These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_215#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1061 fasta sequence [GAGGTAAAAAAGGTGTTAAAAAGAAGATTGTCGATCCTTTTACTCGTAAGGATTGGTATGATGTTAAGGCACCATCTATGTTCACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCAAATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGAAGAAGTAGGCGAAAGTGGTTCAAAAGTCGATAGACCAGAAGGCTATGAACCACCTGTACAGGAATCCGTTTAAGAGAATAATTCTCTTTCAAAATTTGATATAAATAAAAATCACGTTCCAGTGTGAATATTATTTTCTATTTTATTTTTTTTTTTACTTACCTATTTATTGCTTCCCAAAAAAGGAATGTAATAAAATTCAAAATTTGATTTGATTTGAAAATATTTATTATTCAAAAAATAAATTTATTATATTAATTATTCTATTAATTAAAAAAAACTATAAATCAATAAAAAAAGAAGATCCATAGTTTATTTCGTCGCATTAAAATTAAAATTAAATTAAAAACTTTTTAATGCGAAT] [+] EMBL BI511433 [GAGGTAAAAAAGGTGTTAAAAAGAAGATTGTCGATCCTTTTACTCGTAAGGATTGGTATGATGTTAAGGCACCATCTATGTTCACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGNGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTC AAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGT ] [+] EMBL BI514525 [ CACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAG ] [+] EMBL BI515097 [ CAAAACATTGGTCAATAGAACTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAGCAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTGAAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATG ] [+] EMBL BI510903 [ TATGGATTTAACTACAGATAAATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAACTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAAGCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGGTAGATACAATTACAAATGATGTTA ] [+] EMBL BI504421 [ ACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCAAATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGAAGAAGTAGGCGAAAGTGGTTCAAAAGTCGATAGACCAGAAGGCTATGAACCACCTGTACAGGAATCCGTTTAAGAGAATAATTCTCTTTCAAAATTTGATATAAATAAAAATCACGTTCCAGTGTGAATATTATTTTCTATTTTATTTTTTTTTTTACTTACCTATTTATTGCTTCCCAAAAAAGGAATGTAATAAAATTCAAAATTTGATTTGATTTGAAAATATTTATTATTCAAAAAATAAATTTATTATATTAATTATTCTATTAATTAAAAAAAACTATAAATCAATAAAAAAAGAAGATCCATAGTTTATTTCGTCGCATTAAAATTAAAATTAAATTAAAAACTTTTTAATGCGAAT] consensusID : consensus_215#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 226 fasta sequence [GGGGGNNGGGNGTGGNNGAACGGGTGTAGGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCANATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGANGAAGTANGCNAAAGTGGTTCAAAAGT] [+] EMBL BG101608 [GGGGGNNGGGNGTGGNNGAACGGGTGTAGGTCAGTAAGCTTTTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCATGATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCANATTACTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGANGAAGTANGCNAAAGTGGTTCAAAAGT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_215#0 GAGGTAAAAAAGGTGTTAAAAAGAAGATTGTCGATCCTTTTACTCGTAAGGATTGGTATG 60 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 ATGTTAAGGCACCATCTATGTTCACCAACCGTCATGTTGGCAAAACATTGGTCAATAGAA 120 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 CTCAAGGAACAAAAATTGCTTCTGAGGGATTAAAATACAGAGTATTTGAAGTATCCTTAG 180 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 CAGATTTGCAAAATGATGGAGATGCAGAAAGGTCTTTTCGTAAATTTAGGTTGATTGCTG 240 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 AAGATGTACAACATCGTAATGTATTGACAAACTTCCATGGTATGGATTTAACTACAGATA 300 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 AATTAAGATCCATGGTTAAGAAATGGCAAACTCTGATAGAAGCTAATGTTGATGTAAAAA 360 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 CTACTGATGGATATTTGCTCAGAGTTTTCTGCATTGGTTTTACTAACAAAGATCAATTAA 420 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 GCACAAGAAAAACATGTTATGCTCAACATGCACAGGTCAAAAAAATCAGACAAAAAATGG 480 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 TAGATACAATTACAAATGATGTTACAAAAAGTGATTTAAAGGGTGTAG-TCAGTAAGCTT 539 consensus_215#1 -------------------GGGGGNNGGGNGTGGNNGAACGGGTGTAGGTCAGTAAGCTT 41 * *** ** ******** *********** consensus_215#0 TTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCAT 599 consensus_215#1 TTACCAGATGCTACTGCAAAAGACATTGAAAAAGCTTCACAAGGAATTTATCCACTGCAT 101 ************************************************************ consensus_215#0 GATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCAAATTA 659 consensus_215#1 GATGTTTATATTCGCAAGGTTAAAGTATTAAAGAAGCCACGATTCGAATTGAGCANATTA 161 ******************************************************* **** consensus_215#0 CTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGAAGAAGTAGGCGAAAGTGGTTCA 719 consensus_215#1 CTGGAGCTCCACGGTGACGGTGCGGGTAGTAAGAGCGANGAAGTANGCNAAAGTGGTTCA 221 ************************************** ****** ** *********** consensus_215#0 AAAGTCGATAGACCAGAAGGCTATGAACCACCTGTACAGGAATCCGTTTAAGAGAATAAT 779 consensus_215#1 AAAGT------------------------------------------------------- 226 ***** consensus_215#0 TCTCTTTCAAAATTTGATATAAATAAAAATCACGTTCCAGTGTGAATATTATTTTCTATT 839 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 TTATTTTTTTTTTTACTTACCTATTTATTGCTTCCCAAAAAAGGAATGTAATAAAATTCA 899 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 AAATTTGATTTGATTTGAAAATATTTATTATTCAAAAAATAAATTTATTATATTAATTAT 959 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 TCTATTAATTAAAAAAAACTATAAATCAATAAAAAAAGAAGATCCATAGTTTATTTCGTC 1019 consensus_215#1 ------------------------------------------------------------ consensus_215#0 GCATTAAAATTAAAATTAAATTAAAAACTTTTTAATGCGAAT 1061 consensus_215#1 ------------------------------------------ |
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |