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Oryza sativa
cluster # 4396 cluster # 4396       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4396#0 length = 3127 sequences # 3  

consensusID : consensus_4396#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 3127
fasta sequence
                              [CTCCCTCACGCGCGCCGGCCCGCAGCCCGCTCCCTCGCCCTTCTCCTCCCCTCGCATACGCCGTCATCGCCGTCGTCGCCGCCGCCGCCGTCGCTCGGTGCCCTCTCCTTCATGCTCTCCATCCTCGGCTACTCCTCCCCTCGCTTTGCGCCATTGCCGCCTCACCCTCCTCCTCTTATCATCGCAGTGCCGACGCCGTCCTCCTTGCCGGTGGATCAGCGAGGAGCCCGGGGCTGCCAGATCCGAAGACCCCGACCTCGCTGGTGGATCTAGCAGCCTGGAGGAAAGGGACGCAAGCCATAGCGACCCTCTTCCCCTCTTTCATCTCTGCTCCGCCATCACATCTCTCTCGATCGACCTATCCGCGCCGCTTGGTTGTTGCAGGTTTGTCTCGATGGCCGTCGGAATTGATGATCTCGACCAGAAGTGAAGGCTGCCACCCCTGCTCTCTTCTCCTCTTCCTCTCCGGTCCTCCACTGCTCCTCTCGACCCTCTTCCTCCCGCTCTCCGCGCCGCTCGGTGGCAGATCCAAGGGGCTATTTGGTCTCCTATGAGGAGGACACATGAACGCTAGGGTGTGGGGGCTGACCGATGGCTAGGAGGCTGGGAAGGAGAAGCTAGAGCCAGAGTGGCGCGGCTCAGACCCCAAAGCCACGACGACGGCAGGGCAGCGTCGACTATGGCTAGGTACAGTGACGACGACTGCAACAGCTTGGTTGGTCCTGCTCTTTTTTTCTTCTTCACTTCTTTTTTTGGTTCACTGGGAGAGGCAACCCACTACTGATGGGCATTTGAACTAACATGGCATCTCTCCTGGAGCAACTGTCAGTACTTGCATTGCAGTCAAATTGGCGAATCCAGAGTAATTTCCCATTTTGTCTCAACGATATGCTTTGTGCTTATTTCATTGTGATGTCTAACATATGTTCATGCTCCATCTCAACCTGTCAGGAAGTATACCCTGTGCGACATTCTAATTATGGGTCTCCTAATTTTCATATCCAAAAATAGAAGTATGAAGCTGTGCTAGGTCTGCTCACAAATGGTTCTTTGTGGAGCATATCAGTATATAGGTAAATTGTGCTTTAGATTTTCTCCTTAAATCATATGAAAAGTCTATATATGCTTCTTCATTGCGCATGACT-GTTGCAGTACTGATATGACCCTTTGCCATGGACTCTCTGCGATCTTCCCATTGTATGGAGCACAAGAATAACATATACGCCAGATATTTAATCTATAGAAACTTCAATGTTGCACTTTGTCTTCAGAATTACCTATTGTCTAAATATACCATGTA-TCCAGCTGTAATACCAATTATTTACTTACATTTTATAG-AGGAGTTTATCAAAATTGTTCTAAGATAATATAATATGGCAGGATATTTTTATAGTTTCATGGAGGTTTACACATTTAGTACCATAGCTTTCGTTTTACTAGGCTTTCTCAATGTTTCCTTAAAGGCATGAGATCATTTTTTTTAAACATGCTGCTGATGGCAAGTTAGTTTTTCTATGTAACTGCGGTGAACTGATACCAGTAATGTGCTCATCCAATCGTTAAAGAAAACTTGCGCTGAGTTAGTGATCTTAAGATAGTAACTGTCATACAAATGACCTTTTGTTAGGTGCAGCATTGTTTAGACTTTGGAGGATTCAACTCTTTTGAACTTATGTGAATGGAAGTATCTAATACTACCTGAGTACCTGTTCAGTCAAGAAAATCACATGCAAGGTATTTTGGATCTTGATAGGTTCTACACAAACTAATATCTAGCTTTTGGTTGATGAGAATTTCTGCTCCATACTGAAGGAGTTTGTTGTTGTAGTTGTACATATCCTGGTGGATGGGCTCACGTAATTTTCTGGAGCCTCAAATCCGCAATTACATTGTCAAATTTTGACTGACTGCCATGCTTGACTGATTCTTTACCTCATGCACGTGCTCTATGGACGCTGTAACCTTTTGGTTTAAGTGCATTGCTCAGGTGCTCCTGACGACAGGACTTCGTTGTACACAATTGTGCAAATTTGAGTGGATGAGCTTGTGTAATCCTCTGAAACTCCTATTACAGTTCCAGATTTTGACCTGCAGTTATTTTTAGTAATCATTTACCTTATGTCATTATTTTCTTTGTATGTGTATTTTTGCAGACTTGCAGGACCATTTTCTATTTTCTTATAAGCAAAAAGTGAAAGAACAAGAGTGACCCACAAAGCATGGCTTTCATTATTGAATCAGAAAGTGCAAAACTTAATATTCACATTGTAGAGAGCATATTTGAGGTTGAAAGATTGTACAGCTGCATTCGTGTAGAATCGATTTGCTATAGAAAGAAATGGTTTGTGGGTCACAGTTTAGTTGGACCAACCTTTTTCTCATTAGTCACCTTACAACTCACAAGGAGCAACACGTAGCAGTATAGCAC--TTTTTTAGAGGAACCATTTCTTCTGTTTGATGCGTGCACACTGTACGGCTATGATAAATCTTAAACGGGTGACAGGTAATTGGATGCACACTGTACTCTTGATTTGTGCAGCTATCCTTTCTTTCCAACGAGTGTGAATCAATCCCTTCAAAATTTCTTCTACCTATGTACGTATTGATGTAGTTGCGATCCAATTTGTACTTTTTTAATTGTTGCATGCTCTATGTATGTACATGCTTTTTATTTCATTCAATTTGGTATATACTATGTGAGCACAAAATGCATTCAAGTAATATTTAGTCAGTAGGTCTCAACTCTTCTCTAAAGGACGTAATGAATTGGATTTGTATACTTGCTCTGTTTTCATCTGACTAACTCTGGATTTGTATACTTTGCTCTGTTTTCATTAACTCTGAAACATCCTTACAATGCAGGTGCCATATAGTGTCGATAATTCAGGAAGGGAAAGCTATGTGGACAAAAAATGATGTCCTTTTTAGTGTTCCATGGTAGTTTATTTATTTTTACTTTTTCAATGATCGTTGTGACAAACATGTAAAGTTATCTAATATACTCCATAGTGTGTAGGGCTATGTCTCTTGGTATGAGAGCTGCTTTTGCTTAGCACACGATTTTACACATAGTCATCCGATCAAACGAATCAAAATATATTTGGATCTTACCTATATATACATGTAT]

[+] EMBL AK073174             [CTCCCTCACGCGCGCCGGCCCGCAGCCCGCTCCCTCGCCCTTCTCCTCCCCTCGCATACGCCGTCATCGCCGTCGTCGCCGCCGCCGCCGTCGCTCGGTGCCCTCTCCTTCATGCTCTCCATCCTCGGCTACTCCTCCCCTCGCTTTGCGCCATTGCCGCCTCACCCTCCTCCTCTTATCATCGCAGTGCCGACGCCGTCCTCCTTGCCGGTGGATCAGCGAGGAGCCCGGGGCTGCCAGATCCGAAGACCCCGACCTCGCTGGTGGATCTAGCAGCCTGGAGGAAAGGGACGCAAGCCATAGCGACCCTCTTCCCCTCTTTCATCTCTGCTCCGCCATCACATCTCTCTCGATCGACCTATCCGCGCCGCTTGGTTGTTGCAGGTTTGTCTCGATGGCCGTCGGAATTGATGATCTCGACCAGAAGTGAAGGCTGCCACCCCTGCTCTCTTCTCCTCTTCCTCTCCGGTCCTCCACTGCTCCTCTCGACCCTCTTCCTCCCGCTCTCCGCGCCGCTCGGTGGCAGATCCAAGGGGCTATTTGGTCTCCTATGAGGAGGACACATGAACGCTAGGGTGTGGGGGCTGACCGATGGCTAGGAGGCTGGGAAGGAGAAGCTAGAGCCAGAGTGGCGCGGCTCAGACCCCAAAGCCACGACGACGGCAGGGCAGCGTCGACTATGGCTAGGTACAGTGACGACGACTGCAACAGCTTGGTTGGTCCTGCTCTTTTTTTCTTCTTCACTTCTTTTTTTGGTTCACTGGGAGAGGCAACCCACTACTGATGGGCATTTGAACTAACATGGCATCTCTCCTGGAGCAACTGTCAGTACTTGCATTGCAGTCAAATTGGCGAATCCAGAGTAATTTCCCATTTTGTCTCAACGATATGCTTTGTGCTTATTTCATTGTGATGTCTAACATATGTTCATGCTCCATCTCAACCTGTCAGGAAGTATACCCTGTGCGACATTCTAATTATGGGTCTCCTAATTTTCATATCCAAAAATAGAAGTATGAAGCTGTGCTAGGTCTGCTCACAAATGGTTCTTTGTGGAGCATATCAGTATATAGGTAAATTGTGCTTTAGATTTTCTCCTTAAATCATATGAAAAGTCTATATATGCTTCTTCATTGCGCATGACT GTTGCAGTACTGATATGACCCTTTGCCATGGACTCTCTGCGATCTTCCCATTGTATGGAGCACAAGAATAACATATACGCCAGATATTTAATCTATAGAAACTTCAATGTTGCACTTTGTCTTCAGAATTACCTATTGTCTAAATATACCATGTA TCCAGCTGTAATACCAATTATTTACTTACATTTTATAG AGGAGTTTATCAAAATTGTTCTAAGATAATATAATATGGCAGGATATTTTTATAGTTTCATGGAGGTTTACACATTTAGTACCATAGCTTTCGTTTTACTAGGCTTTCTCAATGTTTCCTTAAAGGCATGAGATCATTTTTTTTAAACATGCTGCTGATGGCAAGTTAGTTTTTCTATGTAACTGCGGTGAACTGATACCAGTAATGTGCTCATCCAATCGTTAAAGAAAACTTGCGCTGAGTTAGTGATCTTAAGATAGTAACTGTCATACAAATGACCTTTTGTTAGGTGCAGCATTGTTTAGACTTTGGAGGATTCAACTCTTTTGAACTTATGTGAATGGAAGTATCTAATACTACCTGAGTACCTGTTCAGTCAAGAAAATCACATGCAAGGTATTTTGGATCTTGATAGGTTCTACACAAACTAATATCTAGCTTTTGGTTGATGAGAATTTCTGCTCCATACTGAAGGAGTTTGTTGTTGTAGTTGTACATATCCTGGTGGATGGGCTCACGTAATTTTCTGGAGCCTCAAATCCGCAATTACATTGTCAAATTTTGACTGACTGCCATGCTTGACTGATTCTTTACCTCATGCACGTGCTCTATGGACGCTGTAACCTTTTGGTTTAAGTGCATTGCTCAGGTGCTCCTGACGACAGGACTTCGTTGTACACAATTGTGCAAATTTGAGTGGATGAGCTTGTGTAATCCTCTGAAACTCCTATTACAGTTCCAGATTTTGACCTGCAGTTATTTTTAGTAATCATTTACCTTATGTCATTATTTTCTTTGTATGTGTATTTTTGCAGACTTGCAGGACCATTTTCTATTTTCTTATAAGCAAAAAGTGAAAGAACAAGAGTGACCCACAAAGCATGGCTTTCATTATTGAATCAGAAAGTGCAAAACTTAATATTCACATTGTAGAGAGCATATTTGAGGTTGAAAGATTGTACAGCTGCATTCGTGTAGAATCGATTTGCTATAGAAAGAAATGGTTTGTGGGTCACAGTTTAGTTGGACCAACCTTTTTCTCATTAGTCACCTTACAACTCACAAGGAGCAACACGTAGCAGTATAGCAC  TTTTTTAGAGGAACCATTTCTTCTGTTTGATGCGTGCACACTGTACGGCTATGATAAATCTTAAACGGGTGACAGGTAATTGGATGCACACTGTACTCTTGATTTGTGCAGCTATCCTTTCTTTCCAACGAGTGTGAATCAATCCCTTCAAAATTTCTTCTACCTATGTACGTATTGATGTAGTTGCGATCCAATTTGTACTTTTTTAATTGTTGCATGCTCTATGTATGTACATGCTTTTTATTTCATTCAATTTGGTATATACTATGTGAGCACAAAATGCATTCAAGTAATATTTAGTCAGTAGGTCTCAACTCTTCTCTAAAGGACGTAATGAATTGGATTTGTATACTTGCTCTGTTTTCATCTGACTAACTCTGGATTTGTATACTTTGCTCTGTTTTCATTAACTCTGAAACATCCTTACAATGCAGGTGCCATATAGTGTCGATAATTCAGGAAGGGAAAGCTATGTGGACAAAAAATGATGTCCTTTTTAGTGTTCCATGGTAGTTTATTTATTTTTACTTTTTCAATGATCGTTGTGACAAACATGTAAAGTTATCTAATATACTCCATAGTGTGTAGGGCTATGTCTCTTGGTATGAGAGCTGCTTTTGCTTAGCACACGATTTTACACATAGTCATCCGATCAAACGAATCAAAATATATTTGGATCTTACCTATATATACATGTAT]
[+] EMBL CA764004             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TCTCCTAT   GAGGACACATGAACGCTAGGGTGTGGGGGCTGACCGATGGCTAGGAGGCTGGGAAGGAGAAGCTAGAGCCAGAGTGGCGCGGCTCAGACCCCAAAGCCACGACGACGGCAGCGCAGCGTCGACTATGGCTAGGTACAGTGACGACGACTGCAACAGCTTGGCTGGTCCTGCTCTTTTTTTCTTCTTCACTTCTTTTTTTGGTTCACTGGGAGAGGCAACCCACTACTGATGGGCATTTGAACTAACATGGCATCTCTCCTGGAGCAACTGTCAGTACTTGCATTGCAGTCAAATTGGCGAATCCAGAGTAATTTCCCATTTTGTCTCAACGATATGCTTTGTGCTTATTTCATTGTGATGTCTAACATATGTTCATGCTCCATCTCAACCTGTCAGGAAGTATACCCTGTGCGACATTCTAATTATGGGTCTCCTAATTTTCATATCCAAAAATAGAAGTATGAAGCTGTGCTAGGTCTGCTCACAAATGGTTCTTTGTGGAGCATATCAGTATATAGGTAAATTGTGCTTTAGATTTTCTCCTTAAATCATATGAAAAGTCTATATATGCTTCTTCATTTCGCATGACTGGTTGCAGTACTGATATGACCCTTTGCCATGGACTCTCTGCGATCTTNCCATTGTATGGAGCACAAGAATAACATATACGCCAGATATTTAATCTATAGAAACTTCAATGGTGCACTTTGTCTTCAGAATTACCTATTGNCTAAAGATACCATGTATTCCAGCTGGAATACCAAATATTTACTTACATTTTATAGAAGGAGNTTATCAAAACTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CA764777             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGCAGTATAGCACTTTTTTTTAGAGGAACCCTTTCTTCTGTTTGATGCGTGCACACTGTATGGCTNTGATAAATCTTAAACGGGTGACAGGTAATTGGATGCACACTGTACTCTTGATTTGTGCAGCTATCCTTTCTTTCCAACGAGTGTGAATCAATCCCTTCAAAATTTCTTCTACCTATGTACGTATTGATGTAGTTGCGATCCAATTTGTACTTTTTTAATTGTTGCATGCTCTATGTATGTACATGCTTTTTATTTCATTCAATTTGGTATATACTATGTGAGCACAAAATGCATTCAAGTAATATTTAGTCAGTAGGTCTCAACTCTTCTCTAAAGGACGTAATGAATTGGATTTGTATACTTGCTCTGTTTTCATCTGACTAACTCTGGATTTGTATACTTTGCTCTGTTTTCATTAACTCTGAAACATCCTTACAATGCAGGTGCCATATAGTGTCGATAATTCAGGAAGGGAAAGCTATGTGGACAAAAAATGATGTCCTTTTTAGTGTTCCATGGTAGTTTATTTATTTTTACTTTTTCAATGATCGTTGTGACAAACATGTAAAGTTATCTAATATACTCCATAGTGTGTAGG                                                                                                              ]


>consensus_4396#0 CTCCCTCACGCGCGCCGGCCCGCAGCCCGCTCCCTCGCCCTTCTCCTCCCCTCGCATACG CCGTCATCGCCGTCGTCGCCGCCGCCGCCGTCGCTCGGTGCCCTCTCCTTCATGCTCTCC ATCCTCGGCTACTCCTCCCCTCGCTTTGCGCCATTGCCGCCTCACCCTCCTCCTCTTATC ATCGCAGTGCCGACGCCGTCCTCCTTGCCGGTGGATCAGCGAGGAGCCCGGGGCTGCCAG ATCCGAAGACCCCGACCTCGCTGGTGGATCTAGCAGCCTGGAGGAAAGGGACGCAAGCCA TAGCGACCCTCTTCCCCTCTTTCATCTCTGCTCCGCCATCACATCTCTCTCGATCGACCT ATCCGCGCCGCTTGGTTGTTGCAGGTTTGTCTCGATGGCCGTCGGAATTGATGATCTCGA CCAGAAGTGAAGGCTGCCACCCCTGCTCTCTTCTCCTCTTCCTCTCCGGTCCTCCACTGC TCCTCTCGACCCTCTTCCTCCCGCTCTCCGCGCCGCTCGGTGGCAGATCCAAGGGGCTAT TTGGTCTCCTATGAGGAGGACACATGAACGCTAGGGTGTGGGGGCTGACCGATGGCTAGG AGGCTGGGAAGGAGAAGCTAGAGCCAGAGTGGCGCGGCTCAGACCCCAAAGCCACGACGA CGGCAGGGCAGCGTCGACTATGGCTAGGTACAGTGACGACGACTGCAACAGCTTGGTTGG TCCTGCTCTTTTTTTCTTCTTCACTTCTTTTTTTGGTTCACTGGGAGAGGCAACCCACTA CTGATGGGCATTTGAACTAACATGGCATCTCTCCTGGAGCAACTGTCAGTACTTGCATTG CAGTCAAATTGGCGAATCCAGAGTAATTTCCCATTTTGTCTCAACGATATGCTTTGTGCT TATTTCATTGTGATGTCTAACATATGTTCATGCTCCATCTCAACCTGTCAGGAAGTATAC CCTGTGCGACATTCTAATTATGGGTCTCCTAATTTTCATATCCAAAAATAGAAGTATGAA GCTGTGCTAGGTCTGCTCACAAATGGTTCTTTGTGGAGCATATCAGTATATAGGTAAATT GTGCTTTAGATTTTCTCCTTAAATCATATGAAAAGTCTATATATGCTTCTTCATTGCGCA TGACTGTTGCAGTACTGATATGACCCTTTGCCATGGACTCTCTGCGATCTTCCCATTGTA TGGAGCACAAGAATAACATATACGCCAGATATTTAATCTATAGAAACTTCAATGTTGCAC TTTGTCTTCAGAATTACCTATTGTCTAAATATACCATGTATCCAGCTGTAATACCAATTA TTTACTTACATTTTATAGAGGAGTTTATCAAAATTGTTCTAAGATAATATAATATGGCAG GATATTTTTATAGTTTCATGGAGGTTTACACATTTAGTACCATAGCTTTCGTTTTACTAG GCTTTCTCAATGTTTCCTTAAAGGCATGAGATCATTTTTTTTAAACATGCTGCTGATGGC AAGTTAGTTTTTCTATGTAACTGCGGTGAACTGATACCAGTAATGTGCTCATCCAATCGT TAAAGAAAACTTGCGCTGAGTTAGTGATCTTAAGATAGTAACTGTCATACAAATGACCTT TTGTTAGGTGCAGCATTGTTTAGACTTTGGAGGATTCAACTCTTTTGAACTTATGTGAAT GGAAGTATCTAATACTACCTGAGTACCTGTTCAGTCAAGAAAATCACATGCAAGGTATTT TGGATCTTGATAGGTTCTACACAAACTAATATCTAGCTTTTGGTTGATGAGAATTTCTGC TCCATACTGAAGGAGTTTGTTGTTGTAGTTGTACATATCCTGGTGGATGGGCTCACGTAA TTTTCTGGAGCCTCAAATCCGCAATTACATTGTCAAATTTTGACTGACTGCCATGCTTGA CTGATTCTTTACCTCATGCACGTGCTCTATGGACGCTGTAACCTTTTGGTTTAAGTGCAT TGCTCAGGTGCTCCTGACGACAGGACTTCGTTGTACACAATTGTGCAAATTTGAGTGGAT GAGCTTGTGTAATCCTCTGAAACTCCTATTACAGTTCCAGATTTTGACCTGCAGTTATTT TTAGTAATCATTTACCTTATGTCATTATTTTCTTTGTATGTGTATTTTTGCAGACTTGCA GGACCATTTTCTATTTTCTTATAAGCAAAAAGTGAAAGAACAAGAGTGACCCACAAAGCA TGGCTTTCATTATTGAATCAGAAAGTGCAAAACTTAATATTCACATTGTAGAGAGCATAT TTGAGGTTGAAAGATTGTACAGCTGCATTCGTGTAGAATCGATTTGCTATAGAAAGAAAT GGTTTGTGGGTCACAGTTTAGTTGGACCAACCTTTTTCTCATTAGTCACCTTACAACTCA CAAGGAGCAACACGTAGCAGTATAGCACTTTTTTAGAGGAACCATTTCTTCTGTTTGATG CGTGCACACTGTACGGCTATGATAAATCTTAAACGGGTGACAGGTAATTGGATGCACACT GTACTCTTGATTTGTGCAGCTATCCTTTCTTTCCAACGAGTGTGAATCAATCCCTTCAAA ATTTCTTCTACCTATGTACGTATTGATGTAGTTGCGATCCAATTTGTACTTTTTTAATTG TTGCATGCTCTATGTATGTACATGCTTTTTATTTCATTCAATTTGGTATATACTATGTGA GCACAAAATGCATTCAAGTAATATTTAGTCAGTAGGTCTCAACTCTTCTCTAAAGGACGT AATGAATTGGATTTGTATACTTGCTCTGTTTTCATCTGACTAACTCTGGATTTGTATACT TTGCTCTGTTTTCATTAACTCTGAAACATCCTTACAATGCAGGTGCCATATAGTGTCGAT AATTCAGGAAGGGAAAGCTATGTGGACAAAAAATGATGTCCTTTTTAGTGTTCCATGGTA GTTTATTTATTTTTACTTTTTCAATGATCGTTGTGACAAACATGTAAAGTTATCTAATAT ACTCCATAGTGTGTAGGGCTATGTCTCTTGGTATGAGAGCTGCTTTTGCTTAGCACACGA TTTTACACATAGTCATCCGATCAAACGAATCAAAATATATTTGGATCTTACCTATATATA CATGTAT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)