These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_617#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 749 fasta sequence [TTAAAGAAAGATAAAGATTTTTGATAATAAAAATAATTTATATTTTTATGAAAATCTGTCATATATATCAACTGGTAATATTGGTATTATTTGTGCGATGAATAAATTCGTGATATCATATATTTATTAAAACTAAATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATATCGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATCTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATCCTATTCTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGATATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGNTAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTA] [+] EMBL BE844664 [TTAAAGAAAGATAAAGATTTTTGATAATAAAAATAATTTATATTTTTATGAAAATCTGTCATATATATCAACTGGTAATATTGGTATTATTTGTGCGATGAATAAATTCGTGATATCATATATTTATTAAAACTAAATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATATCGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATCCTATTC ] [+] EMBL BI507911 [ ATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATATCGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATCTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGATATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGNTAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTA] consensusID : consensus_617#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 628 fasta sequence [TTAGATGGAAATAAATTATATTTAGATTCAACGACTCAATTTAGAATGTGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAACGGTCTAATCTCGTGGTTTACGTNCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGCGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTGGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAGGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGANATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGATAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTACGGATGATGGAGATACACA] [-] EMBL BG101612 [TTAGATGGAAATAAATTATATTTAGATTCAACGACTCAATTTAGAATGTGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTCTAATCTCGTGGTTTATGTNCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGCGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAGGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGANATAGGAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGATAAAAATGATTTGAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAATAGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTACGGATGATGGAGATACACA] [+] EMBL BI516199 [ TAACGGTCTAATCTCGTGGTTTACGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTTGGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAATGACAACACTCGTTTCATTGGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAGGAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGCCAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTCTGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTATTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACG ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_617#0 TTAAAGAAAGATAAAGATTTTTGATAATAAAAATAATTTATATTTTTATGAAAATCTGTC 60 consensus_617#1 ------------------------------------------------------------ consensus_617#0 ATATATATCAACTGGTAATATTGGTATTATTTGTGCGATGAATAAATTCGTGATATCATA 120 consensus_617#1 ------------------------------------------------------------ consensus_617#0 TATTTATTAAAACTAAATATATATCAAAATTATGACAATTAAAATAATTAAAAGTAATAT 180 consensus_617#1 ------------TTAGATGGAAAT--AAATTAT----ATTTAGAT--TCAACGACTCAAT 40 ** ** * ** ******* *** * ** * ** ** consensus_617#0 CGTTAACAGGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAATGGTC 240 consensus_617#1 TTAGAATGTGTGGAAATGGACAATGTGTAAATATTCGACAATGTGGAAATTATAACGGTC 100 ** ********************************************** **** consensus_617#0 TAATCTCGTGGTTTATGTTCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATCTAAAGAACTT 300 consensus_617#1 TAATCTCGTGGTTTACGTNCTAAAAACTGTAAATACTGTGATGGAATATTTAAAGAACTT 160 *************** ** ****************************** ********** consensus_617#0 GGTGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAAT 360 consensus_617#1 GGCGAGAAAAGAAAATTGTTCAATTGCCATTAATAAATTTTTAATAATTTGTAATGAAAT 220 ** ********************************************************* consensus_617#0 GACAACACTCGTTTCATTAGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAG 420 consensus_617#1 GACAACACTCGTTTCATTGGAATCCATTGTGCATTGTGTTTTCATGTGAAAATGGTAAAG 280 ****************** ***************************************** consensus_617#0 GAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGC 480 consensus_617#1 GAAGTTTTGACTCTAGTCTTCTTAAATATGAAAAAATTCATCCAATATACCTGTCATTGC 340 ************************************************************ consensus_617#0 CAACGTACACAGGCAGCCATAAGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTA 540 consensus_617#1 CAACGTACACAGGCAGCCATAGGATGTTATGCAGATGCACGACCATTAACTTTAAAGCTA 400 ********************* ************************************** consensus_617#0 TCCTATTCTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGATATAG 600 consensus_617#1 TTCTATTTTATCATCTTTAAACGTATGAAACGAAGCAAGAAATTTGGTTACCAGANATAG 460 * ***** *********************************************** **** consensus_617#0 GAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGNTAAAAATGATTT 660 consensus_617#1 GAACTTTTGATCCTTCGAAGAATTTAAAGTTGTGAATATTAATTTAGATAAAAATGATTT 520 *********************************************** ************ consensus_617#0 GAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAAT 720 consensus_617#1 GAGCATATCAAAAGAACATTAACATTAACGTATTACGTAACAGGATGAACAAGATAAAAT 580 ************************************************************ consensus_617#0 AGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTA------------------- 749 consensus_617#1 AGTAAGCATTGATTTCGATAATCTAATTACGGATGATGGAGATACACA 628 ***************************** |
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |