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Anopheles gambiae
cluster # 9185 cluster # 9185       Sequences # 15       consensus # 5


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9185#0 length = 764 sequences # 10  
consensus_9185#1 length = 689 sequences # 1  
consensus_9185#2 length = 649 sequences # 2  
consensus_9185#3 length = 619 sequences # 1  
consensus_9185#4 length = 553 sequences # 1  

consensusID : consensus_9185#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 10
consensus length = 764
fasta sequence
                              [CCGCCCACGCGTCCG-ATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTA-GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAA-TGAATTTAATTTAGCTTATT-TATTTTA-TTAAGTTAA-TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT-TTTTATAA-TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA-AATAGCTATTATTAATAAATTT-GTTATAATTTATTTTTTAT-AAAAAATTATTTAATTTAAATT-AAATTA-TTTATTAAAA-TTTAAA-TTTTAATAAT-AAAAATTTA-GTAATTAT-GATAAAATTAGTA-TATAAA-TTTATATAAA-GTAA-TTAA-TTTGATAGGGTTTTAATG--AAGAATT-CGGCAAATT-AAATATATTCACCTGGTTTAAC--AAAAA-CATG---TCTTTTT--GTATTTTA--TTTAAAGTGCCCAAGCCCCGGGCCCCCCCGGGAGGTTTTTTAAAGGGGCCCCCCCGGGGAATTTTGGAACCGGGGGCGCAAAGGGGAACCCCTT]

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[+] EMBL BM640884             [CCGCCCACGCGTCCGAATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTACGTATTTTAAGGGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAAGTGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT TTTTATAA TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTT GTTATAATTTATTTTTTAT AAAAAATTATTTAATTTAAATT AAATTA TTTATTAAAA TTTAAA TTTTAATAAT AAAAATTTA GTAATTAT GATAAAATTAGTA TATAAA TTTATATAAA GTAA TTAA TTTGATA GGTTTTAATG  AAGAATT CGGCAAATT AAATATATTCACCTGG TTAAC  AAAAA CATG   TCTTTTT  GTATTTTA  TTTAAAGT                                                                                      ]
[+] EMBL BM656999             [CCGCCCACGCGTCCG ATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTA GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAA TGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT TTTTATAA TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTT GTTATAATTTATTTTTTAT AAAAAATTATTTAATTTAAATT AAATTA TTTATTAAAA TTTAAA TTTTAATAAT AAAAATTTA GTAATTAT GATAAAATTAGTA TATAAA TTTATATAAA GTAA TTAA TTTGATAGGG TTTAATG  AAGAATT CGGCAAATT AAATATATTCACCTGGTTTA                                                                                                                                  ]
[+] EMBL BM621678             [CCGCGGACGCGT  G GGCTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTA GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAA TGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAATTTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT TTTTATAA TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTT GTTATAATTTATTTTTTAT AAAAAATTATTTAATTTAAATT AAATTA TTTATTAAAA TTTAAATTTTTAATAAT AAAAATTTA GTAATTAT GATAAAATTAGTA TATAAA TTTATATAAA GTAA TTAA TTTGATA GGTTTTAATG  AAGAATT CGGCAAATT AA                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL BM602933             [CCGCCCACGCGTCCG ATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTA GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAA TGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT TTTTATAA TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTT GTTATAATTTATTTTTTAT AAAAAATTATTTAATTTAAATT AAATTA TTTATTAAAA TTTAAA TTTTAATAAT AAAAATTTA GTAATTAT GATAAAATTAGTA TATAAA TTTATATAAA GTAA TTAA TTTGATAGGG TTTAATG  AA                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL BM626229             [CCGCCCACGCGTCCG      ATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTA GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAA TGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT TTTTATAA TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTT GTTATAATTTATTTTTTAT AAAAAATTATTTAATTTAAATT AAATTA TTTATTAAAA TTTAAA TTTTAATAAT AAAAATTTA GTAATTAT GATAAAATTAGTA TATAAA T                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL BM653730             [CCGCCCACGCGTCCG ATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTA GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAA TGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT TTTTATAA TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTT GTTATAATTTATTTTTTAT AAAAAATTATTTAATTTAAATT AAATTA TTTATTAAAA TTTAAA TTTTAATAAT AAAAATTTA GTAATTAT G                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL BM646879             [CCGCCCACGCGTCCG      ATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATGTTAATTATAGTGTATTA GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATGTATTGCACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATGAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATGAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTGTTTTAAGAAA TGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGGAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATT TTTTATAA TTTTTACATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTT GTTATAATTTATTTTTTAT AAAAAATTATTTAATTTAAATT AAATTA TTTATTAAAA TTTAAA TTTTAATAAT AAAAATTTA GTAATTAT GAT                                                                                                                                                                                                                                   ]
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[+] EMBL BM657856             [                           TATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGTATTA GTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAA TGAATTTAATTTAGCTTATT TATTTTA TTAAGTTAA TTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTCTTTTATAA TTTTTAAATAAATATAAGCTTAAA AATAGCTATTATTAATAAATTTGGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAAATTATTTTATTAAAATTTTAAATTTTTAATAATAAAAAATTTAGGTAATTATGGATAAAATTAGTACTATAAATTTTATATAAAGGTAATTTAATTTTGATAGGGTTTTAAAGGAAAGAATTCCGCCAAATTAAAATATATTCCCCTGGTTTAACCAAAAAACCATGGGCCCTTTTTTGGAATTTTAATTTTAAAAGGCCCAAGCCCCGGGCCCCCCCGGGAGGTTTTTTAAAGGGGCCCCCCCGGGGAATTTTGGAACCGGGGGCGCAAAGGGGAACCCCTT]


>consensus_9185#0 CCGCCCACGCGTCCGATTTTATTTTTTATAGTTTTAGTAATTTATAATGAAATAATAATT TTAATTATAGTGTATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATT TTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATT ATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAAC TATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTT AAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATT AAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTT TTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTT ATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAA ATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGG TTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATTCACCTGGTTTAACAAAAACATGTCTTT TTGTATTTTATTTAAAGTGCCCAAGCCCCGGGCCCCCCCGGGAGGTTTTTTAAAGGGGCC CCCCCGGGGAATTTTGGAACCGGGGGCGCAAAGGGGAACCCCTT



consensusID : consensus_9185#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 689
fasta sequence
                              [CCGCGGACGCGTGGGTGCCGCTGAAGCTGTTCGGTCTCCGCAAGAGCTGGGACTCGAAAGCCATCAACGATCTCACCGACTCGTACGGTCAGGAATGGACCTACCGCGATCGCAAGACCCTCGAGTTCACCTGCCACACCGCGTTCTTCGTGTCGATCGTCGTCGTACAGTGGGCCGATTTGATCATCTGTAAGACTCGCCGTAACTCGATTTTCCACCAGGGCATGAGAAACTGGGCCCTCAACTTTGGTCTCGTGTTCGAAACGGTACTGGCTGCCATCCTGTCCTACACGCCGGGCATGGACAAGGGTCTGCGCATGTACCCACTGAAATTCGTTTGGTGGCTACCAGCTTTACCGTTCAGCTTGTCCATCTTCGTGTATGACGAAATTCGTCGCTTCTACTTGAGACGCAATCCAGGCGGCTGGCTAGAGCAAGAAACGTACTATTAGGTCAACAAATTTATATTTAAAAAGATTAATTAAAACAAAACCAACAAAAACCAACTCCCCCGCCCCCTGCACACACACACACACAAACACACAGACACGTACACAATACACGCACACGGAAACACATGCATACTCTATACATAAACAACCATACACACACATACGCATTATGTGGAATCCCAGAAACACAAACCACACACACACACACACACACAATAACACTCCACGAACCACCTG]

[+] EMBL BM613514             [CCGCGGACGCGTGGGTGCCGCTGAAGCTGTTCGGTCTCCGCAAGAGCTGGGACTCGAAAGCCATCAACGATCTCACCGACTCGTACGGTCAGGAATGGACCTACCGCGATCGCAAGACCCTCGAGTTCACCTGCCACACCGCGTTCTTCGTGTCGATCGTCGTCGTACAGTGGGCCGATTTGATCATCTGTAAGACTCGCCGTAACTCGATTTTCCACCAGGGCATGAGAAACTGGGCCCTCAACTTTGGTCTCGTGTTCGAAACGGTACTGGCTGCCATCCTGTCCTACACGCCGGGCATGGACAAGGGTCTGCGCATGTACCCACTGAAATTCGTTTGGTGGCTACCAGCTTTACCGTTCAGCTTGTCCATCTTCGTGTATGACGAAATTCGTCGCTTCTACTTGAGACGCAATCCAGGCGGCTGGCTAGAGCAAGAAACGTACTATTAGGTCAACAAATTTATATTTAAAAAGATTAATTAAAACAAAACCAACAAAAACCAACTCCCCCGCCCCCTGCACACACACACACACAAACACACAGACACGTACACAATACACGCACACGGAAACACATGCATACTCTATACATAAACAACCATACACACACATACGCATTATGTGGAATCCCAGAAACACAAACCACACACACACACACACACACAATAACACTCCACGAACCACCTG]


>consensus_9185#1 CCGCGGACGCGTGGGTGCCGCTGAAGCTGTTCGGTCTCCGCAAGAGCTGGGACTCGAAAG CCATCAACGATCTCACCGACTCGTACGGTCAGGAATGGACCTACCGCGATCGCAAGACCC TCGAGTTCACCTGCCACACCGCGTTCTTCGTGTCGATCGTCGTCGTACAGTGGGCCGATT TGATCATCTGTAAGACTCGCCGTAACTCGATTTTCCACCAGGGCATGAGAAACTGGGCCC TCAACTTTGGTCTCGTGTTCGAAACGGTACTGGCTGCCATCCTGTCCTACACGCCGGGCA TGGACAAGGGTCTGCGCATGTACCCACTGAAATTCGTTTGGTGGCTACCAGCTTTACCGT TCAGCTTGTCCATCTTCGTGTATGACGAAATTCGTCGCTTCTACTTGAGACGCAATCCAG GCGGCTGGCTAGAGCAAGAAACGTACTATTAGGTCAACAAATTTATATTTAAAAAGATTA ATTAAAACAAAACCAACAAAAACCAACTCCCCCGCCCCCTGCACACACACACACACAAAC ACACAGACACGTACACAATACACGCACACGGAAACACATGCATACTCTATACATAAACAA CCATACACACACATACGCATTATGTGGAATCCCAGAAACACAAACCACACACACACACAC ACACACAATAACACTCCACGAACCACCTG



consensusID : consensus_9185#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 649
fasta sequence
                              [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGGCTTCCTCACCCCCTCCCCTCATTATTAATAAAAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTGGGGTTT--ATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGT-ATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAG-TTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGG]

[+] EMBL BM617277             [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGGCTTCCTCACCCCCTCCCCTCATTATTAATAAAAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTGGGGTTT  ATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGTGT ATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAG TTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTT                                                                      ]
[+] EMBL BM644309             [                                                     ccggaAATAATAATTTTA ATTATAGTGTATTAGTATTTCAATATTCTTTTAA AATACTAA TACACTATAATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGG]


>consensus_9185#2 CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGGCTTCCTCACCCCCTCCCCTCATTATTAATAA AAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTGGGGTTTATAATGAAATAATAATTTTAATTATAGT GTATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAAT TTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTT TCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATA TGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAATGAAT TTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAA TATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATA TAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTA TTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATT ATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGG



consensusID : consensus_9185#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 619
fasta sequence
                              [GAAACGGTGGCGATTTTGGCCTGCCTTCGCAAACGAAATCGAGCCGGAAAAGTGCATCCGGTCGTGCAGTCCGGGAAGCAGTTGCGTTCGCGTGTGCGTGTTGTTTGCGGAGCTTCACGCCCCGAAGCTGTGCAGAAAACATATCCGCCGATCCGCCGAGGCCCAGCTAGAGCGACGACGACCGCGTCATCTTAATGGCCGATTGAGGAACCGTGCGCGTATTCCCGTGTGTGTTGACAGCAGCGCCTCTTGCCGTGGTGTACGTGAATGCGTGCTCCTGGTACCAGCTTTCGCCACCCGTCTGTACCCGTCTGTGTGTCCGGCAGGCAGTCACGCACGCACGGCCACGGTCGAACCACGGTACATCCAGCGACTGCTGCTCGTCCCGTCTCCGCACTGTGGTCGACCGACTCCAGTATCGGTGTCGTGGGGCGAGGATGATTCTCAGTTGCGCGACGCAAGTAAGATGAAAATTGTGCAAAAGTGAACGTGAACGTCGCCGTGGAGGGGTGCAGCAAAGGGAGTAGCAGCGAGCAGGAATCGTCTTACAGGCTGCGCTGAGCTCGGATGATGATGATGGGTGTAAATTAAAAGCTCGAAACAAGTGCAGTCAAGCTAT]

[+] EMBL CNS09DNU             [GAAACGGTGGCGATTTTGGCCTGCCTTCGCAAACGAAATCGAGCCGGAAAAGTGCATCCGGTCGTGCAGTCCGGGAAGCAGTTGCGTTCGCGTGTGCGTGTTGTTTGCGGAGCTTCACGCCCCGAAGCTGTGCAGAAAACATATCCGCCGATCCGCCGAGGCCCAGCTAGAGCGACGACGACCGCGTCATCTTAATGGCCGATTGAGGAACCGTGCGCGTATTCCCGTGTGTGTTGACAGCAGCGCCTCTTGCCGTGGTGTACGTGAATGCGTGCTCCTGGTACCAGCTTTCGCCACCCGTCTGTACCCGTCTGTGTGTCCGGCAGGCAGTCACGCACGCACGGCCACGGTCGAACCACGGTACATCCAGCGACTGCTGCTCGTCCCGTCTCCGCACTGTGGTCGACCGACTCCAGTATCGGTGTCGTGGGGCGAGGATGATTCTCAGTTGCGCGACGCAAGTAAGATGAAAATTGTGCAAAAGTGAACGTGAACGTCGCCGTGGAGGGGTGCAGCAAAGGGAGTAGCAGCGAGCAGGAATCGTCTTACAGGCTGCGCTGAGCTCGGATGATGATGATGGGTGTAAATTAAAAGCTCGAAACAAGTGCAGTCAAGCTAT]


>consensus_9185#3 GAAACGGTGGCGATTTTGGCCTGCCTTCGCAAACGAAATCGAGCCGGAAAAGTGCATCCG GTCGTGCAGTCCGGGAAGCAGTTGCGTTCGCGTGTGCGTGTTGTTTGCGGAGCTTCACGC CCCGAAGCTGTGCAGAAAACATATCCGCCGATCCGCCGAGGCCCAGCTAGAGCGACGACG ACCGCGTCATCTTAATGGCCGATTGAGGAACCGTGCGCGTATTCCCGTGTGTGTTGACAG CAGCGCCTCTTGCCGTGGTGTACGTGAATGCGTGCTCCTGGTACCAGCTTTCGCCACCCG TCTGTACCCGTCTGTGTGTCCGGCAGGCAGTCACGCACGCACGGCCACGGTCGAACCACG GTACATCCAGCGACTGCTGCTCGTCCCGTCTCCGCACTGTGGTCGACCGACTCCAGTATC GGTGTCGTGGGGCGAGGATGATTCTCAGTTGCGCGACGCAAGTAAGATGAAAATTGTGCA AAAGTGAACGTGAACGTCGCCGTGGAGGGGTGCAGCAAAGGGAGTAGCAGCGAGCAGGAA TCGTCTTACAGGCTGCGCTGAGCTCGGATGATGATGATGGGTGTAAATTAAAAGCTCGAA ACAAGTGCAGTCAAGCTAT



consensusID : consensus_9185#4
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 553
fasta sequence
                              [CGCAGTTTTTGGTGTGGTGTTGGAAAAGCAGTAGTTTTCACAAAGTGTGGTCGGTTTCCCAGTTCTGGAGGAAAAGAAGTTAATTTGGCTGAAGGCAGCAGTGCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGCGATACGAGAAACACCAATAATGGCCCATGTACGTAGTGAAACGTGACCACAAGCAAACAAAATTATAAAAATATAACAAGTAAAGGTTAAGGNAACAAGAATACTACGAGTACCTCAACTTGGACCCTGTGTGTCTCCTTGCCACGAAATGCACGAAACACGCAATATCGTGGCAATTGCAGCAAAGTTCGGATGTGAATCTGGCATTCGGTTACTTAGACCTCCCCAGAACAGCGTTTTTGAGTGTGTGTGTGTTCATGGAAATTTCTGCTTGCAATCAAACACAAAATGTTGCGCTTTGAGTTTGTGGCATGTTCGCGAGCTCTAAAGTAAAGCAAACCAACTAGAAACTTACGCTAACTGCACTGACACATTGAAGAAAAGTGTGTGCTGAAAACTCAAGTGCAGAGTATGAAGGAG]

[+] EMBL BX625205             [CGCAGTTTTTGGTGTGGTGTTGGAAAAGCAGTAGTTTTCACAAAGTGTGGTCGGTTTCCCAGTTCTGGAGGAAAAGAAGTTAATTTGGCTGAAGGCAGCAGTGCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAGCGATACGAGAAACACCAATAATGGCCCATGTACGTAGTGAAACGTGACCACAAGCAAACAAAATTATAAAAATATAACAAGTAAAGGTTAAGGNAACAAGAATACTACGAGTACCTCAACTTGGACCCTGTGTGTCTCCTTGCCACGAAATGCACGAAACACGCAATATCGTGGCAATTGCAGCAAAGTTCGGATGTGAATCTGGCATTCGGTTACTTAGACCTCCCCAGAACAGCGTTTTTGAGTGTGTGTGTGTTCATGGAAATTTCTGCTTGCAATCAAACACAAAATGTTGCGCTTTGAGTTTGTGGCATGTTCGCGAGCTCTAAAGTAAAGCAAACCAACTAGAAACTTACGCTAACTGCACTGACACATTGAAGAAAAGTGTGTGCTGAAAACTCAAGTGCAGAGTATGAAGGAG]


>consensus_9185#4 CGCAGTTTTTGGTGTGGTGTTGGAAAAGCAGTAGTTTTCACAAAGTGTGGTCGGTTTCCC AGTTCTGGAGGAAAAGAAGTTAATTTGGCTGAAGGCAGCAGTGCAAGAGAGAGAGAGAGA GAGAGAGAAAAGCGATACGAGAAACACCAATAATGGCCCATGTACGTAGTGAAACGTGAC CACAAGCAAACAAAATTATAAAAATATAACAAGTAAAGGTTAAGGNAACAAGAATACTAC GAGTACCTCAACTTGGACCCTGTGTGTCTCCTTGCCACGAAATGCACGAAACACGCAATA TCGTGGCAATTGCAGCAAAGTTCGGATGTGAATCTGGCATTCGGTTACTTAGACCTCCCC AGAACAGCGTTTTTGAGTGTGTGTGTGTTCATGGAAATTTCTGCTTGCAATCAAACACAA AATGTTGCGCTTTGAGTTTGTGGCATGTTCGCGAGCTCTAAAGTAAAGCAAACCAACTAG AAACTTACGCTAACTGCACTGACACATTGAAGAAAAGTGTGTGCTGAAAACTCAAGTGCA GAGTATGAAGGAG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9185#0      --------------------------------------------------CCGCCCACGC 10
consensus_9185#2      CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGGCTTCCTCACCCCCTCCCCTCATTATTAATAA 60
consensus_9185#1      ------------------------------------CCGCGGACGCGTGGGTGCCGCTGA 24
consensus_9185#4      -------------------------------------CGCAGTTTTTGGTGTGGTGTTGG 23
consensus_9185#3      ------------------------------GAAACGGTGGCGATTTTGGCCTGCCTTCGC 30
                                                                                  

consensus_9185#0      GTCCGATTTTATTTTTTATAGTTTTAGT--AATTTATAATGAAATAATAATTTTAATTAT 68
consensus_9185#2      AAATAATTTTATTTTTTATAGTTTTGG---GGTTTATAATGAAATAATAATTTTAATTAT 117
consensus_9185#1      AGCTG-TTCGGTCTCCGCAAGAGCTGG---GACTCGAAAGCCATCAACGATCTCACCGAC 80
consensus_9185#4      AAAAGCAGTAGTTTTCACAAAGTGTGGTCGGTTTCCCAGTTCTGGAGGAAAAGAAGTTAA 83
consensus_9185#3      AAACGAAATCGAGCCGGAAAAGTGCATCCGGTCGTGCAGTCCGGGAAGCAGTTGCGTTCG 90
                                         *                 *       *   *          

consensus_9185#0      AGTGTATTAGT-----------------ATTTTAAAAGAATATTGAAATAAT--TTGAAA 109
consensus_9185#2      AGTGTATTAGT-----------------ATTTTAAAAGAATATTGAAATAAT--TTGAAA 158
consensus_9185#1      T-CGTACGG----------------------TCAGGAATGGACCTACCGCGA--TCGCAA 115
consensus_9185#4      TTTGGCTGAAG-----------------GCAGCAGTGCAAGAGAGAGAGAGA----GAGA 122
consensus_9185#3      CGTGTGCGTGTTGTTTGCGGAGCTTCACGCCCCGAAGCTGTGCAGAAAACATATCCGCCG 150
                         *                                         *          *   

consensus_9185#0      AATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTT-ATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAA 168
consensus_9185#2      AATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTT-ATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAA 217
consensus_9185#1      GACCCTCGAGTTC-------ACCTGCCAC-ACCGCGTTCTTCGTGTCGATCGTCGTCGTA 167
consensus_9185#4      GAGAGAAAAGCGATACGAGAAACACCAAT-AATGGCCCATGTACGTAGTGAAACGT--GA 179
consensus_9185#3      ATCCGCCGAGGCCCAGCTAGAGCGACGACGACCGCGTCATCTTAATGGCCGATTGAGGAA 210
                              *           *         *  *     *     *             *

consensus_9185#0      TAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATT-TAATTATATATAAAAGTT 227
consensus_9185#2      TAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATT-TAATTATATATAAAAGTT 276
consensus_9185#1      CAGTGGGCCGATTTGATCATCTGTAA-GACTCGCCGTAACT-CGATTTTCCACCAGGGCA 225
consensus_9185#4      CCACAAGCAAACAAAATTATAAAAATATAACAAGTAAAGGT-TAAGGNAACAAGAATACT 238
consensus_9185#3      CCGTGCGCGTATTCCCGTGTGTGTTGACAGCAGCGCCTCTTGCCGTGGTGTACGTGAATG 270
                                         *        *           *          *        

consensus_9185#0      ATTG----TGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAA-TGTTAATCGTTTTA 282
consensus_9185#2      ATTG----TGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAA-TGTTAATCGTTTTA 331
consensus_9185#1      TGAGAAACTGGGCCCTCAACTTTGGTCTCGTGTTCGAAACGGTAC-TGGCTGCCATCCTG 284
consensus_9185#4      ACGA------GTACCTCAACTTGGACCCTGTGTGT-----CTCCT-TGCCACGAAATGCA 286
consensus_9185#3      CGTGCTCCTGGTACCAGCTTTCGCCACCCGTCTGTACCCGTCTGTGTGTCCGGCAGGCAG 330
                                *         *        **               **            

consensus_9185#0      AAATATATCTAGTTTTTTAA-GAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTA 341
consensus_9185#2      AAATATATCTAGTTTTTTAA-GAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTA 390
consensus_9185#1      TCCTACACGCCGGGCATGGA-CAAGGGTCTGCGCATGTACCCACTGAAATTCGTTTGGTG 343
consensus_9185#4      CGAAACACGCAATATCGTGG-CAATTGCAGCAAAGTTCG------GATGTGAATCTGGCA 339
consensus_9185#3      TCACGCACGCACGGCCACGGTCGAACCACGGTACATCCAGCGACTGCTGCTCGTCCCGT- 389
                            *                *           *                 *      

consensus_9185#0      ATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATA-TTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAA 400
consensus_9185#2      ATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATA-TTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAA 449
consensus_9185#1      GCTACCAGCTTTACCGTTCAGCTTGTCCATCT-TCGTGTATGACGAAATTCGTCGC---- 398
consensus_9185#4      TTCGGTTACTTAGACCTCC--CCAGAACAGCG-TTTTTGAGTGTGTGTGTGTTCATGGAA 396
consensus_9185#3      CTCCGCACTGTGGTCGACCGACTCCAGTATCGGTGTCGTGGGGCGAGGATGATTCTC-AG 448
                                *                 *    *          *    *          

consensus_9185#0      TTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATA-GCTATTA--TTAAT 457
consensus_9185#2      TTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATA-GCTATTA--TTAAT 506
consensus_9185#1      TTCTACTTGAGACGCAATCCAGGCGGCTGGCTAGAGCAAGAAACGTACTATTAGGTCAAC 458
consensus_9185#4      ATTTCTGC---TTGCAATCAAACACAAAATGTTGCGCTTTGAGTTTGTGGCATGTTCGCG 453
consensus_9185#3      TTGCGCGACGCAAGTAAG-ATGAAAATTGTGCAAAAGTGAACGTGAACGTCGCCGTGGAG 507
                       *             **                                      *    

consensus_9185#0      AAATTTGTTATAATTTATTTTTTATA--AAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTAT 515
consensus_9185#2      AAATTTGTTATAATTTATTTTTTATA--AAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTAT 564
consensus_9185#1      AAATTTATATTTAAAAAGATTA-ATT--AAAACAAAACCAACAAAAACCAACTCCCCCGC 515
consensus_9185#4      AGCTCTAAAGTAAAGCAAACCAACTA--GAAACTTACGCTAACTGCACTGACACATTGAA 511
consensus_9185#3      GGGTGCAGCAAAGGGAGTAGCAGCGAGCAGGAATCGTCTTACAGGCTGCGCTGAGCTCGG 567
                         *                           *        *                   

consensus_9185#0      TAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATAT--AAAT 573
consensus_9185#2      TAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATAT--AAAT 622
consensus_9185#1      CCCCTGCACACACACACACACAAACACACAGACACGTACACAATACACGCACACGGAAAC 575
consensus_9185#4      GAAAAGTGTGTGC-TGAAAACTCAAGTGCAGAGTATGAAGGAG----------------- 553
consensus_9185#3      ATGATGATGATGGGTGTAAATTAAAAGCTCGAAACAAGTGCAGTCAAGCTAT-------- 619
                                         *   *      *          *                  

consensus_9185#0      TTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGGTTTTAATGAAGAATTCGGCAAATTAAATATATT 633
consensus_9185#2      TTATATAAAGTAATTAATTTGATAGGG--------------------------------- 649
consensus_9185#1      ACATGCATACTCTATACATAAACAACCATACACACACATACGCATTATGTGGAATCCCAG 635
consensus_9185#4      ------------------------------------------------------------
consensus_9185#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9185#0      CACCTGGTTTAACAAAAACATGTCTTTTTGTATTTTATTTAAAGTGCCCAAGCCCCGGGC 693
consensus_9185#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9185#1      AAACACAAACCACACACACACACACACACACAATAACACTCCACGAACCACCTG------ 689
consensus_9185#4      ------------------------------------------------------------
consensus_9185#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9185#0      CCCCCCGGGAGGTTTTTTAAAGGGGCCCCCCCGGGGAATTTTGGAACCGGGGGCGCAAAG 753
consensus_9185#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9185#1      ------------------------------------------------------------
consensus_9185#4      ------------------------------------------------------------
consensus_9185#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9185#0      GGGAACCCCTT 764
consensus_9185#2      -----------
consensus_9185#1      -----------
consensus_9185#4      -----------
consensus_9185#3      -----------
                                 




Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)