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consensusID : consensus_4198#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 1431 fasta sequence
[CGCGCCGCAACCCAACCCCCTCGTGGCCTCGTCTCGCCTGCGTCGCTCGCTCGATCCGTGCGCGCGCGCGCTAGGTCGCCATGGCCTCGGACCAAACCCTCCCCGTCCCGGTCTCGGTCGAGCTGCCCCCCGCCGCGCCCAACCCTCCTGACCCGACCGCACCCCTCCTCCCGCACGCGGACGACCCCTCCGCACCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCAAGCTCCCCGTCAAGCGCCGCTCCCCGCCGCCGCGCCCCTCCTCCCCCTCCTCCTCCGACCCGGCCTCCTCCGACCCCGCCGCCAAGCAGCAGCCTCAGCAGCCGCCGCCGCCGTTCAAGTTCCAGCGGATTTGGTCCGAGTCCGACGAGCTCCGCTTCCTGCAGGGCCTCCTCGGCTGCGGCGCGCAGGGGCTCGTCTTCCCGCGGGACCTCAACGTCTTCTACGACCGCTTCTCCGAGTCCATGCCCTCGCCCTACACCCGCTCCCAGCTCTCCGAGAAGCTCCGCCGCCTCAAGAACAAGTTCCGCGGCATGTCCGCCCGCGTCGCACGGGGCCTCGACCCCGCCCGCCTCGCGCCGCACGACCGCGACGTGCTCCACCTCTGCTCCCGCCTCTGGGACCCCGCCAACGCCGCCACCTCGCCCTTCGCCGCCGCCGGTGACGCCTCCTCGGGGAACAAGCGCCGCCGCGCCGCCCCGCGCGCCGGGCCGCTCATGCCCCCGGATCGCTCAGGGGACAGCAATTCCCATGATTACAACGGCGGTATTAGCGCCGGTACGCCCGGCGCATTTGGGGATGGGCACGGTGGTGAGGAAATGATGTATCTTGAGCAGGAAAGTGGGCACTTTGGTTATCATGGAGATGTCGCGATTGCGGCTGACGGAAGCCTTGATGGGATTGTGAAGGTGCAGCCTGAGACTCTTCCTGCCCTCCCCAGTATCGGGGACATTGCGGTTCACAGTGAGAATGGCAACGGCAAGGCCGTGGTGCCACGTAGCAATGAGCATCACATGGCAAATGCCGTGCTGGATATATTTGAGGAGTGCTTGCGAGAGGTGAAGGCCAATGGCATTACCTACGGTGCTAATGTGAATGGGGGCAGTGAACTTGCAAGGCGATGGAGAGCACAGAGGATTGATGAGCTTGATGTGTTGAGCCGGAGGCTAAGGTTGCTTGTTGAGGATGCTGCAGCGGCTGGTCGCTAAGCGGACATACTGGTGGTTTTGGTGACGTGCTTCCGCCCTTCACCCCATGTGTATAAAATATTAAAATCTAGATTATTATGCTATATGCTTTTGTAGTTCCTCACTCAGCTTGGGCCTTGCCTTAGTCAGCCTAATATGCCTATTATTTATGCCTATGTACATCGTCTACGGATATTGCCTTTTAGTTTAATTATTTCATCAGCATAATATATATGGTTCCAGC]
[+] EMBL AK121625 [CGCGCCGCAACCCAACCCCCTCGTGGCCTCGTCTCGCCTGCGTCGCTCGCTCGATCCGTGCGCGCGCGCGCTAGGTCGCCATGGCCTCGGACCAAACCCTCCCCGTCCCGGTCTCGGTCGAGCTGCCCCCCGCCGCGCCCAACCCTCCTGACCCGACCGCACCCCTCCTCCCGCACGCGGACGACCCCTCCGCACCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCAAGCTCCCCGTCAAGCGCCGCTCCCCGCCGCCGCGCCCCTCCTCCCCCTCCTCCTCCGACCCGGCCTCCTCCGACCCCGCCGCCAAGCAGCAGCCTCAGCAGCCGCCGCCGCCGTTCAAGTTCCAGCGGATTTGGTCCGAGTCCGACGAGCTCCGCTTCCTGCAGGGCCTCCTCGGCTGCGGCGCGCAGGGGCTCGTCTTCCCGCGGGACCTCAACGTCTTCTACGACCGCTTCTCCGAGTCCATGCCCTCGCCCTACACCCGCTCCCAGCTCTCCGAGAAGCTCCGCCGCCTCAAGAACAAGTTCCGCGGCATGTCCGCCCGCGTCGCACGGGGCCTCGACCCCGCCCGCCTCGCGCCGCACGACCGCGACGTGCTCCACCTCTGCTCCCGCCTCTGGGACCCCGCCAACGCCGCCACCTCGCCCTTCGCCGCCGCCGGTGACGCCTCCTCGGGGAACAAGCGCCGCCGCGCCGCCCCGCGCGCCGGGCCGCTCATGCCCCCGGATCGCTCAGGGGACAGCAATTCCCATGATTACAACGGCGGTATTAGCGCCGGTACGCCCGGCGCATTTGGGGATGGGCACGGTGGTGAGGAAATGATGTATCTTGAGCAGGAAAGTGGGCACTTTGGTTATCATGGAGATGTCGCGATTGCGGCTGACGGAAGCCTTGATGGGATTGTGAAGGTGCAGCCTGAGACTCTTCCTGCCCTCCCCAGTATCGGGGACATTGCGGTTCACAGTGAGAATGGCAACGGCAAGGCCGTGGTGCCACGTAGCAATGAGCATCACATGGCAAATGCCGTGCTGGATATATTTGAGGAGTGCTTGCGAGAGGTGAAGGCCAATGGCATTACCTACGGTGCTAATGTGAATGGGGGCAGTGAACTTGCAAGGCGATGGAGAGCACAGAGGATTGATGAGCTTGATGTGTTGAGCCGGAGGCTAAGGTTGCTTGTTGAGGATGCTGCAGCGGCTGGTCGCTAAGCGGACATACTGGTGGTTTTGGTGACGTGCTTCCGCCCTTCACCCCATGTGTATAAAATATTAAAATCTAGATTATTATGCTATATGCTTTTGTAGTTCCTCACTCAGCTTGGGCCTTGCCTTAGTCAGCCTAATATGCCTATTATTTATGCCTATGTACATCGTCTACGGATATTGCCTTTTAGTTTAATTATTTCATCAGCATAATATATATGGTTCCAGC]
[+] EMBL AK063141 [ CGCCCTACACCCGCTCCCAGCTCTCCGAGAAGCTCCGCCGCCTCAAGAACAAGTTCCGCGGCATGTCCGCCCGCGTCGCACGGGGCCTCGACCCCGCCCGCCTCGCGCCGCACGACCGCGACGTGCTCCACCTCTGCTCCCGCCTCTGGGACCCCGCCAACGCCGCCACCTCGCCCTTCGCCGCCGCCGGTGACGCCTCCTCGGGGAACAAGCGCCGCCGCGCCGCCCCGCGCGCCGGGCCGCTCATGCCCCCGGATCCCTCAGGGGACAGCAATTCCCATGATTACAACGGCGGTATTAGCGCCGGTACGCCCGGCGCATTTGGGGATGGGCACGGTGGTGAGGAAATGATGTATCTTGAGCAGGAAAGTGGGCACTTTGGTTATCATGGAGATGTCGCGATTGCGGCTGACGGAAGCCTTGATGGGATTGTGAAGGTGCAGCCTGAGACTCTTCCTGCCCTCCCCAGTATCGGGGACATTGCGGTTCACAGTGAGAATGGCAACGGCAAGGCCGTGGTGCCACGTAGCAATGAGCATCACATGGCAAATGCCGTGCTGGATATATTTGAGGAGTGCTTGCGAGAGGTGAAGGCCAATGGCATTACCTACGGTGCTAATGTGAATGGGGGCAGTGAATTTGCAAGGCGATGGAGAGCACAGAGGATTGATGAGCTTGATGTGTTGAGCCGGAGGCTAAGGTTGCTTGTTGAGGATGCTGCAGCGGCTGGTCGCTAAGCGGACATACTGGTGGTTTTGGTGACGTGCTTCCGCCCTTCACCCCATGTGTATAAAATATTAAAATCTAGATTATTATGCTATATGCTTTTGTAGTTCCTCACTCAGCTTGGGCCTTGCCTTAGTCAGCCTAATATGCCTATTATTTATGCCTATGTACATCGTCTACGGATATTGCCTTTTAGTTTAATTATTTCATCAGCATAATATATATGGTTCCAG ]
consensusID : consensus_4198#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 852 fasta sequence
[CGCGCTAGGTCGCCATGGCCTCGGACCAAACCCTCCCCGTCCCGGTCTCGGTCGAGCTGCCCCCCGCCGCGCCCAACCCTCCTGACCCGACCGCACCCCTCCTCCCGCACGCGGACGACCCCTCCGCACCCCCCGCCGCCGCGCCGCCCCGCGCGCCGGGCCGCTCATGCCCCCGGATCCCTCAGGGGACAGCAATTCCCATGATTACAACGGCGGTATTAGCGCCGGTACGCCCGGCGCATTTGGGGATGGGCACGGTGGTGAGGAAATGATGTATCTTGAGCAGGAAAGTGGGCACTTTGGTTATCATGGAGATGTCGCGATTGCGGCTGACGGAAGCCTTGATGGGATTGTGAAGGTGCAGCCTGAGACTCTTCCTGCCCTCCCCAGTATCGGGGACATTGCGGTTCACAGTGAGAATGGCAACGGCAAGGCCGTGGTGCCACGTAGCAATGAGCATCACATGGCAAATGCCGTGCTGGATATATTTGAGGAGTGCTTGCGAGAGGTGAAGGCCAATGGCATTACCTACGGTGCTAATGTGAATGGGGGCAGTGAACTTGCAAGGCGATGGAGAGCACAGAGGATTGATGAGCTTGATGTGTTGAGCCGGACATACTGGTGGTTTTGGTGACGTGCTTCCGCCCTTCACCCCATGTGTATAAAATATTAAAATCTAGATTATTATGCTATATGCTTTTGTAGTTCCTCACTCAGCTTGGGCCTTGCCTTAGTCAGCCTAATATGCCTATTATTTATGCCTATGTACATCGTCTACGGATATTGCCTTTTAGTTTAATTATTTCATCAGCATAATATATATGGTTCCAGCATTGTTATCTATACAGCTGC]
[+] EMBL AK063654 [CGCGCTAGGTCGCCATGGCCTCGGACCAAACCCTCCCCGTCCCGGTCTCGGTCGAGCTGCCCCCCGCCGCGCCCAACCCTCCTGACCCGACCGCACCCCTCCTCCCGCACGCGGACGACCCCTCCGCACCCCCCGCCGCCGCGCCGCCCCGCGCGCCGGGCCGCTCATGCCCCCGGATCCCTCAGGGGACAGCAATTCCCATGATTACAACGGCGGTATTAGCGCCGGTACGCCCGGCGCATTTGGGGATGGGCACGGTGGTGAGGAAATGATGTATCTTGAGCAGGAAAGTGGGCACTTTGGTTATCATGGAGATGTCGCGATTGCGGCTGACGGAAGCCTTGATGGGATTGTGAAGGTGCAGCCTGAGACTCTTCCTGCCCTCCCCAGTATCGGGGACATTGCGGTTCACAGTGAGAATGGCAACGGCAAGGCCGTGGTGCCACGTAGCAATGAGCATCACATGGCAAATGCCGTGCTGGATATATTTGAGGAGTGCTTGCGAGAGGTGAAGGCCAATGGCATTACCTACGGTGCTAATGTGAATGGGGGCAGTGAACTTGCAAGGCGATGGAGAGCACAGAGGATTGATGAGCTTGATGTGTTGAGCCGGACATACTGGTGGTTTTGGTGACGTGCTTCCGCCCTTCACCCCATGTGTATAAAATATTAAAATCTAGATTATTATGCTATATGCTTTTGTAGTTCCTCACTCAGCTTGGGCCTTGCCTTAGTCAGCCTAATATGCCTATTATTTATGCCTATGTACATCGTCTACGGATATTGCCTTTTAGTTTAATTATTTCATCAGCATAATATATATGGTTCCAGCATTGTTATCTATACAGCTGC]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_4198#0 CGCGCCGCAACCCAACCCCCTCGTGGCCTCGTCTCGCCTGCGTCGCTCGCTCGATCCGTG 60
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 CGCGCGCGCGCTAGGTCGCCATGGCCTCGGACCAAACCCTCCCCGTCCCGGTCTCGGTCG 120
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 AGCTGCCCCCCGCCGCGCCCAACCCTCCTGACCCGACCGCACCCCTCCTCCCGCACGCGG 180
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 ACGACCCCTCCGCACCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCAAGCTCCCCGTCAAGCGCC 240
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 GCTCCCCGCCGCCGCGCCCCTCCTCCCCCTCCTCCTCCGACCCGGCCTCCTCCGACCCCG 300
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 CCGCCAAGCAGCAGCCTCAGCAGCCGCCGCCGCCGTTCAAGTTCCAGCGGATTTGGTCCG 360
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 AGTCCGACGAGCTCCGCTTCCTGCAGGGCCTCCTCGGCTGCGGCGCGCAGGGGCTCGTCT 420
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 TCCCGCGGGACCTCAACGTCTTCTACGACCGCTTCTCCGAGTCCATGCCCTCGCCCTACA 480
consensus_4198#1 ------------------------------------------------------------
consensus_4198#0 CCCGCTCCCAGCTCTCCGAGAAGCTCCGCCGCCTCAAGAACAAGTTCCGCGGCATGTCCG 540
consensus_4198#1 ----------------------------------------------------------CG 2
**
consensus_4198#0 C-CCGCGTCGCACGGGGCCTCGACCCCGCCCGCCTCGCGCCGCACGACCGCGACGTGCTC 599
consensus_4198#1 CGCTAGGTCGCCATGGCCTCGGACCAAACCCTCCCCGTCCCGGTCTCGGTCGAGCTGCCC 62
* * ***** ** * **** *** ** ** *** * *** *** *
consensus_4198#0 CACCTCTGCTCCCGCCTCTGGGACCCCGCCAACGCCGCCACCTCGCCCTTCGCCGCCGCC 659
consensus_4198#1 C-CCGCCGCGCCCA--------ACCCTCCTGACCCGACCGCACCCCTCCTCCCGCACGCG 113
* ** * ** *** **** * ** * ** * * * * ** * ***
consensus_4198#0 GGTGACGCCTCCTCGGGGAACAAGCGCCGCCGCGCCGCCCCGCGCGCCGGGCCGCTCATG 719
consensus_4198#1 GACGACCCCTCC----GCACCCCCCGCCGCCGCGCCGCCCCGCGCGCCGGGCCGCTCATG 169
* *** ***** * * * ************************************
consensus_4198#0 CCCCCGGATCGCTCAGGGGACAGCAATTCCCATGATTACAACGGCGGTATTAGCGCCGGT 779
consensus_4198#1 CCCCCGGATCCCTCAGGGGACAGCAATTCCCATGATTACAACGGCGGTATTAGCGCCGGT 229
********** *************************************************
consensus_4198#0 ACGCCCGGCGCATTTGGGGATGGGCACGGTGGTGAGGAAATGATGTATCTTGAGCAGGAA 839
consensus_4198#1 ACGCCCGGCGCATTTGGGGATGGGCACGGTGGTGAGGAAATGATGTATCTTGAGCAGGAA 289
************************************************************
consensus_4198#0 AGTGGGCACTTTGGTTATCATGGAGATGTCGCGATTGCGGCTGACGGAAGCCTTGATGGG 899
consensus_4198#1 AGTGGGCACTTTGGTTATCATGGAGATGTCGCGATTGCGGCTGACGGAAGCCTTGATGGG 349
************************************************************
consensus_4198#0 ATTGTGAAGGTGCAGCCTGAGACTCTTCCTGCCCTCCCCAGTATCGGGGACATTGCGGTT 959
consensus_4198#1 ATTGTGAAGGTGCAGCCTGAGACTCTTCCTGCCCTCCCCAGTATCGGGGACATTGCGGTT 409
************************************************************
consensus_4198#0 CACAGTGAGAATGGCAACGGCAAGGCCGTGGTGCCACGTAGCAATGAGCATCACATGGCA 1019
consensus_4198#1 CACAGTGAGAATGGCAACGGCAAGGCCGTGGTGCCACGTAGCAATGAGCATCACATGGCA 469
************************************************************
consensus_4198#0 AATGCCGTGCTGGATATATTTGAGGAGTGCTTGCGAGAGGTGAAGGCCAATGGCATTACC 1079
consensus_4198#1 AATGCCGTGCTGGATATATTTGAGGAGTGCTTGCGAGAGGTGAAGGCCAATGGCATTACC 529
************************************************************
consensus_4198#0 TACGGTGCTAATGTGAATGGGGGCAGTGAACTTGCAAGGCGATGGAGAGCACAGAGGATT 1139
consensus_4198#1 TACGGTGCTAATGTGAATGGGGGCAGTGAACTTGCAAGGCGATGGAGAGCACAGAGGATT 589
************************************************************
consensus_4198#0 GATGAGCTTGATGTGTTGAGCCGGAGGCTAAGGTTGCTTGTTGAGGATGCTGCAGCGGCT 1199
consensus_4198#1 GATGAGCTTGATGTGTTGAGCCGGA----------------------------------- 614
*************************
consensus_4198#0 GGTCGCTAAGCGGACATACTGGTGGTTTTGGTGACGTGCTTCCGCCCTTCACCCCATGTG 1259
consensus_4198#1 --------------CATACTGGTGGTTTTGGTGACGTGCTTCCGCCCTTCACCCCATGTG 660
**********************************************
consensus_4198#0 TATAAAATATTAAAATCTAGATTATTATGCTATATGCTTTTGTAGTTCCTCACTCAGCTT 1319
consensus_4198#1 TATAAAATATTAAAATCTAGATTATTATGCTATATGCTTTTGTAGTTCCTCACTCAGCTT 720
************************************************************
consensus_4198#0 GGGCCTTGCCTTAGTCAGCCTAATATGCCTATTATTTATGCCTATGTACATCGTCTACGG 1379
consensus_4198#1 GGGCCTTGCCTTAGTCAGCCTAATATGCCTATTATTTATGCCTATGTACATCGTCTACGG 780
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consensus_4198#0 ATATTGCCTTTTAGTTTAATTATTTCATCAGCATAATATATATGGTTCCAGC-------- 1431
consensus_4198#1 ATATTGCCTTTTAGTTTAATTATTTCATCAGCATAATATATATGGTTCCAGCATTGTTAT 840
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consensus_4198#0 ------------
consensus_4198#1 CTATACAGCTGC 852
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| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||