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Oryza sativa
cluster # 3262 cluster # 3262       Sequences # 2       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_3262#0 length = 1192 sequences # 1  
consensus_3262#1 length = 1178 sequences # 1  

consensusID : consensus_3262#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 1192
fasta sequence
                              [AAGCATCACATCTATCGCCATCATGGTCCCCAAGGTCGGTATCAACGGTTTCGGTCGTATTGGCCGCATTGTCTTCCGCAATGCCACCCAAGCTGGCACTGTCGACGTTGTCGCTGTCAACGACCCCTTCATTGAGGTTCACTACGCTGCCTACATGCTCCGCTATGACAGCACCCACGGCCAGTTCAAGGGTACCATTGAGATCAACGGTACCGAGGGCCTGATCGTCAACGGCAAGAAGATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCTGCCATCCCCTGGGGTAAGGAGGGTGCCGACTACGTTGTCGAGTCCACTGGTGTCTTCACCACCACCGACAAGGCCTCTGCCCACATCAAGGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCCGCTCCCTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACAACGACTCCTACACCAAGGACGTCAACGTTCTCTCCAACGCCTCTTGCACCACCAACTGCCTTGCTCCCCTTGCCAAGGTTATCAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGGTCTCATGACCACTGTCCACTCCTACACTGCCACCCAGAAGACCGTCGACGGCCCCTCCGGAAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCAGAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGCCGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTCATCCCCTCTTTGAACGGCAAGCTCACCGGCATGTCCATGCGTGTCCCTACCGCCAACGTCTCCGTCGTTGACTTGACCTGCCGCATCGAGAAGGGTGCTACCTACGAGGAGATCAAGGCCACCATCAAGGCCGCCTCCGAGAACGAGCTCAAGGGCATTCTCGGCTACACCGAGGATGACATCGTCTCCACTGACCTCAACGGTGACGACCACTCCTCCATCTTCGATGCCAAGGCTGGTATCGCCCTCAACGCCAACTTCATCAAGCTTGTCTCTTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACTCCCACCGTGTTGTTGACCTGATCTCCTACATCGCCAAGGTCGATGGCCAGTAGCAATTAAAACAGTCTCCTGAGGCCAGGAGCCTTCTCTGAGATGTGAAATGGCTCTTACGCTGCTCGCCCATAGATCTGATATCGGGTGCTTTTGAAGAGTTGCTTTCCGTCCTGTAGAAAAAATCAGCTGATAACGTCACTTTAATGAACCAAATA]

[+] EMBL AK108431             [AAGCATCACATCTATCGCCATCATGGTCCCCAAGGTCGGTATCAACGGTTTCGGTCGTATTGGCCGCATTGTCTTCCGCAATGCCACCCAAGCTGGCACTGTCGACGTTGTCGCTGTCAACGACCCCTTCATTGAGGTTCACTACGCTGCCTACATGCTCCGCTATGACAGCACCCACGGCCAGTTCAAGGGTACCATTGAGATCAACGGTACCGAGGGCCTGATCGTCAACGGCAAGAAGATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCTGCCATCCCCTGGGGTAAGGAGGGTGCCGACTACGTTGTCGAGTCCACTGGTGTCTTCACCACCACCGACAAGGCCTCTGCCCACATCAAGGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCCGCTCCCTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACAACGACTCCTACACCAAGGACGTCAACGTTCTCTCCAACGCCTCTTGCACCACCAACTGCCTTGCTCCCCTTGCCAAGGTTATCAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGGTCTCATGACCACTGTCCACTCCTACACTGCCACCCAGAAGACCGTCGACGGCCCCTCCGGAAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCAGAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGCCGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTCATCCCCTCTTTGAACGGCAAGCTCACCGGCATGTCCATGCGTGTCCCTACCGCCAACGTCTCCGTCGTTGACTTGACCTGCCGCATCGAGAAGGGTGCTACCTACGAGGAGATCAAGGCCACCATCAAGGCCGCCTCCGAGAACGAGCTCAAGGGCATTCTCGGCTACACCGAGGATGACATCGTCTCCACTGACCTCAACGGTGACGACCACTCCTCCATCTTCGATGCCAAGGCTGGTATCGCCCTCAACGCCAACTTCATCAAGCTTGTCTCTTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACTCCCACCGTGTTGTTGACCTGATCTCCTACATCGCCAAGGTCGATGGCCAGTAGCAATTAAAACAGTCTCCTGAGGCCAGGAGCCTTCTCTGAGATGTGAAATGGCTCTTACGCTGCTCGCCCATAGATCTGATATCGGGTGCTTTTGAAGAGTTGCTTTCCGTCCTGTAGAAAAAATCAGCTGATAACGTCACTTTAATGAACCAAATA]


>consensus_3262#0 AAGCATCACATCTATCGCCATCATGGTCCCCAAGGTCGGTATCAACGGTTTCGGTCGTAT TGGCCGCATTGTCTTCCGCAATGCCACCCAAGCTGGCACTGTCGACGTTGTCGCTGTCAA CGACCCCTTCATTGAGGTTCACTACGCTGCCTACATGCTCCGCTATGACAGCACCCACGG CCAGTTCAAGGGTACCATTGAGATCAACGGTACCGAGGGCCTGATCGTCAACGGCAAGAA GATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCTGCCATCCCCTGGGGTAAGGAGGGTGCCGA CTACGTTGTCGAGTCCACTGGTGTCTTCACCACCACCGACAAGGCCTCTGCCCACATCAA GGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCCGCTCCCTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCAT GGGTGTCAACAACGACTCCTACACCAAGGACGTCAACGTTCTCTCCAACGCCTCTTGCAC CACCAACTGCCTTGCTCCCCTTGCCAAGGTTATCAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGG TCTCATGACCACTGTCCACTCCTACACTGCCACCCAGAAGACCGTCGACGGCCCCTCCGG AAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCAGAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGC CGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTCATCCCCTCTTTGAACGGCAAGCTCACCGGCATGTCCAT GCGTGTCCCTACCGCCAACGTCTCCGTCGTTGACTTGACCTGCCGCATCGAGAAGGGTGC TACCTACGAGGAGATCAAGGCCACCATCAAGGCCGCCTCCGAGAACGAGCTCAAGGGCAT TCTCGGCTACACCGAGGATGACATCGTCTCCACTGACCTCAACGGTGACGACCACTCCTC CATCTTCGATGCCAAGGCTGGTATCGCCCTCAACGCCAACTTCATCAAGCTTGTCTCTTG GTACGACAACGAGTGGGGTTACTCCCACCGTGTTGTTGACCTGATCTCCTACATCGCCAA GGTCGATGGCCAGTAGCAATTAAAACAGTCTCCTGAGGCCAGGAGCCTTCTCTGAGATGT GAAATGGCTCTTACGCTGCTCGCCCATAGATCTGATATCGGGTGCTTTTGAAGAGTTGCT TTCCGTCCTGTAGAAAAAATCAGCTGATAACGTCACTTTAATGAACCAAATA



consensusID : consensus_3262#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 1178
fasta sequence
                              [TCTTCTTCACATCTCTATCCATCCCCAAAACTACACAAATACCGCAAACATGGTTCCCAAGGTTGGTATCAACGGATTCGGCCGTATCGGTCGCATTGTCTTCCGCAATGCCATCAACCACGGTGGTGTCGACGTTGTCGCCGTCAACGACCCCTTCATTGAGGTCCACTACGCTGCATACATGCTCAAGTATGACAGCACTCACGGTCAGTTCAAGGGCACCATCGAGATCGATGGCACCTCCGGCCTGATTGTCAACGGCAAGAAGATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCCTCCATCCCCTGGTCTGAGACCGGCGCCGCCTACGTCGTCGAGTCCACCGGTGTCTTCACCACCACCGAGAAGGCCTCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCTGCTCCCTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACAACGACTCCTACAAGTCCGACGTCAACGTCCTCTCCAACGCTTCTTGCACCACCAACTGCCTGGCTCCCCTCGCCAAGGTTATCAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGGTCTGATGACCACCATCCACTCCTACACCGCTACCCAGAAGACCGTCGACGGTCCCTCCGCTAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCAGAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGCCGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTTATCCCCTCCCTTAACGGCAAGCTCACTGGTATGGCCATGCGTGTGCCTACCGCCAACGTCTCCGTTGTCGACCTGACCTGCCGCATCGAGAAGGCCGCCACCTACGAGGACATCAAGGCCACCATCAAGGCCGCCTCCGAGGGTGAGCTCAAGGGTATCCTGGGCTACACCGAGGACGACATTGTCTCCTCCGACCTGAACGGTGATGACAACTCCTCCATCTTCGATGCCAAGGCCGGTATTGCCCTGAACCCCAACTTCATCAAGCTGGTTTCCTGGTACGACAACGAGTGGGGCTACTCCCACCGTGTTGTTGACCTCATCGCCTACATCGCCAAGGTCGATGGTCAGTAGGAATCAGGACGGCGTCCTGGGGCCAGGAGTCTTCTCTAAAAGACGGAGTTTGCTACGAAGATGGCCTTCGCCTTGTAGAAAAAATCCGATAACGTCAATTTAATGAAACCAAATA]

[+] EMBL AK108429             [TCTTCTTCACATCTCTATCCATCCCCAAAACTACACAAATACCGCAAACATGGTTCCCAAGGTTGGTATCAACGGATTCGGCCGTATCGGTCGCATTGTCTTCCGCAATGCCATCAACCACGGTGGTGTCGACGTTGTCGCCGTCAACGACCCCTTCATTGAGGTCCACTACGCTGCATACATGCTCAAGTATGACAGCACTCACGGTCAGTTCAAGGGCACCATCGAGATCGATGGCACCTCCGGCCTGATTGTCAACGGCAAGAAGATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCCTCCATCCCCTGGTCTGAGACCGGCGCCGCCTACGTCGTCGAGTCCACCGGTGTCTTCACCACCACCGAGAAGGCCTCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCTGCTCCCTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACAACGACTCCTACAAGTCCGACGTCAACGTCCTCTCCAACGCTTCTTGCACCACCAACTGCCTGGCTCCCCTCGCCAAGGTTATCAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGGTCTGATGACCACCATCCACTCCTACACCGCTACCCAGAAGACCGTCGACGGTCCCTCCGCTAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCAGAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGCCGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTTATCCCCTCCCTTAACGGCAAGCTCACTGGTATGGCCATGCGTGTGCCTACCGCCAACGTCTCCGTTGTCGACCTGACCTGCCGCATCGAGAAGGCCGCCACCTACGAGGACATCAAGGCCACCATCAAGGCCGCCTCCGAGGGTGAGCTCAAGGGTATCCTGGGCTACACCGAGGACGACATTGTCTCCTCCGACCTGAACGGTGATGACAACTCCTCCATCTTCGATGCCAAGGCCGGTATTGCCCTGAACCCCAACTTCATCAAGCTGGTTTCCTGGTACGACAACGAGTGGGGCTACTCCCACCGTGTTGTTGACCTCATCGCCTACATCGCCAAGGTCGATGGTCAGTAGGAATCAGGACGGCGTCCTGGGGCCAGGAGTCTTCTCTAAAAGACGGAGTTTGCTACGAAGATGGCCTTCGCCTTGTAGAAAAAATCCGATAACGTCAATTTAATGAAACCAAATA]


>consensus_3262#1 TCTTCTTCACATCTCTATCCATCCCCAAAACTACACAAATACCGCAAACATGGTTCCCAA GGTTGGTATCAACGGATTCGGCCGTATCGGTCGCATTGTCTTCCGCAATGCCATCAACCA CGGTGGTGTCGACGTTGTCGCCGTCAACGACCCCTTCATTGAGGTCCACTACGCTGCATA CATGCTCAAGTATGACAGCACTCACGGTCAGTTCAAGGGCACCATCGAGATCGATGGCAC CTCCGGCCTGATTGTCAACGGCAAGAAGATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCCTC CATCCCCTGGTCTGAGACCGGCGCCGCCTACGTCGTCGAGTCCACCGGTGTCTTCACCAC CACCGAGAAGGCCTCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCTGCTCC CTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACAACGACTCCTACAAGTCCGACGT CAACGTCCTCTCCAACGCTTCTTGCACCACCAACTGCCTGGCTCCCCTCGCCAAGGTTAT CAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGGTCTGATGACCACCATCCACTCCTACACCGCTAC CCAGAAGACCGTCGACGGTCCCTCCGCTAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCA GAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGCCGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTTATCCCCTCCCT TAACGGCAAGCTCACTGGTATGGCCATGCGTGTGCCTACCGCCAACGTCTCCGTTGTCGA CCTGACCTGCCGCATCGAGAAGGCCGCCACCTACGAGGACATCAAGGCCACCATCAAGGC CGCCTCCGAGGGTGAGCTCAAGGGTATCCTGGGCTACACCGAGGACGACATTGTCTCCTC CGACCTGAACGGTGATGACAACTCCTCCATCTTCGATGCCAAGGCCGGTATTGCCCTGAA CCCCAACTTCATCAAGCTGGTTTCCTGGTACGACAACGAGTGGGGCTACTCCCACCGTGT TGTTGACCTCATCGCCTACATCGCCAAGGTCGATGGTCAGTAGGAATCAGGACGGCGTCC TGGGGCCAGGAGTCTTCTCTAAAAGACGGAGTTTGCTACGAAGATGGCCTTCGCCTTGTA GAAAAAATCCGATAACGTCAATTTAATGAAACCAAATA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3262#0      ---------------------------AAGCATCACATCTATCGCCATCATGGTCCCCAA 33
consensus_3262#1      TCTTCTTCACATCTCTATCCATCCCCAAAACTACACAAATACCGCAAACATGGTTCCCAA 60
                                                 ** *  ****  ** *** * ****** *****

consensus_3262#0      GGTCGGTATCAACGGTTTCGGTCGTATTGGCCGCATTGTCTTCCGCAATGCCACCCAAGC 93
consensus_3262#1      GGTTGGTATCAACGGATTCGGCCGTATCGGTCGCATTGTCTTCCGCAATGCCATCAACCA 120
                      *** *********** ***** ***** ** ********************** * *   

consensus_3262#0      TGGCACTGTCGACGTTGTCGCTGTCAACGACCCCTTCATTGAGGTTCACTACGCTGCCTA 153
consensus_3262#1      CGGTGGTGTCGACGTTGTCGCCGTCAACGACCCCTTCATTGAGGTCCACTACGCTGCATA 180
                       **   *************** *********************** *********** **

consensus_3262#0      CATGCTCCGCTATGACAGCACCCACGGCCAGTTCAAGGGTACCATTGAGATCAACGGTAC 213
consensus_3262#1      CATGCTCAAGTATGACAGCACTCACGGTCAGTTCAAGGGCACCATCGAGATCGATGGCAC 240
                      *******   *********** ***** *********** ***** ****** * ** **

consensus_3262#0      CGAGGGCCTGATCGTCAACGGCAAGAAGATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCTGC 273
consensus_3262#1      CTCCGGCCTGATTGTCAACGGCAAGAAGATCCGCTTCTACGCTGAGCGTGACCCCGCCTC 300
                      *   ******** ********************************************  *

consensus_3262#0      CATCCCCTGGGGTAAGGAGGGTGCCGACTACGTTGTCGAGTCCACTGGTGTCTTCACCAC 333
consensus_3262#1      CATCCCCTGGTCTGAGACCGGCGCCGCCTACGTCGTCGAGTCCACCGGTGTCTTCACCAC 360
                      **********  * **   ** **** ****** *********** **************

consensus_3262#0      CACCGACAAGGCCTCTGCCCACATCAAGGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCCGCTCC 393
consensus_3262#1      CACCGAGAAGGCCTCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGCCAAGAAGGTCATCATCTCTGCTCC 420
                      ****** *********** *** * ***************************** *****

consensus_3262#0      CTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACAACGACTCCTACACCAAGGACGT 453
consensus_3262#1      CTCCGCCGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTCAACAACGACTCCTACAAGTCCGACGT 480
                      **************************************************     *****

consensus_3262#0      CAACGTTCTCTCCAACGCCTCTTGCACCACCAACTGCCTTGCTCCCCTTGCCAAGGTTAT 513
consensus_3262#1      CAACGTCCTCTCCAACGCTTCTTGCACCACCAACTGCCTGGCTCCCCTCGCCAAGGTTAT 540
                      ****** *********** ******************** ******** ***********

consensus_3262#0      CAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGGTCTCATGACCACTGTCCACTCCTACACTGCCAC 573
consensus_3262#1      CAACGACAAGTACGGTCTCGTTGAGGGTCTGATGACCACCATCCACTCCTACACCGCTAC 600
                      ****************************** ********  ************* ** **

consensus_3262#0      CCAGAAGACCGTCGACGGCCCCTCCGGAAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCA 633
consensus_3262#1      CCAGAAGACCGTCGACGGTCCCTCCGCTAAGGACTGGCGTGGTGGCCGCACTGCGGCCCA 660
                      ****************** *******  ********************************

consensus_3262#0      GAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGCCGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTCATCCCCTCTTT 693
consensus_3262#1      GAACATCATCCCCTCCTCCACCGGTGCCGCCAAGGCTGTCGGCAAGGTTATCCCCTCCCT 720
                      ************************************************ ********  *

consensus_3262#0      GAACGGCAAGCTCACCGGCATGTCCATGCGTGTCCCTACCGCCAACGTCTCCGTCGTTGA 753
consensus_3262#1      TAACGGCAAGCTCACTGGTATGGCCATGCGTGTGCCTACCGCCAACGTCTCCGTTGTCGA 780
                       ************** ** *** ********** ******************** ** **

consensus_3262#0      CTTGACCTGCCGCATCGAGAAGGGTGCTACCTACGAGGAGATCAAGGCCACCATCAAGGC 813
consensus_3262#1      CCTGACCTGCCGCATCGAGAAGGCCGCCACCTACGAGGACATCAAGGCCACCATCAAGGC 840
                      * *********************  ** *********** ********************

consensus_3262#0      CGCCTCCGAGAACGAGCTCAAGGGCATTCTCGGCTACACCGAGGATGACATCGTCTCCAC 873
consensus_3262#1      CGCCTCCGAGGGTGAGCTCAAGGGTATCCTGGGCTACACCGAGGACGACATTGTCTCCTC 900
                      **********   *********** ** ** ************** ***** ****** *

consensus_3262#0      TGACCTCAACGGTGACGACCACTCCTCCATCTTCGATGCCAAGGCTGGTATCGCCCTCAA 933
consensus_3262#1      CGACCTGAACGGTGATGACAACTCCTCCATCTTCGATGCCAAGGCCGGTATTGCCCTGAA 960
                       ***** ******** *** ************************* ***** ***** **

consensus_3262#0      CGCCAACTTCATCAAGCTTGTCTCTTGGTACGACAACGAGTGGGGTTACTCCCACCGTGT 993
consensus_3262#1      CCCCAACTTCATCAAGCTGGTTTCCTGGTACGACAACGAGTGGGGCTACTCCCACCGTGT 1020
                      * **************** ** ** ******************** **************

consensus_3262#0      TGTTGACCTGATCTCCTACATCGCCAAGGTCGATGGCCAGTAGCAATTAAAACAGTCTCC 1053
consensus_3262#1      TGTTGACCTCATCGCCTACATCGCCAAGGTCGATGGTCAGTAGGAATCAGGACGGCGTCC 1080
                      ********* *** ********************** ****** *** *  ** *  ***

consensus_3262#0      TGAGGCCAGGAGCCTTCTCTGAGATGTGAAATGGCTCTTACGCTGCTCGCCCATAGATCT 1113
consensus_3262#1      TGGGGCCAGGAGTCTTCTCTAAAAGACGGAGT--TTGCTACG------------------ 1120
                      ** ********* ******* * *   * * *   *  ****                  

consensus_3262#0      GATATCGGGTGCTTTTGAAGAGTTGCTTTCCGTCCTGTAGAAAAAATCAGCTGATAACGT 1173
consensus_3262#1      -------------------AAGATGGCCTTCGCCTTGTAGAAAAAATC---CGATAACGT 1158
                                          ** **   * ** * *************    ********

consensus_3262#0      CACTTTAATGAA-CCAAATA 1192
consensus_3262#1      CAATTTAATGAAACCAAATA 1178
                      ** ********* *******




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)