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Apis mellifera
cluster # 1681 cluster # 1681       Sequences # 2       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1681#0 length = 612 sequences # 1  
consensus_1681#1 length = 581 sequences # 1  

consensusID : consensus_1681#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 612
fasta sequence
                              [TTTGTAACTCGTGGTATTCGTGAAACTTTAGAACGTCGTGTATGTCGTACAAATGTTTATTATCAAACATCTCAAGATCCAAATTCAAAAAATGAGGTTAAAACAAGTTTGATATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGGTAAATTGCGTCGTTTTGTTTATCTTTCATATTTATGATTTTTGCATTTAATATTTTTAAAATTTAATTTATATCTTTAAAGATAAAAATGTAAAAGTTTTTAAAATTTTGTGTATATTCTACATCGTAATATATTTTATTATTTCTAAATTTTTTCAATTATTCATTGTTTTTATTTTATTTTTTTTTCAATTCTTTAATTCATATTATAATTCGGTTTGTATTATATATATAATTATAGATATTTATTAAAATTATATAAATTTTTTAGACTTTAATCGTAAAACTTTTTAATATATTACTTATAATAATAGCAATAATAATACTAATTTTATTTTTTTAATAATTTTAATAAAT]

[+] EMBL BI506169             [TTTGTAACTCGTGGTATTCGTGAAACTTTAGAACGTCGTGTATGTCGTACAAATGTTTATTATCAAACATCTCAAGATCCAAATTCAAAAAATGAGGTTAAAACAAGTTTGATATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGGTAAATTGCGTCGTTTTGTTTATCTTTCATATTTATGATTTTTGCATTTAATATTTTTAAAATTTAATTTATATCTTTAAAGATAAAAATGTAAAAGTTTTTAAAATTTTGTGTATATTCTACATCGTAATATATTTTATTATTTCTAAATTTTTTCAATTATTCATTGTTTTTATTTTATTTTTTTTTCAATTCTTTAATTCATATTATAATTCGGTTTGTATTATATATATAATTATAGATATTTATTAAAATTATATAAATTTTTTAGACTTTAATCGTAAAACTTTTTAATATATTACTTATAATAATAGCAATAATAATACTAATTTTATTTTTTTAATAATTTTAATAAAT]


>consensus_1681#0 TTTGTAACTCGTGGTATTCGTGAAACTTTAGAACGTCGTGTATGTCGTACAAATGTTTAT TATCAAACATCTCAAGATCCAAATTCAAAAAATGAGGTTAAAACAAGTTTGATATGTAAT CATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAA ACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCA GAAGCCATAGGATGGGTAAATTGCGTCGTTTTGTTTATCTTTCATATTTATGATTTTTGC ATTTAATATTTTTAAAATTTAATTTATATCTTTAAAGATAAAAATGTAAAAGTTTTTAAA ATTTTGTGTATATTCTACATCGTAATATATTTTATTATTTCTAAATTTTTTCAATTATTC ATTGTTTTTATTTTATTTTTTTTTCAATTCTTTAATTCATATTATAATTCGGTTTGTATT ATATATATAATTATAGATATTTATTAAAATTATATAAATTTTTTAGACTTTAATCGTAAA ACTTTTTAATATATTACTTATAATAATAGCAATAATAATACTAATTTTATTTTTTTAATA ATTTTAATAAAT



consensusID : consensus_1681#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 581
fasta sequence
                              [AGGTTAAAACAAGTTTGAGATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGACAAGTGTATTAGCTGTTGGATGGGTAGTGTGTCAAACCTTATGTCTTCATAGGAGACTATTTGAAAAAGAGAAAACTGATTCTTTAAAAAATAAACTATTACAAGTGCCAGAAACATATAATTCTTACTTATTTGATCAAGTATTAAATTTAAAACCACATGTTCTACCTCTTATTAATTGTATTGGCAATAGTAAAATATATGCTCAAGAAAATAATGAAGAAGAATGGAAAGCTGATAAGCCATTTGGACCAATCACTAATGAAGAGGCTCTAAAAGAAGCCACTGAAGAATTTGCTAATACCCATAATTTTACTGTGGCTGAATTTGAACTTCATTATGGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGAGACGTTATAAGGATGCTATAAGACATTTTACTGCTGGTGCAAATTTATCATCTGCT]

[+] EMBL BI505412             [AGGTTAAAACAAGTTTGAGATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGACAAGTGTATTAGCTGTTGGATGGGTAGTGTGTCAAACCTTATGTCTTCATAGGAGACTATTTGAAAAAGAGAAAACTGATTCTTTAAAAAATAAACTATTACAAGTGCCAGAAACATATAATTCTTACTTATTTGATCAAGTATTAAATTTAAAACCACATGTTCTACCTCTTATTAATTGTATTGGCAATAGTAAAATATATGCTCAAGAAAATAATGAAGAAGAATGGAAAGCTGATAAGCCATTTGGACCAATCACTAATGAAGAGGCTCTAAAAGAAGCCACTGAAGAATTTGCTAATACCCATAATTTTACTGTGGCTGAATTTGAACTTCATTATGGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGAGACGTTATAAGGATGCTATAAGACATTTTACTGCTGGTGCAAATTTATCATCTGCT]


>consensus_1681#1 AGGTTAAAACAAGTTTGAGATGTAATCATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTA ATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAAACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCA AGTGGAATACAAAATATACTTGGTCAGAAGCCATAGGATGGACAAGTGTATTAGCTGTTG GATGGGTAGTGTGTCAAACCTTATGTCTTCATAGGAGACTATTTGAAAAAGAGAAAACTG ATTCTTTAAAAAATAAACTATTACAAGTGCCAGAAACATATAATTCTTACTTATTTGATC AAGTATTAAATTTAAAACCACATGTTCTACCTCTTATTAATTGTATTGGCAATAGTAAAA TATATGCTCAAGAAAATAATGAAGAAGAATGGAAAGCTGATAAGCCATTTGGACCAATCA CTAATGAAGAGGCTCTAAAAGAAGCCACTGAAGAATTTGCTAATACCCATAATTTTACTG TGGCTGAATTTGAACTTCATTATGGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGAGACGTTATAAGGATG CTATAAGACATTTTACTGCTGGTGCAAATTTATCATCTGCT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1681#0      TTTGTAACTCGTGGTATTCGTGAAACTTTAGAACGTCGTGTATGTCGTACAAATGTTTAT 60
consensus_1681#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1681#0      TATCAAACATCTCAAGATCCAAATTCAAAAAATGAGGTTAAAACAAGTTTGATATGTAAT 120
consensus_1681#1      ----------------------------------AGGTTAAAACAAGTTTGAGATGTAAT 26
                                                        ****************** *******

consensus_1681#0      CATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAA 180
consensus_1681#1      CATAAATTTTTACCACCAACTTTTTCCATCTTTAATAAAGAATTTTGTGGCTCAACAAAA 86
                      ************************************************************

consensus_1681#0      ACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCA 240
consensus_1681#1      ACTAGTGGTACAAAGGATAAAGATCATGATTCCAAGTGGAATACAAAATATACTTGGTCA 146
                      ************************************************************

consensus_1681#0      GAAGCCATAGGATGGGTAAAT---TGCGTCGTT---TTGTTTATCTTTCATATTTATGAT 294
consensus_1681#1      GAAGCCATAGGATGGACAAGTGTATTAGCTGTTGGATGGGTAGTGTGTCAAACCTTATGT 206
                      ***************  ** *   *  *  ***   * * *  * * *** *  *    *

consensus_1681#0      TTTTGCATTTAATATTTTTAAAATTT--AATTTATATCTTTAAAGATAAAAATGTAAAAG 352
consensus_1681#1      CTTCATAGGAGACTATTTGAAAAAGAGAAAACTGATTCTTTAAAAAATAAACTATTACAA 266
                       **   *    *   *** ****     **  *   ******** *  *** * * * * 

consensus_1681#0      TTTTTAAAATTTTGTGTATATTCTACATCGTAATATATTTTATTATTTCTAA--ATTTTT 410
consensus_1681#1      GTGCCAGAAACATATAATTCTTACTTATTTGATCAAGTATTAA-ATTTAAAACCACATGT 325
                       *   * **   * *   * **    **   *  *  * ***  ****  **  *  * *

consensus_1681#0      TCAATTATTCATTGTTTTTATTTTATTTTTTTTTCAATTCTTTAATTCATATTATAATTC 470
consensus_1681#1      TCTACCTCTTATTAATTGTATTGGCAATAGTAAAATATATGCTCAAGAAAATAATGAAGA 385
                      ** *    * ***  ** ****     *  *     **    * *   * ** ** *   

consensus_1681#0      GGTTTGTATTATATATATAATTATAGATATTTATTAAAATTATATAAATTTTTTAGACTT 530
consensus_1681#1      AGAATGGAAAGCTGATA-AGCCATTTGGACCAATCACTAATGAAGAGGCTCTAAAAGAAG 444
                       *  ** *      *** *   **    *   ** *  * *  * *   * *  *     

consensus_1681#0      TAATCGTAAAACTTTTTAATATATTACTTATAATAATAGCAATAAT-AATACTAATTTTA 589
consensus_1681#1      CCACTGAAGAATTTGCTAA-----TACCCATAATTTTACTGTGGCTGAATTTGAACTTCA 499
                        *  * * ** **  ***     ***  *****  **       * ***   ** ** *

consensus_1681#0      TTTT--TTTAATAATTTTAATAAAT----------------------------------- 612
consensus_1681#1      TTATGGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGAGACGTTATAAGGATGCTATAAGACATTTTACTGC 559
                      ** *  ***** *  ****  * *                                    

consensus_1681#0      ----------------------
consensus_1681#1      TGGTGCAAATTTATCATCTGCT 581
                                            




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