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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_11211#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 1271 fasta sequence
[CTGGTCCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG--AAATA-TAT-------TATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA-TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAACTCTTATTTAGGAAAAAAAAA]
[+] EMBL CF276697 [CTGGTCCAGGCAGAGAGA CAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGTTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGG ]
[+] EMBL AK061188 [ TGGTCCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATGT ]
[+] EMBL AK099072 [ TCCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATG ]
[+] EMBL AK067876 [ CCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAACT ]
[+] EMBL CA765871 [ CATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACAAGTATTCCCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGATTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGGATTATTTAATACTAGAATGAA CAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGGNAATGAAAAATATTATCTTA TATCTTATATATTACATGGGCTTTAACGGAGTATACAACGACTATTAAANGTNTTCTATAAGGGATTTCAAANTAATCATAACTCTT ]
[+] EMBL AU225501 [ gccgcTCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAA ]
[-] EMBL CA759269 [ ATGGGAGCAAATAACTTGCTCAACAATTATTTTACGCCTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCCGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGATTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATTTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCTTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TATTATCTTATATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAACTCTTATTTAGGAAAA ]
[-] EMBL CF276698 [ GAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATTTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATTTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAAATCTTATTTAGGAAAAAAAAA]
clustalw multiple alignements is not computed in this case |
| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||