These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4665#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 842 fasta sequence [ATTCTTTCGCCAACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTATGTAAAACCAGAAAGTCGTTAGCGTATGATTAATTGGGTTATAATTATTACAAACTTGGAAAATAGATTTATTTGATATTTCTAAAAACAACTTCCATATAAAAATTTCCGCACAAAATGTACCGTTTATCAGTTTAAAAAACGTGCTAACAAAAACCAAGATAAATTTTGTATCTTAATCAAGTTAGAACGTATACCCACCAATGTTTGATCCGTCAATTTCATATTGTATTGCTGATTAAGTTTGGTATAATTTGCCATTCTATTTGCTCTTAAGGCTATGGTAACCACTGTACATCTCTTTGCATGTTTAATCACTAAATTCATGATTTTATTTGCTGATCTTGCGCATATTACTGTGTTGTAGTTGATATTTTATTTGTATTCATTTGCTCTGTTTTGGATCCAAGAGAATTTAATGTGTATGTACTTTGTGTTTGGTTTCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGNGCTAAAAATGTTATATTTCCTCTTGAGNTTAAGGGGGNCTCAAATATGAAATACCTAATAATGGTTTCCCTTTCCTAATCCTAAATAAAATTAAATTCCTGAATATTTTCTTGGAAAAGGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGNTTACCACATATGCCTTCAGTATGTATATGNGGNAAAGCGGCATATTTAATT] [+] EMBL CA766881 [ATTCTTTCGCCAACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTATGTAAAACCAGAAAGTCGTTAGCGTATGATTAATTGGGTTATAATTATTACAAACTTGGAAAATAGATTTATTTGATATTTCTAAAAACAACTTCCATATAAAAATTTCCGCACAAAATGTACCGTTTATCAGTTTAAAAAACGTGCTAACAAAAACCAAGATAAATTTTGTATCTTAATCAAGTTAGAACGTATACCCACCAATGTTTGATCCGTCAATTTCATATTGTATTGCTGATTAAGTTTGGTATAATTTGCCATTCTATTTGCTCTTAAGGCTATGGTAACCACTGTACATCTCTTTGCATGTTTAATCACTAAATTCATGATTTTATTTGCTGATCTTGCGCATATTACTGTGTTGTAGTTGATATTTTATTTGTATTCATTTGCTCTGTTTTGGATCCAAGAGAATTTAATGTGTATGTACTTTGTGTTTGGTTTCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGNGCTAAAAATGTTATATTTCCTCTTGAGNTTAAGGGGGNCTCAAATATGAAATACCTAATAATGGTTTCCCTTTCCTAATCCTAAATAAAATTAAATTCCTGAATATTTTCTTGGAAAAGGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGNTTACCACATATGCCTTCAGTATGTATATGNGGNAAAGCGGCATATTTAATT] consensusID : consensus_4665#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 444 fasta sequence [ACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGNGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATNTTATATTTCCTCTTGAGTTAAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTCTAATNCTAAATAAATTAAATTCCTGAATATTTCTTTGAAAATGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGTATACCACATATGCTTCAGTATGTATATGTGTAAAGCGGCATATTAATTGGG-TATGAAGGTGTATGGGCGT-AAATCGGGGTTAGATTATAATTGTAAA-TTCAGTCAATTTGCAGGGTTAA] [+] EMBL OSC462 [ACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGNGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATNTTATATTTCCTCTTGAGTTAAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTCTAATNCTAAATAAATTAAATTCCTGAATATTTCTTTGAAAATGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGTATACCACATATGCTTCAGTATGTATATGTGTAAAGCGGCATATTAATTGGG TATGAAGGTGTATGGGCGT AAATCGGGGTTAGATTATAATTGTAAA TTCAGTCAATTTGCAGGGTT ] [+] EMBL AU064839 [ACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACANCANCTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATGTTATATTTCCTCTTGAGTTAAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTCTAATCCTAAATAAATTAAATTCCTGAATATTTCTTTGAAAATGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGTATACCACATATGCTTCAGTATGTATATGTGTAAAGCGGCATATTAATTGGGATATGAA GTGTAT GGCGTAAAATCGGG TAGGATATAATTGTAAATTTCAGTCAA TTGCA GGTTAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4665#0 ATTCTTTCGCCAACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAG 60 consensus_4665#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4665#0 ATGAAGTGCAGGTATGTAAAACCAGAAAGTCGTTAGCGTATGATTAATTGGGTTATAATT 120 consensus_4665#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4665#0 ATTACAAACTTGGAAAATAGATTTATTTGATATTTCTAAAAACAACTTCCATATAAAAAT 180 consensus_4665#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4665#0 TTCCGCACAAAATGTACCGTTTATCAGTTTAAAAAACGTGCTAACAAAAACCAAGATAAA 240 consensus_4665#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4665#0 TTTTGTATCTTAATCAAGTTAGAACGTATACCCACCAATGTTTGATCCGTCAATTTCATA 300 consensus_4665#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4665#0 TTGTATTGCTGATTAAGTTTGGTATAATTTGCCATTCTATTTGCTCTTAAGGCTATGGTA 360 consensus_4665#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4665#0 ACCACTGTACATCTCTTTGCATGTTTAATCACTAAATTCATGATTTTATTTGCTGATCTT 420 consensus_4665#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4665#0 GCGCATATTACTGTGTTGTAGTTGATATTTTATTTGTATTCATTTGCTCTGTTTTGGATC 480 consensus_4665#1 -------------------------------ACTCGT-TTCTTGTTTTCAAAGTTGNGTT 28 * * ** *** * * ** *** * consensus_4665#0 CAAGAGAATTTAATGTGTATGTACTTTGTGTTTGGTTTCAGGTAGGATAATTGAAGTTGG 540 consensus_4665#1 TGAGTCTGTTCAAGACGAA----------GATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGG 78 ** ** ** * * * * * ********************** consensus_4665#0 ATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTT 600 consensus_4665#1 ATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTT 138 ************************************************************ consensus_4665#0 TGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGNGCTAAAAATGTTATATT 660 consensus_4665#1 TGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATNTTATATT 198 ****************************************** ********* ******* consensus_4665#0 TCCTCTTGAGNTTAAGGGGGNCTCAAATATGAAATACCTAATAATGGTTTCCCTTTCCTA 720 consensus_4665#1 TCCTCTTGAGTT-AAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTC-TA 256 ********** * ** * ** ************************* ********** ** consensus_4665#0 ATCCTAAATAAAATTAAATTCCTGAATATTTTCTTGGAAAAGGTTTTTTTAGTACATATG 780 consensus_4665#1 ATNCTAAATAAA-TTAAATTCCTGAATATTTCTTTG-AAAATGTTTTTTTAGTACATATG 314 ** ********* ****************** *** **** ****************** consensus_4665#0 AAGTATACTGNTTACCACATATGCCTTCAGTATGTATATGNGGNAAAGCGGCATATTTAA 840 consensus_4665#1 AAGTATACTGTATACCACATATGC-TTCAGTATGTATATGTG-TAAAGCGGCATATT-AA 371 ********** ************ *************** * ************* ** consensus_4665#0 TT---------------------------------------------------------- 842 consensus_4665#1 TTGGGTATGAAGGTGTATGGGCGTAAATCGGGGTTAGATTATAATTGTAAATTCAGTCAA 431 ** consensus_4665#0 ------------- consensus_4665#1 TTTGCAGGGTTAA 444 |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||