cluster # 198

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Apis mellifera
cluster # 198 cluster # 198 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_198#0 length = 566 sequences # 2

consensus_198#1 length = 564 sequences # 3
consensus_198#2 length = 476 sequences # 1

consensusID : consensus_198#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 566
fasta sequence

                              [GTTGTAGAAATTATTTTTAGTTTATTTTTTATATTAAATCTTCTTAATAATCATGAAATTATTTTCGATCTATAACTGGTTCTATAGTTTGTCCACCACAAATTTGACCCCAACCAATTAAACGCCAATGTTTTTCAACACGACGTGATAATGCAATTTTTTCGTCAATTTCTGTACATACAGGATTCGTTAAACTAATTTTAGCTAAATCAGCACGCGTAGCTAATACACGACCTCCAGTACTTAATGATCCAATATTTACTAGTAGGACCTCATTTCTCGATAATTTTGGTACCCTTGCTCCTTTCTTATCACCCTCAGTTCTGACTCCTAACAATCGTTTAAGAAGATAATATGATATTTCAAGTTCAATAAAAATTTTAGGTAGAGCTCCTACAGCTCCTAAAATTTGACCCACTAAACGATCAGCTCGACATAATGTTGGTTCAATTTTTGTTCCGACACCAATAAGACCTCCAGGAACAGCAAATTGAAGTTCATTTTGTTCAGCAAATAATGACACTATCCGTGAAAAAATGGGTCGACAAGTCAATTTTCCTTCACTA]

[+] EMBL BI515517             [GTTGTAGAAATTATTTTTAGTTTATTTTTTATATTAAATCTTCTTAATAATCATGAAATTATTTTCGATCTATAACTGGTTCTATAGTTTGTCCACCACAAATTTGACCCCAACCAATTAAACGCCAATGTTTTTCAACACGACGTGATAATGCAATTTTTTCGTCAATTTCTGTACATACAGGATTCGTTAAACTAATTTTAGCTAAATCAGCACGCGTAGCTAATACACGACCTCCAGTACTTAATGATCCAATATTTACTAGTAGGACCTCATTTCTCGATAATTTTGGTACCCTTGCTCCTTTCTTATCACCCTCAGTTCTGACTCCTAACAATCGTTTAAGAAGATAATATGATATTTCAAGTTCAATAAAAATTTTAGGTAGAGCTCCTACAGCTCCTAAAATTTGACCCACTAAACGATCAGCTCGACATAATGTTGGTTCAATTTTTGTTCCGACACCAATAAGACCTCCAGGAACAGCAAATTGAAGTTCATTTTGTTCAGCAAATAATGACACTATCCGTGAAAAAATGGGTCGACAAGTCAATTTTCCTTCACTA]
[+] EMBL BI513666             [                  AGTTTATTTTTTATATTAAATCTTCTTAATAATCATGAAATTATTTTCGATCTATAACTGGTTCTATAGTTTGTCCACCACAAATTTGACCCCAACCAATTAAACGCCAATGTTTTTCAACACGACGTGATAATGCAATTTTTTCGTCAATTTCTGTACATACAGGATTCGTTAAACTAATTTTAGCTAAATCAGCACGCGTAGCTAATACACGACCTCCAGTACTTAATGATCCAATATTTACTAGTAGGACCTCATTTCTCGATAATTTTGGTACCCTTGCTCCTTTCTTATCACCCTCAGTTCTGACTCCTAACAATCGTTTAAGAAGATAATATGATATTTCAAGTTCAATAAAAATTTTAGGTAGAGCTCCTACAGCTCCTAAAATTTGACCCACTAAACGATCAGCTCGACATAATGTTGGTTCAATTTTTGTTCCGACACCAATAAGACCTCCAGGAACAGCAAATTGAAGTTCATTTTGTTCAGCAAATAATGACACTATCCGTGAAAAAATGGGTCGACAAGTCAATTTTCCTTCA   ]




>consensus_198#0
GTTGTAGAAATTATTTTTAGTTTATTTTTTATATTAAATCTTCTTAATAATCATGAAATT
ATTTTCGATCTATAACTGGTTCTATAGTTTGTCCACCACAAATTTGACCCCAACCAATTA
AACGCCAATGTTTTTCAACACGACGTGATAATGCAATTTTTTCGTCAATTTCTGTACATA
CAGGATTCGTTAAACTAATTTTAGCTAAATCAGCACGCGTAGCTAATACACGACCTCCAG
TACTTAATGATCCAATATTTACTAGTAGGACCTCATTTCTCGATAATTTTGGTACCCTTG
CTCCTTTCTTATCACCCTCAGTTCTGACTCCTAACAATCGTTTAAGAAGATAATATGATA
TTTCAAGTTCAATAAAAATTTTAGGTAGAGCTCCTACAGCTCCTAAAATTTGACCCACTA
AACGATCAGCTCGACATAATGTTGGTTCAATTTTTGTTCCGACACCAATAAGACCTCCAG
GAACAGCAAATTGAAGTTCATTTTGTTCAGCAAATAATGACACTATCCGTGAAAAAATGG
GTCGACAAGTCAATTTTCCTTCACTA

consensusID : consensus_198#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 564
fasta sequence

                              [GATTTAGTGATTATGGGTGGTGAGGAAGGTTTAGGAGTGACTACGGGTCAACCAAATCTTTATAAACAAGATCTTTCAAAGCTTGATGTTAGTAAATTGACTGCATTATCCCGTGAAGTTATCAGCAGACAAGCAACAATTAATATTGGTACTATTGGCCATGTAGCACATGGAAAATCTACAATTGTAAAAGCTATATCAGGAGTACAGACTGTTCGTTTTAAAAATGAATTAGAAAGGAATATTACCATTAAACTTGGATATGCAAATGCAAAAATTTATAAATGTGATAATGAGAAATGTCCAAGACCAGGATGTTATATATCTGGAGGATCAAGCAAAGATGATTCATTTCCTTGTTTACGACCAGTTTGCTCTGGACGATTTCAACTTGTACGTCATGTATCCTTTGTTGATTGTCCAGGTCATGATATTCTTATGGCAACTATGTTGAATGGAGCAGCTGTCATGGATGCGGCATTACTTTTAATTGCTGGCAATGAATCATGTCCTCAGCCTCAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATGAAACTAAAA]

[+] EMBL BI511038             [GATTTAGTGATTATGGGTGGTGAGGAAGGTTTAGGAGTGACTACGGGTCAACCAAATCTTTATAAACAAGATCTTTCAAAGCTTGATGTTAGTAAATTGACTGCATTATCCCGTGAAGTTATCAGCAGACAAGCAACAATTAATATTGGTACTATTGGCCATGTAGCACATGGAAAATCTACAATTGTAAAAGCTATATCAGGAGTACAGACTGTTCGTTTTAAAAATGAATTAGAAAGGAATATTACCATTAAACTTGGATATGCAAATGCAAAAATTTATAAATGTGATAATGAGAAATGTCCAAGACCAGGATGTTATATATCTGGAGGATCAAGCAAAGATGATTCATTTCCTTGTTTACGACCAGTTTGCTCTGGACGATTTCAACTTGTACGTCATGTATCCTTTGTTGATTGTCCAGGTCATGATATTCTTATGGCAACTATGTTGAATGGAGCAGCTGTCATGGATGCGGCATTACTTTTAATTGCTGGCAATGAATCATGTCCTCAGCCTCAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATGAAACTAAAA]
[+] EMBL BI515858             [       TGATTATGGGTGGTGAGGAAGGTTTAGGAGTGACTACGGGTCAACCAAATCTTTATAAACAAGATCTTTCAAAGCTTGATGTTAGTAAATTGACTGCATTATCCCGTGAAGTTATCAGCAGACAAGCAACAATTAATATTGGTACTATTGGCCATGTAGCACATGGAAAATCTACAATTGTAAAAGCTATATCAGGAGTACAGACTGTTCGTTTTAAAAATGAATTAGAAAGGAATATTACCATTAAACTTGGATATGCAAATGCAAAAATTTATAAATGTGATAATGAGAAATGTCCAAGACCAGGATGTTATATATCTGGAGGATCAAGCAAAGATGATTCATTTCCTTG TTACGACCAGTTTGCTCTGGACGATTTCAACTTGTACGTCATGTATCCTTTGTTGATTGTCCAGGTCATGATATTCTTATGGCAACTATGTTGAATGGAGCAGCTGTCATGGATGCGGCATTACTTTTAATTGCTGGCAATGAATCATGTCCTCAGCCTCAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATG         ]
[+] EMBL BI512080             [                      AGGAAGGTTTAGGAGTGACTACGGGTCAACCAAATCTTTATAAACAAGATCTTTCAAAGCTTGATGTTAGTAAATTGACTGCATTATCCCGTGAAGTTATCAGCAGACAAGCAACAATTAATATTGGTACTATTGGCCATGTAGCACATGGAAAATCTACAATTGTAAAAGCTATATCAGGAGTACAGACTGTTCGTTTTAAAAATGAATTAGAAAGGAATATTACCATTAAACTTGGATATGCAAATGCAAAAATTTATAAATGTGATAATGAGAAATGTCCAAGACCAGGATGTTATATATCTGGAGGATCAAGCAAAGATGATTCATTTCCTTGTTTACGACCAGTTTGCTCTGGACGATTTCAACTTGTACGTCATGTATCCTTTGTTGATTGTCCAGGTCATGATATTCTTATGGCAACTATGTTGAATGGAGCAGCTGTCATGGATGCGGCATTACTTT                                                                             ]




>consensus_198#1
GATTTAGTGATTATGGGTGGTGAGGAAGGTTTAGGAGTGACTACGGGTCAACCAAATCTT
TATAAACAAGATCTTTCAAAGCTTGATGTTAGTAAATTGACTGCATTATCCCGTGAAGTT
ATCAGCAGACAAGCAACAATTAATATTGGTACTATTGGCCATGTAGCACATGGAAAATCT
ACAATTGTAAAAGCTATATCAGGAGTACAGACTGTTCGTTTTAAAAATGAATTAGAAAGG
AATATTACCATTAAACTTGGATATGCAAATGCAAAAATTTATAAATGTGATAATGAGAAA
TGTCCAAGACCAGGATGTTATATATCTGGAGGATCAAGCAAAGATGATTCATTTCCTTGT
TTACGACCAGTTTGCTCTGGACGATTTCAACTTGTACGTCATGTATCCTTTGTTGATTGT
CCAGGTCATGATATTCTTATGGCAACTATGTTGAATGGAGCAGCTGTCATGGATGCGGCA
TTACTTTTAATTGCTGGCAATGAATCATGTCCTCAGCCTCAAACATCAGAACATTTGGCT
GCTATTGAAATTATGAAACTAAAA

consensusID : consensus_198#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 476
fasta sequence

                              [TCCTCAGCCTCAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATGAAACTAAAACATATTGTAATTTTACAAAATAAAATAGATTTAGTAAAGGAAGCTCAAGCAAAAGAGCAATATGAACAAATTTTAAAATTTGTACAAGGTACAGTAGCTGAAGGAGCACCTGTAATACCAATTTCCGCACAACTTAAATATAATATTGAAGTCTTATGTGAATATATTACAAAGAAAATTCCAGTACCTTTAAGAGATTTCACTTCAGAACCGAGATTAATTGTAATTCGATCATTTGACGTAAATAAGCCTGGTTGTGAAGTAGATGATTTGAAAGGTGGTGTTGCTGGAGGAAGTATTTTAAGAGGAGTATTAAAAGTGGGTATGNNNNTTGAAGTCCGCCCTGGATTAGTATCGAAAGATAGTGAAGGAAAATTGACTTGTCGACCCATTTTTTTCACGGATAGTGTCATTATTTGCT]

[+] EMBL BI504430             [TCCTCAGCCTCAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATGAAACTAAAACATATTGTAATTTTACAAAATAAAATAGATTTAGTAAAGGAAGCTCAAGCAAAAGAGCAATATGAACAAATTTTAAAATTTGTACAAGGTACAGTAGCTGAAGGAGCACCTGTAATACCAATTTCCGCACAACTTAAATATAATATTGAAGTCTTATGTGAATATATTACAAAGAAAATTCCAGTACCTTTAAGAGATTTCACTTCAGAACCGAGATTAATTGTAATTCGATCATTTGACGTAAATAAGCCTGGTTGTGAAGTAGATGATTTGAAAGGTGGTGTTGCTGGAGGAAGTATTTTAAGAGGAGTATTAAAAGTGGGTATGNNNNTTGAAGTCCGCCCTGGATTAGTATCGAAAGATAGTGAAGGAAAATTGACTTGTCGACCCATTTTTTTCACGGATAGTGTCATTATTTGCT]




>consensus_198#2
TCCTCAGCCTCAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATGAAACTAAAACATAT
TGTAATTTTACAAAATAAAATAGATTTAGTAAAGGAAGCTCAAGCAAAAGAGCAATATGA
ACAAATTTTAAAATTTGTACAAGGTACAGTAGCTGAAGGAGCACCTGTAATACCAATTTC
CGCACAACTTAAATATAATATTGAAGTCTTATGTGAATATATTACAAAGAAAATTCCAGT
ACCTTTAAGAGATTTCACTTCAGAACCGAGATTAATTGTAATTCGATCATTTGACGTAAA
TAAGCCTGGTTGTGAAGTAGATGATTTGAAAGGTGGTGTTGCTGGAGGAAGTATTTTAAG
AGGAGTATTAAAAGTGGGTATGNNNNTTGAAGTCCGCCCTGGATTAGTATCGAAAGATAG
TGAAGGAAAATTGACTTGTCGACCCATTTTTTTCACGGATAGTGTCATTATTTGCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_198#1      GATTTAGTGATTATGGGTGGTGAGGAAGGTTTAGGAGTGACTACGGGTCAACCAAATCTT 60
consensus_198#2      --------------------------------------------------TCCTCAGCCT 10
consensus_198#0      ---------GTTGTAGAAATTATTTTTAGTTTATTTTTTATATTAAATCTTCTTAATAAT 51
                                                                        *   *   *

consensus_198#1      TATAAACAAGATCTTTCAAAGCTTGATGTTAGTAAATT--GACTGCATTATCCCGTGAAG 118
consensus_198#2      CAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATGA---AACTAAAACATATTGTAATT 67
consensus_198#0      CATGAA-ATTATTTTCGATCTATAACTGGTTCTATAGTTTGTCCACCACAAATTTGACCC 110
                      *   *    *   *           **    **        *      *          

consensus_198#1      TTATCAGCAGACAAGCAACAATTAATAT-------TGGTACTATTGGCCATGTAGCACAT 171
consensus_198#2      TTACAA---AATAAAATAGATTTAGTAA-------AGGAAGCTCAAGCAAAAGAGCAATA 117
consensus_198#0      CAACCAATTAAACGCCAATGTTTTTCAACACGACGTGATAATGCAATTTTTTCGTCAATT 170
                       *  *    *      *   **   *         *  *               **   

consensus_198#1      G--GAAAATCTACAATT-GTAAAAGCTATATCAGGAGTACAGACTGTTCGTTTTAAAAAT 228
consensus_198#2      T--GAACA-----AATT-TTAAAATTTGTACAAGGTACAGTAGCTG---------AAGGA 160
consensus_198#0      TCTGTACATACAGGATTCGTTAAACTAATTTTAGCTAAATCAGCACGCGTAGCTAATACA 230
                        * * *      ***  * ***    *   **    *    *           *    

consensus_198#1      GAATTAGAAAGGAATATTACCATTAAACTTGGATATGCAAATGCAAAAATTTATAAATGT 288
consensus_198#2      GCACCTGTAATACCAATTTCCGCACAACTTAAATATAATATTGAAGTCTTATGTGAATAT 220
consensus_198#0      CGACCTCCAGTACTTAATGATCCAATATTTACTAGTAGGACCTCATTTCTCGATAATTTT 290
                       *     *      * *        * **     *   *    *    *   * * * *

consensus_198#1      GATAA--TGAGAAATGTCCAAGACCAGGATGTTATATATCTGGAGGATCAAG--CAAAGA 344
consensus_198#2      ATTAC--AAAGAAAATTCCAGTACCTTTAAGAGATTTCACTTCAGAACCGAGATTAATTG 278
consensus_198#0      GGTACCCTTGCTCCTTTCTTATCACCCTCAGTTCTGACTCCTAACAATCGTTTAAGAAGA 350
                       **            **      *     *   *    *   *  * *       *   

consensus_198#1      TGATTCATTTCCTTGTTTACGACCAG---TTTGCTCTGGACGATTTCAACTTGTACGTCA 401
consensus_198#2      TAATTCGATCATTTGACGTAAATAAG---CCTGGTTGTGAAGTAGATGATTTGAAAGGTG 335
consensus_198#0      TAATATGATATTTCAAGTTCAATAAAAATTTTAGGTAGAGCTCCTACAGCTCCTAAAATT 410
                     * **    *   *        *  *      *                  *   *     

consensus_198#1      TGTATCCTTTGTTGATTGTCCAGGTCATGATATTCTTATGGCAACTATGTTGAATGGAGC 461
consensus_198#2      GTGTTGCTGGAGGAAGTATTTTAAGAGGAGTATT--AAAAGTGGGTATGNNNNTTGAAGT 393
consensus_198#0      TGACCCACTAAACGATCAGCTCGA-CATAATGTTGGTTCAATTTTTGTTCCGACACCAAT 469
                                   *               * **           * *         *  

consensus_198#1      AG--CTGTCATGGATGCGGCATTACTTTTAATTGCTGGCAATGAATCATGTCCTCAGCCT 519
consensus_198#2      ----CCGCCCTGGAT----TAGTATCGAAAGATAGTGAAGGAAAATTGACTTGTCGACC- 444
consensus_198#0      AAGACCTCCAGGAACAGCAAATTGAAGTTCATTTTGTTCAGCAAATAATGACACTATCC- 528
                         *   *  * *      * *         *          ***           ** 

consensus_198#1      CAAACATCAGAACATTTGGCTGCTATTGAAATTATGAAACTAAAA 564
consensus_198#2      ----CATT----TTTTTCACGGATAGTGTCATTATTTGCT----- 476
consensus_198#0      -----GTGAAAAAATGGGTCGACAAGTCAATTTTCCTTCACTA-- 566
                           *       *    *    * *    **

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)