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Oryza sativa
cluster # 10747 cluster # 10747       Sequences # 8       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10747#0 length = 1442 sequences # 8  

consensusID : consensus_10747#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 1442
fasta sequence
                              [AGCAAGGCTAGGGATCATGGCTGCTGGATGTTATGGCCTTCCACAATTTCGGATGCGTGTATTTTTATTAGGCTGTCATTCTAAGGAGAAATTACCCCCTTTTCCACTGCCTACGCATGAGGCGATTGTGAAGAATGGCTGCCCGTTGGCTTTTGAGCGTAATTTGGTTGGTTGGCCCAATGACACACCAATGCAACTAGCAAGACCAATTGTCCTTGAAGACATTCTTTCTGATCTCCCAGAAGTGGCAAATGGGGAAAGCCGTGATGAAATGCTGTATGTAAAGGGTCCTCAAACTGAATTCCAAAGATACATTCGGTCATTTAATGTTGAAGTGCATGGTCCCAGAGCTCATGTTACAAAAGATTCCAAATCCTCAAAATTGTATGATCATCGACCATTGGTACTGGATAATGATAACTACCAAAGGATATTGCAAATTCCCAAGAGAAAGGGAGCTAATTTTAGAGACCTTTCAGGAGTCATAGTTGGTCCTGACAATGTGGCTAGATTAGATCCAACGAAAGAAAGAGTACTTTTGCCATCTGGTCGTCCTCTGGTGCTTGATTGCATACTAGCTTATGAGAATGGTAAATCTTTAAGACCTTTTGGTCGAGTATGGTGGGATGAGGTAGTGGGAACCGTGCTGACAGTTCCAAATGCCCGTATGCAGGCCTTGATACATCCTGCACAAGACAGACTGCTTACTATTCGTGAAAGTGCTCGGTTGCAAGGCTTTCCTGACAATTACAGGTTTCGTGGAACAGTCAAAGACAGGTATCG--CCA-GA--TTGGAAATGCGGTGG-CCGTA--CCTGTTGGA-CGA-GCA--CTTGGATACG-CCCTGGCGATGGCCTACCTGAAGAAGTCTGGAGACGATCCCCTTATGTTGCT-GCCGCCCAACTTTGCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCTAGTCAAACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGG-TTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTCTGCTACAAAAGCTGCTCCTCTTCTTGTT-GCCACCCTTTCTCGT-GAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCA-TTTATCT-G-TTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATCTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGAT-TTACAGTAGTTGTGACATCCACCACACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAG-TGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAG-AATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGA-AAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGC-GATGAACACAAATGTAACGACTT-CAATAAATCTACATTGAGCTGCAGATTTCCAATGGAACAAAATTAATCTA-------AT---AGA--AAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK111685             [AGCAAGGCTAGGGATCATGGCTGCTGGATGTTATGGCCTTCCACAATTTCGGATGCGTGTATTTTTATTAGGCTGTCATTCTAAGGAGAAATTACCCCCTTTTCCACTGCCTACGCATGAGGCGATTGTGAAGAATGGCTGCCCGTTGGCTTTTGAGCGTAATTTGGTTGGTTGGCCCAATGACACACCAATGCAACTAGCAAGACCAATTGTCCTTGAAGACATTCTTTCTGATCTCCCAGAAGTGGCAAATGGGGAAAGCCGTGATGAAATGCTGTATGTAAAGGGTCCTCAAACTGAATTCCAAAGATACATTCGGTCATTTAATGTTGAAGTGCATGGTCCCAGAGCTCATGTTACAAAAGATTCCAAATCCTCAAAATTGTATGATCATCGACCATTGGTACTGGATAATGATAACTACCAAAGGATATTGCAAATTCCCAAGAGAAAGGGAGCTAATTTTAGAGACCTTTCAGGAGTCATAGTTGGTCCTGACAATGTGGCTAGATTAGATCCAACGAAAGAAAGAGTACTTTTGCCATCTGGTCGTCCTCTGGTGCTTGATTGCATACTAGCTTATGAGAATGGTAAATCTTTAAGACCTTTTGGTCGAGTATGGTGGGATGAGGTAGTGGGAACCGTGCTGACAGTTCCAAATGCCCGTATGCAGGCCTTGATACATCCTGCACAAGACAGACTGCTTACTATTCGTGAAAGTGCTCGGTTGCAAGGCTTTCCTGACAATTACAGGTTTCGTGGAACAGTCAAAGACAGGTATCG  CCA GA  TTGGAAATGCGGTGG CCGTA  CCTGTTGGA CGA GCA  CTTGGATACG CCCTGGCGATGGCCTACCTGAAGAAGTCTGGAGGCGATCCCCTTATGTTGCT GCCGCCCAACTTTGCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCTAGTCAAACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGG TTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTCTGCTACAAAAGCTGCTCCTCTTCTTGTT GCCACCCTTTCTCGT GAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCA TTTATCT G TTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATCTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGAT TTACAGTAGTTGTGACATCCACCACACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAG TGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAG AATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGA AAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGC GATGAACACAAATGTAACGACTT CAATAAATCTAC                                                                        ]
[+] EMBL CA753055             [                          GATGTTATGGCCTTCCACAATTTCGGATGCGTGTATTTTTATTAGGCTGTCATTCTAAGGAGAAATTACCCCCTTTTCCACTGCCTACGCATGAGGCGATTGTGAAGAATGGCTGCCCGTTGGCTTTTGAGCGTAATTTGGTTGGTTGGCCCAATGACACACCAATGCAACTAGCAAGACCAATTGTCCTTGAAGACATTCTTTCTGATCTCCCAGAAGTGGCAAATGGGGAAAGCCGTGATGAAATGCTGTATGTAAAGGGTCCTCAAACTGAATTCCAAAGATACATTCGGTCATTTAATGTTGAAGTGCATGGTCCCAGAGCTCATGTGACAAAAGATTCCAAATCCTCAAAATTGTATGATCATCGACCATTGGTACTGGATAATGATAACTACCAAAGGATATTGCAAATNCCCCAGAGAAAGGGAGCTAATNTTAGAGACCTTTCAGGAGTCATAGTTGGTCCTGACAATGTGGCTAGATAAGATCCAACGAAAGAAAGAGTACTTTTGCCATCTGGTCGTCCTCTGGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[-] EMBL CB677718             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGACTGCTTACTATTCGTGAAAGTGCTCGGTTGCAAGGCTTTCCTGACAATTACAGGTTTCGTGGAACAGTCAAAGACAGGTATCG  CCA GA  TTGGAAATGCGGTGG CCGTA  CCTGTTGGA CGA GCA  CTTGGATACG CCCTGGCGATGGCCTACCTGAAGAAGTCTGGAGACGATCCCCTTATGTTGCT GCCGCCCAACTTTGCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCTTAGTCAAACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGG TTTGATTGAAATTCACCATGTACATTAATGCTCTGCTACAAAAGATGCTCCTCTTCTTGTT GCCACCCTTTCTCGT GAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCA TTTATTT G TTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATCTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGAT TTACAGTAGTTGTGACATCCACCACACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAG TGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAGTAATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGA AAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGCAGATGAACACAAATGTAACGTCTT CAATAAATCTACATTGAGCTGCAGATTTCCAATGG                                                 ]
[-] EMBL CA759429             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CGTGGAACAGTCAAAGACAGGTATCG  CCA GA  TTGGAAATGCGGTGG CCGTA  CCTGTTGGA CGA GCA  CTGGGATACG CCCTTGCGATGGCCTACCTGAAGAAGTCTGGAGACGATCCCCTTATGTTGCT GCCGCCCAACTTTGCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCTAGTCAAACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGG TTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTTTGCTACAAAAGCTGCTCCTCTTCTTGTT GCCACCCTTTCTCGT GAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCA TTTATCT G TTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATTTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGAT TTACAGTAGTTGTGACATCCCCCCCACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAG TGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAG AATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGA AAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGC GATGAACACAAATGTAACGACTT CAATAAATCTACATTGAGCTGCAGATTTCCAATGGAACAAAATTAATCTATTGCGTGAT   AGATTAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BQ908804             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATCGCCCCANGAATTTGGAAATCCGGTGGCCCGTAACCCTGTTGGACCGATGCAACCTTGGATACGCCCCTTGCGATGGCCTACCTGAAGAAGTCTGGAGACGATCCCCTTATGTTGCTCGCCGCCCAACTTTGCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCTAGTCAAACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGGCTTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTCTGCTACCAAAGCTGCTCCTCTTCTTGTTGGCCACCCTTTCTCGTCGAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCACTTTATCTCGCTTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATCTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCCAAATCATTCCTTGATNTTACAGTAGTTGTGACATCCACCACACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAGCTGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAG AATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGACAAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGC GATGAACAC AATGTAACGACTTCCAATAAATCTACATTGAGCTGCAGATTTCC ATGGAAAAAA                                           ]
[+] EMBL CA766261             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GAGACGATCCCCTTATGTTGCT GCCGCCCAACTTTGCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCCAGTCAAACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGG TTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTCTGCTACAAAAGCTGCTCCTCTTCTTGTT GCCACCCTTTCTCGT GAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCA TTTATCT G TTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATCTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGAT TTACAGTAGTTGTGACATCCACCACACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAG TGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAG AATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGA AAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGC GATGAACACAAATGTAACGACTT CAATAAATCTACATTGAGCTGCAGAT                                                          ]
[+] EMBL BM420110             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GATCCCCTTATGTT CT GCCGCCCAACTTTGCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCTAGTC AACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGG TTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTCTGCTAC AAAGCTGCTCCTCTTCTTGTT GCCACCCTTTCTCGT GAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCA TTTATCT G TTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCC ATCTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGAT TTACAGTAGTTGTGACATCC CCACACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAG TGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAG AATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGA AAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGC GATGAACAC AATGTAACGACTT C ATAAATCTACATTGAGCTGCAGATTTCC ATGGAAC AAATTAATCTA       TTGCGTGA  TAAAAAAAA        ]
[-] EMBL CF326157             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCTAGTCAAACACCCTTG CAGAAGGCACAAATTTGAGTTCCTTCCCTCGTTGG TTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTCTGCTACAAAAGCTGCTCCTCTTCTTGTT GCCACCCTTTCTCGT GAATAGTGAATAGCATTAGGAGTTAGGACATGCCA TTTATCT G TTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATCTGATGATCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGAT TTACAGTAGTTGTGACATCCACCACACTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAG TGACTCATATCGGGAGCCTATGTTGTAGTGTAAAAG AATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGA AAATAAAATGTATGGACATCATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGC GATGAACACAAATGTAACGACTT CAATAAATCTACATTGAGCTGCAGATTTCCAATGGAACAAAATTAATCTA       AA   AAA  AAAAAAAAAAAActcga]


>consensus_10747#0 AGCAAGGCTAGGGATCATGGCTGCTGGATGTTATGGCCTTCCACAATTTCGGATGCGTGT ATTTTTATTAGGCTGTCATTCTAAGGAGAAATTACCCCCTTTTCCACTGCCTACGCATGA GGCGATTGTGAAGAATGGCTGCCCGTTGGCTTTTGAGCGTAATTTGGTTGGTTGGCCCAA TGACACACCAATGCAACTAGCAAGACCAATTGTCCTTGAAGACATTCTTTCTGATCTCCC AGAAGTGGCAAATGGGGAAAGCCGTGATGAAATGCTGTATGTAAAGGGTCCTCAAACTGA ATTCCAAAGATACATTCGGTCATTTAATGTTGAAGTGCATGGTCCCAGAGCTCATGTTAC AAAAGATTCCAAATCCTCAAAATTGTATGATCATCGACCATTGGTACTGGATAATGATAA CTACCAAAGGATATTGCAAATTCCCAAGAGAAAGGGAGCTAATTTTAGAGACCTTTCAGG AGTCATAGTTGGTCCTGACAATGTGGCTAGATTAGATCCAACGAAAGAAAGAGTACTTTT GCCATCTGGTCGTCCTCTGGTGCTTGATTGCATACTAGCTTATGAGAATGGTAAATCTTT AAGACCTTTTGGTCGAGTATGGTGGGATGAGGTAGTGGGAACCGTGCTGACAGTTCCAAA TGCCCGTATGCAGGCCTTGATACATCCTGCACAAGACAGACTGCTTACTATTCGTGAAAG TGCTCGGTTGCAAGGCTTTCCTGACAATTACAGGTTTCGTGGAACAGTCAAAGACAGGTA TCGCCAGATTGGAAATGCGGTGGCCGTACCTGTTGGACGAGCACTTGGATACGCCCTGGC GATGGCCTACCTGAAGAAGTCTGGAGACGATCCCCTTATGTTGCTGCCGCCCAACTTTGC ATTCTCCCATGACTTAAGAGGGTTTGCCTAGTCAAACACCCTTGTCAGAAGGCACAAATT TGAGTTCCTTCCCTCGTTGGTTTGATTGAAATTCACCATCTACATTAATGCTCTGCTACA AAAGCTGCTCCTCTTCTTGTTGCCACCCTTTCTCGTGAATAGTGAATAGCATTAGGAGTT AGGACATGCCATTTATCTGTTGGGATCAGATCAAGGAATCTGGGTTCCCCAATCTGATGA TCAGCTGTTTGTTGTAGCAAAATCATTCCTTGATTTACAGTAGTTGTGACATCCACCACA CTAGTTAATTAGAAGGATTCCATAGGGCAAGTGTAGTGACTCATATCGGGAGCCTATGTT GTAGTGTAAAAGAATGTATGTACAAGTTAGATGATTAGGAAAATAAAATGTATGGACATC ATCTTACCTGTTGTTGTGTTAGCCAGCGATGAACACAAATGTAACGACTTCAATAAATCT ACATTGAGCTGCAGATTTCCAATGGAACAAAATTAATCTAATAGAAAAAAAAAAAAAAAA AA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)