Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 200 cluster # 200       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_200#0 length = 2292 sequences # 2  

consensusID : consensus_200#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 2292
fasta sequence
                              [GACGCACGCACGCACGCAGTCGCCGTCTCGTGGAGTTGTGACCGACTACTCCACATCACCCGACCCTCTGAGATCACCCTGACCGATCTCACCCGTCACCGAGACAACAAACAACATTATCTCGATCCCGACCAGCTCAGCCTCAGCTTATTACTTAGCTTCGAGCCGATCCAGCCGCGGCCGTTAATTTTGCTTCGATCCCCTGCGTTTGCTCGCCATGGTGCTCATTGCCAAGGGTGTAGGCAGCAACAGGGATCAACGTGCGGTGCAGCTCCTTGCGCTGTGCTGCGGCCTGCTGCTGTGCTGCGGCTCATTGTGCCAGGGCCGCATGTCGCCGGGGATGGNGATGGGGAGGAGGCANNGATGGTGTGCTTGGAAGCGAGCGTTGGCGTGGTGGTCAGGGCGTACCAGGCCAGCGACGGGGAAGATGCGCGCACGACGATGCCAATGCCGCCTCCGGCGGCGAGGACGGAGCGACTGATGCGGTCCGTTCCGAGCCCTGGTGTTGGGCACTAGCTAGGTACGTACTCCCTCTTCCTCT-AATATTTAACGCCGTTGACTTTTCAAAACATATTTGACCGTTCGTCTTATTAAAAAACTTTTGTGAAATATGTAAAACTATATATATACATAAAAATATATTTAACAATAAATCAAATAATAGGAAAAGAATTAATAATTACTTAAAAAAATATTTTGAATAAGACGAACGGTCAAACATTTTAAAAAAAGTCAACGATGTCAAACATTTTGGGATGGAGGGAGTAGGTCGCTTGATCAGCTTCTCCGGACTCCGGTTGCCAATCAAAATGTTAATTAACTAGCCACGTTATCGCGCTTTGCACGACTTTAATCCTATTTAAGAGCTTTTCTATACGGTCTATTAGTTTAGCTAAGTTTTTAAGAAGGTTTTAACGTAGTAAGTTATTTTTTATAACAAAATAGTATTGATTTCCCTAGCCAATTATAGATTTAACTAAATTGTACTATATATTTATAAGAGAAATAACTAGAAGTCTCATGTTTCTTCTCTCTTTATCCCCTCTTTTTTATCCTGTGTCTAGATGAGGTACTAGAAACCTCATGAAATTTCCATAAGTTTAACTCATTTGTGGGTTTTTTATACTGTACCCTTTTAATACAATGGTCATTGTTTATCCAAATACTTTATCTGACGGCTAATATATTTGTGATGATGTGGTGCGTTCTCGTGTAAGTAAACTTGCTGCTTTCACTATAATTAATTAACTAGCCACATAGTCGCACTTTGCACGACTTTAATCCTATTTAAGAACTTTTCTATATGGTCTATTAGTTTAGCTAAGCTTTTAAGAAGGTTTTAACATATTAAGTTATTTTTTTAACAAAGTAGTATTGATTTTCCTAGCCAATTATAGATTTAACTAAGTTGTACTATATGTTTATAAGAGAAATCACTAGAAGTCTCATGTTTCTTCTCTCTTTATCCCCTCTTTTTTATCCTGTGTCTAGATGAGATACTAGAAACCTCAAGAAATTTCCATATGTTTAGCTCATTTGTGGGTTTTTTTAGGATTTTTACGGTACATTGTACTGTAAGTATATACTAGCAATATATAAAAGGGTATGTTTGGTATTTGTTAAACAGCTAGAAAGGGCTATTTAGTCATTTGAAGTTCAGATTAATTTATTTCAATCGGGAGTACTTGTAACGGGATGATTTGCCAGTTCTATTCCAACATGGAGAGGCGGCGAGTTGGGCTTGCCTCCTACTGCCTGCCCATCCCTGGCTGTGCGCCTTGCCCCTGGTCTGCTGCCGCCGCCCGGATGCCCTACACTGCTGCTGCTTCTTAGGTGCGCGGGAATGACAGAAGAGGAGGAAAGGAGGACAGTAAATTGAATCAATCCCGGTTTGCGGTGGCCCGGGGCGCGGCGTGCTCACGGTGGCTGGCGGCGGTAGCCCATGTGATGAAGGAAGGGGAATGGAGCGGATTTCTCTCAAGCCGCCGTTTCTTTCGAACGACAAACCGACTGGATTTCTCTAGGTCGGGATCTGACCAAGAAACAAAACGCGAAAATACAAAAATACCCCCACGCAGAAAGATGAAAAGACAAATATACCCTTTTCGAATTTATACTGCAAAGCTAACCGGGTGAAATATCAGATACATCTTTACCGTTAGATCGTTTAAACTGCTAGTATATACTTACAGTATAGTTTACCGTAGAAGTGCTCTCTTTTTTTCGGGGCATTTGTGGGTTTTTTATACTGTACCCTTTTAATACAATGGTCATTGTTTATCCAAATCCTTT]

[+] EMBL CF320399             [GACGCACGCACGCACGCAGTCGCCGTCTCGTGGAGTTGTGACCGACTACTCCACATCACCCGACCCTCTGAGATCACCCTGACCGATCTCACCCGTCACCGAGACAACAAACAACATTATCTCGATCCCGACCAGCTCAGCCTCAGCTTATTACTTAGCTTCGAGCCGATCCAGCCGCGGCCGTTAATTTTGCTTCGATCCCCTGCGTTTGCTCGCCATGGTGCTCATTGCCAAGGGTGTAGGCAGCAACAGGGATCAACGTGCGGTGCAGCTCCTTGCGCTGTGCTGCGGCCTGCTGCTGTGCTGCGGCTCATTGTGCCAGGGCCGCATGTCGCCGGGGATGGNGATGGGGAGGAGGCANNGATGGTGTGCTTGGAAGCGAGCGTTGGCGTGGTGGTCAGGGCGTACCAGGCCAGCGACGGGGAAGATGCGCGCACGACGATGCCAATGCCGCCTCCGGCGGCGAGGACGGAGCGACTGATGCGGTCCGTTCCGAGCCCTGGTGTTGGGCACTAGCTAGGTACGTACTCCCTCTTCCTCT AATATTTAACGCCGTTGACTTTTCAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL AK102464             [                                                                                                                                                                                                                                TCATTGCCAAGGGTGTAGGCAGCAACAGGGATCAACGTGCGGTGCAGCTCCTTGCGCTGTGCTGCGGCCTGCTGCTGTGCTGCGGCTCATTGTGCCAGGGCCGCATGTCGCCGGGGATGG GATGGGGAGGAGGCA GGATGGTGTGCTTGGAAGCGAGCGTTGGCGTGGTGGTCAGGGCGTACCAGGCCAGCGACGGGGAAGATGCGCGCACGACGATGCCAATGCCGCCTCCGGCGGCGAGGACGGAGCGACTGATGCGGTCCGTTCCGAGCCCTGGTGTTGGGCACTAGCTAGGTACGTACTCCCTCTTCCTCTAAATATTTAACGCCGTTGACTTTTCAAAACATATTTGACCGTTCGTCTTATTAAAAAACTTTTGTGAAATATGTAAAACTATATATATACATAAAAATATATTTAACAATAAATCAAATAATAGGAAAAGAATTAATAATTACTTAAAAAAATATTTTGAATAAGACGAACGGTCAAACATTTTAAAAAAAGTCAACGATGTCAAACATTTTGGGATGGAGGGAGTAGGTCGCTTGATCAGCTTCTCCGGACTCCGGTTGCCAATCAAAATGTTAATTAACTAGCCACGTTATCGCGCTTTGCACGACTTTAATCCTATTTAAGAGCTTTTCTATACGGTCTATTAGTTTAGCTAAGTTTTTAAGAAGGTTTTAACGTAGTAAGTTATTTTTTATAACAAAATAGTATTGATTTCCCTAGCCAATTATAGATTTAACTAAATTGTACTATATATTTATAAGAGAAATAACTAGAAGTCTCATGTTTCTTCTCTCTTTATCCCCTCTTTTTTATCCTGTGTCTAGATGAGGTACTAGAAACCTCATGAAATTTCCATAAGTTTAACTCATTTGTGGGTTTTTTATACTGTACCCTTTTAATACAATGGTCATTGTTTATCCAAATACTTTATCTGACGGCTAATATATTTGTGATGATGTGGTGCGTTCTCGTGTAAGTAAACTTGCTGCTTTCACTATAATTAATTAACTAGCCACATAGTCGCACTTTGCACGACTTTAATCCTATTTAAGAACTTTTCTATATGGTCTATTAGTTTAGCTAAGCTTTTAAGAAGGTTTTAACATATTAAGTTATTTTTTTAACAAAGTAGTATTGATTTTCCTAGCCAATTATAGATTTAACTAAGTTGTACTATATGTTTATAAGAGAAATCACTAGAAGTCTCATGTTTCTTCTCTCTTTATCCCCTCTTTTTTATCCTGTGTCTAGATGAGATACTAGAAACCTCAAGAAATTTCCATATGTTTAGCTCATTTGTGGGTTTTTTTAGGATTTTTACGGTACATTGTACTGTAAGTATATACTAGCAATATATAAAAGGGTATGTTTGGTATTTGTTAAACAGCTAGAAAGGGCTATTTAGTCATTTGAAGTTCAGATTAATTTATTTCAATCGGGAGTACTTGTAACGGGATGATTTGCCAGTTCTATTCCAACATGGAGAGGCGGCGAGTTGGGCTTGCCTCCTACTGCCTGCCCATCCCTGGCTGTGCGCCTTGCCCCTGGTCTGCTGCCGCCGCCCGGATGCCCTACACTGCTGCTGCTTCTTAGGTGCGCGGGAATGACAGAAGAGGAGGAAAGGAGGACAGTAAATTGAATCAATCCCGGTTTGCGGTGGCCCGGGGCGCGGCGTGCTCACGGTGGCTGGCGGCGGTAGCCCATGTGATGAAGGAAGGGGAATGGAGCGGATTTCTCTCAAGCCGCCGTTTCTTTCGAACGACAAACCGACTGGATTTCTCTAGGTCGGGATCTGACCAAGAAACAAAACGCGAAAATACAAAAATACCCCCACGCAGAAAGATGAAAAGACAAATATACCCTTTTCGAATTTATACTGCAAAGCTAACCGGGTGAAATATCAGATACATCTTTACCGTTAGATCGTTTAAACTGCTAGTATATACTTACAGTATAGTTTACCGTAGAAGTGCTCTCTTTTTTTCGGGGCATTTGTGGGTTTTTTATACTGTACCCTTTTAATACAATGGTCATTGTTTATCCAAATCCTTT]


>consensus_200#0 GACGCACGCACGCACGCAGTCGCCGTCTCGTGGAGTTGTGACCGACTACTCCACATCACC CGACCCTCTGAGATCACCCTGACCGATCTCACCCGTCACCGAGACAACAAACAACATTAT CTCGATCCCGACCAGCTCAGCCTCAGCTTATTACTTAGCTTCGAGCCGATCCAGCCGCGG CCGTTAATTTTGCTTCGATCCCCTGCGTTTGCTCGCCATGGTGCTCATTGCCAAGGGTGT AGGCAGCAACAGGGATCAACGTGCGGTGCAGCTCCTTGCGCTGTGCTGCGGCCTGCTGCT GTGCTGCGGCTCATTGTGCCAGGGCCGCATGTCGCCGGGGATGGNGATGGGGAGGAGGCA NNGATGGTGTGCTTGGAAGCGAGCGTTGGCGTGGTGGTCAGGGCGTACCAGGCCAGCGAC GGGGAAGATGCGCGCACGACGATGCCAATGCCGCCTCCGGCGGCGAGGACGGAGCGACTG ATGCGGTCCGTTCCGAGCCCTGGTGTTGGGCACTAGCTAGGTACGTACTCCCTCTTCCTC TAATATTTAACGCCGTTGACTTTTCAAAACATATTTGACCGTTCGTCTTATTAAAAAACT TTTGTGAAATATGTAAAACTATATATATACATAAAAATATATTTAACAATAAATCAAATA ATAGGAAAAGAATTAATAATTACTTAAAAAAATATTTTGAATAAGACGAACGGTCAAACA TTTTAAAAAAAGTCAACGATGTCAAACATTTTGGGATGGAGGGAGTAGGTCGCTTGATCA GCTTCTCCGGACTCCGGTTGCCAATCAAAATGTTAATTAACTAGCCACGTTATCGCGCTT TGCACGACTTTAATCCTATTTAAGAGCTTTTCTATACGGTCTATTAGTTTAGCTAAGTTT TTAAGAAGGTTTTAACGTAGTAAGTTATTTTTTATAACAAAATAGTATTGATTTCCCTAG CCAATTATAGATTTAACTAAATTGTACTATATATTTATAAGAGAAATAACTAGAAGTCTC ATGTTTCTTCTCTCTTTATCCCCTCTTTTTTATCCTGTGTCTAGATGAGGTACTAGAAAC CTCATGAAATTTCCATAAGTTTAACTCATTTGTGGGTTTTTTATACTGTACCCTTTTAAT ACAATGGTCATTGTTTATCCAAATACTTTATCTGACGGCTAATATATTTGTGATGATGTG GTGCGTTCTCGTGTAAGTAAACTTGCTGCTTTCACTATAATTAATTAACTAGCCACATAG TCGCACTTTGCACGACTTTAATCCTATTTAAGAACTTTTCTATATGGTCTATTAGTTTAG CTAAGCTTTTAAGAAGGTTTTAACATATTAAGTTATTTTTTTAACAAAGTAGTATTGATT TTCCTAGCCAATTATAGATTTAACTAAGTTGTACTATATGTTTATAAGAGAAATCACTAG AAGTCTCATGTTTCTTCTCTCTTTATCCCCTCTTTTTTATCCTGTGTCTAGATGAGATAC TAGAAACCTCAAGAAATTTCCATATGTTTAGCTCATTTGTGGGTTTTTTTAGGATTTTTA CGGTACATTGTACTGTAAGTATATACTAGCAATATATAAAAGGGTATGTTTGGTATTTGT TAAACAGCTAGAAAGGGCTATTTAGTCATTTGAAGTTCAGATTAATTTATTTCAATCGGG AGTACTTGTAACGGGATGATTTGCCAGTTCTATTCCAACATGGAGAGGCGGCGAGTTGGG CTTGCCTCCTACTGCCTGCCCATCCCTGGCTGTGCGCCTTGCCCCTGGTCTGCTGCCGCC GCCCGGATGCCCTACACTGCTGCTGCTTCTTAGGTGCGCGGGAATGACAGAAGAGGAGGA AAGGAGGACAGTAAATTGAATCAATCCCGGTTTGCGGTGGCCCGGGGCGCGGCGTGCTCA CGGTGGCTGGCGGCGGTAGCCCATGTGATGAAGGAAGGGGAATGGAGCGGATTTCTCTCA AGCCGCCGTTTCTTTCGAACGACAAACCGACTGGATTTCTCTAGGTCGGGATCTGACCAA GAAACAAAACGCGAAAATACAAAAATACCCCCACGCAGAAAGATGAAAAGACAAATATAC CCTTTTCGAATTTATACTGCAAAGCTAACCGGGTGAAATATCAGATACATCTTTACCGTT AGATCGTTTAAACTGCTAGTATATACTTACAGTATAGTTTACCGTAGAAGTGCTCTCTTT TTTTCGGGGCATTTGTGGGTTTTTTATACTGTACCCTTTTAATACAATGGTCATTGTTTA TCCAAATCCTTT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)