These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4782#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 616 fasta sequence [GTTCTGGATCAGGCCAAGGCTCGAGCTCGGGCTCGGTGAGCCAGGGTGGTGGGAGTGCGAGCGCCGGAGGAGGCGGTGGTGGTGTTGCCGGTGGACAAGCTGGAGGTGTTGATGGATCCGGCGGTTATGGGACTGGCACTGGCAGCGGAACCGGATCTGCTGAGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATGCCAATGCAACTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTAAA----A--A-----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA] [+] EMBL CA756582 [GTTCTGGATCAGGCCAAGGCTCGAGCTCGGGCTCGGTGAGCCAGGGTGGTGGGAGTGCGAGCGCCGGAGGAGGCGGTGGTGGTGTTGCCGGTGGACAAGCTGGAGGTGTTGATGGATCCGGCGGTTATGGGACTGGCACTGGCAGCGGAACCGGATCTGCTGAGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATGCCAATGCAACTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTAAA A A AAAAAAAAAAAAAAAAA ] [+] EMBL CA757605 [ GTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTATATGTGATCAGGTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA] consensusID : consensus_4782#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 449 fasta sequence [GCGGTTATGGGACTGGCANTGGCAGCGGAACCGGNTCTGCTGCGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATNCCAATGCAATTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA] [+] EMBL AU031841 [GCGGTTATGGGACTGGCANTGGCAGCGGAACCGGNTCTGCTGCGGCAGACGGTGGTGCTTCCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATNCCAATGCAATTGGCGATGGTAACGGCAACGGTGGTGGCCAAAGCCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGATGCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTATCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTTTGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTTTTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4782#0 GTTCTGGATCAGGCCAAGGCTCGAGCTCGGGCTCGGTGAGCCAGGGTGGTGGGAGTGCGA 60 consensus_4782#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4782#0 GCGCCGGAGGAGGCGGTGGTGGTGTTGCCGGTGGACAAGCTGGAGGTGTTGATGGATCCG 120 consensus_4782#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4782#0 GCGGTTATGGGACTGGCACTGGCAGCGGAACCGGATCTGCTGAGGCAGACGGTGGTGCTT 180 consensus_4782#1 GCGGTTATGGGACTGGCANTGGCAGCGGAACCGGNTCTGCTGCGGCAGACGGTGGTGCTT 60 ****************** *************** ******* ***************** consensus_4782#0 CCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATGCCAATGCAACTGGCGATGGTAACGGCAACG 240 consensus_4782#1 CCCCTACATCCTCCCCGCCATATGCAAATNCCAATGCAATTGGCGATGGTAACGGCAACG 120 ***************************** ********* ******************** consensus_4782#0 GTGGTGGCCAAAGC-GGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGAT 299 consensus_4782#1 GTGGTGGCCAAAGCCGGTGGGAGCGGAAGCGGTGGGGGTGGTGGATCTGGTTACGGTGAT 180 ************** ********************************************* consensus_4782#0 GCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTA 359 consensus_4782#1 GCCAACCCTTAAAATTTTCATTTCTATGTGCCGACCAAAGTTACATTGGAGCCCACGTTA 240 ************************************************************ consensus_4782#0 TCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTT 419 consensus_4782#1 TCATTAATAATTTCATTCACCTTGATATGGTAGTATTTGTTTTGTTTTGATTTTATCCTT 300 ************************************************************ consensus_4782#0 TGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTT 479 consensus_4782#1 TGATGTATTAGGGAGCAACTAATAAAGGGCTCCATCATTTCTAGTTTGTTGTACCCTTTT 360 ************************************************************ consensus_4782#0 TTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAA-----TGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGG 534 consensus_4782#1 TTCTCTTTTGGAAGGAATTTTAATTAGTTAAGTTAATGTATCACTTTTAGAGTTCAAGGG 420 ******************************* ************************ consensus_4782#0 AATGCCAAAAGCTGTCACAGTGATCTTTGAGTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 594 consensus_4782#1 AA---------------------------------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 447 ** ************************* consensus_4782#0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 616 consensus_4782#1 AA-------------------- 449 ** |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||