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Oryza sativa
cluster # 3901 cluster # 3901       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_3901#0 length = 2170 sequences # 3  

consensusID : consensus_3901#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2170
fasta sequence
                              [GTTGGCAAAATTGCTTGAGTCAGTATTACTTGATTTGGCCACTGTGAGACAAAAAATAAACAAAGGTAAAAAACGAATTTGGAAGATGGAAGGCAAATTGGAAAAGGCTCAGATTCAACATCTGACAGACTTCAACAACAAATATGGACCATCTATTCGACAATCAGTTGAAACTGCTGAACATAATAACTGTGCTTTGAGGTGTCTTAATAATTATTTGGAGTTGATGATTGAGGAACCACGGTTTAGTTCAATTGCCTATGTTCGTCTGGATTCACAAGTCAAGAAACTCGATAAGGAGAACACGTCTGCGATGGATTTATCATCCAGTTTGCACCAGATGCTTCAGAAGTTAAATTTAAGAGTACAAGATGAAGAAGTCTGGGTGTCACAGTTAGGCTCAAATTTGCAGGCTTCATTCAGAAAAATCATGGATACCTCCTCAGAAATAGGAAAATTAGAAGATGAAGTTTTGCAGCTGAAGGTCGATATAGCTGAGTTTGCTCCAGGTGAAGTAACCAGTTGTGCAGTATATGAAATGATCAAGACACTTCAAATTGTTGAACTGTTCATGAATAATTCCACCAGACATTTGAAACTTATCGATGGAATTAATTCTGAAATGAGAGAGTTTGGAAGTATCTTTAATGGCAAAGTGAGATGCCTTGTTCGCTTTGCTAGATATCAACAAACTAATATGGAGAAGTCTACACAGATAATCAATTTCCTTGGTGACATCCGTGCTAAAGTTGACAAAATGACTCAAATGTATGGTCTATCTGAAGTTGTGCCCATTGTCTCAAACCAGTTTATAGAGGGGAGCTTCAATGCCGATGCATATGCTTTTGAGAGTTTGAAAGAGCACAGCACTGATCTCTGTTTTAGTTGGAGAACAAGGAAGTTTCATAACAGATTAATTCTCCCTCCAGTGAGGCAACAAACTTCTGGTATGAAATAAATGACTTCTTGATGAAAACTTTATGTATGTCATAAGAATAAAATATGTCGTTATGATGCCATGAAAATAATTGAACGATCAGCAAAAATTGCACCTTTTCCTGTCGCAATCAGTTTTACCTAATAATTTACTTCCTAGACTGATATTTTACATACATGTTGATTTTACTCTGCTGGCTCACCCTTTTTATGTCCTGCTTCTGATGGCCTCAAGTACTTCCCCTCACACCTCTTTCTAGTCATTTGATCATGGTTGATTTGTCTACTAGGGCCCACCTCGACACAGTTTATTTTTGTTCGGTTAGCGCCTTGTTCGAGTTACTGGTATTCTTGGTCTTTCTTCTTGATTGGAACTTATATGCAAGCATAGTAATTCTTGTCAGGGACGTGTTCATATTACGCGACACTATCATCAGTTGAGTCCTTGTATAAAAGAGAATATGCATCATACCCTACTATCTTAAAAGATAAGATTGGACAGCCTGATGAATTTCTGGTTAATCTGTCAAGAGCTCAGTTGGAAGATATAGTAGAAGATTTTTATACCAGGCATAAAGTCAAGGGTTCGAAAAGGTTGAATGTTTGTTTAGATAAGATGAAAAATGAAGGCGTTATTTCGGAAGAATCATATATGAACCCTCAGGCTCAGTTTGTGCAGTCCACAGAAAGATACAAAATCAAACAATACGAAGAGCTCAATCTTGAGATTGCGATGAGGGAACGTGATAAGGAAGAAGTAAGCATTGTTGACAAGAAGTGTATAGGAAAGAAGAAAAAAAGGAGGTTCAGAAAAAAGATGAGAATGAAGGAGCACATATTTCTGACGAAGATAAAGAAAGTTATTGAGAGCCATATAATGGATGGAAAGGTGCTCATTGCTAGTTTCCGGGTAACAACTGGTTACTTCAGGTTGCTACCTCATCAAATCTACAAAATTCCAGAAGAAGATCCCCAATATGAATTGAATAAAAAAGGTAATCCCTGTTCTCATTGTGTCGTTGTTGTTGGTTTTGGGATTCGGGACGGTGAATGTTATCTGATCTATCTAAATTCATATGGGACTTCCTGGGGACATGACGGATTCGGTAGAATATACCTTGATAGTGTCAGGAAGCTTTTTTTAGCTCAGGTCTAAACTTTGCGTGTAAAACAGTGAAATTGTAAACTGAAATGTTATTGAATAATATTTCTTGATTTGGTTATCTATAATTCT]

[+] EMBL AK064552             [GTTGGCAAAATTGCTTGAGTCAGTATTACTTGATTTGGCCACTGTGAGACAAAAAATAAACAAAGGTAAAAAACGAATTTGGAAGATGGAAGGCAAATTGGAAAAGGCTCAGATTCAACATCTGACAGACTTCAACAACAAATATGGACCATCTATTCGACAATCAGTTGAAACTGCTGAACATAATAACTGTGCTTTGAGGTGTCTTAATAATTATTTGGAGTTGATGATTGAGGAACCACGGTTTAGTTCAATTGCCTATGTTCGTCTGGATTCACAAGTCAAGAAACTCGATAAGGAGAACACGTCTGCGATGGATTTATCATCCAGTTTGCACCAGATGCTTCAGAAGTTAAATTTAAGAGTACAAGATGAAGAAGTCTGGGTGTCACAGTTAGGCTCAAATTTGCAGGCTTCATTCAGAAAAATCATGGATACCTCCTCAGAAATAGGAAAATTAGAAGATGAAGTTTTGCAGCTGAAGGTCGATATAGCTGAGTTTGCTCCAGGTGAAGTAACCAGTTGTGCAGTATATGAAATGATCAAGACACTTCAAATTGTTGAACTGTTCATGAATAATTCCACCAGACATTTGAAACTTATCGATGGAATTAATTCTGAAATGAGAGAGTTTGGAAGTATCTTTAATGGCAAAGTGAGATGCCTTGTTCGCTTTGCTAGATATCAACAAACTAATATGGAGAAGTCTACACAGATAATCAATTTCCTTGGTGACATCCGTGCTAAAGTTGACAAAATGACTCAAATGTATGGTCTATCTGAAGTTGTGCCCATTGTCTCAAACCAGTTTATAGAGGGGAGCTTCAATGCCGATGCATATGCTTTTGAGAGTTTGAAAGAGCACAGCACTGATCTCTGTTTTAGTTGGAGAACAAGGAAGTTTCATAACAGATTAATTCTCCCTCCAGTGAGGCAACAAACTTCTGGTATGAAATAAATGACTTCTTGATGAAAACTTTATGTATGTCATAAGAATAAAATATGTCGTTATGATGCCATGAAAATAATTGAACGATCAGCAAAAATTGCACCTTTTCCTGTCGCAATCAGTTTTACCTAATAATTTACTTCCTAGACTGATATTTTACATACATGTTGATTTTACTCTGCTGGCTCACCCTTTTTATGTCCTGCTTCTGATGGCCTCAAGTACTTCCCCTCACACCTCTTTCTAGTCATTTGATCATGGTTGATTTGTCTACTAGGGCCCACCTCGACACAGTTTATTTTTGTTCGGTTAGCGCCTTGTTCGAGTTACTGGTATTCTTGGTCTTTCTTCTTGATTGGAACTTATATGCAAGCATAGTAATTCTTGTCAGGGACGTGTTCATATTACGCGACACTATCATCAGTTGAGTCCTTGTATAAAAGAGAATATGCATCATACCCTACTATCTTAAAAGATAAGATTGGACAGCCTGATGAATTTCTGGTTAATCTGTCAAGAGCTCAGTTGGAAGATATAGTAGAAGATTTTTATACCAGGCATAAAGTCAAGGGTTCGAAAAGGTTGAATGTTTGTTTAGATAAGATGAAAAATGAAGGCGTTATTTCGGAAGAATCATATATGAACCCTCAGGCTCAGTTTGTGCAGTCCACAGAAAGATACAAAATCAAACAATACGAAGAGCTCAATCTTGAGATTGCGATGAGGGAACGTGATAAGGAAGAAGTAAGCATTGTTGACAAGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL AU100737             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CAATCTTGAGATTGCGATGAGGGAACGTGATANGGAAGAAGTAAGCATTGTTGACAAGAAGTGTATAGGAAAGAAGAAAAAAAGGAGGTTCAGAAAAAAGATGAGAATGAAGGAGCACATATTTCTGACGAAGATAAAGAAAGTTATTGAGAGCCATATAATGGATGGAAAGGTGCTCATTGCTAGTTTCCGGGTAACAACTGGTTACTTCAGGTTGCTACCTCATCAAATCTACAAAATTCCAGAAGAAGATCCCCAATATGAATTGAATAAAAAAGGTAATCCCTGTTCTCATTGTGTCGTTGTTGTTGGTTTTGGGATTCGGGACGGTGAATGTTATCTGATCTATCTAAATTCATATGGGACTTCCTGGGGACATGACGGATTCGGTAGAATATACCTTGATAGTGTCAGGAAGCTTTTTTTAGCTCAGGTCTAAACTTTGCGTGTAAAACAGTGAAATTGTAAACTGAAATGTTATTGAATAATATTTCTTGATTTGGTTATCTATAA    ]
[-] EMBL D43058               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGTGTCAGGAAGCTTTTTTTAGCTCAGGTCTAAACTTTGCGTGTAAAACAGTGNAATTGTAAACTGNAATGTTATTGNATAATATTTCTTGATTTGGTTATCTATATTTCT]


>consensus_3901#0 GTTGGCAAAATTGCTTGAGTCAGTATTACTTGATTTGGCCACTGTGAGACAAAAAATAAA CAAAGGTAAAAAACGAATTTGGAAGATGGAAGGCAAATTGGAAAAGGCTCAGATTCAACA TCTGACAGACTTCAACAACAAATATGGACCATCTATTCGACAATCAGTTGAAACTGCTGA ACATAATAACTGTGCTTTGAGGTGTCTTAATAATTATTTGGAGTTGATGATTGAGGAACC ACGGTTTAGTTCAATTGCCTATGTTCGTCTGGATTCACAAGTCAAGAAACTCGATAAGGA GAACACGTCTGCGATGGATTTATCATCCAGTTTGCACCAGATGCTTCAGAAGTTAAATTT AAGAGTACAAGATGAAGAAGTCTGGGTGTCACAGTTAGGCTCAAATTTGCAGGCTTCATT CAGAAAAATCATGGATACCTCCTCAGAAATAGGAAAATTAGAAGATGAAGTTTTGCAGCT GAAGGTCGATATAGCTGAGTTTGCTCCAGGTGAAGTAACCAGTTGTGCAGTATATGAAAT GATCAAGACACTTCAAATTGTTGAACTGTTCATGAATAATTCCACCAGACATTTGAAACT TATCGATGGAATTAATTCTGAAATGAGAGAGTTTGGAAGTATCTTTAATGGCAAAGTGAG ATGCCTTGTTCGCTTTGCTAGATATCAACAAACTAATATGGAGAAGTCTACACAGATAAT CAATTTCCTTGGTGACATCCGTGCTAAAGTTGACAAAATGACTCAAATGTATGGTCTATC TGAAGTTGTGCCCATTGTCTCAAACCAGTTTATAGAGGGGAGCTTCAATGCCGATGCATA TGCTTTTGAGAGTTTGAAAGAGCACAGCACTGATCTCTGTTTTAGTTGGAGAACAAGGAA GTTTCATAACAGATTAATTCTCCCTCCAGTGAGGCAACAAACTTCTGGTATGAAATAAAT GACTTCTTGATGAAAACTTTATGTATGTCATAAGAATAAAATATGTCGTTATGATGCCAT GAAAATAATTGAACGATCAGCAAAAATTGCACCTTTTCCTGTCGCAATCAGTTTTACCTA ATAATTTACTTCCTAGACTGATATTTTACATACATGTTGATTTTACTCTGCTGGCTCACC CTTTTTATGTCCTGCTTCTGATGGCCTCAAGTACTTCCCCTCACACCTCTTTCTAGTCAT TTGATCATGGTTGATTTGTCTACTAGGGCCCACCTCGACACAGTTTATTTTTGTTCGGTT AGCGCCTTGTTCGAGTTACTGGTATTCTTGGTCTTTCTTCTTGATTGGAACTTATATGCA AGCATAGTAATTCTTGTCAGGGACGTGTTCATATTACGCGACACTATCATCAGTTGAGTC CTTGTATAAAAGAGAATATGCATCATACCCTACTATCTTAAAAGATAAGATTGGACAGCC TGATGAATTTCTGGTTAATCTGTCAAGAGCTCAGTTGGAAGATATAGTAGAAGATTTTTA TACCAGGCATAAAGTCAAGGGTTCGAAAAGGTTGAATGTTTGTTTAGATAAGATGAAAAA TGAAGGCGTTATTTCGGAAGAATCATATATGAACCCTCAGGCTCAGTTTGTGCAGTCCAC AGAAAGATACAAAATCAAACAATACGAAGAGCTCAATCTTGAGATTGCGATGAGGGAACG TGATAAGGAAGAAGTAAGCATTGTTGACAAGAAGTGTATAGGAAAGAAGAAAAAAAGGAG GTTCAGAAAAAAGATGAGAATGAAGGAGCACATATTTCTGACGAAGATAAAGAAAGTTAT TGAGAGCCATATAATGGATGGAAAGGTGCTCATTGCTAGTTTCCGGGTAACAACTGGTTA CTTCAGGTTGCTACCTCATCAAATCTACAAAATTCCAGAAGAAGATCCCCAATATGAATT GAATAAAAAAGGTAATCCCTGTTCTCATTGTGTCGTTGTTGTTGGTTTTGGGATTCGGGA CGGTGAATGTTATCTGATCTATCTAAATTCATATGGGACTTCCTGGGGACATGACGGATT CGGTAGAATATACCTTGATAGTGTCAGGAAGCTTTTTTTAGCTCAGGTCTAAACTTTGCG TGTAAAACAGTGAAATTGTAAACTGAAATGTTATTGAATAATATTTCTTGATTTGGTTAT CTATAATTCT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)