cluster # 2536

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Apis mellifera
cluster # 2536 cluster # 2536 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2536#0 length = 585 sequences # 1

consensus_2536#1 length = 512 sequences # 1

consensusID : consensus_2536#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 585
fasta sequence

                              [ATATATATATATTTATATATATATATAAACGATATTGGAAAAGATTCATCTTTCCTGCCACATGTTGATTTCTCTGCCCTATTTATAATTGTACATTTAAGTACTTATATATTAATTAACGTATTCGCAAATATTTAATTTATTCTCTCTGCGTTCGATCCGTTGTTTAAACGACGATATGCAGCAGTATATATTAGGACGGTATCAAGTGCAAGCATGAGATGGTTATTATACATATATTGTATTATAAGATCGTAATTATTTAAATTATTTCTTTTTTTCTGTAGTCACTTTTATTAAAAACGCGCAAAACTTGGTCTTTTGACAAATTTGTATATTCCGCTTTAAACACCACGTATGCTTTTAAAAGCCAAGAATCATATTGTAACCGGCTGTGAATTAAAAACTGAGTCTGAAATTATTTGATTCGTTTGAACAGTTACGACGACGCGGAATGATGATCGTTTGAATTAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCTCACGTTTTCTGTTTCAAACGTATAATATTGCTGATTTATATACTATCGTCTAAACTACTACGTTCAG]

[+] EMBL BI511497             [ATATATATATATTTATATATATATATAAACGATATTGGAAAAGATTCATCTTTCCTGCCACATGTTGATTTCTCTGCCCTATTTATAATTGTACATTTAAGTACTTATATATTAATTAACGTATTCGCAAATATTTAATTTATTCTCTCTGCGTTCGATCCGTTGTTTAAACGACGATATGCAGCAGTATATATTAGGACGGTATCAAGTGCAAGCATGAGATGGTTATTATACATATATTGTATTATAAGATCGTAATTATTTAAATTATTTCTTTTTTTCTGTAGTCACTTTTATTAAAAACGCGCAAAACTTGGTCTTTTGACAAATTTGTATATTCCGCTTTAAACACCACGTATGCTTTTAAAAGCCAAGAATCATATTGTAACCGGCTGTGAATTAAAAACTGAGTCTGAAATTATTTGATTCGTTTGAACAGTTACGACGACGCGGAATGATGATCGTTTGAATTAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCTCACGTTTTCTGTTTCAAACGTATAATATTGCTGATTTATATACTATCGTCTAAACTACTACGTTCAG]




>consensus_2536#0
ATATATATATATTTATATATATATATAAACGATATTGGAAAAGATTCATCTTTCCTGCCA
CATGTTGATTTCTCTGCCCTATTTATAATTGTACATTTAAGTACTTATATATTAATTAAC
GTATTCGCAAATATTTAATTTATTCTCTCTGCGTTCGATCCGTTGTTTAAACGACGATAT
GCAGCAGTATATATTAGGACGGTATCAAGTGCAAGCATGAGATGGTTATTATACATATAT
TGTATTATAAGATCGTAATTATTTAAATTATTTCTTTTTTTCTGTAGTCACTTTTATTAA
AAACGCGCAAAACTTGGTCTTTTGACAAATTTGTATATTCCGCTTTAAACACCACGTATG
CTTTTAAAAGCCAAGAATCATATTGTAACCGGCTGTGAATTAAAAACTGAGTCTGAAATT
ATTTGATTCGTTTGAACAGTTACGACGACGCGGAATGATGATCGTTTGAATTAGTCGAGT
CCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCTCACGTTTTCTGTTTCAAACGTA
TAATATTGCTGATTTATATACTATCGTCTAAACTACTACGTTCAG

consensusID : consensus_2536#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 512
fasta sequence

                              [AATTAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCTCACGTTTCTGTTTCAAACGTATAATATTGCTGATTTATATACTATTGTCTAAACTACTACGTTCAGTTACTACTGATGATATGGTATACGCTCTGACCACTCGTTGAATACAAGCATGGAAATCATTATTGCAATAATAATTAATAATTAATTAATGTTGTAATTATAATTGCTTCCATAGCATGTTGTTGATGTTGATGGAAAGCAATTATAATTGTGCTTAGAAATATTAACGACTGAAAGTAGCGAGAGTAATCTGTTACGAGATATTTCCATTATTGCTTGATAACAACGAATGAAATAATCTTGCAGAATGTTACCGATTCAATTATTATATAACACTTGTTGTTGTATTAGAATAACGAAACAAAATGAAGAAAAGAAGTAACTTTTTACAATGGCTGCTTGCTTCTCCAATATTAATTAAATCTATATTCACATGTATATGTTGAATAATTAAGA]

[-] EMBL BI517048             [AATTAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCTCACGTTTCTGTTTCAAACGTATAATATTGCTGATTTATATACTATTGTCTAAACTACTACGTTCAGTTACTACTGATGATATGGTATACGCTCTGACCACTCGTTGAATACAAGCATGGAAATCATTATTGCAATAATAATTAATAATTAATTAATGTTGTAATTATAATTGCTTCCATAGCATGTTGTTGATGTTGATGGAAAGCAATTATAATTGTGCTTAGAAATATTAACGACTGAAAGTAGCGAGAGTAATCTGTTACGAGATATTTCCATTATTGCTTGATAACAACGAATGAAATAATCTTGCAGAATGTTACCGATTCAATTATTATATAACACTTGTTGTTGTATTAGAATAACGAAACAAAATGAAGAAAAGAAGTAACTTTTTACAATGGCTGCTTGCTTCTCCAATATTAATTAAATCTATATTCACATGTATATGTTGAATAATTAAGA]




>consensus_2536#1
AATTAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCTCACGTTTCTG
TTTCAAACGTATAATATTGCTGATTTATATACTATTGTCTAAACTACTACGTTCAGTTAC
TACTGATGATATGGTATACGCTCTGACCACTCGTTGAATACAAGCATGGAAATCATTATT
GCAATAATAATTAATAATTAATTAATGTTGTAATTATAATTGCTTCCATAGCATGTTGTT
GATGTTGATGGAAAGCAATTATAATTGTGCTTAGAAATATTAACGACTGAAAGTAGCGAG
AGTAATCTGTTACGAGATATTTCCATTATTGCTTGATAACAACGAATGAAATAATCTTGC
AGAATGTTACCGATTCAATTATTATATAACACTTGTTGTTGTATTAGAATAACGAAACAA
AATGAAGAAAAGAAGTAACTTTTTACAATGGCTGCTTGCTTCTCCAATATTAATTAAATC
TATATTCACATGTATATGTTGAATAATTAAGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2536#0      ATATATATATATTTATATATATATATAAACGATATTGGAAAAGATTCATCTTTCCTGCCA 60
consensus_2536#1      ----------AATTAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCT 50
                                * ***      *   *    *** **        ****  **      * 

consensus_2536#0      CATGTTGATTTCTCTGCCCTATTTATAATTGTACATTTAAGTACTTATATATTAATTAAC 120
consensus_2536#1      CACGTTTCTGTTTCAAACGTAT--AATATTGCTGATTTATATACTATTGTCTAAACTACT 108
                      ** ***  * * **   * ***  *  ****   *****  ****  * * * ** **  

consensus_2536#0      GTATTCGCAAATATTTAATTTATTCTCTCTGCGTTCGATCCGTTGTTTAAACGACGATAT 180
consensus_2536#1      ACGTTCAGTTACTACTGATG-ATATGGTATACGCTCTGACCACTCGTTGAATACAAGCAT 167
                         ***    *    * **  **    * * ** **   **  *  ** **       **

consensus_2536#0      GCAGCAGTATATATTAGGACGGTATCAAGTGCAAGCATGAGATGGTTATTATACATATAT 240
consensus_2536#1      GGA--AATCATTATTGCAATAATAATTAATAATTAATTAATGTTGTAATTATAATTGCTT 225
                      * *  * *   ****   *   **   * *       * *  * ** ******  *   *

consensus_2536#0      T-GTATTATAAGATCGTAATT-ATTTAAATTATTTCTTTTTTTCTGTAGTCACTTTTATT 298
consensus_2536#1      CCATAGCATGTTGTTGATGTTGATGGAAAGCAATTATAATTGTGCTTAGAAATATTAACG 285
                         **  **    * *   ** **  ***  * ** *  ** *   ***  *  ** *  

consensus_2536#0      AA-AAACGCGCAAAACTTGGTCTTTTGACAAATTTGTATATTCCGCTTTAAACACCACGT 357
consensus_2536#1      ACTGAAAGTAGCGAGAGTAATCTGTTACGAGATATTTCCATTATTGCTTGATAACAACGA 345
                      *   ** *     *   *  *** **   * ** * *  ***     ** *  ** *** 

consensus_2536#0      ATGCTTTTAAAAGCCAAGAATCATATTGTAACCGGCTGTGAATTAAAAACTGAGTCTGAA 417
consensus_2536#1      ATGA----AATAATCTTG---CAGAATGTTACCGATT--CAATTATTATATAACACTTG- 395
                      ***     ** *  *  *   ** * *** ****  *   *****  *  * *  **   

consensus_2536#0      ATTATTTGATTCGTTTGAACAGTTACGACGACGCGGAATGATGATCGTTTGAATTAGTCG 477
consensus_2536#1      -TTGTTGTATTAGAATAACGAAACAAAATGAAGAAAAGAAGTAACTTTTTACAATGGCTG 454
                       ** **  *** *  * *  *   *  * ** *   *    * *   ***  * * *  *

consensus_2536#0      AGTCCTTGGTAGATTTTTATCTTCGTTCAAGTTAAAGATCTCACGTTTTCTGTTTCAAAC 537
consensus_2536#1      CTTGCTTCTCCAATATTAAT-TAAATCTATATTCACATGTATATGTTGAATAATTAAGA- 512
                        * ***     ** ** ** *   *  *  ** *       * ***   *  ** * * 

consensus_2536#0      GTATAATATTGCTGATTTATATACTATCGTCTAAACTACTACGTTCAG 585
consensus_2536#1      ------------------------------------------------

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)