These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_5424#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 704 fasta sequence [GCCGNGGACGAGNACAAGGGGAGACCTTCATTTGCTAATATTATGGATAGTTTGAGATCTTTAATTAAGGTTCCACTGCCGCAGTTGATTCGTTCAGACTCATAGCCATTTGTATATTGAAGAGTCATATCATGATTTGCCTTGATAAGATCAACATGGAGAAGTTTTTCAATATCTGACTTGCTTATACTTGGATAATTCTGACCACATTATTTGGTGCTAAGAAAATGGAGTCTTGATTTACATTTTTCAAGCAAAACAAAACGTACCTGGCAACTCCTGTCCATGGTTTCAAGATCTGTTGATATTCCTTGTATGAACATCTGGTTGGCCAAGTTATCCATGAGATGCAGCACTTCACTTGTCTGCATCCTTTACTGATAGAGATCTCCGACTGGCTGCAACCTTTGATAAGAACGCCATCCTTCCCTGTGTTGGTAGCTGAATCACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCATCAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTGACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGG---TTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCTGTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTGTATTGCTTGGTGTAATGCACTGGGNTGGTTCATTTTTACTAACAT] [+] EMBL CA766328 [GCCGNGGACGAGNACAAGGGGAGACCTTCATTTGCTAATATTATGGATAGTTTGAGATCTTTAATTAAGGTTCCACTGCCGCAGTTGATTCGTTCAGACTCATAGCCATTTGTATATTGAAGAGTCATATCATGATTTGCCTTGATAAGATCAACATGGAGAAGTTTTTCAATATCTGACTTGCTTATACTTGGATAATTCTGACCACATTATTTGGTGCTAAGAAAATGGAGTCTTGATTTACATTTTTCAAGCAAAACAAAACGTACCTGGCAACTCCTGTCCATGGTTTCAAGATCTGTTGATATTCCTTGTATGAACATCTGGTTGGCCAAGTTATCCATGAGATGCAGCACTTCACTTGTCTGCATCCTTTACTGATAGAGATCTCCGACTGGCTGCAACCTTTGATAAGAACGCCATCCTTCCCTGTGTTGGTAGCTGAATCACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCATCAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTGACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGG TTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCTGTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTGTATTGCTTGGTGTAATGCACTGGGNTGGTTCATTTTTACTAAC ] [-] EMBL CB626809 [ CACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCATCAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTGACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGGTTTTTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCTGTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTGTATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTTTCATTTTTACTAACAT] consensusID : consensus_5424#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 484 fasta sequence [TGTGATGCCATGGAGATGCTAGCTACTTCACTGTGGTGCTGGCATGCCTGTTGACTGATGAGGAGATGCTGCCGACTGGGCTGGCAAACCCTGTGTGGATGAAAGANACGTGCTATGCCTGTGCCCCTGGTGGTTGGTGAGCTGGATATGCAACATGTATTGGGAAATGGCATGGCTGGGGAGGGTTGCGATGCAAACCTTGGAGGGATGCCTGGACTTGTTAAATGTGCTGAGTGCTGCTCCTATGATGTGCTGATTGGTATAAATNGTTGACTCGCAGGTGTGAGGCTGATGGATGGAAAGGTGAAAGAGGGTGTTGTGTGTGTGTGTTGGGCTTGATGGTACATGGTGAAGTGCTGGTTGACACTGATGCCTGAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGGGCTCCTACATGTGTATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTNCTCATTTTTACTAACATGTTTAGTTTAAAAAA] [+] EMBL BQ906072 [TGTGATGCCATGGAGATGCTAGCTACTTCACTGTGGTGCTGGCATGCCTGTTGACTGATGAGGAGATGCTGCCGACTGGGCTGGCAAACCCTGTGTGGATGAAAGANACGTGCTATGCCTGTGCCCCTGGTGGTTGGTGAGCTGGATATGCAACATGTATTGGGAAATGGCATGGCTGGGGAGGGTTGCGATGCAAACCTTGGAGGGATGCCTGGACTTGTTAAATGTGCTGAGTGCTGCTCCTATGATGTGCTGATTGGTATAAATNGTTGACTCGCAGGTGTGAGGCTGATGGATGGAAAGGTGAAAGAGGGTGTTGTGTGTGTGTGTTGGGCTTGATGGTACATGGTGAAGTGCTGGTTGACACTGATGCCTGAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGGGCTCCTACATGTGTATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTNCTCATTTTTACTAACATGTTTAGTTTAAAAAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_5424#0 GCCGNGGACGAGNACAAGGGGAGACCTTCATTTGCTAATATTATGGATAGTTTGAGATCT 60 consensus_5424#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5424#0 TTAATTAAGGTTCCACTGCCGCAGTTGATTCGTTCAGACTCATAGCCATTTGTATATTGA 120 consensus_5424#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5424#0 AGAGTCATATCATGATTTGCCTTGATAAGATCAACATGGAGAAGTTTTTCAATATCTGAC 180 consensus_5424#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5424#0 TTGCTTATACTTGGATAATTCTGACCACATTATT-TGGTGCTAAGAAAATGGAGTCTTGA 239 consensus_5424#1 -TG-TGATGCCATGGAGATGCTAGCTACTTCACTGTGGTGCTGGCATGCCTG----TTGA 54 ** * ** * * ** ** * ** * * * ******* * * **** consensus_5424#0 TTTACATTTTTCAAGCAAAACAAAACGTACCTGGCAACTCCTGTCCATGGTTTCAAGATC 299 consensus_5424#1 CTGATGAG---GAGATGCTGCCGACTGGGC-TGGCAAACCCTGT--GTGGATGAAAGAN- 107 * * * * * * * ****** ***** *** * **** consensus_5424#0 TGTTGATATTCCTTGTATGAACATCTGGTTGGCCAAGTTATCCATGAGATGCAGCACTTC 359 consensus_5424#1 -----ACGTGCTATGCCTGTGCCCCTGGTGGTT--GGTGAGCTG-GATATGCAACATGTA 159 * * * ** ** * ***** * ** * * ** ***** ** * consensus_5424#0 ACTTGTCTGCATCCTTTACTGATAGAGATCTCCGACTGGCTGCAACCTTTGATAAGAACG 419 consensus_5424#1 --TTGGGAAATGGCATGGCTGG-GGAGGGTTGCGA-----TGCAAACCTTGG-AGGGATG 210 *** * * *** *** * *** ***** * *** * * * * consensus_5424#0 CCATCCTTCCCTGTGTTGGTAGCTGAATCACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCAT 479 consensus_5424#1 CCTGGACTTGTTAAAT--GT-GCTGAGTGCTGCTCCTATGATG--TGCTG----ATTGGT 261 ** * * * ** ***** * *** ***** ** * consensus_5424#0 CAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTG 539 consensus_5424#1 ATAAATNGTTGACTC-----GCAGGTGTGAGGCT------GATGG----ATGGAAAGGTG 306 ** * * ** * * * * ** ** **** * ** * ** consensus_5424#0 ACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGGTTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCT 599 consensus_5424#1 AAAGAGGGT-GTTGTG-TGTGTGTGTTGGGCTTGATGGTACATGGTGAA-GTGCTGGTTG 363 * * * * * * ** ** ** * * ** * * * ** * ** ** consensus_5424#0 GTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTG 659 consensus_5424#1 ACACTGATGCCTGAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGGGCTCCTACATGTG 423 * * ********************************* ************* consensus_5424#0 TATTGCTTGGTGTAATGCACTGGGNTG-GTTCATTTTTACTAACAT-------------- 704 consensus_5424#1 TATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTNCTCATTTTTACTAACATGTTTAGTTTAAAAA 483 ********* ************ * ** **************** consensus_5424#0 - consensus_5424#1 A 484 |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||