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Oryza sativa
cluster # 3742 cluster # 3742       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_3742#0 length = 2757 sequences # 2  

consensusID : consensus_3742#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 2757
fasta sequence
                              [AAGAGGCCGCGAGATCGCTAAAATTTTCCCCATTTCCCGTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTCGCCGGAGCTGCGCCGCCTCCCGATCTTCCCGGTCCCTCTCCTCCCTTCCAGAAGCGGCCAAGACCAACGGCCTCGCCCCCGCTACGTGAGATCGCTGGTGCCCTCGTAGCTCCGATCCAGCCTCGCCCCCAAGCCAAGGAGCGAATTCAGGTATTGCTTCTTCTTTTTTCTCCCCAGATTGCTGTGCACGGATTTGCCGTAAGATGGGGGAAGTAATTTTTTTGGAGCTTCCAGTAAAGGGTCTGATTGCCTGACCCTTCCCTTGCCATATCAAGAACGCGGCATCAGCATGTTCTAGTATTCGTACAGATTCTAGCCTGAAGCTGACTTTTGATGATGGATGATTCCTGCAAAGTTGCTTGATGTTTTTAGTGACTGAGTTCACACTATCATATTGGGTAATTAACTTGGGTAAACTTCATCGTCGGTCATAATGTATCATCCTCTGTTTAGTTACATCACTGATGGTCTTGATTTCGCAGTGTGTTAGTTGTTAGTTTTGAGTTCAAGTATGAAGACGTGTTGTTAGTGCTTTATACTAGTAGTATTTGGTAAGCTCATGCTCACCTAACAACATTTTGTTTCTTCAGATTTTCTATGGAGATTTAGCTTTCATCAAAACAAAAACAACAATATGCATTATGCACGAATTAAAATGGCGTGTACTATAGTAATTTGTCTCAGACAATTGGTAAAGATTGTGGTTTTTACCTATACTGTCTATTGTTTTCTATGTCTCTCCCTGGATCGCCAGTGGTAGCTGAAATTGGGGCATTCAGCATGA-GGTACAAAAATTATAATACATTGTGATGTAATAGTAGAGGGCAATATGTAAGGCAGTCAGAGTCACAAGCACAATTAAAATGTAAAACCTGTTATTTCTGATATATGGAAATGGGGAAGCTCTGCTTTCCTAGTTAAAAAAAAAGAACACAATTAAAATATACCTTTTTTTTTTGTAAAAGTGAAATTGTAAATTCATTTGAGGTAAATGTCCATGCACATTCCTTTTCTTGTTTATTGTGTTTGCATATCTGGACAAGTCGAGTATGAACCATTTCAGATTTGTTGAAGATAACGCATAGGTCACTGCTTGAACATGCATCAGACTAATGTGTAACTGCAAGGCTGTTTGCCACAAATGTGTAACAACATTCGATATCAAAATTGTTTGGTCTTTAATAGAGCTATCATGGCCACTTGTAAGAAAAGAGGAACCATCAGCCTTAGGATAATCACAATGGTTGGGAGCTGCCTGAACTGTCAAATTTCCTTAAAACATCATAGGATGTTTGATTATGTTGCATCTGCCCAAAGTACGATAGAATGCCATTTAGAGTTCTCTCTACTTTCTTTTGACCACCTTATCAACTTATCCCCATGGGTGCTACCTTATGAATTTTGTAAAATAATAAGTATAACACATATTAGTATAAAGATCAAGTGTTAATTGGTCATCTTAGTTGGAATGCGTCGGAATCATAAAGAAAGTAATCTGATGTTATTTACTTATGTTAAGTTCTTTCATACTAGTAATATCTGCCCATGTGCATTGCTAACAAAATGTTAACCCAAACATCACCCACACTAAATAAATCATTTACCACTGTACTGACCCAGTTTTCCATGTCCCAAAACTTTGCACATATGCAAAGCAGACAGATGGGGATTTAGTCTAGTGGTAAGATATTCGCTTAGGGAGCGAAAGGTCCCGAGTTCATTTCTCGGAATCCCCAGTCTGAAATTTTTTTTGGGAAGTTTGATGTGAAGAACCAAATATTGTAGAATGATATTCAGAAATAAGATGATAAGGTCTGGAGTCTGGACAATGGAATCTGGACCACACACAGGTTCTGACGATAAGGTGTAGGACTGTATGCCAGAACTTCACAAGTTGTTGGATTATATGCCTACAACTACAATTGCAAGGTAAATGGCATAGCAGCAATTTTATTTGCCAACCTGTTAGTTGGGCCAGGAACAACATTTGATATCACACTTTGACAGATTCTGTTCTTTTAATCAAACTTCATATCAATAACGTATCGCAAATTGTAGAGCAGAAGGCCATCCCTTCCAAACAGCTCAGCACCACCTGCATTTGTATGTGATAAAACATTGATTTTGTTTATGCTGCAATGAATCTTGAACTAGAAAGCTGCACAGTAGCATTCACCCTTTTTTACTGTAACTGATCAATGATCACTTAGCAATTCCTACATCTTCATTTATGTTTCTGTGAACTTACTGAATTTGATTGCAGCGAGGCAGACAGAAGTCAATTACTTCTGATCTCAATATAAAGATCTGGGTGGTTGGACTTGTCAGTTTTATTTTAGGAGCCTTGTATGGAAGTAGATTGATCCGATGCAATTATGTTTACTTCACTTCTTCCACAGAACATCTCCTTGCTTATTCAGGCCTCTGTCGTTACTCCAATTCATCGAGCTGCTACCTCAAACAGGCTAGAGAATTTGAACATTATTCATATGTATATTCATGTATGAAAATTTGCAGATTTCCATATAGCACAGCTGGGGATTTAGTCTAGTGGTAAGATATTCGCTTAGGGAGCGAAAGGTCCCGAGTTCAATTCTCGGAATCCCCAATCTGAAATCCCTTTTGCAATGCATGTCAAAGTTTTTTCTTTTCCAGAGAGAGAAATGCATGTGAAGGCTATCTATATGTTTG]

[+] EMBL AK071396             [AAGAGGCCGCGAGATCGCTAAAATTTTCCCCATTTCCCGTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTCGCCGGAGCTGCGCCGCCTCCCGATCTTCCCGGTCCCTCTCCTCCCTTCCAGAAGCGGCCAAGACCAACGGCCTCGCCCCCGCTACGTGAGATCGCTGGTGCCCTCGTAGCTCCGATCCAGCCTCGCCCCCAAGCCAAGGAGCGAATTCAGGTATTGCTTCTTCTTTTTTCTCCCCAGATTGCTGTGCACGGATTTGCCGTAAGATGGGGGAAGTAATTTTTTTGGAGCTTCCAGTAAAGGGTCTGATTGCCTGACCCTTCCCTTGCCATATCAAGAACGCGGCATCAGCATGTTCTAGTATTCGTACAGATTCTAGCCTGAAGCTGACTTTTGATGATGGATGATTCCTGCAAAGTTGCTTGATGTTTTTAGTGACTGAGTTCACACTATCATATTGGGTAATTAACTTGGGTAAACTTCATCGTCGGTCATAATGTATCATCCTCTGTTTAGTTACATCACTGATGGTCTTGATTTCGCAGTGTGTTAGTTGTTAGTTTTGAGTTCAAGTATGAAGACGTGTTGTTAGTGCTTTATACTAGTAGTATTTGGTAAGCTCATGCTCACCTAACAACATTTTGTTTCTTCAGATTTTCTATGGAGATTTAGCTTTCATCAAAACAAAAACAACAATATGCATTATGCACGAATTAAAATGGCGTGTACTATAGTAATTTGTCTCAGACAATTGGTAAAGATTGTGGTTTTTACCTATACTGTCTATTGTTTTCTATGTCTCTCCCTGGATCGCCAGTGGTAGCTGAAATTGGGGCATTCAGCATGA GGTACAAAAATTATAATACATTGTGATGTAATAGTAGAGGGCAATATGTAAGGCAGTCAGAGTCACAAGCACAATTAAAATGTAAAACCTGTTATTTCTGATATATGGAAATGGGGAAGCTCTGCTTTCCTAGTTAAAAAAAAAGAACACAATTAAAATATACCTTTTTTTTTTGTAAAAGTGAAATTGTAAATTCATTTGAGGTAAATGTCCATGCACATTCCTTTTCTTGTTTATTGTGTTTGCATATCTGGACAAGTCGAGTATGAACCATTTCAGATTTGTTGAAGATAACGCATAGGTCACTGCTTGAACATGCATCAGACTAATGTGTAACTGCAAGGCTGTTTGCCACAAATGTGTAACAACATTCGATATCAAAATTGTTTGGTCTTTAATAGAGCTATCATGGCCACTTGTAAGAAAAGAGGAACCATCAGCCTTAGGATAATCACAATGGTTGGGAGCTGCCTGAACTGTCAAATTTCCTTAAAACATCATAGGATGTTTGATTATGTTGCATCTGCCCAAAGTACGATAGAATGCCATTTAGAGTTCTCTCTACTTTCTTTTGACCACCTTATCAACTTATCCCCATGGGTGCTACCTTATGAATTTTGTAAAATAATAAGTATAACACATATTAGTATAAAGATCAAGTGTTAATTGGTCATCTTAGTTGGAATGCGTCGGAATCATAAAGAAAGTAATCTGATGTTATTTACTTATGTTAAGTTCTTTCATACTAGTAATATCTGCCCATGTGCATTGCTAACAAAATGTTAACCCAAACATCACCCACACTAAATAAATCATTTACCACTGTACTGACCCAGTTTTCCATGTCCCAAAACTTTGCACATATGCAAAGCAGACAGATGGGGATTTAGTCTAGTGGTAAGATATTCGCTTAGGGAGCGAAAGGTCCCGAGTTCATTTCTCGGAATCCCCAGTCTGAAATTTTTTTTGGGAAGTTTGATGTGAAGAACCAAATATTGTAGAATGATATTCAGAAATAAGATGATAAGGTCTGGAGTCTGGACAATGGAATCTGGACCACACACAGGTTCTGACGATAAGGTGTAGGACTGTATGCCAGAACTTCACAAGTTGTTGGATTATATGCCTACAACTACAATTGCAAGGTAAATGGCATAGCAGCAATTTTATTTGCCAACCTGTTAGTTGGGCCAGGAACAACATTTGATATCACACTTTGACAGATTCTGTTCTTTTAATCAAACTTCATATCAATAACGTATCGCAAATTGTAGAGCAGAAGGCCATCCCTTCCAAACAGCTCAGCACCACCTGCATTTGTATGTGATAAAACATTGATTTTGTTTATGCTGCAATGAATCTTGAACTAGAAAGCTGCACAGTAGCATTCACCCTTTTTTACTGTAACTGATCAATGATCACTTAGCAATTCCTACATCTTCATTTATGTTTCTGTGAACTTACTGAATTTGATTGCAGCGAGGCAGACAGAAGTCAATTACTTCTGATCTCAATATAAAGATCTGGGTGGTTGGACTTGTCAGTTTTATTTTAGGAGCCTTGTATGGAAGTAGATTGATCCGATGCAATTATGTTTACTTCACTTCTTCCACAGAACATCTCCTTGCTTATTCAGGCCTCTGTCGTTACTCCAATTCATCGAGCTGCTACCTCAAACAGGCTAGAGAATTTGAACATTATTCATATGTATATTCATGTATGAAAATTTGCAGATTTCCATATAGCACAGCTGGGGATTTAGTCTAGTGGTAAGATATTCGCTTAGGGAGCGAAAGGTCCCGAGTTCAATTCTCGGAATCCCCAATCTGAAATCCCTTTTGCAATGCATGTCAAAGTTTTTTCTTTTCCAGAGAGAGAAATGCATGTGAAGGCTATCTATATGTTTG]
[+] EMBL OSC1031              [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACATCACTGNTGGTCTTGATTTCGCAGTGTGTTAGTTGTTAGTTTTGAGTTCAAGTATGAAGACGTGTTGTTAGTGCTTTATACTAGTAGTATTTGGTAAGCTCATGCTCACCTAACAACATTTTGTTTCTTCAGATTTTCTATGGAGATTTAGCTTTCATCAAAACAAAAACAACAATATGCATTATGCACGNATTAAAATGGCGTGTACTATAGTAATTTGTCTCAGACAATTNGTAAAGATTGTGGTTTTTACCTATACTGTCTATTGTTTTCTATGTCTCTCCCTGGATCGCCAGTGGTAGCTGAAATTGGGGCATTCAGCATGAGGGTACAAAAATTATAATACATTGTGATGTAATAGTAGAGGGCAATATGTAAGGCAGNCAGAGTCACAAGCACAATTAAAATGT AAACCTGTTA TTCTGATATATGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]


>consensus_3742#0 AAGAGGCCGCGAGATCGCTAAAATTTTCCCCATTTCCCGTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG CCGCTCGCCGGAGCTGCGCCGCCTCCCGATCTTCCCGGTCCCTCTCCTCCCTTCCAGAAG CGGCCAAGACCAACGGCCTCGCCCCCGCTACGTGAGATCGCTGGTGCCCTCGTAGCTCCG ATCCAGCCTCGCCCCCAAGCCAAGGAGCGAATTCAGGTATTGCTTCTTCTTTTTTCTCCC CAGATTGCTGTGCACGGATTTGCCGTAAGATGGGGGAAGTAATTTTTTTGGAGCTTCCAG TAAAGGGTCTGATTGCCTGACCCTTCCCTTGCCATATCAAGAACGCGGCATCAGCATGTT CTAGTATTCGTACAGATTCTAGCCTGAAGCTGACTTTTGATGATGGATGATTCCTGCAAA GTTGCTTGATGTTTTTAGTGACTGAGTTCACACTATCATATTGGGTAATTAACTTGGGTA AACTTCATCGTCGGTCATAATGTATCATCCTCTGTTTAGTTACATCACTGATGGTCTTGA TTTCGCAGTGTGTTAGTTGTTAGTTTTGAGTTCAAGTATGAAGACGTGTTGTTAGTGCTT TATACTAGTAGTATTTGGTAAGCTCATGCTCACCTAACAACATTTTGTTTCTTCAGATTT TCTATGGAGATTTAGCTTTCATCAAAACAAAAACAACAATATGCATTATGCACGAATTAA AATGGCGTGTACTATAGTAATTTGTCTCAGACAATTGGTAAAGATTGTGGTTTTTACCTA TACTGTCTATTGTTTTCTATGTCTCTCCCTGGATCGCCAGTGGTAGCTGAAATTGGGGCA TTCAGCATGAGGTACAAAAATTATAATACATTGTGATGTAATAGTAGAGGGCAATATGTA AGGCAGTCAGAGTCACAAGCACAATTAAAATGTAAAACCTGTTATTTCTGATATATGGAA ATGGGGAAGCTCTGCTTTCCTAGTTAAAAAAAAAGAACACAATTAAAATATACCTTTTTT TTTTGTAAAAGTGAAATTGTAAATTCATTTGAGGTAAATGTCCATGCACATTCCTTTTCT TGTTTATTGTGTTTGCATATCTGGACAAGTCGAGTATGAACCATTTCAGATTTGTTGAAG ATAACGCATAGGTCACTGCTTGAACATGCATCAGACTAATGTGTAACTGCAAGGCTGTTT GCCACAAATGTGTAACAACATTCGATATCAAAATTGTTTGGTCTTTAATAGAGCTATCAT GGCCACTTGTAAGAAAAGAGGAACCATCAGCCTTAGGATAATCACAATGGTTGGGAGCTG CCTGAACTGTCAAATTTCCTTAAAACATCATAGGATGTTTGATTATGTTGCATCTGCCCA AAGTACGATAGAATGCCATTTAGAGTTCTCTCTACTTTCTTTTGACCACCTTATCAACTT ATCCCCATGGGTGCTACCTTATGAATTTTGTAAAATAATAAGTATAACACATATTAGTAT AAAGATCAAGTGTTAATTGGTCATCTTAGTTGGAATGCGTCGGAATCATAAAGAAAGTAA TCTGATGTTATTTACTTATGTTAAGTTCTTTCATACTAGTAATATCTGCCCATGTGCATT GCTAACAAAATGTTAACCCAAACATCACCCACACTAAATAAATCATTTACCACTGTACTG ACCCAGTTTTCCATGTCCCAAAACTTTGCACATATGCAAAGCAGACAGATGGGGATTTAG TCTAGTGGTAAGATATTCGCTTAGGGAGCGAAAGGTCCCGAGTTCATTTCTCGGAATCCC CAGTCTGAAATTTTTTTTGGGAAGTTTGATGTGAAGAACCAAATATTGTAGAATGATATT CAGAAATAAGATGATAAGGTCTGGAGTCTGGACAATGGAATCTGGACCACACACAGGTTC TGACGATAAGGTGTAGGACTGTATGCCAGAACTTCACAAGTTGTTGGATTATATGCCTAC AACTACAATTGCAAGGTAAATGGCATAGCAGCAATTTTATTTGCCAACCTGTTAGTTGGG CCAGGAACAACATTTGATATCACACTTTGACAGATTCTGTTCTTTTAATCAAACTTCATA TCAATAACGTATCGCAAATTGTAGAGCAGAAGGCCATCCCTTCCAAACAGCTCAGCACCA CCTGCATTTGTATGTGATAAAACATTGATTTTGTTTATGCTGCAATGAATCTTGAACTAG AAAGCTGCACAGTAGCATTCACCCTTTTTTACTGTAACTGATCAATGATCACTTAGCAAT TCCTACATCTTCATTTATGTTTCTGTGAACTTACTGAATTTGATTGCAGCGAGGCAGACA GAAGTCAATTACTTCTGATCTCAATATAAAGATCTGGGTGGTTGGACTTGTCAGTTTTAT TTTAGGAGCCTTGTATGGAAGTAGATTGATCCGATGCAATTATGTTTACTTCACTTCTTC CACAGAACATCTCCTTGCTTATTCAGGCCTCTGTCGTTACTCCAATTCATCGAGCTGCTA CCTCAAACAGGCTAGAGAATTTGAACATTATTCATATGTATATTCATGTATGAAAATTTG CAGATTTCCATATAGCACAGCTGGGGATTTAGTCTAGTGGTAAGATATTCGCTTAGGGAG CGAAAGGTCCCGAGTTCAATTCTCGGAATCCCCAATCTGAAATCCCTTTTGCAATGCATG TCAAAGTTTTTTCTTTTCCAGAGAGAGAAATGCATGTGAAGGCTATCTATATGTTTG



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)