Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 16058 cluster # 16058       Sequences # 28       consensus # 4


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_16058#0 length = 593 sequences # 12  
consensus_16058#1 length = 588 sequences # 5  
consensus_16058#2 length = 585 sequences # 10  
consensus_16058#3 length = 154 sequences # 1  

consensusID : consensus_16058#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 12
consensus length = 593
fasta sequence
                              [CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCTA-AGCCCACG-TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA-TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA--TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT---GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT-GGTGGTGTT-A-GGGATT-GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG-TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT--TTT-TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAAA]

[+] EMBL CB966714             [CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCCACACACTCCGCAATGCTCAAGGGCAGGCCACACTCCACATTATCCATGCATATGCACTCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGT ATGCGATAACTACCATCATCCTGCTCTTAACCTTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTCGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT G GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGATGTTCTTAGTGTTTGGTTAATTTCTTTTGGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTGGATATTAGTAATTAAGAAAAAA]
[+] EMBL CF338724             [                         TA AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTT AGGGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT  TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATT         ]
[+] EMBL CF340176             [                         TA AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTT ANNGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGT                                                                                                                   ]
[+] EMBL CF321734             [                          A AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGGTGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGCTCTTAGTGTTTTGTT  TCT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAAT                        ]
[+] EMBL AK121746             [                             GCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT  TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGAT                   ]
[+] EMBL AK063904             [                              CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT  TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGAT                   ]
[+] EMBL CF321380             [                              CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT  TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAA  ]
[+] EMBL CF318609             [                              CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTTNN GGGATTGGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGT                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CF318610             [                                       TGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGACAGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGAAAAAAAAATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT  TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGGATTT                      ]
[-] EMBL CF321381             [                                                                               GCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT  TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAA ]
[+] EMBL CF314567             [                                                                                                               TATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA  TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT   GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL D42651               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTTGGT NGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT  TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATNGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATAT                 ]


>consensus_16058#0 CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCTAAGCCCACGTATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCC ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT TGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAG GGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTAGGGAT TGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATG GTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTG TTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATAT GTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAAA



consensusID : consensus_16058#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 588
fasta sequence
                              [GGAATACGCTGCGGTGCTCCACATCAGATGCTCAAGGGCA-GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG-TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA-TTAAAAAAAA]

[+] EMBL BU673628             [GGAATACGCTGCGGTGCTCCACATCAGATGCTCAAGGGCA GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTCGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAAAAAca]
[-] EMBL BI305793             [                               TCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG  TTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA                  ]
[-] EMBL BI305678             [                                   GGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATTTTTTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATTTTGTTTTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGGGTGGGTTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGTTAAGCTACTTTTTTTTTTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTTGACGACTTTTACCTTTATTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTTTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATTTTGAGTTTGATTTTGGCTGTATGATGTTAAACGTAAAAAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTTTAATAATCAGTTGTTTTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTTGCCCTTTTTG TTAAATTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTATCCCCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAgat   ]
[+] EMBL CB966461             [                                       A GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTNGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTGGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATACAGTGATGAATTTGATATTAGTAACTTACAAAAA ]
[+] EMBL CB965415             [                                       A GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAAAAAAA]


>consensus_16058#1 GGAATACGCTGCGGTGCTCCACATCAGATGCTCAAGGGCAGGCACACTCCACATTATCCA TGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCAT CATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTA TAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAG GAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACT TGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCC GGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAAT GGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAG TGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTAC TAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAA



consensusID : consensus_16058#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 10
consensus length = 585
fasta sequence
                              [GGGAATA-GCTGCGGCGCTCAA-GGCA-GG-CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC-TACTAAGGTAGGG-CAACTTGTATCCTTTGGCAA-TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC-TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]

[+] EMBL CB966806             [GGGAATA GCTGCGGCGCTCAA GGCAGGG CACACTCCACATTATCCA GCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]
[+] EMBL CB964625             [ GGAATAGGCTGCGGCGCTCAAGGGCA GGACACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]
[+] EMBL BU673033             [  GAATA GCTTGGGCGCTCAA GGCA GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTATTCCACAAGATGTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAACTAACCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGGCTCCATAGTCGAGGACGTTTACCTCGTACTAAGGTAGGGACAAGATGTATCCTTTGGGAAGTTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTCGTGTGTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTCAG TTCTTAGCTGTTGCCCGTCTTGGTTAAGTTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGGTCAAAAGAGTGAACTAAAACAGAG]
[-] EMBL BI306088             [                        GCAGGG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTTTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA                             ]
[+] EMBL CB964607             [                          A GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTAGCCC TCTTTGTTAAATCGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTCGA                               ]
[+] EMBL BU673244             [                        cag GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]
[+] EMBL CB966066             [                         ag GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTAAGTGTTACGGTCCTTGCTCT                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CB965249             [                            GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGtc                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL BI306186             [                             G CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGG                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL BI305904             [                                                                                                                  TGTTTTAAATTTGGGAGGGTGTCCGTGCAATGGGTGCCCGTGTTTCACACGCATATAGAGGGTGGGTTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGTTAAGTTATTTCTTCTTTTTGGGAAGGAATGGATATGCATGGCCTCAATAGTGGAGGATTTTCACCTT TAATAAGGTAGGG CAATTTGTATCTTTTGGCAA TTATTGGGTGAATGTTTTTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATTTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG  TTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA                             ]


>consensus_16058#2 GGGAATAGCTGCGGCGCTCAAGGCAGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATG TAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAAT TTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAA TGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATG GCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGT TTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTAC GATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAA AGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG



consensusID : consensus_16058#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 154
fasta sequence
                              [NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT]

[-] EMBL D42658               [NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT]


>consensus_16058#3 NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGT TCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTACATATAT GTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_16058#1      ------GGAATAC--GCTGCGGTGCTCCACAT-CAGATGCTCAAGGGCAGG-CACACTCC 50
consensus_16058#2      -----GGGAATA---GCTGCGGCGCTC----------------AAGGCAGG-CACACTCC 35
consensus_16058#0      CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCTAAGCCCACGTATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCC 60
consensus_16058#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16058#1      ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 110
consensus_16058#2      ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 95
consensus_16058#0      ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 120
consensus_16058#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16058#1      TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 170
consensus_16058#2      TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 155
consensus_16058#0      TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 180
consensus_16058#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16058#1      CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 230
consensus_16058#2      CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 215
consensus_16058#0      CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 240
consensus_16058#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16058#1      TCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 290
consensus_16058#2      TCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 275
consensus_16058#0      ---TGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 297
consensus_16058#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16058#1      TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGG 350
consensus_16058#2      TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGG 335
consensus_16058#0      TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTAGG 357
consensus_16058#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16058#1      GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGG 410
consensus_16058#2      GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGG 395
consensus_16058#0      GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGG 417
consensus_16058#3      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16058#1      ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 470
consensus_16058#2      ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 455
consensus_16058#0      ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 477
consensus_16058#3      ----NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 56
                            ****************** ************************************

consensus_16058#1      TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 530
consensus_16058#2      TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 515
consensus_16058#0      TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTT---GCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 534
consensus_16058#3      TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTT--TANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTAC 114
                       ***************************     **** ******* ******** ******

consensus_16058#1      ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAA-- 588
consensus_16058#2      ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAA 575
consensus_16058#0      ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAAA- 593
consensus_16058#3      ATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT-------------------- 154
                       ************** **** * * ****************                    

consensus_16058#1      ----------
consensus_16058#2      AAAAACAGAG 585
consensus_16058#0      ----------
consensus_16058#3      ----------
                                 




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)