These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_957#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 519 fasta sequence [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCNTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGAGTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAACTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTCATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATTACAAGAAGTAGCACGTCATAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTTCTTTTTCTTNGTGTTCNTCATACATTTGGAGTAATTGAAAATTGTTGTAAAGTGTATGATAATTTATATTTAATATTCAATATTTTTGTAAACATAAAAC] [+] EMBL BI503194 [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCNTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGAGTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAACTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTCATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATTACAAGAAGTAGCACGTCATAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTTCTTTTTCTTNGTGTTCNTCATACATTTGGAGTAATTGAAAATTGTTGTAAAGTGTATGATAATTTATATTTAATATTCAATATTTTTGTAAACATAAAAC] [+] EMBL BI504514 [ TAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGAGTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAACTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTCATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATTACAAGAAGTAGCACGTCATAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTTCTTTTTCTTAGTGTTCCTCATACATTTGGAGTAATTG ] consensusID : consensus_957#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 454 fasta sequence [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGGTATTCGCGTTTTTCCTTTGTTCTATTAAATAAGATAGTATTAATCAAAGTAACATATATACACATATATAATAAATTTATGTTTATACTTTTATATTTTAAAAATTCTTGCACTTAACAAAGATTATTAAGNNGAAATATTATAATTTCATGTATCTAAGAAAATGGAAAAAAAGATAATTAATTTGAAACAGATTGTTGACTATTAATTGAAGAAAGATGTGTATAAGTAGATATAAAAGAAAATATAATATAATAAAAAAATATAATATACTATATATAATAGTTTGT] [+] EMBL BI512660 [GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCTGTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAGGCCGTGCTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGGTATTCGCGTTTTTCCTTTGTTCTATTAAATAAGATAGTATTAATCAAAGTAACATATATACACATATATAATAAATTTATGTTTATACTTTTATATTTTAAAAATTCTTGCACTTAACAAAGATTATTAAGNNGAAATATTATAATTTCATGTATCTAAGAAAATGGAAAAAAAGATAATTAATTTGAAACAGATTGTTGACTATTAATTGAAGAAAGATGTGTATAAGTAGATATAAAAGAAAATATAATATAATAAAAAAATATAATATACTATATATAATAGTTTGT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_957#0 GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCT 60 consensus_957#1 GGATGGGCGTAATTTTCTTGGAACATATCGGAGGTACTCGTTTATTCTCTTGCGCTTCCT 60 ************************************************************ consensus_957#0 GTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAG 120 consensus_957#1 GTGACACTAATCTTACAAACAGAGGTCAGCTGATAAGCACGCGTTTTACGGGCGCTACAG 120 ************************************************************ consensus_957#0 GCCGTGCNTTTTCTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGCGAGGTACAGGATAGA 180 consensus_957#1 GCCGTGCTTTT-CTCTTTAACAAAGTCGTCAACTTAAATTACAGGTATTCGCGTTTTTCC 179 ******* *** ******************************** * * * consensus_957#0 GTGATGTTGACGGGTCGTCACATGGTCCGAGATGTCAGCTGCAAAAACTGTGATGCTAAA 240 consensus_957#1 TTTGTTCTATTAAATAAGATAGTATTAATCAAAGTAACATATATACACATATATAATAAA 239 * * * * * * * ** * * * * ** ** **** consensus_957#0 CTTGGGTGGGTGTATGAATTTGCAACAGACGATAATCAACGATACAAGGAAGGCCGAGTC 300 consensus_957#1 TTTATGTTTATACTTTTATATTTTAAAAATTCT--TGCACTTAACAAAGATTATTAAGNN 297 ** ** * * ** * * * * * * ** **** ** ** consensus_957#0 ATCCTGGAACGTGCTTTAGTCACAGAAAGCGATGGAATGGGCGATAATATTTAATACATT 360 consensus_957#1 GAAATATTATA-ATTTCATGTATCTAAGAAAATGGAAAAAAAGATAAT---TAATTTGAA 353 * * ** * * ** ****** ****** **** consensus_957#0 ACAAGAAGTAGCACGTCA-TAGGATAAGAATACTTTATAGTCAATGTAAAATCAGTTGTT 419 consensus_957#1 ACAGATTGTTGACTATTAATTGAAGAAAGATGTGTATAAGTAGATATAAAAGAAAATATA 413 *** ** * * * * * * ** ** * *** ** ***** * * * consensus_957#0 CTTTTTCTTNGTGTTCNTCATACATTTGGAGTAATTGAAAATTGTTGTAAAGTGTATGAT 479 consensus_957#1 ATATAA-TAAAAAAATATAATATACTATATATAAT---AGTTTGT--------------- 454 * * * * *** * * **** * **** consensus_957#0 AATTTATATTTAATATTCAATATTTTTGTAAACATAAAAC 519 consensus_957#1 ---------------------------------------- |
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |