These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4396#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 3127 fasta sequence [CTCCCTCACGCGCGCCGGCCCGCAGCCCGCTCCCTCGCCCTTCTCCTCCCCTCGCATACGCCGTCATCGCCGTCGTCGCCGCCGCCGCCGTCGCTCGGTGCCCTCTCCTTCATGCTCTCCATCCTCGGCTACTCCTCCCCTCGCTTTGCGCCATTGCCGCCTCACCCTCCTCCTCTTATCATCGCAGTGCCGACGCCGTCCTCCTTGCCGGTGGATCAGCGAGGAGCCCGGGGCTGCCAGATCCGAAGACCCCGACCTCGCTGGTGGATCTAGCAGCCTGGAGGAAAGGGACGCAAGCCATAGCGACCCTCTTCCCCTCTTTCATCTCTGCTCCGCCATCACATCTCTCTCGATCGACCTATCCGCGCCGCTTGGTTGTTGCAGGTTTGTCTCGATGGCCGTCGGAATTGATGATCTCGACCAGAAGTGAAGGCTGCCACCCCTGCTCTCTTCTCCTCTTCCTCTCCGGTCCTCCACTGCTCCTCTCGACCCTCTTCCTCCCGCTCTCCGCGCCGCTCGGTGGCAGATCCAAGGGGCTATTTGGTCTCCTATGAGGAGGACACATGAACGCTAGGGTGTGGGGGCTGACCGATGGCTAGGAGGCTGGGAAGGAGAAGCTAGAGCCAGAGTGGCGCGGCTCAGACCCCAAAGCCACGACGACGGCAGGGCAGCGTCGACTATGGCTAGGTACAGTGACGACGACTGCAACAGCTTGGTTGGTCCTGCTCTTTTTTTCTTCTTCACTTCTTTTTTTGGTTCACTGGGAGAGGCAACCCACTACTGATGGGCATTTGAACTAACATGGCATCTCTCCTGGAGCAACTGTCAGTACTTGCATTGCAGTCAAATTGGCGAATCCAGAGTAATTTCCCATTTTGTCTCAACGATATGCTTTGTGCTTATTTCATTGTGATGTCTAACATATGTTCATGCTCCATCTCAACCTGTCAGGAAGTATACCCTGTGCGACATTCTAATTATGGGTCTCCTAATTTTCATATCCAAAAATAGAAGTATGAAGCTGTGCTAGGTCTGCTCACAAATGGTTCTTTGTGGAGCATATCAGTATATAGGTAAATTGTGCTTTAGATTTTCTCCTTAAATCATATGAAAAGTCTATATATGCTTCTTCATTGCGCATGACT-GTTGCAGTACTGATATGACCCTTTGCCATGGACTCTCTGCGATCTTCCCATTGTATGGAGCACAAGAATAACATATACGCCAGATATTTAATCTATAGAAACTTCAATGTTGCACTTTGTCTTCAGAATTACCTATTGTCTAAATATACCATGTA-TCCAGCTGTAATACCAATTATTTACTTACATTTTATAG-AGGAGTTTATCAAAATTGTTCTAAGATAATATAATATGGCAGGATATTTTTATAGTTTCATGGAGGTTTACACATTTAGTACCATAGCTTTCGTTTTACTAGGCTTTCTCAATGTTTCCTTAAAGGCATGAGATCATTTTTTTTAAACATGCTGCTGATGGCAAGTTAGTTTTTCTATGTAACTGCGGTGAACTGATACCAGTAATGTGCTCATCCAATCGTTAAAGAAAACTTGCGCTGAGTTAGTGATCTTAAGATAGTAACTGTCATACAAATGACCTTTTGTTAGGTGCAGCATTGTTTAGACTTTGGAGGATTCAACTCTTTTGAACTTATGTGAATGGAAGTATCTAATACTACCTGAGTACCTGTTCAGTCAAGAAAATCACATGCAAGGTATTTTGGATCTTGATAGGTTCTACACAAACTAATATCTAGCTTTTGGTTGATGAGAATTTCTGCTCCATACTGAAGGAGTTTGTTGTTGTAGTTGTACATATCCTGGTGGATGGGCTCACGTAATTTTCTGGAGCCTCAAATCCGCAATTACATTGTCAAATTTTGACTGACTGCCATGCTTGACTGATTCTTTACCTCATGCACGTGCTCTATGGACGCTGTAACCTTTTGGTTTAAGTGCATTGCTCAGGTGCTCCTGACGACAGGACTTCGTTGTACACAATTGTGCAAATTTGAGTGGATGAGCTTGTGTAATCCTCTGAAACTCCTATTACAGTTCCAGATTTTGACCTGCAGTTATTTTTAGTAATCATTTACCTTATGTCATTATTTTCTTTGTATGTGTATTTTTGCAGACTTGCAGGACCATTTTCTATTTTCTTATAAGCAAAAAGTGAAAGAACAAGAGTGACCCACAAAGCATGGCTTTCATTATTGAATCAGAAAGTGCAAAACTTAATATTCACATTGTAGAGAGCATATTTGAGGTTGAAAGATTGTACAGCTGCATTCGTGTAGAATCGATTTGCTATAGAAAGAAATGGTTTGTGGGTCACAGTTTAGTTGGACCAACCTTTTTCTCATTAGTCACCTTACAACTCACAAGGAGCAACACGTAGCAGTATAGCAC--TTTTTTAGAGGAACCATTTCTTCTGTTTGATGCGTGCACACTGTACGGCTATGATAAATCTTAAACGGGTGACAGGTAATTGGATGCACACTGTACTCTTGATTTGTGCAGCTATCCTTTCTTTCCAACGAGTGTGAATCAATCCCTTCAAAATTTCTTCTACCTATGTACGTATTGATGTAGTTGCGATCCAATTTGTACTTTTTTAATTGTTGCATGCTCTATGTATGTACATGCTTTTTATTTCATTCAATTTGGTATATACTATGTGAGCACAAAATGCATTCAAGTAATATTTAGTCAGTAGGTCTCAACTCTTCTCTAAAGGACGTAATGAATTGGATTTGTATACTTGCTCTGTTTTCATCTGACTAACTCTGGATTTGTATACTTTGCTCTGTTTTCATTAACTCTGAAACATCCTTACAATGCAGGTGCCATATAGTGTCGATAATTCAGGAAGGGAAAGCTATGTGGACAAAAAATGATGTCCTTTTTAGTGTTCCATGGTAGTTTATTTATTTTTACTTTTTCAATGATCGTTGTGACAAACATGTAAAGTTATCTAATATACTCCATAGTGTGTAGGGCTATGTCTCTTGGTATGAGAGCTGCTTTTGCTTAGCACACGATTTTACACATAGTCATCCGATCAAACGAATCAAAATATATTTGGATCTTACCTATATATACATGTAT] [+] EMBL AK073174 [CTCCCTCACGCGCGCCGGCCCGCAGCCCGCTCCCTCGCCCTTCTCCTCCCCTCGCATACGCCGTCATCGCCGTCGTCGCCGCCGCCGCCGTCGCTCGGTGCCCTCTCCTTCATGCTCTCCATCCTCGGCTACTCCTCCCCTCGCTTTGCGCCATTGCCGCCTCACCCTCCTCCTCTTATCATCGCAGTGCCGACGCCGTCCTCCTTGCCGGTGGATCAGCGAGGAGCCCGGGGCTGCCAGATCCGAAGACCCCGACCTCGCTGGTGGATCTAGCAGCCTGGAGGAAAGGGACGCAAGCCATAGCGACCCTCTTCCCCTCTTTCATCTCTGCTCCGCCATCACATCTCTCTCGATCGACCTATCCGCGCCGCTTGGTTGTTGCAGGTTTGTCTCGATGGCCGTCGGAATTGATGATCTCGACCAGAAGTGAAGGCTGCCACCCCTGCTCTCTTCTCCTCTTCCTCTCCGGTCCTCCACTGCTCCTCTCGACCCTCTTCCTCCCGCTCTCCGCGCCGCTCGGTGGCAGATCCAAGGGGCTATTTGGTCTCCTATGAGGAGGACACATGAACGCTAGGGTGTGGGGGCTGACCGATGGCTAGGAGGCTGGGAAGGAGAAGCTAGAGCCAGAGTGGCGCGGCTCAGACCCCAAAGCCACGACGACGGCAGGGCAGCGTCGACTATGGCTAGGTACAGTGACGACGACTGCAACAGCTTGGTTGGTCCTGCTCTTTTTTTCTTCTTCACTTCTTTTTTTGGTTCACTGGGAGAGGCAACCCACTACTGATGGGCATTTGAACTAACATGGCATCTCTCCTGGAGCAACTGTCAGTACTTGCATTGCAGTCAAATTGGCGAATCCAGAGTAATTTCCCATTTTGTCTCAACGATATGCTTTGTGCTTATTTCATTGTGATGTCTAACATATGTTCATGCTCCATCTCAACCTGTCAGGAAGTATACCCTGTGCGACATTCTAATTATGGGTCTCCTAATTTTCATATCCAAAAATAGAAGTATGAAGCTGTGCTAGGTCTGCTCACAAATGGTTCTTTGTGGAGCATATCAGTATATAGGTAAATTGTGCTTTAGATTTTCTCCTTAAATCATATGAAAAGTCTATATATGCTTCTTCATTGCGCATGACT GTTGCAGTACTGATATGACCCTTTGCCATGGACTCTCTGCGATCTTCCCATTGTATGGAGCACAAGAATAACATATACGCCAGATATTTAATCTATAGAAACTTCAATGTTGCACTTTGTCTTCAGAATTACCTATTGTCTAAATATACCATGTA TCCAGCTGTAATACCAATTATTTACTTACATTTTATAG AGGAGTTTATCAAAATTGTTCTAAGATAATATAATATGGCAGGATATTTTTATAGTTTCATGGAGGTTTACACATTTAGTACCATAGCTTTCGTTTTACTAGGCTTTCTCAATGTTTCCTTAAAGGCATGAGATCATTTTTTTTAAACATGCTGCTGATGGCAAGTTAGTTTTTCTATGTAACTGCGGTGAACTGATACCAGTAATGTGCTCATCCAATCGTTAAAGAAAACTTGCGCTGAGTTAGTGATCTTAAGATAGTAACTGTCATACAAATGACCTTTTGTTAGGTGCAGCATTGTTTAGACTTTGGAGGATTCAACTCTTTTGAACTTATGTGAATGGAAGTATCTAATACTACCTGAGTACCTGTTCAGTCAAGAAAATCACATGCAAGGTATTTTGGATCTTGATAGGTTCTACACAAACTAATATCTAGCTTTTGGTTGATGAGAATTTCTGCTCCATACTGAAGGAGTTTGTTGTTGTAGTTGTACATATCCTGGTGGATGGGCTCACGTAATTTTCTGGAGCCTCAAATCCGCAATTACATTGTCAAATTTTGACTGACTGCCATGCTTGACTGATTCTTTACCTCATGCACGTGCTCTATGGACGCTGTAACCTTTTGGTTTAAGTGCATTGCTCAGGTGCTCCTGACGACAGGACTTCGTTGTACACAATTGTGCAAATTTGAGTGGATGAGCTTGTGTAATCCTCTGAAACTCCTATTACAGTTCCAGATTTTGACCTGCAGTTATTTTTAGTAATCATTTACCTTATGTCATTATTTTCTTTGTATGTGTATTTTTGCAGACTTGCAGGACCATTTTCTATTTTCTTATAAGCAAAAAGTGAAAGAACAAGAGTGACCCACAAAGCATGGCTTTCATTATTGAATCAGAAAGTGCAAAACTTAATATTCACATTGTAGAGAGCATATTTGAGGTTGAAAGATTGTACAGCTGCATTCGTGTAGAATCGATTTGCTATAGAAAGAAATGGTTTGTGGGTCACAGTTTAGTTGGACCAACCTTTTTCTCATTAGTCACCTTACAACTCACAAGGAGCAACACGTAGCAGTATAGCAC TTTTTTAGAGGAACCATTTCTTCTGTTTGATGCGTGCACACTGTACGGCTATGATAAATCTTAAACGGGTGACAGGTAATTGGATGCACACTGTACTCTTGATTTGTGCAGCTATCCTTTCTTTCCAACGAGTGTGAATCAATCCCTTCAAAATTTCTTCTACCTATGTACGTATTGATGTAGTTGCGATCCAATTTGTACTTTTTTAATTGTTGCATGCTCTATGTATGTACATGCTTTTTATTTCATTCAATTTGGTATATACTATGTGAGCACAAAATGCATTCAAGTAATATTTAGTCAGTAGGTCTCAACTCTTCTCTAAAGGACGTAATGAATTGGATTTGTATACTTGCTCTGTTTTCATCTGACTAACTCTGGATTTGTATACTTTGCTCTGTTTTCATTAACTCTGAAACATCCTTACAATGCAGGTGCCATATAGTGTCGATAATTCAGGAAGGGAAAGCTATGTGGACAAAAAATGATGTCCTTTTTAGTGTTCCATGGTAGTTTATTTATTTTTACTTTTTCAATGATCGTTGTGACAAACATGTAAAGTTATCTAATATACTCCATAGTGTGTAGGGCTATGTCTCTTGGTATGAGAGCTGCTTTTGCTTAGCACACGATTTTACACATAGTCATCCGATCAAACGAATCAAAATATATTTGGATCTTACCTATATATACATGTAT] [+] EMBL CA764004 [ TCTCCTAT 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AGCAGTATAGCACTTTTTTTTAGAGGAACCCTTTCTTCTGTTTGATGCGTGCACACTGTATGGCTNTGATAAATCTTAAACGGGTGACAGGTAATTGGATGCACACTGTACTCTTGATTTGTGCAGCTATCCTTTCTTTCCAACGAGTGTGAATCAATCCCTTCAAAATTTCTTCTACCTATGTACGTATTGATGTAGTTGCGATCCAATTTGTACTTTTTTAATTGTTGCATGCTCTATGTATGTACATGCTTTTTATTTCATTCAATTTGGTATATACTATGTGAGCACAAAATGCATTCAAGTAATATTTAGTCAGTAGGTCTCAACTCTTCTCTAAAGGACGTAATGAATTGGATTTGTATACTTGCTCTGTTTTCATCTGACTAACTCTGGATTTGTATACTTTGCTCTGTTTTCATTAACTCTGAAACATCCTTACAATGCAGGTGCCATATAGTGTCGATAATTCAGGAAGGGAAAGCTATGTGGACAAAAAATGATGTCCTTTTTAGTGTTCCATGGTAGTTTATTTATTTTTACTTTTTCAATGATCGTTGTGACAAACATGTAAAGTTATCTAATATACTCCATAGTGTGTAGG ] clustalw multiple alignements is not computed in this case |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||