Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 10873 cluster # 10873       Sequences # 8       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10873#0 length = 1297 sequences # 8  

consensusID : consensus_10873#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 1297
fasta sequence
                              [GCCGCTCACAAACCCTAGCCCCCATGTCATCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGGAAATGGCGGAGGGCGAGGTCGAGAGCCGCGACTGGGCGGAGATGCCGTCGGACGCGCTCGCGGCGGTGTTCGGGAAGCTGGACGTGACCGACCTCCTGGTCGGGGCCGGGGTGGTGTGCCGCGCGTGGCGCCGGCTCGCGGCGATCGACCCCACGCTGTGGCGCCGCGTGGATATGAGCCACCAGGGAGACATCATGGAGGTCGACGAGGCGGTGGCCATGGCGCGCGCCGCGG-TGGACCGAGCCGCCGGCACCATGGAAGCTTTCTGGGCCGACTCCTTCGTCACCGATGGCCTCCTCCTCTACATCTCCGAGAGAGCCTCCTCATTGAAGAGCCTTCAACTCAGCATGTGCCTTAATGTCAGTAATGAAGGGATGGCAGAGGCAATGAAGGGCTTTCCTCGGCTTGAGGAGCTGGATATTACATTCTGTTCTTTGTATGGTGATGTGTGTGCATCCGTTGGCAAAGCTTGCCCAGAGCTCAAATGCTTCAGGCTGAACGAACGTTATACTTTACAAATGGATTATGCAGCCCCTGATATCATGGATGATGACA-CTGAAGCATTAGGGATTGC-AA-GCAATATGCCCAAGCTCAGAGAGCTTCAGCTGATTGGCAACAAGCTAACTAATGATGGGCTGATGTCAATCCTTGACCACTGCCAGCACCTTGAATCCCTGGACATACGCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATGCTCTGAAATCAAAGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTAAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACCGGGCTTACATTTTCAGCAGCAGTGCCTTTTCTGGTTCTGATTTAGAGCTTGATATGTATGATGATCTGCTGGATGTGGTCACTGATGATGATGATGCTGACTTTGATGATATGGATGATTATGATGATGGGGGCTCAGATGGTGGCATGTACGATGAATTTGATATCTGATGAGAATTACACTGTGCATGTGAAAATCGAGAGCTAGAACAGTTTGGTGCTTCTGTGTGTTGAGAATATGGAATTAGGTCTTCATATCAGCGGCAATGTTTATCACTTAGCTACAGCAGATCTGCTGGTGTTTATATTCAGTGTTCTTTTCTGGCCTCATTTTCCAAGAATCTGTAATTGATTATATGTTGACTTTGCTACGAGTAGTAGTTTTGCAGACATGTTCTGAGTAGGATGCTTGCAAATGTGATAATATTGCATTCCTGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AU225653             [GCCGCTCACAAACCCTAGCCCCCATGTCATCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGGAAATGGCGGAGGGCGAGGTCGAGAGCCGCGACTGGGCGGAGATGCCGTCGGACGCGCTCGCGGCGGTGTTCGGGAAGCTGGACGTGACCGACCTCCTGGTCGGGGCCGGGGTGGTGTGCCGCGCGTGGCGCCGGCTCGCGGCGATCGACCCCACGCTGTGGCGCCGCGTGGATATGAGCCACCAGGGAGACATCATGGAGGTCGACGAGGCGGTGGCCATGGCGCGCGCCGCGG TGGACCGAGCCGCCGGCACCATGGAAGCTTTCTGGGCCGACTCCTTCGTCACCGATGGCCTCCTCCTCTACATCTCCGAGAGAGCCTCCTCATTGAAGAGCCTTCAACTCAGCATGTGCCTTAGTGTCAGTATTGAAGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL AK071724             [         AAACCCTAGCCCCCATGTCATCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGGAAATGGCGGAGGGCGAGGTCGAGAGCCGCGACTGGGCGGAGATGCCGTCGGACGCGCTCGCGGCGGTGTTCGGGAAGCTGGACGTGACCGACCTCCTGGTCGGGGCCGGGGTGGTGTGCCGCGCGTGGCGCCGGCTCGCGGCGATCGACCCCACGCTGTGGCGCCGCGTGGATATGAGCCACCAGGGAGACATCATGGAGGTCGACGAGGCGGTGGCCATGGCGCGCGCCGCGG TGGACCGAGCCGCCGGCACCATGGAAGCTTTCTGGGCCGACTCCTTCGTCACCGATGGCCTCCTCCTCTACATCTCCGAGAGAGCCTCCTCATTGAAGAGCCTTCAACTCAGCATGTGCCTTAATGTCAGTAATGAAGGGATGGCAGAGGCAATGAAGGGCTTTCCTCGGCTTGAGGAGCTGGATATTACATTCTGTTCTTTGTATGGTGATGTGTGTGCATCCGTTGGCAAAGCTTGCCCAGAGCTCAAATGCTTCAGGCTGAACGAACGTTATACTTTACAAATGGATTATGCAGCCCCTGATATCATGGATGATGACA CTGAAGCATTAGGGATTGC AA GCAATATGCCCAAGCTCAGAGAGCTTCAGCTGATTGGCAACAAGCTAACTAATGATGGGCTGATGTCAATCCTTGACCACTGCCAGCACCTTGAATCCCTGGACATACGCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATGCTCTGAAATCAAAGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTAAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACCGGGCTTACATTTTCAGCAGCAGTGCCTTTTCTGGTTCTGATTTAGAGCTTGATATGTATGATGATCTGCTGGATGTGGTCACTGATGATGATGATGCTGACTTTGATGATATGGATGATTATGATGATGGGGGCTCAGATGGTGGCATGTACGATGAATTTGATATCTGATGAGAATTACACTGTGCATGTGAAAATCGAGAGCTAGAACAGTTTGGTGCTTCTGTGTGTTGAGAATATGGAATTAGGTCTTCATATCAGCGGCAATGTTTATCACTTAGCTACAGCAGATCTGCTGGTGTTTATATTCAGTGTTCTTTTCTGGCCTCATTTTCCAAGAATCTGTAATTGATTATATGTTGACTTTGCTACGAGTAGTAGTTTTGCAGACATGTTCTGAGTAGGATGCTTGCAAATGTGATAATATTGCATT                         ]
[+] EMBL CB654278             [               TAGCCCCCCTGTCATCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGGAAATGGCGGAGGGCGAGGTCGAGAGCCGCGACTGGGCGGAGATGCCGTCGGACGCGCTCGCGGCGGTGTTCGGGAAGCTGGACGTGACCGACCTCCTGGTCGGGGCCGGGGTGGTGTGCCGCGCGTGGCGCCGGCTCGCGGCGATCGACCCCACGCTGTGGCGCCGCGTGGATATGAGCCACCAGGGAGACATCATGGAGGTCGACGAGGCGGTGGCCATGGCGCGCGCCGCGG TGGACCGAGCCGCCGGCACCATGGAAGCTTTCTGGGCCGACTCCTTCGTCACCGATGGCCTCCTCCTCTACATCTCCGAGAGAGCCTCCTCATTGAAGAGCCTTCAACTCAGCATGTGCCTTAATGTCAGTAATGAAGGGATGGCAGAGGCAATGAAGGGCTTTCCTCGGCTTGAGGAGCTGGATATTACATTCTGTTCTTTGTATGGTGATGTGTGTGCATCCGTTGGCAAAGCTTGCCCAGAGCTCAAATGCTTCAGGCTGAACGAACGTTATACTTTACAAATGGATTATGCAGCCCCTGATATCATGGATGATGACA CTGAAGCATTAGGGATTGC AA GCAATATGCCCAAGCTCAGAGAGCTTCAGCTGATTGGCAACAAGCTAACTAATGATGGGCTGATGTCAATCCTTGACCACTGCCAGCACCTTGAATCCCTGGACATACGCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATGCTCTGAAAT AAAGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTTAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACCGGGCTTACATTTTCAGCAGCAGTGCCTTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL AU055964             [                                                                                                                                                                                             TCGCGGCGATCGACCCCACGCTGT GCGCCGCGTGGATATGAGCCACCAGGGAGACATCATGGAGGTCGACGAGGCGGTGGCCATGGCGCGCGCCGCGGNTGGACCGAGCCGCCGGCACCATGGAAGCTTTCTGGGCCGACTCCTTCGTCACCGATGGCCTCCTCCTCTACATCTCCGAGAGAGCCTCCTCATTGAAGAGCCTTCAACTCAGCATGTGCCTTAATGTCAGTAATGAAGGGATGGCAGAGGCAATGAAGGGCTTTCCTCGGCTTGAGGAGCTGGATATTACATTCTGTTCTTTGTATGGTGATGTGTGTGCATCCGTTGGCAAAGCTTGCCCAGAGCTCAAATGCTTCAGGCTGAACGAACGTTATACTTTACAAATGGATTATGCAGCCCCTGATATCATGGATGATGACA CTGAAGCATTAGGGATTGCAAA GCAATATGCCCAAGCTCAGAGAGCTTCAGCTGATTGGCAACAAGCTAACTAATGATGGGCTGATGTCAATCCTTGACCACTGCCAGCACCTTGAATCCCTGGACATACGCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATGCTCTGAAATCAAAGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTAAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACCGGGNTTACATTTTCAGAAGCAGTG CTTTTCTGGTNCTGATTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CB654279             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAAAGCTTGCCCAGAGCTCAAATGCTTCAGGCTGAACGAACGTTATACTTTACAAATGGATTATGCAGCCCCTGATATCATGGATGATGACA CTGAAGCATTAGGGATTGC AA GCAATATGCCCAAGCTCAGAGAGCTTCAGCTGATTGGCAACAAGCTAACTAATGATGGGCTGATGTCAATCCTTGACCACTGCCAGCACCTTGAATCCCTGGACATACGCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATGCTCTGAAATCAAAGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTAAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACCGGGCTTACATTTTCAGCAGCAGTGCCTTTTCTGGTTCTGATTTAGAGCTTGATATGTATGATGATCTGCTGGATGTGGTCACTGATGATGATGATGCTGACTTTGATGATATGGATGATTATGATGATGGGGGCTCAGATGGTGGCATGTACGATGAATTTGATATCTGATGAGAATTACACTGTGCATGTGAAAATCGAGAGCTAGAACAGTTTGGTGCTTCTGTGTGTTGAGAATATGGAATTAGGTCTTCATATCAGCGGCAATGTTTATCACTTAGCTACAGCAGATCTGCTGGTGTTTATATTCAGTGTTCTTTTCTGGCCTCATTTTCCAAGAATCTGTAATTGATTATATGTTGACTTTGCTACGAGTAGTAGTTTTGCAGACATGTTCTGAGTAGGAAGGGGGCAAATGTGATAATATTGCATTCCTGAGAAAACTTAAAA        ]
[+] EMBL AT003380             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCANCCCCTGATNTCATGGNTGATGNCN CTGAAGCNTTAGGGATTGC AANCCAATATGCCCAAGCTAAGAGANCTTNAGCTGATNGGCACCAAGCTAACTAATGATGGGCTGATGTCAATCCTTGACCNCTGCCAGCNCCTTGAATCCCTGGACATACGCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATGCTCTGAAATCAAAGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTAAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACCGGGCTTACATTTTCAGCAGCAGTGCCTTTTCTGGTTCTGATTTAGAGCCTGATATGTATGATGATCTGCTGGATGTGGTCACTGATGATGATGATGCTGACTTTGATGATATGGATGATTATGATGATGGGGGCTCAGATGGTGGCATGTACGATGAATTTGATATCTGATGAGAATTACACTGTGCATGTGAAAATCGAGAGCTAGAACAGTTTGGTGCTTCTGTGTGTTGAGAATATGGAATTAGGTCTTCATATCAGCGGCAATGTTTATCACTTAGCTACAGCAGATCTGCTGGTGTTTATATTCAGTGTTCTTTTCTGGCCTCATTTTCCAAGAATCTGTAATTGATTATATGTTGACTTTGCTACGAGTAGTAGTTTTGCAGACATGTTCTGAGTAGGATGCTTGCAAATGTGATAATATTGCATTCCTGAGAAAAAAAAAA         ]
[+] EMBL AU055965             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GATGACACCTGANGCATTAGGGATTGC AA GCNATATGCCCAAGCTCAGAGAGCTTCAGCTGATTGGCAACAAGCTAACTAATGATGGNCTGATGTCAANCCTTGACCACTGCCAGCACCTTGAATCCCTGGACATACNCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATNCTCTGAAATCAAAGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTAAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACCGGGCTTACATTTTCAGCAGCAGTNCCTTTTCTGGTTCTGATTTAGAGCTTGATATGTATGATGATCTGCTGGATGTGGTCACTGATGATGATGATGCTGACTTTGATGATATGGATGATTATGATGATGGGGGCTCAGATGGTGGCATGTACGATGAATTTGATATCTGATGAGAATTACACTGTGCATGTGAAAATCGAGAGCTAGAACAGTTTGGTGCTTCTGTGTGTTGAGAATATGGAATTAGGTCTTCATATCAGCGGCAATGTTTATCACTTAGCTACAGCAGATCTGCTGGTGTTTATATTCAGTGTTCTTTTCTGGCCTCATTTTCCAAGAATCTGTAATTGATTATATGTTGACTTTGCTACGAGTAGTAGTTTTGCAGACATGTTCTGAGTAGGATGCTTGCAAATGTGATAATATTGCATTCCTGNGAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AT003682             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTGCTTCTGTGTGTTGAGAATATGGAATTAGGTGTTCATATCAGCGGCAATGTTTATCACTTAGCGNCAGCAGATCTGGTGGNGTTTATATTCAGTGTTCTTTTCTGGCCTCATTTTCCAAGAATCTGTAATTGATTATATGTTGGCTTTGNTGCGAGTAGTAGTTTTGCAAACATGTTCTGAGTAGGATGCTTGCAAATGTGATAATATTGCATTCCTGAGAAAAAAAAA          ]


>consensus_10873#0 GCCGCTCACAAACCCTAGCCCCCATGTCATCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGGAAATGG CGGAGGGCGAGGTCGAGAGCCGCGACTGGGCGGAGATGCCGTCGGACGCGCTCGCGGCGG TGTTCGGGAAGCTGGACGTGACCGACCTCCTGGTCGGGGCCGGGGTGGTGTGCCGCGCGT GGCGCCGGCTCGCGGCGATCGACCCCACGCTGTGGCGCCGCGTGGATATGAGCCACCAGG GAGACATCATGGAGGTCGACGAGGCGGTGGCCATGGCGCGCGCCGCGGTGGACCGAGCCG CCGGCACCATGGAAGCTTTCTGGGCCGACTCCTTCGTCACCGATGGCCTCCTCCTCTACA TCTCCGAGAGAGCCTCCTCATTGAAGAGCCTTCAACTCAGCATGTGCCTTAATGTCAGTA ATGAAGGGATGGCAGAGGCAATGAAGGGCTTTCCTCGGCTTGAGGAGCTGGATATTACAT TCTGTTCTTTGTATGGTGATGTGTGTGCATCCGTTGGCAAAGCTTGCCCAGAGCTCAAAT GCTTCAGGCTGAACGAACGTTATACTTTACAAATGGATTATGCAGCCCCTGATATCATGG ATGATGACACTGAAGCATTAGGGATTGCAAGCAATATGCCCAAGCTCAGAGAGCTTCAGC TGATTGGCAACAAGCTAACTAATGATGGGCTGATGTCAATCCTTGACCACTGCCAGCACC TTGAATCCCTGGACATACGCCAGTGCTACAGCATTCAAATGGATGATGCTCTGAAATCAA AGTGTTCTAGAATAAGTGATCTTAAGCTTCCTCATGACTCGATCTCTGATTTCAAGTACC GGGCTTACATTTTCAGCAGCAGTGCCTTTTCTGGTTCTGATTTAGAGCTTGATATGTATG ATGATCTGCTGGATGTGGTCACTGATGATGATGATGCTGACTTTGATGATATGGATGATT ATGATGATGGGGGCTCAGATGGTGGCATGTACGATGAATTTGATATCTGATGAGAATTAC ACTGTGCATGTGAAAATCGAGAGCTAGAACAGTTTGGTGCTTCTGTGTGTTGAGAATATG GAATTAGGTCTTCATATCAGCGGCAATGTTTATCACTTAGCTACAGCAGATCTGCTGGTG TTTATATTCAGTGTTCTTTTCTGGCCTCATTTTCCAAGAATCTGTAATTGATTATATGTT GACTTTGCTACGAGTAGTAGTTTTGCAGACATGTTCTGAGTAGGATGCTTGCAAATGTGA TAATATTGCATTCCTGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)