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Oryza sativa
cluster # 11023 cluster # 11023       Sequences # 8       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_11023#0 length = 966 sequences # 8  

consensusID : consensus_11023#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 966
fasta sequence
                              [GACGCCGATCAACCTCTCCTTCGCCATGAACGCCCGGCCGCTCCTCCTCCCGCGCGGCGGCGCCGGGTTCTACGGCAACTGCTACTACATCATGCGGGTGGCCTCCACCGCCGGGAGGGTGGCGACGGCGAGCGTCACCGACGTGGTGAGGATGATCCGGGAGGGGAAGAAGCGGCTCCCGTCGGAGTTCGCGCGGTGGGCCGCCGGAGAGATGGCCGGAGTCGACCCGTACCAGATCACCTCCGACTACCGGACGCTGC-TGGTCTCCG-ACTGG-AC-GCGGCTGGGCTTCGCCGAGGTGGACTACGGGTGGGGCCCACCGGGCCACGTCGTGCCGCTCACGAACCTGGACTACATCGCCACGTGTATCCTCGTCAAGCCCTGGGCCCACAAACCAGGGGCACGGCTCATCACCCAGTGCGTCACACCCGACCGCGTCACCGCCTTCCACGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTATTATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTACCACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAAAAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGGTAGATGGTAGTAGTTGTTGGCATTATTAGTGGGATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTACATGCTGGGTATTCCTTTTA-TTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGTGGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGTGTACCATATATTGTATTCAATTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAGCTGGCAAGGTGTACAGCCTCTTTAGTTGTACCA]

[-] EMBL CB669648             [GACGCCGATCAACCTCTCCTTCGCCATGAACGCCCGGCCGCTCCTCCTCCCGCGCGGCGGCGCCGGGTTTTACGGCAACTGCTACTACATCATGCGGGTGGCCTCCACCGCCGGGAGGGTGGCGACGGCGAGCGTCACCGACGTGGTGAGGATGATCCGGGAGGGGAAGAAGCGGCTCCCGTCGGAGTTCGCGCGGTGGGCCGCCGGAGAGATGGCCGGAGTCGACCCGTACCAGATCACCTCCGACTACCGGACGCTGG TGGTTTCCG ACTGG AC GCGGCTGGGCTTCGCCGAGGTGGACTACGGGTGGGGCCCACCGGGCCACGTCGTGCCGCTCACGAACCTGGACTACATCGCCACGTGTATCCTCGTCAAGCCCTGGGCCCACAAACCAGGGGCACGGCTCATCACCCAGTGCGTCACACCCGACCGGGTCACCGCCTTCCACGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTATTATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTACCACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL AK100028             [ ACGCCGATCAACCTCTCCTTCGCCATGAACGCCCGGCCGCTCCTCCTCCCGCGCGGCGGCGCCGGGTTCTACGGCAACTGCTACTACATCATGCGGGTGGCCTCCACCGCCGGGAGGGTGGCGACGGCGAGCGTCACCGACGTGGTGAGGATGATCCGGGAGGGGAAGAAGCGGCTCCCGTCGGAGTTCGCGCGGTGGGCCGCCGGAGAGATGGCCGGAGTCGACCCGTACCAGATCACCTCCGACTACCGGACGCTGC TGGTCTCCG ACTGG AC GCGGCTGGGCTTCGCCGAGGTGGACTACGGGTGGGGCCCACCGGGCCACGTCGTGCCGCTCACGAACCTGGACTACATCGCCACGTGTATCCTCGTCAAGCCCTGGGCCCACAAACCAGGGGCACGGCTCATCACCCAGTGCGTCACACCCGACCGCGTCACCGCCTTCCACGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTATTATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTACCACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAAAAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGGTAGATGGTAGTAGTTGTTGGCATTATTAGTGGGATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTACATGCTGGGTATTCCTTTTA TTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGTGGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGTGTACCATATATTGTATTCAATTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAGCTGGCAAGGTGTACAGCCT              ]
[+] EMBL OSR07341A            [ ACGCCGATCAACCTCTCCTTCGCCATGAACGCCCGGCCGCTCCTCCTCCCGNGCGGCGGCGCCGGGTTCTACGGCAACTGCTACTACATCATGCGGGTGGCCTCCACCGCCGGGAGGGTGGCGACGGCGAGCNTCACCGACGTGGTGAGGATGATCCGGGAGGGGAAGAAGCGGCTCCCGTCGGAGTTCGCGCGGTGGGCCGCCGGAGAGATGGCCGGAGTCGACCCGTACCAGATNAACTTCGACTACCGGACGNTGCTTGGTGTTCGAATTGGAACGGCGGNTGGGTTTNGGCGAGGTGGAtt                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[-] EMBL CB684363             [                                                                                                                                                                                                                                          GATCACCTCCGACTACCGGACGCTGC TGGTCTCCG ACTGG AC GCGGCTGGGCTTCGCCGAGGTGGACTACGGGTGGGGCCCACCGGGCCACGTCGTGCCGCTCACGAACCTGGACTACATCGCCACGTGTATCCTCGTCAAGCCCTGGGCCCACAAACCAGGGGCACGGCTCATCACCCAGTGCGTCACACCCGACCGCGTCACCGCCTTCCACGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTATTATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTACCACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAAAAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGGTAGATGGTAGTAGTTGTTGGCATTATTAGTGGGATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTACATGCTGGGTATTCCTTTTATTTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGTGGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGTGTACCATATATTGTATTCAATTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAGCTGGCAAGGTGTACAGCCTCTTTAGTTGTA   ]
[-] EMBL CB680108             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GAACCTGGACTACATCGCCACGTGTATCCTCGTCAAGCCCTGGGCCCACAAACCAGGGGCACGGCTCATCACCCAGTGCGTCACACCCGACCGCGTCACCGCCTTCCACGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTATTATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTACCACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAAAAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGGTAGATGGTAGTAGTTGTTGGCATTATTAGTGGGATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTACATGCTGGGTATTCCTTTTA TTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGTGGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGTGTACCATATATTGTATTCAATTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAAGGGGCAAGGTGTACAGCCTCTTTAGTTGTACCA]
[+] EMBL CB680107             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACTACATCGCCACGTGTATCCTCGTCAAGCCCTGGGCCCACAAACCAGGGGCACGGCTCATCACCCAGTGCGTCACACCCGACCGCGTCACCGCCTTCCACGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTATTATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTACCACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAAAAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGGTAGATGGTAGTAGTTGTTGGCATTATTAGTGGGATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTACATGCTGGGTATTCCTTTTA TTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGTGGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGTGTACCATATATTGTATTCAATTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAGCTGGCAAGGTGTACAGCCTCTTT          ]
[-] EMBL CB641874             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CACCCAGTGGGTCACACCCGACGGGGTCACCGCCTTCCAGGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTATTATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTACCACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAAAAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGGTAGATGGTAGTAGTTGTTGGCATTATTAGTGGGATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTACATGCTGGGTATTCCTTTTA TTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGTGGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGGGTACCATATATTGTATTCAATTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAn                                 ]
[+] EMBL BI812308             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATTAATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAAAAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGTTAGATGGTA TTTTTGTTGCCATTATTAGTGGGATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTACATGCTGGGTATTCCTTTTC TTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGTGGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGTGTACCATATATTGTATTCAATTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAGCTGGCAAaaaaaaaa                  ]


>consensus_11023#0 GACGCCGATCAACCTCTCCTTCGCCATGAACGCCCGGCCGCTCCTCCTCCCGCGCGGCGG CGCCGGGTTCTACGGCAACTGCTACTACATCATGCGGGTGGCCTCCACCGCCGGGAGGGT GGCGACGGCGAGCGTCACCGACGTGGTGAGGATGATCCGGGAGGGGAAGAAGCGGCTCCC GTCGGAGTTCGCGCGGTGGGCCGCCGGAGAGATGGCCGGAGTCGACCCGTACCAGATCAC CTCCGACTACCGGACGCTGCTGGTCTCCGACTGGACGCGGCTGGGCTTCGCCGAGGTGGA CTACGGGTGGGGCCCACCGGGCCACGTCGTGCCGCTCACGAACCTGGACTACATCGCCAC GTGTATCCTCGTCAAGCCCTGGGCCCACAAACCAGGGGCACGGCTCATCACCCAGTGCGT CACACCCGACCGCGTCACCGCCTTCCACGACGCCATGGTGGACATCAACTAATTTATTAT TATAATTATAATTATTATTATTATTATTATTCCCTTTTCTTTTTATTTTATTTTTTTTAC CACGCCACCTTTTTCACTTTGTTTTTTTACCACTACTTCCTTATAATTAATTAATTAATT AATTAGATATTAATAATGAAGAATTAAGGGTAAAAAAAGGAGAGGATAAAGAAAGGTGAA AAGTACATATTGATATTGAGGGTACAGGTAGATGGTAGTAGTTGTTGGCATTATTAGTGG GATTGGTATTGGATTCCTTTGGTGTTGTTTGGTCAAGTGTATACTGGAGAACAGCTACTA CATGCTGGGTATTCCTTTTATTTTTTTTTCTTTTTTTTGGGATCAAAAGCTGGAATTGGT GGGAAGCCACCAACTAACCAGTATGTCCCCCTTGATAAGTGTACCATATATTGTATTCAA TTTTTATCTTATTTTCAGAATGGTATATATAAGCTGGCAAGGTGTACAGCCTCTTTAGTT GTACCA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)