cluster # 885

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Anopheles gambiae
cluster # 885 cluster # 885 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_885#0 length = 624 sequences # 1

consensus_885#1 length = 580 sequences # 1

consensusID : consensus_885#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 624
fasta sequence

                              [CCGATGGGGGCCCGATTGTAGCACTACTCACATGACAGAAGCAAGTGACGGAATAGTAGCGGTCCTACGCCATTGTGCTACTTGTTGTGGACACTGCACGTGGACGGGGTTGATTGTTAGTTAGATAGGCATGAAAGCTAATGATGCAATATGATGATATGCATACTATTTGTGGAATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATTGATGTTGTATAAATTTCTTACTATATTTAGTAATTTAACATGAAGGGTACGATTGATTACCACTTTTATAATCAATATGTTGTAACGTCATCATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTGTTGTGCTGTATTTCCGTAATTCGTTAAAAATGGATTAAATGATTTAATTAATTATAAATTAATTATAAAAATGTTATTGTAACACCTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGCTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAA]

[+] EMBL BM619777             [CCGATGGGGGCCCGATTGTAGCACTACTCACATGACAGAAGCAAGTGACGGAATAGTAGCGGTCCTACGCCATTGTGCTACTTGTTGTGGACACTGCACGTGGACGGGGTTGATTGTTAGTTAGATAGGCATGAAAGCTAATGATGCAATATGATGATATGCATACTATTTGTGGAATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATTGATGTTGTATAAATTTCTTACTATATTTAGTAATTTAACATGAAGGGTACGATTGATTACCACTTTTATAATCAATATGTTGTAACGTCATCATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTGTTGTGCTGTATTTCCGTAATTCGTTAAAAATGGATTAAATGATTTAATTAATTATAAATTAATTATAAAAATGTTATTGTAACACCTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGCTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAA]




>consensus_885#0
CCGATGGGGGCCCGATTGTAGCACTACTCACATGACAGAAGCAAGTGACGGAATAGTAGC
GGTCCTACGCCATTGTGCTACTTGTTGTGGACACTGCACGTGGACGGGGTTGATTGTTAG
TTAGATAGGCATGAAAGCTAATGATGCAATATGATGATATGCATACTATTTGTGGAATTC
AAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATTGATGTTGTATAAATTTCTTACTATATTT
AGTAATTTAACATGAAGGGTACGATTGATTACCACTTTTATAATCAATATGTTGTAACGT
CATCATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTGTTGTGCT
GTATTTCCGTAATTCGTTAAAAATGGATTAAATGATTTAATTAATTATAAATTAATTATA
AAAATGTTATTGTAACACCTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATA
GCTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCT
AGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTT
GACAGTGACTCTAAACTGCTGTAA

consensusID : consensus_885#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 580
fasta sequence

                              [CCGGCAATATGATGATATGCATACTACTATTTGTGGGATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATAGAAGTTGTATGAATTCCTTATTATATTTAGTATTTTAGGATAAAAGTATGAAATTGATTAACACTTTTATAATCAATATGCTGTAACGTCATAATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTATTGAACTGTATTTCCGTTATTCGTCAAAAATCAATTGAATGATTTAATTCATTTCAAATTAATTTTTAAAATGTTATTGTAATACTTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGTTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAAGTTATTATTAAAACATATTAAACCGCGCTAGCAAACGCCACCAAACACACACGCACACACTTGATTGCAAATTTGGATGTGAACAGTGATTTCC]

[+] EMBL BM616026             [CCGGCAATATGATGATATGCATACTACTATTTGTGGGATTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATAGAAGTTGTATGAATTCCTTATTATATTTAGTATTTTAGGATAAAAGTATGAAATTGATTAACACTTTTATAATCAATATGCTGTAACGTCATAATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTATTGAACTGTATTTCCGTTATTCGTCAAAAATCAATTGAATGATTTAATTCATTTCAAATTAATTTTTAAAATGTTATTGTAATACTTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGTTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAAGTTATTATTAAAACATATTAAACCGCGCTAGCAAACGCCACCAAACACACACGCACACACTTGATTGCAAATTTGGATGTGAACAGTGATTTCC]




>consensus_885#1
CCGGCAATATGATGATATGCATACTACTATTTGTGGGATTCAAAGCATTAAAATTGATCT
TTTTATTTTAATAGAAGTTGTATGAATTCCTTATTATATTTAGTATTTTAGGATAAAAGT
ATGAAATTGATTAACACTTTTATAATCAATATGCTGTAACGTCATAATATTTGTGTAATC
TGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTATTGAACTGTATTTCCGTTATTCGTC
AAAAATCAATTGAATGATTTAATTCATTTCAAATTAATTTTTAAAATGTTATTGTAATAC
TTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCATATAGTTGCCGGCCTGGCCCGG
TACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTACTCTAGACGAGGAAACCAGACT
AGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGATGTTGACAGTGACTCTAAACTG
CTGTAAGTTATTATTAAAACATATTAAACCGCGCTAGCAAACGCCACCAAACACACACGC
ACACACTTGATTGCAAATTTGGATGTGAACAGTGATTTCC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_885#0      CCGATGGGGGCCCGATTGTAGCACTACTCACATGACAGAAGCAAGTGACGGAATAGTAGC 60
consensus_885#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_885#0      GGTCCTACGCCATTGTGCTACTTGTTGTGGACACTGCACGTGGACGGGGTTGATTGTTAG 120
consensus_885#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_885#0      TTAGATAGGCATGAAAGCTAATGATGCAATATGATGATATGCATACTA---TTTGTGGAA 177
consensus_885#1      ----------------------CCGGCAATATGATGATATGCATACTACTATTTGTGGGA 38
                                              ***********************   ******* *

consensus_885#0      TTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATTGATGTTGTATAAATTTCTTACTATA 237
consensus_885#1      TTCAAAGCATTAAAATTGATCTTTTTATTTTAATAGAAGTTGTATGAATTCCTTATTATA 98
                     ********************************** ** ******* **** **** ****

consensus_885#0      TTTAGTAATTTAACATGAAGG-GTACGATTGATTACCACTTTTATAATCAATATGTTGTA 296
consensus_885#1      TTTAGTATTTTAGGATAAAAGTATGAAATTGATTAACACTTTTATAATCAATATGCTGTA 158
                     ******* ****  ** ** *  *   ******** ******************* ****

consensus_885#0      ACGTCATCATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTGTTG 356
consensus_885#1      ACGTCATAATATTTGTGTAATCTGGCATAGTTTTTAGTGACTTTTTTACCTACTGTATTG 218
                     ******* ************************************************ ***

consensus_885#0      TGCTGTATTTCCGTAATTCGTTAAAAATGGATTAAATGATTTAATTAATTATAAATTAAT 416
consensus_885#1      AACTGTATTTCCGTTATTCGTCAAAAATCAATTGAATGATTTAATTCATTTCAAATTAAT 278
                       ************ ****** ******  *** ************ ***  ********

consensus_885#0      TATAAAAATGTTATTGTAACACCTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCA 476
consensus_885#1      TTTTAAAATGTTATTGTAATACTTGTTTGTCAACTATCGTATAGTTTACAGTTTCATGCA 338
                     * * *************** ** *************************************

consensus_885#0      TATAGCTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTA 536
consensus_885#1      TATAGTTGCCGGCCTGGCCCGGTACGCGGTGCAAAACGAAGAAATCAAAGCAAATTGTTA 398
                     ***** ******************************************************

consensus_885#0      CTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGA 596
consensus_885#1      CTCTAGACGAGGAAACCAGACTAGTGAAGCATACTAAGGGCAAATCTTATTCTGTAGTGA 458
                     ************************************************************

consensus_885#0      TGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAA-------------------------------- 624
consensus_885#1      TGTTGACAGTGACTCTAAACTGCTGTAAGTTATTATTAAAACATATTAAACCGCGCTAGC 518
                     ****************************                                

consensus_885#0      ------------------------------------------------------------
consensus_885#1      AAACGCCACCAAACACACACGCACACACTTGATTGCAAATTTGGATGTGAACAGTGATTT 578
                                                                                 

consensus_885#0      --
consensus_885#1      CC 580