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Oryza sativa
cluster # 1081 cluster # 1081       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1081#0 length = 1717 sequences # 2  

consensusID : consensus_1081#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1717
fasta sequence
                              [GCAGCTTCGGAGGATCCGCTCTTCGTGGAAGTTGAAGCCGGCGTTTGGGAAAGCGAGCAAGGCAAGTCACATCATCCTTGAACATATTGAATCCCAGTTTATAAAATTATGTTGCTTTAAATTATTGCATTATCACTTTATTTAAATTCCCGCGTTATCACTGTTTTATCTAGCCATGCCTATCTACCTTTGTTATGACCTTATTATTATTGTTATTGTTATTATTACCTTGTTCACCCTAGATTAAACAAAACCCCAACTAGTGGACACTCTACTCATAGTACCACTAGTATAATTTTAGGTAGATGCTTCGCTGATTAATTAGGTAACATTAGGCGGTTTTACAACTCTAGACTTTGGGATATTCATATCACCTGGACACTTTGGAATTGTTGGTTTATTGTGGAATTGGATTCACACCGCCCCCTCTATTCAAAATCCCCAAAATGGTTTTAGGCTGAGCTCGGGGTGCATGGTTTTGATAGTAGCACCTCGGCCATATAAGGACCGGTCTTCGGGCCTCTGTTGCAAAGCACTACCGTACTTCCACATGTCTAGTGGGTAAGGCTTAGTTTGTGGCTCAGTCTGGTTATAAACAAAAGTACACGGATGGAGATGGAGGAAGTCGGGGGTCGATGGACATCTCTAGGACAAATGAAGGCTACACGAGCTGCGGCCCGGTAGTCGAGATGTCGTGGCACAGGGCCGGTGTCCTGCTGCTAGGGGCTCAGTCCTGCCTACCTGTCCCGGGGGTTCCGGCCGTAGGTGGGGTTGGGTCGGTACTCTTGTTTATGGCTAGGATGGGTTGGAAACTATGTCATGTCTTCCGTCCGTATAGCGTGGTGGTATGTGGCACGTGGTTACACGTGAGGAAGATGTGTCTTGTGGGTAAAGATGTACACCTCTGATCAGAGTATAATATATTCGAGTAGCCGCGCCCTCGGTTATGGGCAAGCCGAGCAATGTACCCAAGTTAGTGTTTTTAATTCTTAAAACCTGCTTTTGATCCTTGGGATGAATTGGTTGGCTCAATTCCAAGGAGTAGTGGATTGCACAAGACGCACTATCACTCTATACCAAGGGCCGGAACAACCGGTTGTTTTCTTTGCACCCCCAACCTCTGTCGGCAGTTCAGAACTTCATCAGATAGGACTGTCAGAAATCCCCATCGTTAGTGAGTTCGGAGATGTGCTTCCGGAAGAACTACCCGGTATGCCACCCAAGCGAGAGATTGAGTTCCGGATAGATCTTGCTCCAGGAACCACTCCTCTGTACAAGCGACCCTACCGTATGGCAGCAAATGAACTGGCCGAAGTCAAGAGACAGTTGGAAGAGTTGAAAGAAAAGGGATATATACGGCCGAGCACTTCCCCCTGGGGTGCTCCCGTGATTTTTGTGGAAAAGGACAAGACAAAGAGGATGTGTGTTGACTACAGAGCTCTCAATGAAGTCACTATCAAAAATAAGTACCCTTCTCCCCGGATCGATGTCACGTCCTGATAAATTCATCCCGAAATAAAAATCATTTTCTAAAAGGAATAATAGAATTAATTAAAATTCGAAAAGAAATTGGCAAACACTAAAATACGTACAAGAAAATTTCGAATGTGGTCCAGAGAATTTTTGTTGAATTCTCCTTGGTCTAAAAGGAGCCCTCAAATTTTACTTGAATTTTCAGAGCACCAAAAATATTTATTAAACAACAACAACAATTATC]

[-] EMBL CB648478             [GCAGCTTCGGAGGATCCGCTCTTCGTGGAAGTTGAAGCCGGCGTTTGGGAAAGCGAGCAAGGCAAGTCACATCATCCTTGAACATATTGAATCCCAGTTTATAAAATTATGTTGCTTTAAATTATTGCATTATCACTTTATTTAAATTCCCGCGTTATCACTGTTTTATCTAGCCATGCCTATCTACCTTTGTTATGACCTTATTATTATTGTTATTGTTATTATTACCTTGTTCACCCTAGATTAAACAAAACCCCAACTAGTGGACACTCTACTCATAGTACCACTAGTATAATTTTAGGTAGATGCTTCGCTGATTAATTAGGTAACATTAGGCGGTTTTACAACTCTAGACTTTGGGATATTCATATCACCTGGACACTTTGGAATTGTTGGTTTATTGTGGAATTGGATTCACACCGCCCCCTCTATTCAAAATCCCCAAAATGGTTTTAGGCTGAGCTCGGGGTGCATGGTTTTGATAGTAGCACCTCGGCCATATAAGGACCGGTCTTCGGGCCTCTGTTGCAAAGCACTACCGTACTTCCACATGTCTAGTGGGTAAGGCTTAGTTTGTGGCTCAGTCTGGTTATAAACAAAAGTACACGGATGGAGATGGAGGAAGTCGGGGGTCGATGGACATCTCTAGGACAAATGAAGGCTACACGAGCTGCGGCCCGGTAGTCGAGATGTCGTGGCACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL AK064517             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGGATTATTGTGGAATTGGATTCACACCTCCCCCTCTATTCAAAACCCTCAAAATGGTTTTAGGCTGGGCTCGGGGTGCATGGTTTTGATAGTAGCACCTCGGCCATATAAGGACCGGTCTTCGGGCCTCTGTTGCAAAGCACTACCGTACTTCCACATGTCTAGTGGGTAAGGCTTAGTTTGTGGCTCAGTCTGGTTATAAACAAAAGTACACGGATGGAGATGGACGAAGTCGGGGGTCGATGGACATCTCTAGGGCAAATGAAGGCTACACGAGCTGCGGCCCGGTAGTCGAGATGTCATGGCACAGGGCCGGTGTCCTGCTGCTAGGGGCTCAGTCCTGCCTACCTGTCCCGGGGGTTCCGGCCGTAGGTGGGGTTGGGTCGGTACTCTTGTTTATGGCTAGGATGGGTTGGAAACTATGTCATGTCTTCCGTCCGTATAGCGTGGTGGTATGTGGCACGTGGTTACACGTGAGGAAGATGTGTCTTGTGGGTAAAGATGTACACCTCTGATCAGAGTATAATATATTCGAGTAGCCGCGCCCTCGGTTATGGGCAAGCCGAGCAATGTACCCAAGTTAGTGTTTTTAATTCTTAAAACCTGCTTTTGATCCTTGGGATGAATTGGTTGGCTCAATTCCAAGGAGTAGTGGATTGCACAAGACGCACTATCACTCTATACCAAGGGCCGGAACAACCGGTTGTTTTCTTTGCACCCCCAACCTCTGTCGGCAGTTCAGAACTTCATCAGATAGGACTGTCAGAAATCCCCATCGTTAGTGAGTTCGGAGATGTGCTTCCGGAAGAACTACCCGGTATGCCACCCAAGCGAGAGATTGAGTTCCGGATAGATCTTGCTCCAGGAACCACTCCTCTGTACAAGCGACCCTACCGTATGGCAGCAAATGAACTGGCCGAAGTCAAGAGACAGTTGGAAGAGTTGAAAGAAAAGGGATATATACGGCCGAGCACTTCCCCCTGGGGTGCTCCCGTGATTTTTGTGGAAAAGGACAAGACAAAGAGGATGTGTGTTGACTACAGAGCTCTCAATGAAGTCACTATCAAAAATAAGTACCCTTCTCCCCGGATCGATGTCACGTCCTGATAAATTCATCCCGAAATAAAAATCATTTTCTAAAAGGAATAATAGAATTAATTAAAATTCGAAAAGAAATTGGCAAACACTAAAATACGTACAAGAAAATTTCGAATGTGGTCCAGAGAATTTTTGTTGAATTCTCCTTGGTCTAAAAGGAGCCCTCAAATTTTACTTGAATTTTCAGAGCACCAAAAATATTTATTAAACAACAACAACAATTATC]


>consensus_1081#0 GCAGCTTCGGAGGATCCGCTCTTCGTGGAAGTTGAAGCCGGCGTTTGGGAAAGCGAGCAA GGCAAGTCACATCATCCTTGAACATATTGAATCCCAGTTTATAAAATTATGTTGCTTTAA ATTATTGCATTATCACTTTATTTAAATTCCCGCGTTATCACTGTTTTATCTAGCCATGCC TATCTACCTTTGTTATGACCTTATTATTATTGTTATTGTTATTATTACCTTGTTCACCCT AGATTAAACAAAACCCCAACTAGTGGACACTCTACTCATAGTACCACTAGTATAATTTTA GGTAGATGCTTCGCTGATTAATTAGGTAACATTAGGCGGTTTTACAACTCTAGACTTTGG GATATTCATATCACCTGGACACTTTGGAATTGTTGGTTTATTGTGGAATTGGATTCACAC CGCCCCCTCTATTCAAAATCCCCAAAATGGTTTTAGGCTGAGCTCGGGGTGCATGGTTTT GATAGTAGCACCTCGGCCATATAAGGACCGGTCTTCGGGCCTCTGTTGCAAAGCACTACC GTACTTCCACATGTCTAGTGGGTAAGGCTTAGTTTGTGGCTCAGTCTGGTTATAAACAAA AGTACACGGATGGAGATGGAGGAAGTCGGGGGTCGATGGACATCTCTAGGACAAATGAAG GCTACACGAGCTGCGGCCCGGTAGTCGAGATGTCGTGGCACAGGGCCGGTGTCCTGCTGC TAGGGGCTCAGTCCTGCCTACCTGTCCCGGGGGTTCCGGCCGTAGGTGGGGTTGGGTCGG TACTCTTGTTTATGGCTAGGATGGGTTGGAAACTATGTCATGTCTTCCGTCCGTATAGCG TGGTGGTATGTGGCACGTGGTTACACGTGAGGAAGATGTGTCTTGTGGGTAAAGATGTAC ACCTCTGATCAGAGTATAATATATTCGAGTAGCCGCGCCCTCGGTTATGGGCAAGCCGAG CAATGTACCCAAGTTAGTGTTTTTAATTCTTAAAACCTGCTTTTGATCCTTGGGATGAAT TGGTTGGCTCAATTCCAAGGAGTAGTGGATTGCACAAGACGCACTATCACTCTATACCAA GGGCCGGAACAACCGGTTGTTTTCTTTGCACCCCCAACCTCTGTCGGCAGTTCAGAACTT CATCAGATAGGACTGTCAGAAATCCCCATCGTTAGTGAGTTCGGAGATGTGCTTCCGGAA GAACTACCCGGTATGCCACCCAAGCGAGAGATTGAGTTCCGGATAGATCTTGCTCCAGGA ACCACTCCTCTGTACAAGCGACCCTACCGTATGGCAGCAAATGAACTGGCCGAAGTCAAG AGACAGTTGGAAGAGTTGAAAGAAAAGGGATATATACGGCCGAGCACTTCCCCCTGGGGT GCTCCCGTGATTTTTGTGGAAAAGGACAAGACAAAGAGGATGTGTGTTGACTACAGAGCT CTCAATGAAGTCACTATCAAAAATAAGTACCCTTCTCCCCGGATCGATGTCACGTCCTGA TAAATTCATCCCGAAATAAAAATCATTTTCTAAAAGGAATAATAGAATTAATTAAAATTC GAAAAGAAATTGGCAAACACTAAAATACGTACAAGAAAATTTCGAATGTGGTCCAGAGAA TTTTTGTTGAATTCTCCTTGGTCTAAAAGGAGCCCTCAAATTTTACTTGAATTTTCAGAG CACCAAAAATATTTATTAAACAACAACAACAATTATC



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)