Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 5451 cluster # 5451       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5451#0 length = 486 sequences # 3  

consensusID : consensus_5451#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 486
fasta sequence
                              [TCATAAATTAAAATAGATAGAAACCAACCTGGCTCACGCCGGTTTGAACTCAAATCATGTAATCTTTTAAAGGTCGAACAGACCTAAAATTCTATCTTCTGCCCCAGAATTCTAGATTAATTCAACATCGAGGTCACAATCAAATTTATATATATGAACTTTACAAATTTATTATGCTGTTATCCCTAAGGTATCTTATTTTAATAACCCTAAATTAAGGTTCAAATATACATAAATAAATGGTGTAAAATACTAAAGATTTAAGATTTTAGCTGTCACCCCAACAAAAAATTTTATTTAATAAAAATTAAATCCACATTAATATTATTATTCAATTAAAATTTAAAGATCTAAAGGGTCTTATCGTCCCATTTTTAAATTTTAGCTTTTTAACTAAAAAATAAATTTCACTTAATTGAATTAA-TAAAGCTTACTTCTTGTTAAACCATTCATTCTAGACCTCAATTAAAAGACTAATTACTATGC]

[+] EMBL BQ529305             [TCATAAATTAAAATAGATAGAAACCAACCTGGCTCACGCCGGTTTGAACTCAAATCATGTAATCTTTTAAAGGTCGAACAGACCTAAAATTCTATCTTCTGCCCCAGAATTCTAGATTAATTCAACATCGAGGTCACAATCAAATTTATATATATGAACTTTACAAATTTATTATGCTGTTATCCCTAAGGTATCTTATTTTAATAACCCTAAATTAAGGTTCAAATATACATAAATAAATGGTGTAAAATACTAAAGATTTAAGATTTTAGCTGTCACCCCAACAAAAAATTTTATTTAATAAAAATTAAATCCACATTAATATTATTATTCAATTAAAATTTAAAGATCTAAAGGGTCTTATCGTCCCATTTTTAAATTTTAGCTTTTTAACTAAAAAATAAATTTCACTTAATTGAATTAAGTAAAGCTTACTTCTTGTTAAACCATTCATTCTAGACCTCAATTAAAAGACTAATTACTATG ]
[+] EMBL BQ529323             [TCATAAATTAAAATAGATAGAAACCAACCTGGCTCACGCCGGTTTGAACTCAAATCATGTAATCTTTTAAAGGTCGAACAGACCTAAAATTCTATCTTCTGCCCCAGAATTCTAGATTAATTCAACATCGAGGTCACAATCAAATTTATATATATGAACTTTACAAATTTATTATGCTGTTATCCCTAAGGTATCTTATTTTAATAACCCTAAATTAAGGTTCAAATATACATAAATAAATGGTGTAAAATACTAAAGATTTAAGATTTTAGCTGTCACCCCAACAAAAAATTTTATTTAATAAAAATTAAATCCACATTAATATTATTATTCAATTAAAATTTAAAGATCTAAAGGGTCTTATCGTCCCATTTTTAAATTTTAGCTTTTTAACTAAAAAATAAATTTCACTTAATTGAATTAA TAAAGCTTACTTCTTGTTAAACCATTCATTCTAGACCTCAATTAAAAGACTAATTACTATG ]
[-] EMBL BQ529324             [ CATAAATTAAAATAGATAGAAACCAACCTGGCTCACGCCGGTTTGAACTCAAATCATGTAATCTTTTAAAGGTCGAACAGACCTAAAATTCTATCTTCTGCCCCAGAATTCTAGATTAATTCAACATCGAGGTCACAATCAAATTTATATATATGAACTTTACAAATTTATTATGCTGTTATCCCTAAGGTATCTTATTTTAATAACCCTAAATTAAGGTTCAAATATACATAAATAAATGGTGTAAAATACTAAAGATTTAAGATTTTAGCTGTCACCCCAACAAAAAATTTTATTTAATAAAAATTAAATCCACATTAATATTATTATTCAATTAAAATTTAAAGATCTAAAGGGTCTTATCGTCCCATTTTTAAATTTTAGCTTTTTAACTAAAAAATAAATTTCACTTAATTGAATTAA TAAAGCTTACTTCTTGTTAAACCATTCATTCTAGAACTCAATTAAAAGACTAATTACTATGC]


>consensus_5451#0 TCATAAATTAAAATAGATAGAAACCAACCTGGCTCACGCCGGTTTGAACTCAAATCATGT AATCTTTTAAAGGTCGAACAGACCTAAAATTCTATCTTCTGCCCCAGAATTCTAGATTAA TTCAACATCGAGGTCACAATCAAATTTATATATATGAACTTTACAAATTTATTATGCTGT TATCCCTAAGGTATCTTATTTTAATAACCCTAAATTAAGGTTCAAATATACATAAATAAA TGGTGTAAAATACTAAAGATTTAAGATTTTAGCTGTCACCCCAACAAAAAATTTTATTTA ATAAAAATTAAATCCACATTAATATTATTATTCAATTAAAATTTAAAGATCTAAAGGGTC TTATCGTCCCATTTTTAAATTTTAGCTTTTTAACTAAAAAATAAATTTCACTTAATTGAA TTAATAAAGCTTACTTCTTGTTAAACCATTCATTCTAGACCTCAATTAAAAGACTAATTA CTATGC



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)