cluster # 10400

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Oryza sativa
cluster # 10400 cluster # 10400 Sequences # 7 consensus # 2

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consensus_10400#0 length = 1047 sequences # 6

consensus_10400#1 length = 681 sequences # 1

consensusID : consensus_10400#0
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NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1047
fasta sequence

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[+] EMBL OSS10794A            [GAGATGGTATGTCTTCTGGTGTAAGAAGCTCTGAACCATGGGACTCGTATGCTTATTCTGGATCAAGAAGTGGTATGAATGCCAGGAGAGGGTTGGACTCTGTTTCATCTGATAACAGGGTGCCTAGAAATGAACGAAGCAATGATCAAGCAGGACCTAGGCGAGGATGGGACAAAGGACAGGGTCCATTTAGGTTTGGGGAGGGTCCTTCTGCTCGAAGTGCATGGCGAGCCTCCAAAGATGAAGCGACACTGGAAGCTATTAGGGTTGCTGGTGAAGATAATGGAACTTCTAGGGCAGCTGCGAGAGTTGCTATCCGTGAATTGGATGGGGAAACTTTGAATGATGATAATCAAGGGGATGAAAGAGGACCAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
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[+] EMBL CA765918             [                                                                                                                                                                                                                                                          ACTGGAAGCTATTAGGGTTGCTGGTGAAGATAATGGAGCTTCTAGGGCAGCTGCAAGAGTTGCTATCCGTGAATTGGATGGGGAAACTTTGAATGATGATAATCAAGGGGATGAAAGAGGACCAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCAATA CATGTTGGTGATATGGATTCGGCTTATGCTGAGGTCCTTCAAACTGGAGATGCTGAATTACTTGTAAAATTAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTG CAAACGAAGTCCTACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGCTTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAATCCCCCTAGATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTG CCATCGAGTTG CCTGATGATTGGGAGGGGGCTACG CCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTGATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTTCATTGCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATTAAGGTTTGACAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGGTGATATTGGTTACCTCATAANCTGNGTTGGCTT                                                      ]
[+] EMBL AU095765             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCGATA CATGTTGGTGATATGGATTCGGCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGTAAAATTAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTG CAAACGAAGTCCTACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGCTTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAATCCCCCTAGATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTG CCATTGAGTTG CCTGATGATTGGGAGGGGGCGACG CCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTGATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTTCATTTCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATT AGGTTTGACAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGTTGATATTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAATTTTTACATTTTTTACTGGCTCAAAAA]
[+] EMBL AU032583             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CGATACCATGTTGGTGATATGGATCCGNCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGT AAATTAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTGCCAAACGAAGTCCTACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGCTTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAATCCCCCTAGATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTGCCCATTGAGTTGCCCTGATGATTGGGAGGGGGCGACGCCCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTGATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTTCATTTCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATT AGGTTTGACAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGTTGATATTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAATTTTTACATTTTTTACTGGCTCAAAAA]




>consensus_10400#0
GAGATGGTATGTCTTCTGGTGTAAGAAGCTCTGAACCATGGGACTCGTATGCTTATTCTG
GATCAAGAAGTGGTATGAATGCCAGGAGAGGGTTGGACTCTGTTTCATCTGATAACAGGG
TGCCTAGAAATGAACGAAGCAATGATCAAGCAGGACCTAGGCGAGGATGGGACAAAGGAC
AGGGTCCATTTAGGTTTGGGGAGGGTCCTTCTGCTCGAAGTGCATGGCGAGCCTCCAAAG
ATGAAGCGACACTGGAAGCTATTAGGGTTGCTGGTGAAGATAATGGAACTTCTAGGGCAG
CTGCGAGAGTTGCTATCCGTGAATTGGATGGGGAAACTTTGAATGATGATAATCAAGGGG
ATGAAAGAGGACCAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCGATACATGTTGGTG
ATATGGATTCGGCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGTAAAAT
TAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTGCAAACGAAGTCC
TACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGC
TTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAATCCCCCTAG
ATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTGCCATTGAGTTGCCTGATG
ATTGGGAGGGGGCGACGCCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTG
ATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTT
CATTTCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATTAGGTTTGA
CAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGT
TGATATTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAA
TTTTTACATTTTTTACTGGCTCAAAAA

consensusID : consensus_10400#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 681
fasta sequence

                              [AGAGGCCNAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCGATACATGTTGGTGATATGGATTCGGCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGTAAAATTAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTGCAAACGAAGTCCTACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGCTTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAANCCCCCTAGATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTGCCATTGAGTTGCCTGATGATTGGGAGGGGGCGACGCCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTGATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTTCATTTCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATTAGGTTTGACAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGTTGATATTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAATTTTTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL C98387               [AGAGGCCNAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCGATACATGTTGGTGATATGGATTCGGCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGTAAAATTAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTGCAAACGAAGTCCTACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGCTTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAANCCCCCTAGATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTGCCATTGAGTTGCCTGATGATTGGGAGGGGGCGACGCCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTGATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTTCATTTCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATTAGGTTTGACAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGTTGATATTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAATTTTTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_10400#1
AGAGGCCNAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCGATACATGTTGGTGATATG
GATTCGGCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGTAAAATTAATG
GAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTGCAAACGAAGTCCTACAT
GCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGCTTCAG
CAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAANCCCCCTAGATGCG
AAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTGCCATTGAGTTGCCTGATGATTGG
GAGGGGGCGACGCCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTGATCTG
CAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTTCATTT
CTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATTAGGTTTGACAGAA
CCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGTTGATA
TTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAATTTTT
ACAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10400#0      GAGATGGTATGTCTTCTGGTGTAAGAAGCTCTGAACCATGGGACTCGTATGCTTATTCTG 60
consensus_10400#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10400#0      GATCAAGAAGTGGTATGAATGCCAGGAGAGGGTTGGACTCTGTTTCATCTGATAACAGGG 120
consensus_10400#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10400#0      TGCCTAGAAATGAACGAAGCAATGATCAAGCAGGACCTAGGCGAGGATGGGACAAAGGAC 180
consensus_10400#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10400#0      AGGGTCCATTTAGGTTTGGGGAGGGTCCTTCTGCTCGAAGTGCATGGCGAGCCTCCAAAG 240
consensus_10400#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10400#0      ATGAAGCGACACTGGAAGCTATTAGGGTTGCTGGTGAAGATAATGGAACTTCTAGGGCAG 300
consensus_10400#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10400#0      CTGCGAGAGTTGCTATCCGTGAATTGGATGGGGAAACTTTGAATGATGATAATCAAGGGG 360
consensus_10400#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10400#0      ATGAAAGAGGACCAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCGATACATGTTGGTG 420
consensus_10400#1      -----AGAGGCCNAATTTGGGAGTCTTGGACTCGTGCAATGGATGCGATACATGTTGGTG 55
                            ***** * ***********************************************

consensus_10400#0      ATATGGATTCGGCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGTAAAAT 480
consensus_10400#1      ATATGGATTCGGCTTATGCTGAGGTTCTTTCAACTGGGGATGCTGAATTACTTGTAAAAT 115
                       ************************************************************

consensus_10400#0      TAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTGCAAACGAAGTCC 540
consensus_10400#1      TAATGGAGCAAACTGGACCAGTAGTTGATCAACTTTCAAATGAAGTTGCAAACGAAGTCC 175
                       ************************************************************

consensus_10400#0      TACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGC 600
consensus_10400#1      TACATGCTGTTGGACAATTTCTTGTGGAAGAAAGCTTCTATGATATAGCTTTGAGCTGGC 235
                       ************************************************************

consensus_10400#0      TTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAATCCCCCTAG 660
consensus_10400#1      TTCAGCAGTTGACTGATCTGGTAATGGACAACGGATCCGGTTATCTTGGAANCCCCCTAG 295
                       *************************************************** ********

consensus_10400#0      ATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTGCCATTGAGTTGCCTGATG 720
consensus_10400#1      ATGCGAAGAACGACCTCTTACTGGGATTACACGAAGCTACTGCCATTGAGTTGCCTGATG 355
                       ************************************************************

consensus_10400#0      ATTGGGAGGGGGCGACGCCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTG 780
consensus_10400#1      ATTGGGAGGGGGCGACGCCGGTTCAGATAATGAAGCAGCTAGCTTCATCATGGCGGATTG 415
                       ************************************************************

consensus_10400#0      ATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTT 840
consensus_10400#1      ATCTGCAGCAGCTTATCAGTTAGGGCCATCGGTTGTTGACATGAGTTAATTTCATTTGTT 475
                       ************************************************************

consensus_10400#0      CATTTCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATTAGGTTTGA 900
consensus_10400#1      CATTTCTGCCTATTTTTTCTCTATATATCTTGCTATTAGGGCTATAAGTATTAGGTTTGA 535
                       ************************************************************

consensus_10400#0      CAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGT 960
consensus_10400#1      CAGAACCTTTGAGTGGAACTGTGTTGACATGGATTGGTGTTGTACGGGGAAATATGATGT 595
                       ************************************************************

consensus_10400#0      TGATATTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAA 1020
consensus_10400#1      TGATATTGTTTACCTCATAACCTGTGTTGGCTTTCCTATTTATAATTTGGAGGATCTCAA 655
                       ************************************************************

consensus_10400#0      TTTTTACATTTTTTACTGGCTCAAAAA 1047
consensus_10400#1      TTTTTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAA- 681
                       ********      *       ****