTAAGT 618
                      ******************************************************* ****

consensus_6840#0      GAAGGCAGAA--AACAAAACGCAGCTTTTCACCGATCACTGGCAGTTGTTGGTTCTTAAT 808
consensus_6840#1      GAAGGCNAGATAAACAAAATATATGTTTTCGT--ATTTTTGTTTTCCTTTGGGTTTTCGC 676
                      ******   *  *******   *  *****    **   **       **** * **   

consensus_6840#0      TTAAGACAAAAAAAATGGTAGGGGCCTACGAAACAAACACCCCCTCTAAACACACATCGA 868
consensus_6840#1      -------------ACTCTTATGCTTTTTTGTTTCTTCTTCTCCTTGTTGTTGT-TGTTG- 721
                                   * *  ** *    *  *   *     * ** * *         * * 

consensus_6840#0      CTATGCTTTAGTATCGACTGGCATGGCACTCGGCATGAAA-CGTCGTCGGCATAACCCGT 927
consensus_6840#1      -TTTTGTTTAATGTTGCATCACGT---TTTCGGTGTATTGTCATTATCTCTGTGCTTTCT 777
                       * *  **** * * *  *  * *     ****  *     * *  **    *      *

consensus_6840#0      GTTTAACGATAGGTGAATATATCGGGAATATCGTGAAACGGGCAGATACGCACACATC 985
consensus_6840#1      TCTTAACCGCGG---------------------------------------------- 789
                        *****    *