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Oryza sativa
cluster # 4870 cluster # 4870       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4870#0 length = 2702 sequences # 3  

consensusID : consensus_4870#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2702
fasta sequence
                              [TTGGGTGCGTCGTGGGTGGATTCGGATGGTTGCTTGGTAGGATTTCCCTTTTCATGGTCGATGGGGTGGAAGGCGGCCATGGTGGGGGGTAAGTTGGCCGGCGTCGGCGGCGAGAAGCTCAGGTGCGCCGCGGCGCCCGCCGCGGCGGCGCGGTCGCGGATGAAGCTGTGGATGGTGCGCGCCACCACCACGGTGCTCCTCTGGACCTGCGTCGTGCAGCTCACCGCCGTCGGCGACACCTGGGGCCCCCGCGTGCTCAAGGGCTGGCCCTCCTGCATCACCTCGCCCGACGACGACGCCGCCTCCGCCACGCTCGCCGCCGCCCGCCCGGAGCCCGTCGTCGACAAGGCCGTGCTACCGCCCAAAAGAATTTATAGGAACAATGGTTATCTGATGGTCTCATGTAATGGTGGACTTAATCAAATGCGAGCTGCAATATGCGACATGGTTGTAATTGCGAGATATTTGAATGTCACTTTGGTTGTGCCAGAGTTGGATAAGACATCATTTTGGAATGATCCAAGTGAGTTCCAAGATATATTCGATGTTGAACACTTTATAACCTCTTTAAGAGATGAAGTTCGCATATTGAGAGAACTGCCTCCAAGGGTAAAACGAAGAGTTGAACATGGGATGTACCACTCAATGCCACCAATAAGTTGGTCTGATATCTCCTATTACCATAACCAGATTCTCCCTTTGATACGGAAGTACAAGGTTCTCCATTTGAACAGAACTGATGCTAGGCTAGCAAACAATGGTTTACCTATGGAGATTCAGAAACTGCGTTGCCGAGTAAACTATGCCTCCTTGAGATTCACTTCGCAAATTGAGGAGTTGGGAAAGAGAGTAATTAGGATACTCCGCCAAAATGGCCCTTTCTTGGTTCTTCACTTACGTTATGAAATGGATATGCTGGCTTTCTCTGGCTGTACACAAGGTTGCAGTAATGAAGAAGCAGACGACCTCACAAGAATGAGGTACGCTTATCCATGGTGGAAGGAGAAAATTATAAATTCAGAATTGAAAAGAAAGGATGGTCTTTGCCCATTGACGCCAGAGGAGACTG-CCCTTGTCCTCA-GGGCATT-GGA-CATCGATA-GAAGCATGCAAATATATATTGCAGCTGGAGAAATATATGGTGGAAAGCGCAGAATGTCTGCTCTCACTTCAGCGTATCCTAATGTGGTGAGGAAAGAGACACTTTTGGAACCTTCTGATCTAATGTTCTTCCAGAACCACTCATCACAAATGGCAGCACTAGATTACTTGGTTTCTTTGGAAAGTGACATCTTTGTTCCTACATATGATGGCAATATGGCTAAAGTTGTCGAGGGTCATCGGAGATACATGGGGTTCAAGAAGACAATCTTGTTAGACCGAAAACTTATTGTTGAGCTAGTAGATCAATACAACAACAGTTCTTTGCGATGGGATGAGTTCTCTTTAATGCTCAAGGCTGCCCATGCAAACCGGATGGGATCAGCTTCAAAGAGGACGGTGATTCTTGACAGACCTAAGGAAGAGGACTATTTTTATGCCAATCCCCAAGAATGCCTGCAAGATTCTAATCTCTTACATACATCATGATATCCACTATGTTAATATTTCATCCACGCTATACTGTTCCATTCTTTCGTAAATGCAACTGTGAATCAAGAGTTGGGGTCCTCGCTATTTTGAAGTGAAAAGGCGGCTCGGCCTCAAGCTTGAGCCATAGATGAATTCAAACTCAAGGACAAGGGAGGTAAGGGGGGTGTTGTTTGTAGTTGGTAAATACACATAATAGAAATGGAGGCAGATTTGTTTATTCCACAAAATAAAGAGTAACACTCTTTGTATAGATGGTTGATAGAATCTACCATGAAGGCCAAGGTAATTTAAAGAGAGATGCTGGATCCCCATCTCGGATCTCGGGTGGTGTAACATAGCAATTGTTCTTGGTAGCCCCCCCTCCCTCCCCATCGGCAAAAATTTTGTCCACCAAAGTTGTTGGAAAAAGAATTATATATACACTGTTTATTGAATCGATACAGCCTTTATGAAGATATATGGTAACTTGTGCAGAATGTTTCTACCACTTGTAATTTGTAATGCTGCTCTTGCATTGATTTCCTACATGGAGGTTGCTTTGTTAACCTGTGAATTGGTGATCTATGTTCTGATGCAGGATAAATAAATAGGATCGGTGCAAGCTAAGAGCACCCGGTGTTGTTTGCCTTCTTTAATCCATGAACTCCCTCCATTTCACAATGCAAGTCATTCTAGCATTTCCCATATTCATATTAATGTTAATGAATCTAGACATATATCTATCTAGATTTATTAACATCAATATGCATATGGAAAATATTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGAAGTATCAATTAGGAGAGTTCTAACGGTTTGGCGGTGATTAGCCGTTATGAGAAACGAACAAAAGCTGCAGATTTGCAGTTTTTTTCTTCTTTTTTGAACAAATTGCGGGTTAGTACTTTATGGTTGAAGTTGATATTAGTATGATGTGCTCATCAGTCATCAGTTCTGACTTGTGCCCCAGATTTCTATCTTTTTGCTTGTGTCCTTTGCGTTTCTTCTTTTCTTTTTCTTTTAATCACTGGCTCAGTAGTCAGCAGGTATTAGTTTTGGTTGTTGTCACAACTATTATGTGCCACTCTTTTAAAGAAATTCGGCATACTTCA]

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[+] EMBL AK068496             [TTGGGTGCGTCGTGGGTGGATTCGGATGGTTGCTTGGTAGGATTTCCCTTTTCATGGTCGATGGGGTGGAAGGCGGCCATGGTGGGGGGTAAGTTGGCCGGCGTCGGCGGCGAGAAGCTCAGGTGCGCCGCGGCGCCCGCCGCGGCGGCGCGGTCGCGGATGAAGCTGTGGATGGTGCGCGCCACCACCACGGTGCTCCTCTGGACCTGCGTCGTGCAGCTCACCGCCGTCGGCGACACCTGGGGCCCCCGCGTGCTCAAGGGCTGGCCCTCCTGCATCACCTCGCCCGACGACGACGCCGCCTCCGCCACGCTCGCCGCCGCCCGCCCGGAGCCCGTCGTCGACAAGGCCGTGCTACCGCCCAAAAGAATTTATAGGAACAATGGTTATCTGATGGTCTCATGTAATGGTGGACTTAATCAAATGCGAGCTGCAATATGCGACATGGTTGTAATTGCGAGATATTTGAATGTCACTTTGGTTGTGCCAGAGTTGGATAAGACATCATTTTGGAATGATCCAAGTGAGTTCCAAGATATATTCGATGTTGAACACTTTATAACCTCTTTAAGAGATGAAGTTCGCATATTGAGAGAACTGCCTCCAAGGGTAAAACGAAGAGTTGAACATGGGATGTACCACTCAATGCCACCAATAAGTTGGTCTGATATCTCCTATTACCATAACCAGATTCTCCCTTTGATACGGAAGTACAAGGTTCTCCATTTGAACAGAACTGATGCTAGGCTAGCAAACAATGGTTTACCTATGGAGATTCAGAAACTGCGTTGCCGAGTAAACTATGCCTCCTTGAGATTCACTTCGCAAATTGAGGAGTTGGGAAAGAGAGTAATTAGGATACTCCGCCAAAATGGCCCTTTCTTGGTTCTTCACTTACGTTATGAAATGGATATGCTGGCTTTCTCTGGCTGTACACAAGGTTGCAGTAATGAAGAAGCAGACGACCTCACAAGAATGAGGTACGCTTATCCATGGTGGAAGGAGAAAATTATAAATTCAGAATTGAAAAGAAAGGATGGTCTTTGCCCATTGACGCCAGAGGAGACTG CCCTTGTCCTCA GGGCATT GGA CATCGATA GAAGCATGCAAATATATATTGCAGCTGGAGAAATATATGGTGGAAAGCGCAGAATGTCTGCTCTCACTTCAGCGTATCCTAATGTGGTGAGGAAAGAGACACTTTTGGAACCTTCTGATCTAATGTTCTTCCAGAACCACTCATCACAAATGGCAGCACTAGATTACTTGGTTTCTTTGGAAAGTGACATCTTTGTTCCTACATATGATGGCAATATGGCTAAAGTTGTCGAGGGTCATCGGAGATACATGGGGTTCAAGAAGACAATCTTGTTAGACCAAAAACTTATTGTTGAGCTAGTAGATCAATACAACAACAGTTCTTTGCGATGGGATGAGTTCTCTTTAATGCTCAAGGCTGCCCATGCAAACCGGATGGGATCAGCTTCAAAGAGGACGGTGATTCTTGACAGACCTAAGGAAGAGGACTATTTTTATGCCAATCCCCAAGAATGCCTGCAAGATTCTAATCTCTTACATACATCATGATATCCACTATGTTAATATTTCATCCACGCTATACTGTTCCATTCTTTCGTAAATGCAACTGTGAATCAAGAGTTGGGGTCCTCGCTATTTTGAAGTGAAAAGGCGGCTCGGCCTCAAGCTTGAGCCATAGATGAATTCAAACTCAAGGACAAGGGAGGTAAGGGGGGTGTTGTTTGTAGTTGGTAAATACACATAATAGAAATGGAGGCAGATTTGTTTATTCCACAAAATAAAGAGTAACACTCTTTGTATAGATGGTTGATAGAATCTACCATGAAGGCCAAGGTAATTTAAAGAGAGATGCTGGATCCCCATCTCGGATCTCGGGTGGTGTAACATAGCAATTGTTCTTGGTAGCCCCCCCTCCCTCCCCATCGGCAAAAATTTTGTCCACCAAAGTTGTTGGAAAAAGAATTATATATACACTGTTTATTGAATCGATACAGCCTTTATGAAGATATATGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL AU032088             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GAAACTGCGTTGCCGAGTAAACTATGCCTCCTTGAGATTCACTTCGCAAATTGAGGAGTTGGGAAAGAGAGTAATTAGGATACTCCGCCAAAATGGCCCTTTCTTGGTTCTTCACTTACGTTATGAAATGGATATGCTGGCTTTCTCTGGCTGTACACAAGGTTGCAGTAATGAAGAAGCAGACGACCTCACAAGAATGAGGTACGCTTATCCATGGTGGAAGGTGAAAATTATAAATTCAGAATTNAAAAGAAAGGATGGTCTTTGCCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCCCCTGGTCCTCAGGGGCATTGGGACCATCGATANGAAGCATGCAAAT TATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]


>consensus_4870#0 TTGGGTGCGTCGTGGGTGGATTCGGATGGTTGCTTGGTAGGATTTCCCTTTTCATGGTCG ATGGGGTGGAAGGCGGCCATGGTGGGGGGTAAGTTGGCCGGCGTCGGCGGCGAGAAGCTC AGGTGCGCCGCGGCGCCCGCCGCGGCGGCGCGGTCGCGGATGAAGCTGTGGATGGTGCGC GCCACCACCACGGTGCTCCTCTGGACCTGCGTCGTGCAGCTCACCGCCGTCGGCGACACC TGGGGCCCCCGCGTGCTCAAGGGCTGGCCCTCCTGCATCACCTCGCCCGACGACGACGCC GCCTCCGCCACGCTCGCCGCCGCCCGCCCGGAGCCCGTCGTCGACAAGGCCGTGCTACCG CCCAAAAGAATTTATAGGAACAATGGTTATCTGATGGTCTCATGTAATGGTGGACTTAAT CAAATGCGAGCTGCAATATGCGACATGGTTGTAATTGCGAGATATTTGAATGTCACTTTG GTTGTGCCAGAGTTGGATAAGACATCATTTTGGAATGATCCAAGTGAGTTCCAAGATATA TTCGATGTTGAACACTTTATAACCTCTTTAAGAGATGAAGTTCGCATATTGAGAGAACTG CCTCCAAGGGTAAAACGAAGAGTTGAACATGGGATGTACCACTCAATGCCACCAATAAGT TGGTCTGATATCTCCTATTACCATAACCAGATTCTCCCTTTGATACGGAAGTACAAGGTT CTCCATTTGAACAGAACTGATGCTAGGCTAGCAAACAATGGTTTACCTATGGAGATTCAG AAACTGCGTTGCCGAGTAAACTATGCCTCCTTGAGATTCACTTCGCAAATTGAGGAGTTG GGAAAGAGAGTAATTAGGATACTCCGCCAAAATGGCCCTTTCTTGGTTCTTCACTTACGT TATGAAATGGATATGCTGGCTTTCTCTGGCTGTACACAAGGTTGCAGTAATGAAGAAGCA GACGACCTCACAAGAATGAGGTACGCTTATCCATGGTGGAAGGAGAAAATTATAAATTCA GAATTGAAAAGAAAGGATGGTCTTTGCCCATTGACGCCAGAGGAGACTGCCCTTGTCCTC AGGGCATTGGACATCGATAGAAGCATGCAAATATATATTGCAGCTGGAGAAATATATGGT GGAAAGCGCAGAATGTCTGCTCTCACTTCAGCGTATCCTAATGTGGTGAGGAAAGAGACA CTTTTGGAACCTTCTGATCTAATGTTCTTCCAGAACCACTCATCACAAATGGCAGCACTA GATTACTTGGTTTCTTTGGAAAGTGACATCTTTGTTCCTACATATGATGGCAATATGGCT AAAGTTGTCGAGGGTCATCGGAGATACATGGGGTTCAAGAAGACAATCTTGTTAGACCGA AAACTTATTGTTGAGCTAGTAGATCAATACAACAACAGTTCTTTGCGATGGGATGAGTTC TCTTTAATGCTCAAGGCTGCCCATGCAAACCGGATGGGATCAGCTTCAAAGAGGACGGTG ATTCTTGACAGACCTAAGGAAGAGGACTATTTTTATGCCAATCCCCAAGAATGCCTGCAA GATTCTAATCTCTTACATACATCATGATATCCACTATGTTAATATTTCATCCACGCTATA CTGTTCCATTCTTTCGTAAATGCAACTGTGAATCAAGAGTTGGGGTCCTCGCTATTTTGA AGTGAAAAGGCGGCTCGGCCTCAAGCTTGAGCCATAGATGAATTCAAACTCAAGGACAAG GGAGGTAAGGGGGGTGTTGTTTGTAGTTGGTAAATACACATAATAGAAATGGAGGCAGAT TTGTTTATTCCACAAAATAAAGAGTAACACTCTTTGTATAGATGGTTGATAGAATCTACC ATGAAGGCCAAGGTAATTTAAAGAGAGATGCTGGATCCCCATCTCGGATCTCGGGTGGTG TAACATAGCAATTGTTCTTGGTAGCCCCCCCTCCCTCCCCATCGGCAAAAATTTTGTCCA CCAAAGTTGTTGGAAAAAGAATTATATATACACTGTTTATTGAATCGATACAGCCTTTAT GAAGATATATGGTAACTTGTGCAGAATGTTTCTACCACTTGTAATTTGTAATGCTGCTCT TGCATTGATTTCCTACATGGAGGTTGCTTTGTTAACCTGTGAATTGGTGATCTATGTTCT GATGCAGGATAAATAAATAGGATCGGTGCAAGCTAAGAGCACCCGGTGTTGTTTGCCTTC TTTAATCCATGAACTCCCTCCATTTCACAATGCAAGTCATTCTAGCATTTCCCATATTCA TATTAATGTTAATGAATCTAGACATATATCTATCTAGATTTATTAACATCAATATGCATA TGGAAAATATTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGGGGAAGTATCAATTAGGAGAGTTCT AACGGTTTGGCGGTGATTAGCCGTTATGAGAAACGAACAAAAGCTGCAGATTTGCAGTTT TTTTCTTCTTTTTTGAACAAATTGCGGGTTAGTACTTTATGGTTGAAGTTGATATTAGTA TGATGTGCTCATCAGTCATCAGTTCTGACTTGTGCCCCAGATTTCTATCTTTTTGCTTGT GTCCTTTGCGTTTCTTCTTTTCTTTTTCTTTTAATCACTGGCTCAGTAGTCAGCAGGTAT TAGTTTTGGTTGTTGTCACAACTATTATGTGCCACTCTTTTAAAGAAATTCGGCATACTT CA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)