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consensusID : consensus_1681#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 612 fasta sequence
[TTTGTAACTCGTGGTATTCGTGAAACTTTAGAACGTCGTGTATGTCGTACAAATGTTTATTATCAAACATCTCAAGATCCAAATTCAAAAAATGAGGTTAAAACAAGTTTGATATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGGTAAATTGCGTCGTTTTGTTTATCTTTCATATTTATGATTTTTGCATTTAATATTTTTAAAATTTAATTTATATCTTTAAAGATAAAAATGTAAAAGTTTTTAAAATTTTGTGTATATTCTACATCGTAATATATTTTATTATTTCTAAATTTTTTCAATTATTCATTGTTTTTATTTTATTTTTTTTTCAATTCTTTAATTCATATTATAATTCGGTTTGTATTATATATATAATTATAGATATTTATTAAAATTATATAAATTTTTTAGACTTTAATCGTAAAACTTTTTAATATATTACTTATAATAATAGCAATAATAATACTAATTTTATTTTTTTAATAATTTTAATAAAT]
[+] EMBL BI506169 [TTTGTAACTCGTGGTATTCGTGAAACTTTAGAACGTCGTGTATGTCGTACAAATGTTTATTATCAAACATCTCAAGATCCAAATTCAAAAAATGAGGTTAAAACAAGTTTGATATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGGTAAATTGCGTCGTTTTGTTTATCTTTCATATTTATGATTTTTGCATTTAATATTTTTAAAATTTAATTTATATCTTTAAAGATAAAAATGTAAAAGTTTTTAAAATTTTGTGTATATTCTACATCGTAATATATTTTATTATTTCTAAATTTTTTCAATTATTCATTGTTTTTATTTTATTTTTTTTTCAATTCTTTAATTCATATTATAATTCGGTTTGTATTATATATATAATTATAGATATTTATTAAAATTATATAAATTTTTTAGACTTTAATCGTAAAACTTTTTAATATATTACTTATAATAATAGCAATAATAATACTAATTTTATTTTTTTAATAATTTTAATAAAT]
consensusID : consensus_1681#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 581 fasta sequence
[AGGTTAAAACAAGTTTGAGATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGACAAGTGTATTAGCTGTTGGATGGGTAGTGTGTCAAACCTTATGTCTTCATAGGAGACTATTTGAAAAAGAGAAAACTGATTCTTTAAAAAATAAACTATTACAAGTGCCAGAAACATATAATTCTTACTTATTTGATCAAGTATTAAATTTAAAACCACATGTTCTACCTCTTATTAATTGTATTGGCAATAGTAAAATATATGCTCAAGAAAATAATGAAGAAGAATGGAAAGCTGATAAGCCATTTGGACCAATCACTAATGAAGAGGCTCTAAAAGAAGCCACTGAAGAATTTGCTAATACCCATAATTTTACTGTGGCTGAATTTGAACTTCATTATGGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGAGACGTTATAAGGATGCTATAAGACATTTTACTGCTGGTGCAAATTTATCATCTGCT]
[+] EMBL BI505412 [AGGTTAAAACAAGTTTGAGATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGACAAGTGTATTAGCTGTTGGATGGGTAGTGTGTCAAACCTTATGTCTTCATAGGAGACTATTTGAAAAAGAGAAAACTGATTCTTTAAAAAATAAACTATTACAAGTGCCAGAAACATATAATTCTTACTTATTTGATCAAGTATTAAATTTAAAACCACATGTTCTACCTCTTATTAATTGTATTGGCAATAGTAAAATATATGCTCAAGAAAATAATGAAGAAGAATGGAAAGCTGATAAGCCATTTGGACCAATCACTAATGAAGAGGCTCTAAAAGAAGCCACTGAAGAATTTGCTAATACCCATAATTTTACTGTGGCTGAATTTGAACTTCATTATGGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGAGACGTTATAAGGATGCTATAAGACATTTTACTGCTGGTGCAAATTTATCATCTGCT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_1681#0 TTTGTAACTCGTGGTATTCGTGAAACTTTAGAACGTCGTGTATGTCGTACAAATGTTTAT 60
consensus_1681#1 ------------------------------------------------------------
consensus_1681#0 TATCAAACATCTCAAGATCCAAATTCAAAAAATGAGGTTAAAACAAGTTTGATATGTAAT 120
consensus_1681#1 ----------------------------------AGGTTAAAACAAGTTTGAGATGTAAT 26
****************** *******
consensus_1681#0 CATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAA 180
consensus_1681#1 CATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAA 86
************************************************************
consensus_1681#0 ACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCA 240
consensus_1681#1 ACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCA 146
************************************************************
consensus_1681#0 GAAGCCATAGGATGGGTAAAT---TGCGTCGTT---TTGTTTATCTTTCATATTTATGAT 294
consensus_1681#1 GAAGCCATAGGATGGACAAGTGTATTAGCTGTTGGATGGGTAGTGTGTCAAACCTTATGT 206
*************** ** * * * *** * * * * * *** * * *
consensus_1681#0 TTTTGCATTTAATATTTTTAAAATTT--AATTTATATCTTTAAAGATAAAAATGTAAAAG 352
consensus_1681#1 CTTCATAGGAGACTATTTGAAAAAGAGAAAACTGATTCTTTAAAAAATAAACTATTACAA 266
** * * *** **** ** * ******** * *** * * * *
consensus_1681#0 TTTTTAAAATTTTGTGTATATTCTACATCGTAATATATTTTATTATTTCTAA--ATTTTT 410
consensus_1681#1 GTGCCAGAAACATATAATTCTTACTTATTTGATCAAGTATTAA-ATTTAAAACCACATGT 325
* * ** * * * ** ** * * * *** **** ** * * *
consensus_1681#0 TCAATTATTCATTGTTTTTATTTTATTTTTTTTTCAATTCTTTAATTCATATTATAATTC 470
consensus_1681#1 TCTACCTCTTATTAATTGTATTGGCAATAGTAAAATATATGCTCAAGAAAATAATGAAGA 385
** * * *** ** **** * * ** * * * ** ** *
consensus_1681#0 GGTTTGTATTATATATATAATTATAGATATTTATTAAAATTATATAAATTTTTTAGACTT 530
consensus_1681#1 AGAATGGAAAGCTGATA-AGCCATTTGGACCAATCACTAATGAAGAGGCTCTAAAAGAAG 444
* ** * *** * ** * ** * * * * * * * *
consensus_1681#0 TAATCGTAAAACTTTTTAATATATTACTTATAATAATAGCAATAAT-AATACTAATTTTA 589
consensus_1681#1 CCACTGAAGAATTTGCTAA-----TACCCATAATTTTACTGTGGCTGAATTTGAACTTCA 499
* * * ** ** *** *** ***** ** * *** ** ** *
consensus_1681#0 TTTT--TTTAATAATTTTAATAAAT----------------------------------- 612
consensus_1681#1 TTATGGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGAGACGTTATAAGGATGCTATAAGACATTTTACTGC 559
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consensus_1681#0 ----------------------
consensus_1681#1 TGGTGCAAATTTATCATCTGCT 581
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| Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |