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consensusID : consensus_7891#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1397 fasta sequence
[GAGTTGCGTCGTGCCGCTA-TTTTTGCCTGATGCTCTGACGTAGCACCGGTGCAAGTGATTTTTCCGGACGACCAAATCGAAGCAGTCGTGTAGGGGCGGCGCA-CTTCATCGTTACCATCCCGTGCTCCCTCCGGAACTCGACATTGTGCCCATGGCGGGCGATGTCGTGCAGATTCAGATGACAGCGTACGCTGAACGAGCAGACCACGTTGTTGATCACGATGTCAATCTCCGGCTGCTCCTCCTGCGGTTCATTGTCCGGGCTCGTTTCTTTGGTTTCCAGCGACAGCTCAGTATCAGCGCCCGTCGGATCCGATTCGGTGGGAGTGTTCGTCGTGATCGTGGTGCTGTTGTTGGTTGTGGTACCGCTGCTACTGCT-GCTGCTGGTGGTGGTGGTGCTACTGCTGCTGGAGGTGATGATGGTGGTGGTATTACTGGCCAGGATGATGCTGCTGCTGTTGCCTGTGGTGGTGGTTGTCAAGCTGGTACTGTCACCGATCTTAGCGCCTGCCTTCTTTTCGCCGATTGCTCCGTCGCCTACTGGGGATGCGTTCGATAAAACCGACAGCTGCTGTTGGTGGTTGGTGGTCGTTGTTGTCGCGAACAT-CAAGGAACTGTGATTAATCATTCCGCCTGCGATGGACTGGTGATACTGGTGGTCGCTCGGAAGCGATATCACGGTGCTAGTGCTGCCCTTCGCAAGCCTAACAACACCGGAAGTGCTCGACTGCTGCTGCTGC-TGC-TGTTGCGGATGTTGCCGTAGATGGAGCCCGTTCGCAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACCGAGTACCGTGGCTTTG-CACCAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGGCGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGGAGGTGCTAATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGA-TTGTTTGGTGTGGTGTTCTATCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCCTCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATTTTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAAATATCGC-A-CGCTTCCTGTCCGCC-CACTGGCTGTGTGCGATAGTGCGCTCGCTGCTGCAGGTCTTGCGCCAAACC-ACGCTAGGAAATCGCACTTTAAATACCGTTTTTCGCGAATCTTTTCGGAGCGAGGCGTCGAACGTTGTTGTCGATTTGTTGTTTA]
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[+] EMBL CNS08WZ3 [ AGTAGCGTCGTGCCGCTATTTTTTGCCTGATGCTCTGACGTAGCACCGGTGCAAGTGATTTTTCCGGACGACCAAATCGAAGCAGTCGTGTAGGGGCGGCGCA CTTCATCGTTACCATCCCGTGCTCCCTCCGGAACTCGACATTGTGCCCATGGCGGGCGATGTCGTGCAGATTCAGATGACAGCGTACGCTGAACGAGCAGACCACGTTGTTGATCACGATGTCAATCTCCGGCTGCTCCTCCTGCGGTTCATTGTCCGGGCTCGTTTCTTTGGTTTCCAGCGACAGCTCAGTATCAGCGCCCGTCGGATCCGATTCGGTGGGAGTGTTCGTCGTGATCGTGGTGCTGTTGTTGGTTGTGGTACCGCTGCTACTGCTAGCTGCTGGTGGTGGTGGTGCTACTGCTGCTGGAGGTGATGATGGTGGTGGTATTACTGGCCAGGATGATGCTGCTGCTGTTGCCTGTGGTGGTGGTTGTCAAGCTGGTACTGTCACCGATCTTAGCGCCTGCCTTCTTTTCGCCGATTGCTCCGTCGCCTACTGGGGATGCGTTCGATAAAACCGACAGCTGCTGTTGGTGGTTGGTGGTCGTTGTTGTCGCGAACAT CAAGGAACTGTGATTAATCATTCCGCCTGCGATGGACTGGTGATACTGGTGGTCGCTCGGAAGCGATATCACGGTGCTAGTGCTGCCCTTCGCAAGCCTAACAACACCGGAAGTGCTCGACTGCTGCTGCTGC TGC TGTTGCGGATGTTGCCGTAGATGGAGCCCGTTCGCAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACCGAGTACCGTGGCTTTG CACCAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGGCGGTG ]
[-] EMBL BM604643 [ CGGACGACCAAATCGAAGCAGTCGTGTAGGGGCGGCGCAGCTTCATCGTTACCATCCCGTGCTCCCTCCGGAACTCGACATTGTGCCCATGGCGGGCGATGTCGTGCAGATTCAGATGACAGCGTACGCTGAACGAGCAGACCACGTTGTTGATCACGATGTCAATCTCCGGCTGCTCCTCCTGCGGTTCATTGTCCGGGCTCGTTTCTTTGGTTTCCAGCGACAGCTCAGTATCAGCGCCCGTCGGATCCGATTCGGTGGGAGTGTTCGTCGTGATCGTGGTGCTGTTGTTGGTTGTGGTACCGCTGCTACTGCT GCTGCTGGTGGTGGTGGTGCTACTGCTGCTGGAGGTGATGATGGTGGTGGTATTACTGGCCAGGATGATGCTGCTGCTGTTGCCTGTGGTGGTGGTTGTCAAGCTGGTACTGTCACCGATCTTAGCGCCTGCCTTCTTTTCGCCGATTGCTCCGTCGCCTACTGGGGATGCGTTCGATAAAACCGACAGCTGCTGTTGGTGGTTGGTGGTCGTTGTTGTCGCGAACAT CAAGGAACTGTGATTAATCATTCCGCCTGCGATGGACTGGTGATACTGGTGGTCGCTCGGAAGCGATATCACGGTGCTAGTGCTGCCCTTCGCAAGCCTAACAACACCGGAAGTGCTCGACTGCTGCTGCTGC TGC TGTTGCGGATGTTGCCGTAGATGGAGCCCGTcgg ]
[-] EMBL CNS08DB0 [ CTGCTGCTGTTGCCTGTGGTGGTGGTTGTCAAGCTGGTACTGTCACCGATCTTAGCGCCTGCCTTCTTTTCGCCGATTGCTCCGTCGCCTACTGGGGATGCGTTCGATAAAACCGACAGCTGCTGTTGGTGGTTGGTGGTCGTTGTTGTCGCGAACAT CAAGGAACTGTGATTAATCATTCCGCCTGCGATGGACTGGTGATACTGGTGGTCGCTCGGAAGCGATATCACGGTGCTAGTGCTGCCCTTCGCAAGCCTAACAACACCGGAAGTGCTCGACTGCTGCTGCTGCGTGCGTGTTGCGGATGTTGCCGTAGATGGAGCCCGTTCGCAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACCGAGTACCGTGGCTTTGCCACCAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGGCGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGGAGGTGCTAATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGA TTGTTTGGTGTGGTGTTCTATCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCCTCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATTTTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAAATATCGC A CGCTTCCTGTCCGCC CACTGGCTGTGTGCGATAGTGCGCTCGCTGCTGCAGGTCTTGCGCCAAACC ACGCTAGGAAATCGCACTTTAAATACCGTTTTTCGCGAATCTTTTCGGAGCGAGGCGTCGAACGTTGTTGTCGATTTGTTGTTTA]
[-] EMBL CNS08WZ2 [ GCTGGTACTGTCACCGATCTTAGCGCCTGCCTTCTTTTCGCCGATTGCTCCGTCGCCTACTGGGGATGCGTTCGATAAAACCGACAGCTGCTGTTGGTGGTTGGTGGTCGTTGTTGTCGCGAACAT CAAGGAACTGTGATTAATCATTCCGCCTGCGATGGACTGGTGATACTGGTGGTCGCTCGGAAGCGATATCACGGTGCTAGTGCTGCCCTTCGCAAGCCTAACAACACCGGAAGTGCTCGACTGCTGCTGCTGC TGC TGTTGCGGATGTTGCCGTAGATGGAGCCCGTTCGCAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACCGAGTACCGT GCTTTGCCACCAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGGCGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGGAGGTGCTAATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGATTTGTTTGGTGTGGTGTTCTATCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCCTCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATTTTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAAATATCGCGAGCGCTTCCTGTCCGCCGCACTGGCTGTGTGCGATAGTGCGCTCGCTGCTGCAGGTCTTGCGCCTAACCTACGCTAGGAAATCGCAC ]
consensusID : consensus_7891#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 1006 fasta sequence
[TGATCTGTCGTCTTGATGATCTGATGTTGTGTGTCTGTGTTTTCTTTAAGTTTGGCGAGAATGGTGGNTNTTGGGTGGATACATTGATGTTTGTTTCCNCGAAAAATTTTCAAAAAGGGGGAACGCTTGGTGGNATTAAAATGNCAATGTTCCCGCCCTTGCNGGANGTTGGAACCTTGGGTTGAATCAACCTTTGGGTTGGTTCCGNCTTTCGGGAAAAGCTGGAAATATTCCACCGGTTGTCTAAGGTGCTGCNGCCCCTTTCGCAAGCCCTTAAACAACACCCGGGAAGTGCCTTCGGACCTTGCCTTGCCTGCTTGCTGCTGTTGCGGATTGTTCCCGTAGATGGAGCCCGTTCGCCAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACCGAGTACCGTGGCTTTGCCACCTAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGGCGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGGAGGTGCTAATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGTTTGTGTGTGTT--TGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGATTGTTTGGTGTGGTGTTCTATCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCCTCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATTTTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAAATATCGCACGCTTCCTGTCCGCCCACTGGCTGTGTGCGATAGTGCGCTCGCTGCTGCAGGTCTTGCGCCACCGCTACGCTAGGAAATCGCACTTTAAATACCGTTTTTCGCGAATCTTTTCGGAGCGAGGCGTCGAACGTTGTTGTCGATTTGTTGTTTATGATCGCCTCGTGCCGATTCTGG]
[-] EMBL BX467350 [TGATCTGTCGTCTTGATGATCTGATGTTGTGTGTCTGTGTTTTCTTTAAGTTTGGCGAGAATGGTGGNTNTTGGGTGGATACATTGATGTTTGTTTCCNCGAAAAATTTTCAAAAAGGGGGAACGCTTGGTGGNATTAAAATGNCAATGTTCCCGCCCTTGCNGGANGTTGGAACCTTGGGTTGAATCAACCTTTGGGTTGGTTCCGNCTTTCGGGAAAAGCTGGAAATATTCCACCGGTTGTCTAAGGTGCTGCNGCCCCTTTCGCAAGCCCTTAAACAACACCCGGGAAGTGCCTTCGGACCTTGCCTTGCCTGCTTGCTGCTGTTGCGGATTGTTCCCGTAGATGGAGCCCGTTCGCCAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACCGAGTACCGTGGCTTTGCCACCTAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGGCGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGGAGGTGC AATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGTTTGTGTGTGTT TGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGATTGTTTGGTGTGGTGTTCTATCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCCTCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATTTTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAAATATCGCACGCTTCCTGTCCGCCCACTGGCTGTGTGCGATAGTGCGCTCGCTGCTGCAGGTCTTGCGCCACCGCTACGCTAGGAAATCGCACTTTAAATACCGTTTTTCGCGAATCTTTTCGGAGCGAGGCGTCGAACGTTGTTGTCGATTTGTTGTTTATGATCGCCTCGTGCCGATTCTGG]
[-] EMBL BM655815 [ GTTGCCGTAGATGGAGCCCGTTCG CAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACCGAGTACCGTGGCTTTGCCACC AACACTAATTCCGTTGCGAAGAACCGTGCCAGAACCGGCGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGGAGGTGCTAATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATACGGACTGGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGATTGTTTGGTGTGGTGTTCTATCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCCTCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATTTTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAAATATCGCACGCTTCCTGTCCGCCCACTGGCCGTGTGCGATAGTGCGCTCGCTGCTGCAGGTCTTGCGCCACCGCTACGCTAGGAAATCGCACTTTAAATACCGTTTTTCGCGAATCTTTTCGGAGCGAGGCGTCGAACGTTGTTGcgg ]
[-] EMBL BM584868 [ TGGAGGTGCTAATGGCGTTGTTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGTTTGTGTGTGTT TGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGATTGTTTGGTGTGGTGTTCTATCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCCTCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATTTTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAAATATCGCACGCTTCCTGTCCGCCCACTGGCTGTGTGCGATAGTGCGCTCGCTGCTGCAGGTCTTGCGCCACCGCTACGCTAGGAAATCGCACTTTAAATACCGTTTTTCGCGAATCTTTTCGGAGAGAGGCGTCGAACGTTGTTGTCGATTTGTTGcgg ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_7891#0 GAGTTGCGTCGTGCCGCTATTTTTGCCTGATGCTCTGACGTAGCACCGGTGCAAGTGATT 60
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consensus_7891#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_7891#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_7891#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_7891#1 ------------------------------------------------------------
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***
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consensus_7891#1 T--CTGTCGTCTTGATGATCTG-ATGTTGTGTGTCTGTGTTTTCTTTAAGTTTGGCGAGA 60
* ** ** ** ** * * *** ** ** **** ** * ***
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consensus_7891#1 ATGGTGGNTNTTGGGTGGAT----ACATTGATGTTTGTTTCCNCGAAAAAT---TTTCAA 113
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consensus_7891#0 ACTGGGGATGCGTTCGATAAAACCGACA-GCTGCTGTTGGTGG--TTGGTGGTCGTTGTT 596
consensus_7891#1 AAAGGGGGAACGCTTGGTGGNATTAAAATGNCAATGTTCCCGCCCTTGCNGGANGTTGGA 173
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consensus_7891#0 GTCGCGAACATCAAGGAACTGTGATTAATCATTCCGCCTGCGATGGACTGGTGATACTGG 656
consensus_7891#1 ACCTTGGGTTGAATCAACCTTTGGGT--TGGTTCCGNCTTT------CGGGAAAAGCTGG 225
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consensus_7891#0 TGGTCGCTCGGAAGCGATATCACGGTGCTAGTGCTGCCCTTCGCAAGCCT---AACAACA 713
consensus_7891#1 AAATATTCCACCGGTTGTCTAA-GGTGCTGCNGCC-CCTTTCGCAAGCCCTTAAACAACA 283
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consensus_7891#0 CC--GGAAGTGC--TCGACTGCTGC--TGC-----TGCTGCTGTTGCGGAT-GTTGCCGT 761
consensus_7891#1 CCCGGGAAGTGCCTTCGGACCTTGCCTTGCCTGCTTGCTGCTGTTGCGGATTGTTCCCGT 343
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consensus_7891#0 AGATGGAGCCCGTTCGC-AACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACC 820
consensus_7891#1 AGATGGAGCCCGTTCGCCAACGCTCACCACCTCATTATGTCCGGTGGCCGAATTCACACC 403
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consensus_7891#0 GAGTACCGTGGCTTTGCA--CCAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGG 878
consensus_7891#1 GAGTACCGTGGCTTTGCCACCTAACACTAATTCCGTTGCAAAGAACCGTGCCAGAACCGG 463
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consensus_7891#0 CGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGG 938
consensus_7891#1 CGGTGTTGCTGTTGGTGCTACTGCTGCTACTAGTGCCACTGATACCATTGGGCGCACTGG 523
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consensus_7891#0 AGGTGCTAATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGT 998
consensus_7891#1 AGGTGCTAATGGCGTTGCTGATGAAGGAGCTGGTACCCACCATTCGCGATATGGACTGGT 583
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consensus_7891#0 TTGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGATTGTTTGGTGTGGTGTTCTA 1058
consensus_7891#1 TTGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGATGTGATTGTTTGGTGTGGTGTTCTA 643
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consensus_7891#0 TCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCC 1118
consensus_7891#1 TCTGCACACGACTCACAGTTAAGGCACACGCTGCATTCCGAGGCACGGCTAACTAACTCC 703
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consensus_7891#1 TCATAAGCTCATTCTGCGCGCACGGCTGCGTTCGGTGTGGTCAATGAATTGCACTCTATT 763
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consensus_7891#0 TTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAA 1238
consensus_7891#1 TTTATCAAGTTCACATCGAGTCTGGCGACGGGGTCGGCGAAAACTGCTCCCATGCGGCAA 823
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consensus_7891#0 ---
consensus_7891#1 TGG 1006
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||