Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 1494 cluster # 1494       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1494#0 length = 2567 sequences # 2  

consensusID : consensus_1494#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 2567
fasta sequence
                              [GGGGGTCTGAGCTAATGCGCGCCGCCCCGATCTCCCGATCCGGTCCGCGCGCGCTCGATCCCCGCGCCTGATTTCTCCTCCCCGCCCGTCGCCGAGGAGAGCTCCGTCCAGTGAGGTATGGCGCGGAGTTCAACTGAGAGCAGGACCAGGACCACTGTATCTGTAGTTGTTTTATTTGGCCTTTGTTCCTTCTTCTATCTCTTGGGTGTGTGGCAGAGAAGTGGTTTCGGAAGAGGAGACAGCATAGCAGCTGTGGTGAACGAACAGACTAAATGCGTGGTTCTTCCAAACCTGAATTTTGAAACCCATCATAGTGCTTCAGACCTTCCTAATGATACTGGGAGTACTGAGGTTAAAACTTTCGAGCCATGTGATGCACAGTACACAGATTACACTCCCTGTGAGGAGCAAAAGCGTGCAATGACCTTCCCTAGGGATAATATGATATATCGGGAGAGGCATTGCCCACCTGAAAAGGATAAGCTCTATTGTCTGGTTCCAGCACCAAAGGGTTATGCTGCTCCTTTTCATTGGCCAAAGAGCCGTGATTATGTTCATTATGCAAATATCCCTCACAAGAGCCTCACGGTTGAGAAGGCTATCCAGAATTGGGTTCACTACGAGGGTAAAGTGTTCAGGTTTCCTGGTGGTGGAACACAGTTTCCTCAGGGTGCAGACAAGTATATAGACCATCTTGCTTCTGTTATCCCAATAGCCAATGGGAAAGTGAGAACAGCACTCGACACTGGTTGTGGGGTTGCTAGTCTAGGTGCTTACCTGTTGAAGAAAAATGTTTTGACCATGTCATTTGCACCAAGGGATAATCATGAGGCTCAAGTACAGTTTGCACTGGAGAGAGGTGTTCCCGCATATATAGGTGTTCTCGGATCAATGAAACTGTCATTCCCATCACGTGTCTTTGACATGGCCCACTGCTCAAGGTGTTTAATTCCATGGAGTGGAAATGATGGAATGTACATGATGGAAGTTGATAGGGTACTAAGGCCTGGAGGGTATTGGGTACTCTCAGGCCCACCAATTGGCTGAAGATTCACTATAAGGGATGGCAATGAACAAAGGATGATCTTCAAAGTGAGCAGAGAAGAATAGAACAATTTGCAGAACTTCTTTGTTGGAATAAGATTTCTGAGAAGGATGGTATTGCTATATGGAGAAAGAGAATAAACGACAAATCCTGCCCCATGAAACAAGAAAATCCAAAAGTTGACAAGTGTGAGTTGGCATATGACAATGATGTATGGTATAAGAAAATGGAGGTCTGTGTAACTCCCCTTCCCGAGGTTAAAACCATGACAGAGGTTGCTGGTGGTCAATTAGAGCCATTTCCCCAGAGACTCGATGCAGTACCTCCCAGGATTACCCATGGTTTTGTACCTGGGTTCTCAGTCCAGTCATATCAAGATGACAATAAACTTTGGCAGAAACATATTAACGCTTACAAAAAGATCAATAACTTGCTTGATACTGGAAGATACCGTAACATAATGGACATGAATGCTGGCCTTGGTAGTTTTGCTGCTGCATTGGAGTCCACGAAGCTGTGGGTCATGAATGTTGTTCCAACCATTGCAGATACTTCTACATTAGGTGTAATCTACGAGCGGGGATTAATAGGAATGTATCATGATTGGTGTGAAGGATTTTCTACATATCCAAGGACATATGATCTCATACATGCTAACGCTGTGTTCAGCTTATATGAGAATAAGTGTAAATTTGAAGATATACTATTGGAAATGGACCGGATCTTACGACCAGAGGGCGCAGTTATAATCCGTGACAAGGTTGATGTTCTTGTAAAGGTGGAGAAAATAGCTAACGCCATGAGGTGGCAGACAAGATTGACTGATCATGAGAGTGGCCCTCATGTGCCTGAGAAGATACTCTTTGCGGTTAAACAATACTGGGTTGTTGAAAGCAAGAGCAGCTAATTACATATGCTGGGTTGTTTTTTTCCACTGAGCTCCCAACAAGACCTAAGACATGACTTAATTACATATGAAGGGTATGCATCATCTACCTCCTCTGTAAACTTATAGCCACTGTAGTCAGGAATGAACTCTTGGCAGCTTGAGTTTTCCGAAAAGTTAGCACCCTTGCAATGTGGCCTTGCCAGTTCTTTTCAAGGTAAATTGCACTGCAGGTATAAATCTTTTTCAAAACCGGCTGCCTCAGTCTTGACAATCTCAACCACAGGTTTCATCTTTTGATGTAAATGGCTTGGATTTGAAAGTTCATGTATGCAAGGCTTGTCATGACCGTATTTCTTTTAGCCAGTTTTGTCTAGCCTTAGCTGGTGCGACAATTTGAGAATGCTCAAACTGGCCTCTAATCTTGCTTGTTTGGTGCATTTGTGTTCTAAGGAGGTGTCGCACTGTAATGAAACTGAGATCCATAAGATTCTAGTATTCTGATCGTCTGAACCGAGGTGACCAATAATCAAATTTAGCTACGTATGTAATAGTTTTTTTTCTGTTGGTAACAGACGAACGATTTATTTTTACTGCTATTTGAGGCTGTCCTTTTGAGATTCAGTTAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK119277             [GGGGGTCTGAGCTAATGCGCGCCGCCCCGATCTCCCGATCCGGTCCGCGCGCGCTCGATCCCCGCGCCTGATTTCTCCTCCCCGCCCGTCGCCGAGGAGAGCTCCGTCCAGTGAGGTATGGCGCGGAGTTCAACTGAGAGCAGGACCAGGACCACTGTATCTGTAGTTGTTTTATTTGGCCTTTGTTCCTTCTTCTATCTCTTGGGTGTGTGGCAGAGAAGTGGTTTCGGAAGAGGAGACAGCATAGCAGCTGTGGTGAACGAACAGACTAAATGCGTGGTTCTTCCAAACCTGAATTTTGAAACCCATCATAGTGCTTCAGACCTTCCTAATGATACTGGGAGTACTGAGGTTAAAACTTTCGAGCCATGTGATGCACAGTACACAGATTACACTCCCTGTGAGGAGCAAAAGCGTGCAATGACCTTCCCTAGGGATAATATGATATATCGGGAGAGGCATTGCCCACCTGAAAAGGATAAGCTCTATTGTCTGGTTCCAGCACCAAAGGGTTATGCTGCTCCTTTTCATTGGCCAAAGAGCCGTGATTATGTTCATTATGCAAATATCCCTCACAAGAGCCTCACGGTTGAGAAGGCTATCCAGAATTGGGTTCACTACGAGGGTAAAGTGTTCAGGTTTCCTGGTGGTGGAACACAGTTTCCTCAGGGTGCAGACAAGTATATAGACCATCTTGCTTCTGTTATCCCAATAGCCAATGGGAAAGTGAGAACAGCACTCGACACTGGTTGTGGGGTTGCTAGTCTAGGTGCTTACCTGTTGAAGAAAAATGTTTTGACCATGTCATTTGCACCAAGGGATAATCATGAGGCTCAAGTACAGTTTGCACTGGAGAGAGGTGTTCCCGCATATATAGGTGTTCTCGGATCAATGAAACTGTCATTCCCATCACGTGTCTTTGACATGGCCCACTGCTCAAGGTGTTTAATTCCATGGAGTGGAAATGATGGAATGTACATGATGGAAGTTGATAGGGTACTAAGGCCTGGAGGGTATTGGGTACTCTCAGGCCCACCAATTGGCTGAAGATTCACTATAAGGGATGGCAATGAACAAAGGATGATCTTCAAAGTGAGCAGAGAAGAATAGAACAATTTGCAGAACTTCTTTGTTGGAATAAGATTTCTGAGAAGGATGGTATTGCTATATGGAGAAAGAGAATAAACGACAAATCCTGCCCCATGAAACAAGAAAATCCAAAAGTTGACAAGTGTGAGTTGGCATATGACAATGATGTATGGTATAAGAAAATGGAGGTCTGTGTAACTCCCCTTCCCGAGGTTAAAACCATGACAGAGGTTGCTGGTGGTCAATTAGAGCCATTTCCCCAGAGACTCGATGCAGTACCTCCCAGGATTACCCATGGTTTTGTACCTGGGTTCTCAGTCCAGTCATATCAAGATGACAATAAACTTTGGCAGAAACATATTAACGCTTACAAAAAGATCAATAACTTGCTTGATACTGGAAGATACCGTAACATAATGGACATGAATGCTGGCCTTGGTAGTTTTGCTGCTGCATTGGAGTCCACGAAGCTGTGGGTCATGAATGTTGTTCCAACCATTGCAGATACTTCTACATTAGGTGTAATCTACGAGCGGGGATTAATAGGAATGTATCATGATTGGTGTGAAGGATTTTCTACATATCCAAGGACATATGATCTCATACATGCTAACGCTGTGTTCAGCTTATATGAGAATAAGTGTAAATTTGAAGATATACTATTGGAAATGGACCGGATCTTACGACCAGAGGGCGCAGTTATAATCCGTGACAAGGTTGATGTTCTTGTAAAGGTGGAGAAAATAGCTAACGCCATGAGGTGGCAGACAAGATTGACTGATCATGAGAGTGGCCCTCATGTGCCTGAGAAGATACTCTTTGCGGTTAAACAATACTGGGTTGTTGAAAGCAAGAGCAGCTAATTACATATGCTGGGTTGTTTTTTTCCACTGAGCTCCCAACAAGACCTAAGACATGACTTAATTACATATGAAGGGTATGCATCATCTACCTCCTCTGTAAACTTATAGCCACTGTAGTCAGGAATGAACTCTTGGCAGCTTGAGTTTTCCGAAAAGTTAGCACCCTTGCAATGTGGCCTTGCCAGTTCTTTTCAAGGTAAATTGCACTGCAGGTATAAATCTTTTTCAAAACCGGCTGCCTCAGTCTTGACAATCTCAACCACAGGTTTCATCTTTTGATGTAAATGGCTTGGATTTGAAAGTTCATGTATGCAAGGCTTGTCATGACCGTATTTCTTTTAGCCAGTTTTGTCTAGCCTTAGCTGGTGCGACAATTTGAGAATGCTCAAACTGGCCTCTAATCTTGCTTGTTTGGTGCATTTGTGTTCTAAGGAGGTGTCGCACTGTAATGAAACTGAGATCCATAAGATTCTAGTATTCTGATCGTCTGAACCGAGGTGACCAATAATCAAATTTAGCTACGTATGTAATAGTTTTTTTTCTGTTGGTAACAGACGAACGATTTAT                                                ]
[+] EMBL CB000260             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCAAGGCTTGTCATGACCGTATTTCTTTTACCTAGTTTTGTCTAGCCTTAGCTGGTGCGACAATTTGAGAATGCTCAAACTGGCCTCTAATCTTGCTTGTTTGGTGCATTTGTGCTCTAAGGAGGTGTCGCACTGTAATGAAACTGAGATCCATAAGATTCTAGTATTCTGATCGTCTGAACCGAGGTGGCCAATAATCAAATTTAGCTACGTATGTAATAGTTTTTTTTCTGTTGGTAACAGACGAACGATTTATTTTTACTGCTATTTGAGGCTGTCCTTTTGAGATTCAGTTAAAAAAAAA]


>consensus_1494#0 GGGGGTCTGAGCTAATGCGCGCCGCCCCGATCTCCCGATCCGGTCCGCGCGCGCTCGATC CCCGCGCCTGATTTCTCCTCCCCGCCCGTCGCCGAGGAGAGCTCCGTCCAGTGAGGTATG GCGCGGAGTTCAACTGAGAGCAGGACCAGGACCACTGTATCTGTAGTTGTTTTATTTGGC CTTTGTTCCTTCTTCTATCTCTTGGGTGTGTGGCAGAGAAGTGGTTTCGGAAGAGGAGAC AGCATAGCAGCTGTGGTGAACGAACAGACTAAATGCGTGGTTCTTCCAAACCTGAATTTT GAAACCCATCATAGTGCTTCAGACCTTCCTAATGATACTGGGAGTACTGAGGTTAAAACT TTCGAGCCATGTGATGCACAGTACACAGATTACACTCCCTGTGAGGAGCAAAAGCGTGCA ATGACCTTCCCTAGGGATAATATGATATATCGGGAGAGGCATTGCCCACCTGAAAAGGAT AAGCTCTATTGTCTGGTTCCAGCACCAAAGGGTTATGCTGCTCCTTTTCATTGGCCAAAG AGCCGTGATTATGTTCATTATGCAAATATCCCTCACAAGAGCCTCACGGTTGAGAAGGCT ATCCAGAATTGGGTTCACTACGAGGGTAAAGTGTTCAGGTTTCCTGGTGGTGGAACACAG TTTCCTCAGGGTGCAGACAAGTATATAGACCATCTTGCTTCTGTTATCCCAATAGCCAAT GGGAAAGTGAGAACAGCACTCGACACTGGTTGTGGGGTTGCTAGTCTAGGTGCTTACCTG TTGAAGAAAAATGTTTTGACCATGTCATTTGCACCAAGGGATAATCATGAGGCTCAAGTA CAGTTTGCACTGGAGAGAGGTGTTCCCGCATATATAGGTGTTCTCGGATCAATGAAACTG TCATTCCCATCACGTGTCTTTGACATGGCCCACTGCTCAAGGTGTTTAATTCCATGGAGT GGAAATGATGGAATGTACATGATGGAAGTTGATAGGGTACTAAGGCCTGGAGGGTATTGG GTACTCTCAGGCCCACCAATTGGCTGAAGATTCACTATAAGGGATGGCAATGAACAAAGG ATGATCTTCAAAGTGAGCAGAGAAGAATAGAACAATTTGCAGAACTTCTTTGTTGGAATA AGATTTCTGAGAAGGATGGTATTGCTATATGGAGAAAGAGAATAAACGACAAATCCTGCC CCATGAAACAAGAAAATCCAAAAGTTGACAAGTGTGAGTTGGCATATGACAATGATGTAT GGTATAAGAAAATGGAGGTCTGTGTAACTCCCCTTCCCGAGGTTAAAACCATGACAGAGG TTGCTGGTGGTCAATTAGAGCCATTTCCCCAGAGACTCGATGCAGTACCTCCCAGGATTA CCCATGGTTTTGTACCTGGGTTCTCAGTCCAGTCATATCAAGATGACAATAAACTTTGGC AGAAACATATTAACGCTTACAAAAAGATCAATAACTTGCTTGATACTGGAAGATACCGTA ACATAATGGACATGAATGCTGGCCTTGGTAGTTTTGCTGCTGCATTGGAGTCCACGAAGC TGTGGGTCATGAATGTTGTTCCAACCATTGCAGATACTTCTACATTAGGTGTAATCTACG AGCGGGGATTAATAGGAATGTATCATGATTGGTGTGAAGGATTTTCTACATATCCAAGGA CATATGATCTCATACATGCTAACGCTGTGTTCAGCTTATATGAGAATAAGTGTAAATTTG AAGATATACTATTGGAAATGGACCGGATCTTACGACCAGAGGGCGCAGTTATAATCCGTG ACAAGGTTGATGTTCTTGTAAAGGTGGAGAAAATAGCTAACGCCATGAGGTGGCAGACAA GATTGACTGATCATGAGAGTGGCCCTCATGTGCCTGAGAAGATACTCTTTGCGGTTAAAC AATACTGGGTTGTTGAAAGCAAGAGCAGCTAATTACATATGCTGGGTTGTTTTTTTCCAC TGAGCTCCCAACAAGACCTAAGACATGACTTAATTACATATGAAGGGTATGCATCATCTA CCTCCTCTGTAAACTTATAGCCACTGTAGTCAGGAATGAACTCTTGGCAGCTTGAGTTTT CCGAAAAGTTAGCACCCTTGCAATGTGGCCTTGCCAGTTCTTTTCAAGGTAAATTGCACT GCAGGTATAAATCTTTTTCAAAACCGGCTGCCTCAGTCTTGACAATCTCAACCACAGGTT TCATCTTTTGATGTAAATGGCTTGGATTTGAAAGTTCATGTATGCAAGGCTTGTCATGAC CGTATTTCTTTTAGCCAGTTTTGTCTAGCCTTAGCTGGTGCGACAATTTGAGAATGCTCA AACTGGCCTCTAATCTTGCTTGTTTGGTGCATTTGTGTTCTAAGGAGGTGTCGCACTGTA ATGAAACTGAGATCCATAAGATTCTAGTATTCTGATCGTCTGAACCGAGGTGACCAATAA TCAAATTTAGCTACGTATGTAATAGTTTTTTTTCTGTTGGTAACAGACGAACGATTTATT TTTACTGCTATTTGAGGCTGTCCTTTTGAGATTCAGTTAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)