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Oryza sativa
cluster # 4018 cluster # 4018       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4018#0 length = 4981 sequences # 3  

consensusID : consensus_4018#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 4981
fasta sequence
                              [TATTCCGCAAAGAGATGCCAAAGTGCATTATCTTTTAAAGTGATAATTTAATGAAGCCAAAATAACCCGTCGTTGAAGATTGCATAGCAATTTTCTCATGGCCGCCGCGGCCGTGGTGGATTGGTTGACTGGAGGGAGCTGTTCGTCTTTGACGCCTTGACGGGTTCCCGCGGGTAAGGAGAAGTAGGGGCCAAGAAACCCTAGGTTTCCAGTTGATTGGAGGGTTTGACTGCTTTGCAGCGAGTACAAAAACTGGGCTCGACGGCGGCCATGTCGCAGCACTCTTTCCGCCTCCAAACCACTGGAGCAGCCGCAGCAAGCAACCTCTTCTTCTTGTTCTTTCGCCGCCTCACAAATCACAATCCCCCCGGGTGTAAATGAACTAAGGGGAAGGAAGGGTTCTAGACTGGAGATTGCATTCTGGTCATATACCAAGGAAAAGAGAAAATGTCATCTAGTTATGATGAAGGGAAAAGTTTTGCTCGGAGGGACCTTTTGCTTAAGATCCAATCTGAAGTGCAAAAATGTTGGGAAGAGAACAAGGTTTTCGAAGCAAAGGCTGGTGATACACCTCCAAGCCCTGGTGAAAAATTCTTTGGGAATTTCACATACCCATACATGAATGGCATGCTACATTTAGGCCATGCCTTCACACTATCGAAGCTTGAGTTTGCTGCAGCATACCACAGACTCCATGGCTCAAATGTCCTTTTACCCTTTGCTTTCCACTGTACTGGAATGCCAATCAAGCCATCAGCTGATAAGCTTGGTAAAGAGATACAACAGTATGGAAATCCTCCAGTGCTCCCACCTGCCAACAAAAACTCAAAATTTGAGTTGACAAATGATAGAATTTATGGCCAGACCACTGCTAGTGCCCAAGATAAGTACAGGAGCAAGAGATCTAAGTCAGTAGCAAAATCTGGCTCATACAAATCCCAGTGGGAGATCATGAGGAGCTTTGGCATTGCTGATGGAGAGATTGTGGAATTTCAAAATCTTCATCATTGGTTAAGCTACTTTCCTCCGCTGGCCATGGAAGATCTCGAGGATTTTGGGCTAAGTTGTGATTGGAGGCGTTCATTTATAACCACTGATATGAATCCATTTTATGATGCTTTTGTCCAATGGCAGATGAGAAAGTTGAAGAAAATGCACAGGATTGTCAAAGGCAAGCAGTACATGATCTACTCCCCATTAGATCGCCAACCTTGTCTTGGCCATGATCGGGCATCAGGTGAAGAGGTCGAGCCACAGGAATATGTACTGATTAAGATGAAGGTTATTCCGCCATTTCCACCCAAGTTGATGGTCCTGGAAGGCAGAAATGTGTATTTGGCCGCAGCAACACTCAGACCTGAGACAATATATGGTCAAACCGGGGGCGAAGCTACAGGTAATCATCGGGGTCAGTAGACCCCAACGATGTTTTGCTAATGTCCAGTACCCCTCTTATTTTACCAGCTATGCCCCCAATGAAGAGCTAAACTAGACCCCAGTGACATCCTTGATTGTTCCATCAAAGAGCAATTCTATACTAGTGGTACCTCATGGTACCTCCTCAAGAACCGTAAAATTGCTCTCCATCAAAGCTCAACTGGTTACTATAGGAACGAGATACTAGCAAGCAGCAAATAGAAAATGAACTAGCAGTTATGATTATACAATGGCCCAATATGCATATACGATTGATATTTGAGCCCATAAATAAGATCGGAAGACACTACTCCACAAATTCCCTGGTTGCATCATCATATTCCTCGTTGTATTGCATCGGCATCGCACGTCCTGACATCATATTTATCATATTTTATTTTATTTCCAGCATAATGGAAGGCAAATAATTAGTGGTTTTGATAATCTTTGATGCATTTGGTGTCTTTTACAGCTTGTAAAATAATCCAATAATGTACATGTTTTAATAATTTTATCGACAGAAGCTGTAATAGGCAAGATGTAACACTACTACAACAGGAGTTGGCTTTATTTTAATAATTTTGTCTCGTAGTATGTAGTCTCTAATTACAAGCTGTAATAATTATGTAGTTTTATTTCCGATTTACTGTTGGATTCCAACCAGCCGTATGGCATTTTTCGCAAAAATTTGATTAATCTTGATCAAATTTTGGTCTACTTTTTTTTATTCAAAAAATAATTCTCGAAGACCATTCAAAATTTCACTCGGAATCTACTTTTGCCCTGCGTGGAAACATCAAAATTGCATGGTTTTCGATCGGTTTTGGTTGAAAACGTAAATCCTGATTAGTACGAATACTGACCGCGGTAACTATTTATCCTGGCTTCGCCCCTGGGTCAAACAAACTGTTGGGTCCTCCTTGATGGAAAGTATGGGCCTTTTGAGATAAATGAAACCGATGTTTTTATATTGACAGCAAGAGCTGCACGTAATCTTGCTTACCAGATGCTATCCAGAGTTCCAGAAAAGCCAACTTGCTTAGTTGAGCTGCTTGGCACAGATCTGATTGGTTTGCCATTGAAGTCACCTCTTGCCTCCAACGAAGTCATATATGTTCTTCCAATGCAGAACATATTAGTAGATAAAGGCACTGGAATTGTGACTAGTGTTCCAAGTGATACACCGGATGATTTCATCGCATTACAAGAGTTGGTAAAAAATCAAGATTTTAGAGTGGCATGTGGAGTGAAAGATGAGTGGGTTTTCCCCTTTGAAGTTATACCAATAATTGATGTTCCAAGTTTTGGAAATAAATCAGCAGAGAAGGTTTGTTTTGATCTGAAAATGGATAGTCCAGATGAGAAAGAAAAACTTGCTAAAGCAAAAGAGATCACATATTTGAAAGGCTTCGATGATGGCATAATGATTGTTGGTGAGTTTAGCAACCGGAAGGTTCAAGAAGTGAAGCCATTGATAAAGGAAAAGCTATTGAAGGCAGATATGGCTGTTTTGTACTATGAGCCTCAGGAGAAGGTCATTTCCAGGTCAGGTGATGACTGTGTTGTTGCTCTCACAGATCAATGGCTCATAACATATGGTGAGGCTGAATGGAAACAAAAGGCTATAGAATGCTTGGACAAGATGAATACATTCTCAGTTGAAGCCCGTAATAGTTTTGAGCACACATTGAACTGGCTGACTTCACGGGCCCGTTCATGTTCTTTTGGACTAGGTACTCGGATTCCATGGGATGAGAAGTTTCTTGTAGATTCTCTTTCTGATTCAACTTTGTACATGGCCTACTACACCATTGCACATATACTGCAAAATGGTAACATTTATGGATCTGACAACTCTTATATAAGGCCAGAACAAATGACTGATGAAGTATGGGATTATGTGTTCTGTAATGGTCCGGCACCAAAAACTAGCATCCCCTCTACTGTTTTGACAAAAATGAAGCAAGAGTTTGAGTACTGGTATCCCTTCGATCTTCGAATTTCAGGTAAGGACCTTATGCAGAACCATCTGGCCTTCTGTATCTTCAATCACACAACACTTCTTCCAAAACATCATTGGCCCCGCGGATTCCGTTGCAACAGACACCTTCTGCTTAATTCTGAGAAGATGTCTAAGTCCACAGGAAATTTCAGGACCCTTCGACAGGCCATAGAGGAATTTTCGTCTGATGCCACTAGGTTTGCACTTGCTGATGTTGGTGACGGTATGGATGATGAAAACTTTGTCTCTGAGACTGCAAATTCTGCTGCACTAAGACTGACAAAAGAAATTTCATGGATGAAAGAAGTTTTTGATGATAAATCTTCCTTTCGACTTGGGCCACCATCTACTTATGCTGATCGCGTCTTTGCTAACGAGATAAACTTTGCCATCAAAGACACGGAAATAATTATGATGCTTCCATGTTTTGAGATGCTCTAAAAGCCGGATTTTATGATCTACAGGCAGCACGAGATGAGTACAGATTTTCATGTGGAGCAGGAGGTATAAACCGTGAATTATTGTGGCGTTTTATGGATGTCCAGACCAGGCTTATCACTCCTATTTGTCCACACTATGCTGAGCATGTGTGGCAAAAGATACTGAAGAATGAAAGATTTGTAGTGAGAGCTGGCTGGCCGATTGCTGATGATCCAGATTCTACTTTACGAATTACAAACAAGTACTTGCAGTCCTGCATAGTTTTGATGAGGAAATCGCTTCATAAGCAGGAATCTTGTCACAAAGTGGCCAAGAAGGGAGCTGCAGCCTCTACAACATTTGCGGAAAATAAATTACCAGTTGGTCTAATATATGTGAATGAACACTATGATGGCTGGAAAGAGCAATGTTTGAGAGTACTCCAGGACAAATTTGACACTGAAGCAAGATCCTTCACTCCTGATGAAGACATTATTGATGCTCTGGTGAATTGCTCTTTTGGACAGGAGCTAAACTTGAAACAAATAAAAAAGTTAAGTGTATGCCTTTCATTAAGTTCAAGAAAGATGAAGCACAGAATGTTGGTTTTCAGGCCCTGTAACCAAATCTTCCTTTTGGTGAAATGGAGATTCTTGAAGCGAACAAGGAACAGATCAAAAGACAGTTGGGTCTTAATCACATAGAGATATTGTCATCCTCAGATCCTCTGATGAGGCTGGTGCAAACAGAGCTGGTTCATATGCTTCCGTGCTCAGGAAAAATCCACCTTCTCCTGGAAACCCTATTGCAATATTCTTAAGTAAACTGGAGTTCCAGAGTCAAACTTGAAAATCACTCACTTGGTTTCGGTAATAACAGAACACTCAGGTTGCTCCTAACTTGTCTTATGCAGATACCACTCATGCTGCCTTTCAAACAAATAGTTTGTTGTGTATAAAATTTGTCTTACAGTTTAGAAAGCACAAACTGTATATGAACCTCGTATAGAAATAAATCATTGTCTGAACATTGTACAGAAATGAACCTTGTAAATAAGTGTCATTCTATCTGAAATTTGTAAAGGAATGAACCTTTGTTATGTAGACTTTGTTTTTAGTTGTATGTAGTATGTACTGCTAATCA]

[+] EMBL AK120403             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[+] EMBL AK065584             [                                                                                                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>consensus_4018#0 TATTCCGCAAAGAGATGCCAAAGTGCATTATCTTTTAAAGTGATAATTTAATGAAGCCAA AATAACCCGTCGTTGAAGATTGCATAGCAATTTTCTCATGGCCGCCGCGGCCGTGGTGGA TTGGTTGACTGGAGGGAGCTGTTCGTCTTTGACGCCTTGACGGGTTCCCGCGGGTAAGGA GAAGTAGGGGCCAAGAAACCCTAGGTTTCCAGTTGATTGGAGGGTTTGACTGCTTTGCAG CGAGTACAAAAACTGGGCTCGACGGCGGCCATGTCGCAGCACTCTTTCCGCCTCCAAACC ACTGGAGCAGCCGCAGCAAGCAACCTCTTCTTCTTGTTCTTTCGCCGCCTCACAAATCAC AATCCCCCCGGGTGTAAATGAACTAAGGGGAAGGAAGGGTTCTAGACTGGAGATTGCATT CTGGTCATATACCAAGGAAAAGAGAAAATGTCATCTAGTTATGATGAAGGGAAAAGTTTT GCTCGGAGGGACCTTTTGCTTAAGATCCAATCTGAAGTGCAAAAATGTTGGGAAGAGAAC AAGGTTTTCGAAGCAAAGGCTGGTGATACACCTCCAAGCCCTGGTGAAAAATTCTTTGGG AATTTCACATACCCATACATGAATGGCATGCTACATTTAGGCCATGCCTTCACACTATCG AAGCTTGAGTTTGCTGCAGCATACCACAGACTCCATGGCTCAAATGTCCTTTTACCCTTT GCTTTCCACTGTACTGGAATGCCAATCAAGCCATCAGCTGATAAGCTTGGTAAAGAGATA CAACAGTATGGAAATCCTCCAGTGCTCCCACCTGCCAACAAAAACTCAAAATTTGAGTTG ACAAATGATAGAATTTATGGCCAGACCACTGCTAGTGCCCAAGATAAGTACAGGAGCAAG AGATCTAAGTCAGTAGCAAAATCTGGCTCATACAAATCCCAGTGGGAGATCATGAGGAGC TTTGGCATTGCTGATGGAGAGATTGTGGAATTTCAAAATCTTCATCATTGGTTAAGCTAC TTTCCTCCGCTGGCCATGGAAGATCTCGAGGATTTTGGGCTAAGTTGTGATTGGAGGCGT TCATTTATAACCACTGATATGAATCCATTTTATGATGCTTTTGTCCAATGGCAGATGAGA AAGTTGAAGAAAATGCACAGGATTGTCAAAGGCAAGCAGTACATGATCTACTCCCCATTA GATCGCCAACCTTGTCTTGGCCATGATCGGGCATCAGGTGAAGAGGTCGAGCCACAGGAA TATGTACTGATTAAGATGAAGGTTATTCCGCCATTTCCACCCAAGTTGATGGTCCTGGAA GGCAGAAATGTGTATTTGGCCGCAGCAACACTCAGACCTGAGACAATATATGGTCAAACC GGGGGCGAAGCTACAGGTAATCATCGGGGTCAGTAGACCCCAACGATGTTTTGCTAATGT CCAGTACCCCTCTTATTTTACCAGCTATGCCCCCAATGAAGAGCTAAACTAGACCCCAGT GACATCCTTGATTGTTCCATCAAAGAGCAATTCTATACTAGTGGTACCTCATGGTACCTC CTCAAGAACCGTAAAATTGCTCTCCATCAAAGCTCAACTGGTTACTATAGGAACGAGATA CTAGCAAGCAGCAAATAGAAAATGAACTAGCAGTTATGATTATACAATGGCCCAATATGC ATATACGATTGATATTTGAGCCCATAAATAAGATCGGAAGACACTACTCCACAAATTCCC TGGTTGCATCATCATATTCCTCGTTGTATTGCATCGGCATCGCACGTCCTGACATCATAT TTATCATATTTTATTTTATTTCCAGCATAATGGAAGGCAAATAATTAGTGGTTTTGATAA TCTTTGATGCATTTGGTGTCTTTTACAGCTTGTAAAATAATCCAATAATGTACATGTTTT AATAATTTTATCGACAGAAGCTGTAATAGGCAAGATGTAACACTACTACAACAGGAGTTG GCTTTATTTTAATAATTTTGTCTCGTAGTATGTAGTCTCTAATTACAAGCTGTAATAATT ATGTAGTTTTATTTCCGATTTACTGTTGGATTCCAACCAGCCGTATGGCATTTTTCGCAA AAATTTGATTAATCTTGATCAAATTTTGGTCTACTTTTTTTTATTCAAAAAATAATTCTC GAAGACCATTCAAAATTTCACTCGGAATCTACTTTTGCCCTGCGTGGAAACATCAAAATT GCATGGTTTTCGATCGGTTTTGGTTGAAAACGTAAATCCTGATTAGTACGAATACTGACC GCGGTAACTATTTATCCTGGCTTCGCCCCTGGGTCAAACAAACTGTTGGGTCCTCCTTGA TGGAAAGTATGGGCCTTTTGAGATAAATGAAACCGATGTTTTTATATTGACAGCAAGAGC TGCACGTAATCTTGCTTACCAGATGCTATCCAGAGTTCCAGAAAAGCCAACTTGCTTAGT TGAGCTGCTTGGCACAGATCTGATTGGTTTGCCATTGAAGTCACCTCTTGCCTCCAACGA AGTCATATATGTTCTTCCAATGCAGAACATATTAGTAGATAAAGGCACTGGAATTGTGAC TAGTGTTCCAAGTGATACACCGGATGATTTCATCGCATTACAAGAGTTGGTAAAAAATCA AGATTTTAGAGTGGCATGTGGAGTGAAAGATGAGTGGGTTTTCCCCTTTGAAGTTATACC AATAATTGATGTTCCAAGTTTTGGAAATAAATCAGCAGAGAAGGTTTGTTTTGATCTGAA AATGGATAGTCCAGATGAGAAAGAAAAACTTGCTAAAGCAAAAGAGATCACATATTTGAA AGGCTTCGATGATGGCATAATGATTGTTGGTGAGTTTAGCAACCGGAAGGTTCAAGAAGT GAAGCCATTGATAAAGGAAAAGCTATTGAAGGCAGATATGGCTGTTTTGTACTATGAGCC TCAGGAGAAGGTCATTTCCAGGTCAGGTGATGACTGTGTTGTTGCTCTCACAGATCAATG GCTCATAACATATGGTGAGGCTGAATGGAAACAAAAGGCTATAGAATGCTTGGACAAGAT GAATACATTCTCAGTTGAAGCCCGTAATAGTTTTGAGCACACATTGAACTGGCTGACTTC ACGGGCCCGTTCATGTTCTTTTGGACTAGGTACTCGGATTCCATGGGATGAGAAGTTTCT TGTAGATTCTCTTTCTGATTCAACTTTGTACATGGCCTACTACACCATTGCACATATACT GCAAAATGGTAACATTTATGGATCTGACAACTCTTATATAAGGCCAGAACAAATGACTGA TGAAGTATGGGATTATGTGTTCTGTAATGGTCCGGCACCAAAAACTAGCATCCCCTCTAC TGTTTTGACAAAAATGAAGCAAGAGTTTGAGTACTGGTATCCCTTCGATCTTCGAATTTC AGGTAAGGACCTTATGCAGAACCATCTGGCCTTCTGTATCTTCAATCACACAACACTTCT TCCAAAACATCATTGGCCCCGCGGATTCCGTTGCAACAGACACCTTCTGCTTAATTCTGA GAAGATGTCTAAGTCCACAGGAAATTTCAGGACCCTTCGACAGGCCATAGAGGAATTTTC GTCTGATGCCACTAGGTTTGCACTTGCTGATGTTGGTGACGGTATGGATGATGAAAACTT TGTCTCTGAGACTGCAAATTCTGCTGCACTAAGACTGACAAAAGAAATTTCATGGATGAA AGAAGTTTTTGATGATAAATCTTCCTTTCGACTTGGGCCACCATCTACTTATGCTGATCG CGTCTTTGCTAACGAGATAAACTTTGCCATCAAAGACACGGAAATAATTATGATGCTTCC 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clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)