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Oryza sativa
cluster # 12917 cluster # 12917       Sequences # 11       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_12917#0 length = 1065 sequences # 11  

consensusID : consensus_12917#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 11
consensus length = 1065
fasta sequence
                              [TACTCCCCTAGTTGTCAAGGGATTTTGTACAGTGAATTAGATAGCTAAGACATATGGTGTGTTAGAAATGTTGGGTTTATTTTAATGTAGCATAAATTAACATATATTTGTATGATAAAATCTGAAGGTAGAAAAATTGTTTTTTGGGGTCAGTTCTTGAAGATTAGTAGAAGTAATGCAAATGAATAATAATCACATAGTCCAATAGAGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATA-TAGAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATTAAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTATTTTTTTTAGTTTTCAAAATTAGGTCAAACAAGCGAGGTGCAATATATAGTTATCTAAAATGTG-TTTCTAACATATATATAATCGATAAATCAGGGTCAACTGCAGGATAAGTGCATAAGGATGTGAATAAAGGATAAGGAAAAGTTTAGGAGCATGACATACCCAAAGAGTTTTCCCATTTACTTAAAACCGAAAACCAATTTGTTACTTANGGCATGTTTGACACACATTTTAGATCTGCGGTGAATTTGAAGTTTGTATGTTAAATTATAGTGGTTTAAATTTTT]

[+] EMBL CB635307             [TACTCCCCTAGTTGTCAAGGGATTTTGTACAGTGAATTAGATAGCTAAGACATATGGTGTGTTAGAAATGTTGGGTTTATCTTAATGTAGCATAAATTATCATATATTTGTATGATAAAATCTGAAGGTAGAAAAATTGTTTTTTGGGGTCAGTTCTTGAAGATTAGTAGAAGTAATGCAAATGAATAATAATCACATAGTCCAATAGAGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATA TAGAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATTAAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTATTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CB635528             [TACTCCGCGAGTTGTCAAGGGATTTTGTACAGTGAATTAGATAGCTAAGACATATGGTGTGTTAGAAATGTTGGGTTTATTTTAATGTAGCATAAATTAACATATATTTGTATGATAAAATCTGAAGGTAGAAAAATTGTTTTTTGGGGTCAGTTCTTGAAGATTAGTAGAAGTAATGCAAATGAATAATAATCACATAGTCCAATAGAGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATA TAGAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATTAAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTA TTTTTTTAGTTTTCAAAATTAGGTCAAACAAGCGAGGTGCAATATATAGTTATCTAAAATGTGTTTTCTAca                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CB631170             [                              AGTGAATTAGATAGCTAAGACATATGGTGTGTTAGAAATGTTGGGTTTATTTTAATGTAGCATAAATTAACATATATTTGTATGATAAAATCTGAAGGTAGAAAAATTGTTTTTTGGGGTCAGTTCTTGAAGATTAGTAGAAGTAATGCAAATGAATAATAATCACATAGTCCAATAGAGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATA TAGAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATTAAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTATTTTTTTTAGTTTTCCAAATTANGTCAAACA                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CB635279             [                                             TAAGACATATGGCGTGTTAAAAATGTTGGGTCCATTTTAATGTATCATAAATTAACATATATTTGTATGATAAAATCTGAAGGTAGAAAAATTGTTTTTTGGGGCCAGATCTTGAAAATTAGGAGAAGTAATGCAAATGAATAATAATCACTTATTCCAATAGAGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATA TATAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTACAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CB626720             [                                                                                                                                                                                                                AGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATA TAGAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATTAAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTATTTTTTTTAGTTTTCAAAATTAGGTCAAACAAGCGAGGTGCAATATATAGTTATCTAAAATGTG TTTCTAACATATATATAATCGATAAATCAGGGTCAACTGCAGGATAAGTGCATAAGGATGTGAATAAAGGATAAGGAAAAGTTTAGGAGCATGACATACCCAAAGAGTTTTCCCATTTACTTAAAACCGAAAACCAATTTGTTACTTANGGCATGTTTGACACACATTTTAGATCTGCGGTGAATTTGAAAGTTGTATGTTAAATTATAGTGGTTTAAATTTTT]
[+] EMBL CB627097             [                                                                                                                                                                                                                AGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATA TAGAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATTAAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTATTTTTTTTAGTTTTCAAAATTAGGTCAAACAAGCGAGGTGCAATATATAGTTATCTAAAATGTG TTTCTAACATATATATAATCGATAAATCAGGGTCAACTGCAGGATAAGTGCATAAGGATGTGAATAAAGGATAAGGAAAAGTTTAGGAGCATGACATACCCAAAGAGTTTTCCCATTTACTTAAAACCGAAAACCAATTTGTTACTTANGGCATGTTTGACACACATTTTAGATCT                                                ]
[+] EMBL CB630074             [                                                                                                                                                                                                                          ATAGGACAATATTTATAATA TAGAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAATCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACCAAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAATGTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTGCATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGTTTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATATGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCCATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATTAAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTATTTTTTTTAGTTTTCAAAATTAGGTCAAACAAGCGAGGTGCAATATATAGTTATCTAAAATGTG TTTCTAACATATATATAATCGATAAATCAGGGTCAACTGCAGGATAAGTGCATAAGGATGTGAATAAAGGATAAGGAAAAGTTTANGAGCATGACATACCCAAAGAGTTTTCCCATTTACTTAAAACCGAAAACCAATTTGTTACTTANGGCATGTTTG                                                                 ]
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[-] EMBL CB627558             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGCATAAGGATGTGAATAANGGATAAGGAAAAGTTTAGGAGCATGACATACCCAAAGAGTTTTCCCATTTAC TAAAACCGAAAACCAATTTGTTACTTAGGGCATGTTTGACACACATTTTAGATCTGCGGTGAATTTGAAGTTTGTATGTTAAATTATAGTGGTTTAA      ]
[-] EMBL CB627098             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAACCGAAAACCAATTTG TACTTAGGGCATGTTTGACACACATTTTAGATCTGCGGTGAATTTGAAGTTTGTATGTTAAATTATAGTGGTTTAA      ]
[-] EMBL CB626721             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAGATCTGCGGTGAATTTGAAGTTTGTATGTTAAATTATAGTGGTTTAA      ]


>consensus_12917#0 TACTCCCCTAGTTGTCAAGGGATTTTGTACAGTGAATTAGATAGCTAAGACATATGGTGT GTTAGAAATGTTGGGTTTATTTTAATGTAGCATAAATTAACATATATTTGTATGATAAAA TCTGAAGGTAGAAAAATTGTTTTTTGGGGTCAGTTCTTGAAGATTAGTAGAAGTAATGCA AATGAATAATAATCACATAGTCCAATAGAGGAACTAATATAGGACAATATTTATAATATA GAAAAATATAAACCGACATACATTAAAGCATATAATTAATGCAATGGAAAAACTAATGAA TCAAGTACTATTCAATCAAGTTTCTCTATTTTTTTAAAAAAACAAAATTCAAATCAAACC AAATGAAGATGAAGAAATATAGGATTATATGTATATATGTTGATATATTGGGAAAATAAT GTGAGAATGATTTAATGTCCTTGTATGTTGAGCTCTTGAGTATAACAAATTGTAGATTTG CATGTTAAGATGTAATAATCATTAGTGGACGATGATGTAACATGTTTATATATGTTAAGT TTTAGAATATAGTGGGTTGTAATTTTATAGAAGGTATATATTATAGAAATAATGAATATA TGAAATATTATACAAATTATGTGGGATGATGATTTGACATTGTTGCATGTTGAGCTACCC ATAGCTCGAAGTGCAATTTACTCAAAATATAAAATTTGATTTGAAAGAGAGAAAAAAATT AAGAAAATGGTGATTTGTGCATTCTCCTCCCTTTATTACAATTCACTTGAAAATTTATTT TTTTTAGTTTTCAAAATTAGGTCAAACAAGCGAGGTGCAATATATAGTTATCTAAAATGT GTTTCTAACATATATATAATCGATAAATCAGGGTCAACTGCAGGATAAGTGCATAAGGAT GTGAATAAAGGATAAGGAAAAGTTTAGGAGCATGACATACCCAAAGAGTTTTCCCATTTA CTTAAAACCGAAAACCAATTTGTTACTTANGGCATGTTTGACACACATTTTAGATCTGCG GTGAATTTGAAGTTTGTATGTTAAATTATAGTGGTTTAAATTTTT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)