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Oryza sativa
cluster # 5229 cluster # 5229       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5229#0 length = 2042 sequences # 3  

consensusID : consensus_5229#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2042
fasta sequence
                              [TCCCCCACTGCCATGAGTTGAAGCCAGAGCCAGTGCCTTGACTGTGGGAGCTGTGATTCGGGCCGCCTCAACTGCTGCTGCTGCTGCCTTGGATCAACGCCGGGTGCCGCTGGAGCCGGAGGACCTGCTGTCGAACGCCTGCACGCTCGCCACCGTCGGCATCCTCTGCTTCCTTACCGCCTCCCAACTGCGACGCTGCGTTTCGCCGACTCGCCTTCTCATGGTCAGTAGAGTTCGATGAGATTAAGATGGAACACGTCTTCCGAACATGCTGGAAGGTGAGTGCGAAGGTGGTGTTCAAATCTCCCATGCAGCAAAACAAATTTGGTGCTCAATATATTCGGTTTATCCTAAAGGACGCAACGGATACAAGGATGGAAGCACTAGCGTATGACCAGCAAGCAGATCGTTTTAATGGAACCATACAGAGTGGCTTAGTCTATGATTTTACTAATGTGGGGTTCCAACCGACCGATGTGCCTACCTATGCCAACCTAACCATGCAAGCTAAGTTTTGTATGATTCTGACACCAAAGACAGCCCTACGCAAGCCTCGTTTTGTAGACTTCAGTGCTATTTTTACCGACGCGATAAGTGATGATATGTTCATAGATGTTGTTGGTGTGCTTATATACGTGGGAGAAATACATCATCACCAACTCTATGGACAAAGCTTACCTACTAGGGATATTGCCTTGGTTAATCGTCGATATAAGGTAATCTTTCTTCGAATTTGGGGTGAATATGCATCTCGACATACAGTGTGGTGGCAAGCACTTGCATCACAGTATTACTGCATGTCTGCTACATGTCTCAAGAAATTAGATATTCTAACCGGTAAGTAACAAATCATCCTAATAGGAATTACTATTTGACCATTTTTTTTGCGAGGTAATAGAACTGAACACTGTTAGACTAACTTGCTTATCGTGTAGAGACATTAACTACTACGGTGGACTCCGAATTGACCAAATCTACAGATTCACTCAGTGCACCTGAGTTGGGCGTGATTCGTCGTTTATTCGTTAGTTCTCGTGAGGATGCTCAACGGTTCACTCAAGCAGTCGTTTCCTTGAGAGCGGAATTTATTACTATTGCTTCCCTTTTAGACTGATTGGATCCTCAAGGAATCATCAGACGAGATGTGCCTTTGATACAACAAGAGGATACTATCGCCCGTTTTTAATAAGCTTAAGAGATTGCTTTTAGATTCATGATTTTCGTTATATGTTTAACATTTGTAGGGATGCTCTGGTCTATTAACGTTGTTTTTTGGGTCGTAGAAACATAAATTAAAATGTCCTATTATTTCGATTATGATGATTTGTTATGTCCGGATTTCGTCCGGTATGTTCGAACCAGATAAAAAAACACATGGTTTTCCGATGATGCATATGTTCCCCCTTGCAATGCACGTGTTATTTTCATACACATAAATTTAACCAGAACTATAATATTATGAAAAAATATTTTACGTGCTAATTAATTGCATCCGGTTTGTTCGGACCGATTCGACCAAAAAATTTAATCGTGATACATTCCCTTTATTTTTTTTAATGAGATATACTTACGTGCACGGTCCAACAATTTTGTTCTCTCAATTTTTTTCCTTCTAATTTTAATCGTACCCATGATATCGGATTTATTCAGTTTCCCGAAGATTGATGGACATAATAATCGAAGGAAGGAAGAAGCGTGAAACCGCCTCGACTCCTGCGTACCAAGGACACGTGATAAGGCCCATCAACTCATCCAGATTAAGGCCTATATAATATTAGTCAGTCAAGAATCACTTTCGACTTGATTAGGCCCATCAACTCATAAAGATTAAGCCCTATATAAGATAAGCTGGTGCCCTGTTTCCTTGCTAAGCGTTGCCGTGATATTCAGTTTGATCTGCTCATCGTATCGCCGCCGCACAACTCGCCGAATACCAAGGCTGGTAAACAAGCGCCGCCGCCGTCGCAAAATCCACCGAAACCAGACTACGCGACCACCACACGATGGATGCATCGCCATCAAATCCGCCCTCGTCGACTCCG]

[+] EMBL CB634043             [TCCCCCACTGCCATGAGTTGAAGCCAGAGCCAGTGCCTTGACTGTGGGAGCTGTGATTCGGGCCGCCTCAACTGCTGCTGCTGCTGCCTTGGATCAACGCCGGGTGCCGCTGGAGCCGGAGGACCTGCTGTCGAACGCCTGCACGCTCGCCACCGTCGGCATCCTCTGCTTCCTTACCGCCTCCCAACTGCGACGCTGCGTTTCGCCGACTCGCCTTCTCATGGTCAGTAGAGTTCGATGAGATTAAGATGGAACACGTCTTCCGAACATGCTGGAAGGTGAGTGCGAAGGTGGTGTTCAAATCTCCCATGCAGCAAAACAAATTTGGTGCTCAATATATTCGGTTTATCCTAAAGGACGCAACGGATACAAGGATGGAAGCACTAGCGTATGACCAGCAAGCAGATCGTTTTAATGGAACCATACAGAGTGGCTTAGTCTATGATTTTACTAATGTGGGGTTCCAACCGACCGATGTGCCTACCTATGCCAACCTAACCATGCAAGCTAAGTTTTGTATGATTCTGACACCAAAGACAGCCCTACGCAAGCCTCGTTTTGTAGACTTCAGTGCTATTTTTACCGACGCGATAAGTGATGATATGTTCATAGATGTTGTTGGTGTGCTTATATACGTGGGAGAAATACATCATCACCAACTCTATGGACAAAGCTTACCTACTAGGGATATTGCCTTGGTTAATCGTCGATATAAGGTAATCTTTCTTCGAATTTGGGGTGAATATGCATCTCGACATACAGTGTGGTGGCAAGCACTTGCATCACAGTATTACTGCATGTCTGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CB634584             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGCTATTTTTACCGACGCGATAAGTGATGATATGTTCATAGATGTTGTTGGTGTGCTTATATACGTGGGAGAAATACATCATCACCAACTCTATGGACAAAGCTTACCTACTAGGGATATTGCCTTGGTTAATCGTCGATATAAGGTAATCTTTCTTCGAATTTGGGGTGAATATGCATCTCGACATACAGTGTGGTGGCAAGCACTTGCATCACAGTATTACTGCATGTCTGCTACATGTCTCAAGAAATTAGATATTCTAACCGGTAAGTAACAAATCATCCTAATAGGAATTACTATTTGACCATTTTTTTTGCGAGGTAATAGAACTGAACACTGTTAGACTAACTTGCTTATCGTGTAGAGACATTAACTACTACGGTGGACTCCGAATTGACCAAATCTACAGATTCACTCAGTGCACCTGAGTTGGGCGTGATTCGTCGTTTATTCGTTAGTTCTCGTGAGGATGCTCAACGGTTCACTCAAGCAGTCGTTTCCTTGAGAGCGGAATTTATTACTATTGCTTCCCTTTTAGACTGATTGGATCCTCAAGGAATCATCAGACGAGATGTGCCTTTGATACAACAAGAGGATACTATCGCCCGTTTTTAATAAGCTTAAGAGATTGCTTTTAGATTCATGATTTTCGTTATATGTTTAACATTTGTAGGGATGCTCTGGTCTATTAACGTTGTTTTTTGGGTCGTAGAAACATAAATTAAAATGTCCTATTATTTCGATTATGATGATTTGTTATGTCCGGATTTCGTCCGGTATGTTCGAACCAGATAAAAAAACACATGGTTTTCCGATGATGCATATGTTCCCCCTTGCAATGCACGTGTTATTTTCATACACATAAATTTAACCAGAACTATAATATTATGAAAAAATATTTTACG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CB632685             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGATGCTCTGGTCTATTAACGTTGTTTTTTGGGTCGTAGAAACATAAATTAAAATGTCCTATTATTTCGATTATGATGATTTGTTATGTCCGGATTTCGTCCGGTATGTTCGAACCAGATAAAAAAACACATGGTTTTCCGATGATGCATATGTTCCCCCTTGCAATGCACGTGTTATTTTCATACACATAAATTAAACCAGAACTATAATATTATGAAAAAATATTTTACGTGCTAATTAATTGCATCCGGTTTGTTCGGACCGATTCGACCAAAAAATTTAATCGTGATACATTCCCTTTATTTTTTTTAATGAGATATACTTACGTGCACGGTCCAACAATTTTGTTCTCTCAATTTTTTTCCTTCTAATTTTAATCGTACCCATGATATCGGATTTATTCAGTTTCCCGAAGATTGATGGACATAATAATCGAAGGAAGGAAGAAGCGTGAAACCGCCTCGACTCCTGCGTACCAAGGACACGTGATAAGGCCCATCAACTCATCCAGATTAAGGCCTATATAATATTAGTCAGTCAAGAATCACTTTCGACTTGATTAGGCCCATCAACTCATAAAGATTAAGCCCTATATAAGATAAGCTGGTGCCCTGTTTCCTTGCTAAGCGTTGCCGTGATATTCAGTTTGATCTGCTCATCGTATCGCCGCCGCACAACTCGCCGAATACCAAGGCTGGTAAACAAGCGCCGCCGCCGTCGCAAAATCCACCGAAACCAGACTACGCGACCACCACACGATGGATGCATCGCCATCAAATCCGCCCTCGTCGACTCCG]


>consensus_5229#0 TCCCCCACTGCCATGAGTTGAAGCCAGAGCCAGTGCCTTGACTGTGGGAGCTGTGATTCG GGCCGCCTCAACTGCTGCTGCTGCTGCCTTGGATCAACGCCGGGTGCCGCTGGAGCCGGA GGACCTGCTGTCGAACGCCTGCACGCTCGCCACCGTCGGCATCCTCTGCTTCCTTACCGC CTCCCAACTGCGACGCTGCGTTTCGCCGACTCGCCTTCTCATGGTCAGTAGAGTTCGATG AGATTAAGATGGAACACGTCTTCCGAACATGCTGGAAGGTGAGTGCGAAGGTGGTGTTCA AATCTCCCATGCAGCAAAACAAATTTGGTGCTCAATATATTCGGTTTATCCTAAAGGACG CAACGGATACAAGGATGGAAGCACTAGCGTATGACCAGCAAGCAGATCGTTTTAATGGAA CCATACAGAGTGGCTTAGTCTATGATTTTACTAATGTGGGGTTCCAACCGACCGATGTGC CTACCTATGCCAACCTAACCATGCAAGCTAAGTTTTGTATGATTCTGACACCAAAGACAG CCCTACGCAAGCCTCGTTTTGTAGACTTCAGTGCTATTTTTACCGACGCGATAAGTGATG ATATGTTCATAGATGTTGTTGGTGTGCTTATATACGTGGGAGAAATACATCATCACCAAC TCTATGGACAAAGCTTACCTACTAGGGATATTGCCTTGGTTAATCGTCGATATAAGGTAA TCTTTCTTCGAATTTGGGGTGAATATGCATCTCGACATACAGTGTGGTGGCAAGCACTTG CATCACAGTATTACTGCATGTCTGCTACATGTCTCAAGAAATTAGATATTCTAACCGGTA AGTAACAAATCATCCTAATAGGAATTACTATTTGACCATTTTTTTTGCGAGGTAATAGAA CTGAACACTGTTAGACTAACTTGCTTATCGTGTAGAGACATTAACTACTACGGTGGACTC CGAATTGACCAAATCTACAGATTCACTCAGTGCACCTGAGTTGGGCGTGATTCGTCGTTT ATTCGTTAGTTCTCGTGAGGATGCTCAACGGTTCACTCAAGCAGTCGTTTCCTTGAGAGC GGAATTTATTACTATTGCTTCCCTTTTAGACTGATTGGATCCTCAAGGAATCATCAGACG AGATGTGCCTTTGATACAACAAGAGGATACTATCGCCCGTTTTTAATAAGCTTAAGAGAT TGCTTTTAGATTCATGATTTTCGTTATATGTTTAACATTTGTAGGGATGCTCTGGTCTAT TAACGTTGTTTTTTGGGTCGTAGAAACATAAATTAAAATGTCCTATTATTTCGATTATGA TGATTTGTTATGTCCGGATTTCGTCCGGTATGTTCGAACCAGATAAAAAAACACATGGTT TTCCGATGATGCATATGTTCCCCCTTGCAATGCACGTGTTATTTTCATACACATAAATTT AACCAGAACTATAATATTATGAAAAAATATTTTACGTGCTAATTAATTGCATCCGGTTTG TTCGGACCGATTCGACCAAAAAATTTAATCGTGATACATTCCCTTTATTTTTTTTAATGA GATATACTTACGTGCACGGTCCAACAATTTTGTTCTCTCAATTTTTTTCCTTCTAATTTT AATCGTACCCATGATATCGGATTTATTCAGTTTCCCGAAGATTGATGGACATAATAATCG AAGGAAGGAAGAAGCGTGAAACCGCCTCGACTCCTGCGTACCAAGGACACGTGATAAGGC CCATCAACTCATCCAGATTAAGGCCTATATAATATTAGTCAGTCAAGAATCACTTTCGAC TTGATTAGGCCCATCAACTCATAAAGATTAAGCCCTATATAAGATAAGCTGGTGCCCTGT TTCCTTGCTAAGCGTTGCCGTGATATTCAGTTTGATCTGCTCATCGTATCGCCGCCGCAC AACTCGCCGAATACCAAGGCTGGTAAACAAGCGCCGCCGCCGTCGCAAAATCCACCGAAA CCAGACTACGCGACCACCACACGATGGATGCATCGCCATCAAATCCGCCCTCGTCGACTC CG



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)