Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 4668 cluster # 4668       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4668#0 length = 2583 sequences # 3  

consensusID : consensus_4668#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2583
fasta sequence
                              [TACACATGGATCTATATCTATCACTGGACTCTGGTACGAACGTTCACCGCATAAATTTTGACTCGTGTAATGCTAAATTGCTAACTTCTAAGGCTCGTGTAGCTCATTCAAACAGTAGTTTTCTGTTTTGTTTTTCTGTAAATAATGGTGCGCTGGTACATCGAATGTAGATTTGATAAATAATGTTAACCTTCAGTGGTTTAAATTAAACACTAAGTGCTTAGGTTAAATTCATAGGTTCAGTTCATGGAAAGTTTCTTTCCATCAGCAGCAATTTTCTGTTTAGGTTGATTTTGAAGAAACCCTCTCTGATTTAGTGTGATTCCTTTACAAGATTGGCCTCTGAGAGTCCGTTTGATGATTTCCATCAATTATATTAGTGTATGCTACATTGGTGCTAGGGATAAGTAAAAAAATAATTTCAGTTAATATCAGAATTATTGAGCTGTATAAACCTGGGAGTTAAATTAGTGCAATAGGTCTCTATCATTCTTCTTGAGGTTTAATTCTATAAGTTTTTGGTTGGTTCCAGACGCGGTTCCAGACGCGTATCAAACTGGTTGATTCACTGGTGTGTTTTTTTCGTTTTCGTGTCGTTTTATGTTACTGTCAGAAGGATGGCTATTCCCATATATCACACATATTTGGAGAGTTCAGCTGTTGGAAGGTTGGAATTGTTTTTTTTTTCTCATCTGGTGTATTTCTCAAAACTGACCGGTGGTTCTGAATATTTCAATGCCTGATCAGGATCAATTTTTGCATTTCTCGAGTTCTTAACAGAAAAGGATTTTGCTATACACACTGAAACCAGTGACATTATTTCATTGTGAGATGCAGATTACACTTTTCCCATATATATATAGTGGTTGGCAAAGGGCTCCTGGAGTCCTGGTTCTTAAAGATCGATAACAGCTTTCACCACAAAGTTCTCTGCAAATTGCATAAGATCAAATACATGATTCGTTAGTGCATCCTTGCCATCTGTTTTGATACTTCTATATGCAAGTGATCTGGTGTTCTTTGGTGAATTCATGTGTAACCACTGCTCCTTGAGGCAGTTGAAGGGGGTATTGGACTAGATCCATCCTACACATAACCCTCATGTGCAAGGGTTCTGCTTGGATATGTAGTTTTTCTACACACCATTGACAACTGATAAGTATATCAGTAACCATGTTTCCTCCTGCAATCTAATATCGTTCTGTGTTCTGTCATTTGTTGGTTAGTACTGTTTTTTTAGTATTGACCTCAACTTAGTATTATCATTATCCATGATTTGGTCCCTAGGTGGTTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTACACCTATCCTTGTACCTGAATACATTGGTTGTTTCCTCCTCCTGCAATCTAATATCATTAGGTCATTTGTTGGTTAGTACTGTTTATTTAGTATTGACCTCAACTTAGTATTATCACTATCCATGATTTGGTCCCTAGGTGATTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTGCACCTATCCTTGTACCTGAATACATTGGTTGCAAACTTCGCAGTGGTAACTCAATATAGAAGTTAGTTTACCTTTGCATGTTATAGTTTTTTGTGTCTGGATCTCAGTTGACCTCTGGTTTTCTAGTGGAGTTTAGGCTACTGCATCAGTATCACTTATTTAACTGGTAGTATAATTCAACCTTTTAGTTTTATGTTTGTACATTCTAGGAATAGTATGCCTTAGTTTTTATGTTTATACATTCTAGGAATAGTACGCACATAGCGTAATTTCCACAGTACCATAAGAGAATCGTCGAGAACGAAATCCTCAACCTAGCATGTCATAAGTCATTCTCTTTCATGCACCTGTAAATCCTTGTATGTATCGTGTGGCAATTATCTGTTGTCATATTTTTGACGTAATGCCTTACTTTGCTTCTCTTGTAACTGAATTGTTTGTTATAATGTACTCCCTCTGTCCCAAAAAAACAAATCTAGTATAAGATGTGACGTCAGTTCAAATTAGTATTACTAGGATGCGTCACATCCTGTGTTTGTTTATTTTGGGAGTTGTTCATGTTTTTGTTTTGACTCTTGAACATACTTGTTTCTGGTCATTTATTGCACTGGATTTGTCAAGTTAACTAGTGACGCTGACATCAATAATTTTTTTGAAGTTTTGATGAATTTGTTCATTCCCTATCCAACATAATAGATATTTGTGAGACCCAACATATGTGAAAACGTTACTGTTGTACTGCAATTTTTTTGGATCTACAGCATATATTCATCCATTTACTTGGTGATGTCTGGAATACTGTTCTCAAACAGAATTATAGATGCTTTCATCAAATTTGCTGTACCGAGGTAATTAGTGTAGTCGTTATTTTTAAGGGTTATATTTTTAATGGGCGTGGGACTTCCAGATTATGCTTCCACTTGGTATAACCGATGGCATAAATCAATATATATGTTCTGCCGTATTTTGCCAACTTCATATCGCCCGGATATATATGTTCTGCAGTATTTTACCAATTTCATATCTCCCGAACACTTCTGCTGTGTGCTATAACGGCGTGTATATTCGAACTTAACGTCTCCCATTNNNNNGTNNNATGGGT]

[+] EMBL AK102272             [TACACATGGATCTATATCTATCACTGGACTCTGGTACGAACGTTCACCGCATAAATTTTGACTCGTGTAATGCTAAATTGCTAACTTCTAAGGCTCGTGTAGCTCATTCAAACAGTAGTTTTCTGTTTTGTTTTTCTGTAAATAATGGTGCGCTGGTACATCGAATGTAGATTTGATAAATAATGTTAACCTTCAGTGGTTTAAATTAAACACTAAGTGCTTAGGTTAAATTCATAGGTTCAGTTCATGGAAAGTTTCTTTCCATCAGCAGCAATTTTCTGTTTAGGTTGATTTTGAAGAAACCCTCTCTGATTTAGTGTGATTCCTTTACAAGATTGGCCTCTGAGAGTCCGTTTGATGATTTCCATCAATTATATTAGTGTATGCTACATTGGTGCTAGGGATAAGTAAAAAAATAATTTCAGTTAATATCAGAATTATTGAGCTGTATAAACCTGGGAGTTAAATTAGTGCAATAGGTCTCTATCATTCTTCTTGAGGTTTAATTCTATAAGTTTTTGGTTGGTTCCAGACGCGGTTCCAGACGCGTATCAAACTGGTTGATTCACTGGTGTGTTTTTTTCGTTTTCGTGTCGTTTTATGTTACTGTCAGAAGGATGGCTATTCCCATATATCACACATATTTGGAGAGTTCAGCTGTTGGAAGGTTGGAATTGTTTTTTTTTTCTCATCTGGTGTATTTCTCAAAACTGACCGGTGGTTCTGAATATTTCAATGCCTGATCAGGATCAATTTTTGCATTTCTCGAGTTCTTAACAGAAAAGGATTTTGCTATACACACTGAAACCAGTGACATTATTTCATTGTGAGATGCAGATTACACTTTTCCCATATATATATAGTGGTTGGCAAAGGGCTCCTGGAGTCCTGGTTCTTAAAGATCGATAACAGCTTTCACCACAAAGTTCTCTGCAAATTGCATAAGATCAAATACATGATTCGTTAGTGCATCCTTGCCATCTGTTTTGATACTTCTATATGCAAGTGATCTGGTGTTCTTTGGTGAATTCATGTGTAACCACTGCTCCTTGAGGCAGTTGAAGGGGGTATTGGACTAGATCCATCCTACACATAACCCTCATGTGCAAGGGTTCTGCTTGGATATGTAGTTTTTCTACACACCATTGACAACTGATAAGTATATCAGTAACCATGTTTCCTCCTGCAATCTAATATCGTTCTGTGTTCTGTCATTTGTTGGTTAGTACTGTTTTTTTAGTATTGACCTCAACTTAGTATTATCATTATCCATGATTTGGTCCCTAGGTGGTTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTACACCTATCCTTGTACCTGAATACATTGGTTGTTTCCTCCTCCTGCAATCTAATATCATTAGGTCATTTGTTGGTTAGTACTGTTTATTTAGTATTGACCTCAACTTAGTATTATCACTATCCATGATTTGGTCCCTAGGTGATTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTGCACCTATCCTTGTACCTGAATACATTGGTTGCAAACTTCGCAGTGGTAACTCAATATAGAAGTTAGTTTACCTTTGCATGTTATAGTTTTTTGTGTCTGGATCTCAGTTGACCTCTGGTTTTCTAGTGGAGTTTAGGCTACTGCATCAGTATCACTTATTTAACTGGTAGTATAATTCAACCTTTTAGTTTTATGTTTGTACATTCTAGGAATAGTATGCCTTAGTTTTTATGTTTATACATTCTAGGAATAGTACGCACATAGCGTAATTTCCACAGTACCATAAGAGAATCGTCGAGAACGAAATCCTCAACCTAGCATGTCATAAGTCATTCTCTTTCATGCACCTGTAAATCCTTGTATGTATCGTGTGGCAATTATCTGTTGTCATATTTTTGACGTAATGCCTTACTTTGCTTCTCTTGTAACTGAATTGTTTGTTATAATGTACTCCCTCTGTCCCAAAAAAACAAATCTAGTATAAGATGTGACGTCAGTTCAAATTAGTATTACTAGGATGCGTCACATCCTGTGTTTGTTTATTTTGGGAGTTGTTCATGTTTTTGTTTTGACTCTTGAACATACTTGTTTCTGGTCATTTATTGCACTGGATTTGTCAAGTTAACTAGTGACGCTGACATCAATAATTTTTTTGAAGTTTTGATGAATTTGTTCATTCCCTATCCAACATAATAGATATTTGTGAGACCCAACATATGTGAAAACGTTACTGTTGTACTGCAATTTTTTTGGATCTACAGCATATATTCATCCATTTACTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CF306808             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GATAACAGCTTTCACCACAAAGTTCTCTGCAAATTGCATAAGATCAAATACATGATTCGTTAGTGCATCCTTGCCATCTGTTTTGATACTTCTATATGCAAGTGATCTGGTGTTCTTTGGTGAATTCATGTGTAACCACTGCTCCTTGAGGCAGTTGAAGGGGGTATTGGACTAGATCCATCCTACACATAACCCTCATGTGCAAGGGTTCTGCTTGGATATGTAGTTTTTCTACACACCATTGACAACTGATAAGTATATCAGTAACCATGTTTCCTCCTGCAATCTAATATCGTTCTGTGTTCTGTCATTTGTTGGTTAGTACTGTTTTTTTAGTATTGACCTCAACTTAGTATTATCATTATCCATGATTTGGTCCCTAGGTGGTTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTACACCTATCCTTGTACCTGAATACATTGGTTGTTTCCTCCTCCTGCAATCTAATATCATTAGGTCATTTGTTGGTTAGTACTGTTTATTTAGTATTGACCTCAACTTAGTATTATCACTATCCATGATTTGGTCCCTANGTGATTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTGCACCTATCCTTGTACCTGAATACATTGGTTGCAAACTTCGCAGTGGTAACTCAATATAGAAGTTAGTTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CF196813             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTTCAAATTAGTATTACTAGGATGCGTCACATCCTGTGTTTGTTTATTTTGGGAGTTGTTCATGTTTTTGTTTTGACTCTTGAACATACTTGTTTCTGGTCATTTATTGCACTGGATTTGTCAAGTTAACTAGTGACGCTGACATCAATAATTTTTTTGAAGTTTTGATGAATTTGTTCATTCCCTATCCAACATAATAGATATTTGTGAGACCCAACATATGTGAAAACGTTACTGTTGTACTGCAATTTTTTTGGATCTACAGCATATATTCATCCATTTACTTGGTGATGTCTGGAATACTGTTCTCAAACAGAATTATAGATGCTTTCATCAAATTTGCTGTACCGAGGTAATTAGTGTAGTCGTTATTTTTAAGGGTTATATTTTTAATGGGCGTGGGACTTCCAGATTATGCTTCCACTTGGTATAACCGATGGCATAAATCAATATATATGTTCTGCCGTATTTTGCCAACTTCATATCGCCCGGATATATATGTTCTGCAGTATTTTACCAATTTCATATCTCCCGAACACTTCTGCTGTGTGCTATAACGGCGTGTATATTCGAACTTAACGTCTCCCATTNNNNNGTNNNATGGGT]


>consensus_4668#0 TACACATGGATCTATATCTATCACTGGACTCTGGTACGAACGTTCACCGCATAAATTTTG ACTCGTGTAATGCTAAATTGCTAACTTCTAAGGCTCGTGTAGCTCATTCAAACAGTAGTT TTCTGTTTTGTTTTTCTGTAAATAATGGTGCGCTGGTACATCGAATGTAGATTTGATAAA TAATGTTAACCTTCAGTGGTTTAAATTAAACACTAAGTGCTTAGGTTAAATTCATAGGTT CAGTTCATGGAAAGTTTCTTTCCATCAGCAGCAATTTTCTGTTTAGGTTGATTTTGAAGA AACCCTCTCTGATTTAGTGTGATTCCTTTACAAGATTGGCCTCTGAGAGTCCGTTTGATG ATTTCCATCAATTATATTAGTGTATGCTACATTGGTGCTAGGGATAAGTAAAAAAATAAT TTCAGTTAATATCAGAATTATTGAGCTGTATAAACCTGGGAGTTAAATTAGTGCAATAGG TCTCTATCATTCTTCTTGAGGTTTAATTCTATAAGTTTTTGGTTGGTTCCAGACGCGGTT CCAGACGCGTATCAAACTGGTTGATTCACTGGTGTGTTTTTTTCGTTTTCGTGTCGTTTT ATGTTACTGTCAGAAGGATGGCTATTCCCATATATCACACATATTTGGAGAGTTCAGCTG TTGGAAGGTTGGAATTGTTTTTTTTTTCTCATCTGGTGTATTTCTCAAAACTGACCGGTG GTTCTGAATATTTCAATGCCTGATCAGGATCAATTTTTGCATTTCTCGAGTTCTTAACAG AAAAGGATTTTGCTATACACACTGAAACCAGTGACATTATTTCATTGTGAGATGCAGATT ACACTTTTCCCATATATATATAGTGGTTGGCAAAGGGCTCCTGGAGTCCTGGTTCTTAAA GATCGATAACAGCTTTCACCACAAAGTTCTCTGCAAATTGCATAAGATCAAATACATGAT TCGTTAGTGCATCCTTGCCATCTGTTTTGATACTTCTATATGCAAGTGATCTGGTGTTCT TTGGTGAATTCATGTGTAACCACTGCTCCTTGAGGCAGTTGAAGGGGGTATTGGACTAGA TCCATCCTACACATAACCCTCATGTGCAAGGGTTCTGCTTGGATATGTAGTTTTTCTACA CACCATTGACAACTGATAAGTATATCAGTAACCATGTTTCCTCCTGCAATCTAATATCGT TCTGTGTTCTGTCATTTGTTGGTTAGTACTGTTTTTTTAGTATTGACCTCAACTTAGTAT TATCATTATCCATGATTTGGTCCCTAGGTGGTTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTACACCT ATCCTTGTACCTGAATACATTGGTTGTTTCCTCCTCCTGCAATCTAATATCATTAGGTCA TTTGTTGGTTAGTACTGTTTATTTAGTATTGACCTCAACTTAGTATTATCACTATCCATG ATTTGGTCCCTAGGTGATTTAAGGAGTAAGTAGCACATTTGCACCTATCCTTGTACCTGA ATACATTGGTTGCAAACTTCGCAGTGGTAACTCAATATAGAAGTTAGTTTACCTTTGCAT GTTATAGTTTTTTGTGTCTGGATCTCAGTTGACCTCTGGTTTTCTAGTGGAGTTTAGGCT ACTGCATCAGTATCACTTATTTAACTGGTAGTATAATTCAACCTTTTAGTTTTATGTTTG TACATTCTAGGAATAGTATGCCTTAGTTTTTATGTTTATACATTCTAGGAATAGTACGCA CATAGCGTAATTTCCACAGTACCATAAGAGAATCGTCGAGAACGAAATCCTCAACCTAGC ATGTCATAAGTCATTCTCTTTCATGCACCTGTAAATCCTTGTATGTATCGTGTGGCAATT ATCTGTTGTCATATTTTTGACGTAATGCCTTACTTTGCTTCTCTTGTAACTGAATTGTTT GTTATAATGTACTCCCTCTGTCCCAAAAAAACAAATCTAGTATAAGATGTGACGTCAGTT CAAATTAGTATTACTAGGATGCGTCACATCCTGTGTTTGTTTATTTTGGGAGTTGTTCAT GTTTTTGTTTTGACTCTTGAACATACTTGTTTCTGGTCATTTATTGCACTGGATTTGTCA AGTTAACTAGTGACGCTGACATCAATAATTTTTTTGAAGTTTTGATGAATTTGTTCATTC CCTATCCAACATAATAGATATTTGTGAGACCCAACATATGTGAAAACGTTACTGTTGTAC TGCAATTTTTTTGGATCTACAGCATATATTCATCCATTTACTTGGTGATGTCTGGAATAC TGTTCTCAAACAGAATTATAGATGCTTTCATCAAATTTGCTGTACCGAGGTAATTAGTGT AGTCGTTATTTTTAAGGGTTATATTTTTAATGGGCGTGGGACTTCCAGATTATGCTTCCA CTTGGTATAACCGATGGCATAAATCAATATATATGTTCTGCCGTATTTTGCCAACTTCAT ATCGCCCGGATATATATGTTCTGCAGTATTTTACCAATTTCATATCTCCCGAACACTTCT GCTGTGTGCTATAACGGCGTGTATATTCGAACTTAACGTCTCCCATTNNNNNGTNNNATG GGT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)