cluster # 5744

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Oryza sativa
cluster # 5744 cluster # 5744 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_5744#0 length = 1071 sequences # 2

consensus_5744#1 length = 848 sequences # 1

consensusID : consensus_5744#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1071
fasta sequence

                              [TTTATCCCGATTTTAGCCCATTTTCTATACTATTTTAATCCTATAAGCTCTAATTTTACTTAGTTAAATGTTAACTAAATTTAGGCACTAAATCCTCATGAAAATTTATCCAAAATTATTACCACCCATATTTATTTATTTATCACACAAACGAGTTCTTTTTAGATTAATTTAGATTATTGGCCCTAAAGTGAACTTATATATTTTTGAAGATTTTGGGGTAATATTGAATTTAATATAACGACTTGTCATGATTAATACATTAGCAGATTGGTCGAGTTTAGTTGTATAGCAATATATTTTACACGGATAGGTTCAATCTATTTATTCTATAAATAGTAAATTGAGACTCGACACAATATTAATCTAATTGTTTAATTAAAACCTCATAAAATTTCATAAAGCTTAATTTAATTATATGACCATTATTTCATGTGAATTGGTTTACCTCTATATAGACCCTTATAGTTTAGTAATATCCCATTAATTACTCCTAGTGAAACTATGTTATAGATAGAGTTCCATTATAAATGGTCATTATTTCATGTGTATNTAGATGTCATGGCACGCAACACATGGTTCAAGTATTTAGTAATTAATCCATAATTTAAATTAGTAATTAACCTTCCGTTTGTATGGCTTTGTTTTCTTGTACGTAATTATTTGTAGGGTTAACAATTAAATATTCTCGTAAATTTATCTGTTACTTAAATTTTAGATGTGATCATTTACGGTTTGGCAAGCAATAACATTCATAACAACCAGCATGATGCAAAAGTTTTAAAAAGTTCAAAATTTTAGTGATTTTTATTGTCTTGAATTTTCAGGATGTTACAGCAAGTCATCACTAATCTTTGAGCATGTTGAACCTATTGCGAAAATTATGTTGATTTAAATAAAATTGCATGCTATATATATGAATATGAATGTCCTACTTGTTATATATGCCATGCCTTGATATTGATTATCTGTATGACCATTGTAAACCCTGCTATCGTGTGTACTTAGTCAATATTGAACAAATGCTTAGTCATGCTAATTAGAATCATGCATTCTCATATTTATCAAGTG]

[+] EMBL CB639688             [TTTATCCCGATTTTAGCCCATTTTCTATACTATTTTAATCCTATAAGCTCTAATTTTACTTAGTTAAATGTTAACTAAATTTAGGCACTAAATCCTCATGAAAATTTATCCAAAATTATTACCACCCATATTTATTTATTTATCACACAAACGAGTTCTTTTTAGATTAATTTAGATTATTGGCCCTAAAGTGAACTTATATATTTTTGAAGATTTTGGGGTAATATTGAATTTAATATAACGACTTGTCATGATTAATACATTAGCAGATTGGTCGAGTTTAGTTGTATAGCAATATATTTTACACGGATAGGTTCAATCTATTTATTCTATAAATAGTAAATTGAGACTCGACACAATATTAATCTAATTGTTTAATTAAAACCTCATAAAATTTCATAAAGCTTAATTTAATTATATGACCATTATTTCATGTGAATTGGTTTACCTCTATATAGACCCTTATAGTTTAGTAATATCCCATTAATTACTCCTAGTGAAACTATGTTATAGATAGAGTTCCATTATAAATGGTCATTATTTCATGTGTATNTAGATGTCATGGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CB628965             [                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCGAGTTTAGTTGTATAGCAATATATTTTACACGGATAGGTTCAATCTATTTATTCTATAAATAGTAAATTGAGACTCGACACAATATTAATCTAATTGTTTAATTAAAACCTCATAAAATTTCATAAAGCTTAATTTAATTATATGACCATTATTTCATGTGAATTGGTTTACCTCTATATAGACCCTTATAGTTTAGTAATATCCCATTAATTACTCCTAGTGAAACTATGTTATAGATAGAGTTCCATTATAAATGGTCATTATTTCATGTGTATTTAGATGTCATGGCACGCAACACATGGTTCAAGTATTTAGTAATTAATCCATAATTTAAATTAGTAATTAACCTTCCGTTTGTATGGCTTTGTTTTCTTGTACGTAATTATTTGTAGGGTTAACAATTAAATATTCTCGTAAATTTATCTGTTACTTAAATTTTAGATGTGATCATTTACGGTTTGGCAAGCAATAACATTCATAACAACCAGCATGATGCAAAAGTTTTAAAAAGTTCAAAATTTTAGTGATTTTTATTGTCTTGAATTTTCAGGATGTTACAGCAAGTCATCACTAATCTTTGAGCATGTTGAACCTATTGCGAAAATTATGTTGATTTAAATAAAATTGCATGCTATATATATGAATATGAATGTCCTACTTGTTATATATGCCATGCCTTGATATTGATTATCTGTATGACCATTGTAAACCCTGCTATCGTGTGTACTTAGTCAATATTGAACAAATGCTTAGTCATGCTAATTAGAATCATGCATTCTCATATTTATCAAGTG]




>consensus_5744#0
TTTATCCCGATTTTAGCCCATTTTCTATACTATTTTAATCCTATAAGCTCTAATTTTACT
TAGTTAAATGTTAACTAAATTTAGGCACTAAATCCTCATGAAAATTTATCCAAAATTATT
ACCACCCATATTTATTTATTTATCACACAAACGAGTTCTTTTTAGATTAATTTAGATTAT
TGGCCCTAAAGTGAACTTATATATTTTTGAAGATTTTGGGGTAATATTGAATTTAATATA
ACGACTTGTCATGATTAATACATTAGCAGATTGGTCGAGTTTAGTTGTATAGCAATATAT
TTTACACGGATAGGTTCAATCTATTTATTCTATAAATAGTAAATTGAGACTCGACACAAT
ATTAATCTAATTGTTTAATTAAAACCTCATAAAATTTCATAAAGCTTAATTTAATTATAT
GACCATTATTTCATGTGAATTGGTTTACCTCTATATAGACCCTTATAGTTTAGTAATATC
CCATTAATTACTCCTAGTGAAACTATGTTATAGATAGAGTTCCATTATAAATGGTCATTA
TTTCATGTGTATNTAGATGTCATGGCACGCAACACATGGTTCAAGTATTTAGTAATTAAT
CCATAATTTAAATTAGTAATTAACCTTCCGTTTGTATGGCTTTGTTTTCTTGTACGTAAT
TATTTGTAGGGTTAACAATTAAATATTCTCGTAAATTTATCTGTTACTTAAATTTTAGAT
GTGATCATTTACGGTTTGGCAAGCAATAACATTCATAACAACCAGCATGATGCAAAAGTT
TTAAAAAGTTCAAAATTTTAGTGATTTTTATTGTCTTGAATTTTCAGGATGTTACAGCAA
GTCATCACTAATCTTTGAGCATGTTGAACCTATTGCGAAAATTATGTTGATTTAAATAAA
ATTGCATGCTATATATATGAATATGAATGTCCTACTTGTTATATATGCCATGCCTTGATA
TTGATTATCTGTATGACCATTGTAAACCCTGCTATCGTGTGTACTTAGTCAATATTGAAC
AAATGCTTAGTCATGCTAATTAGAATCATGCATTCTCATATTTATCAAGTG

consensusID : consensus_5744#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 848
fasta sequence

                              [CGGGCGGGGTTCGAGGCCGGCTAGGGCGGTGCAGCAGTGGGGAGAAAGAGAGCTGGGATGGCTAGAAACAAAATCGAACACCTAGGGGCTAATGAACAGTGCTAGCCAACTATTTCTGATTTTAGAGGGTACTTTGCAATTTGCAATTAGGAAAAATATACTGTTACCACTAATTTTGTCATAAAGTAAAAATACACCGCGTCTAAGTTATTTCATCGAAATTTATATTCAAATAAATATGGTCCAAATTTAAGTTTTATTAAAGATTCTATAATTTCCTAATGAGACTATTATTAACACATTAGCACATTAGCTCAATTTATTTATATGTTAGTTTATTTTATATGGAGGGGTTTAATATATTAAATTTCAATCCCTAAATGCAATTAGGAACTTGGTGCAATATCGATCTACATATCGAATTAAATACTCCCATAATTCTATTATATATATAGAGAGCACAGTTTATTTGAATGATCATCATTTCATGTGTACTCATATTATAGCACCCACCTACATTATTCAAATATTTTAATATTTGATAAAATAGGTTAATAATAACTTTTCTTTTATTTGATTTTAATATCTTGTGTATAATTATTTGTAGGATTAAATATATTCTCGTAAATTATATCTATTGCTTAAATTTAGATCTTTTCTTTACTTTCTTTGTGATCATTTACGGTTTGGTAAGCAATAGCAATCATAACAACCAGCATGATGCAAAAGTTTTAAAAAGTTCAAAAAATTTTAGTGATTTTTATTATTGGGAATTTTCAGGATGTTACAACGAGGCTCCTGGCGGCGAGCAGCGAGTGCGTGTCCATGGTCTCCGCGGCTCTCCAGTA]

[+] EMBL CB664983             [CGGGCGGGGTTCGAGGCCGGCTAGGGCGGTGCAGCAGTGGGGAGAAAGAGAGCTGGGATGGCTAGAAACAAAATCGAACACCTAGGGGCTAATGAACAGTGCTAGCCAACTATTTCTGATTTTAGAGGGTACTTTGCAATTTGCAATTAGGAAAAATATACTGTTACCACTAATTTTGTCATAAAGTAAAAATACACCGCGTCTAAGTTATTTCATCGAAATTTATATTCAAATAAATATGGTCCAAATTTAAGTTTTATTAAAGATTCTATAATTTCCTAATGAGACTATTATTAACACATTAGCACATTAGCTCAATTTATTTATATGTTAGTTTATTTTATATGGAGGGGTTTAATATATTAAATTTCAATCCCTAAATGCAATTAGGAACTTGGTGCAATATCGATCTACATATCGAATTAAATACTCCCATAATTCTATTATATATATAGAGAGCACAGTTTATTTGAATGATCATCATTTCATGTGTACTCATATTATAGCACCCACCTACATTATTCAAATATTTTAATATTTGATAAAATAGGTTAATAATAACTTTTCTTTTATTTGATTTTAATATCTTGTGTATAATTATTTGTAGGATTAAATATATTCTCGTAAATTATATCTATTGCTTAAATTTAGATCTTTTCTTTACTTTCTTTGTGATCATTTACGGTTTGGTAAGCAATAGCAATCATAACAACCAGCATGATGCAAAAGTTTTAAAAAGTTCAAAAAATTTTAGTGATTTTTATTATTGGGAATTTTCAGGATGTTACAACGAGGCTCCTGGCGGCGAGCAGCGAGTGCGTGTCCATGGTCTCCGCGGCTCTCCAGTA]




>consensus_5744#1
CGGGCGGGGTTCGAGGCCGGCTAGGGCGGTGCAGCAGTGGGGAGAAAGAGAGCTGGGATG
GCTAGAAACAAAATCGAACACCTAGGGGCTAATGAACAGTGCTAGCCAACTATTTCTGAT
TTTAGAGGGTACTTTGCAATTTGCAATTAGGAAAAATATACTGTTACCACTAATTTTGTC
ATAAAGTAAAAATACACCGCGTCTAAGTTATTTCATCGAAATTTATATTCAAATAAATAT
GGTCCAAATTTAAGTTTTATTAAAGATTCTATAATTTCCTAATGAGACTATTATTAACAC
ATTAGCACATTAGCTCAATTTATTTATATGTTAGTTTATTTTATATGGAGGGGTTTAATA
TATTAAATTTCAATCCCTAAATGCAATTAGGAACTTGGTGCAATATCGATCTACATATCG
AATTAAATACTCCCATAATTCTATTATATATATAGAGAGCACAGTTTATTTGAATGATCA
TCATTTCATGTGTACTCATATTATAGCACCCACCTACATTATTCAAATATTTTAATATTT
GATAAAATAGGTTAATAATAACTTTTCTTTTATTTGATTTTAATATCTTGTGTATAATTA
TTTGTAGGATTAAATATATTCTCGTAAATTATATCTATTGCTTAAATTTAGATCTTTTCT
TTACTTTCTTTGTGATCATTTACGGTTTGGTAAGCAATAGCAATCATAACAACCAGCATG
ATGCAAAAGTTTTAAAAAGTTCAAAAAATTTTAGTGATTTTTATTATTGGGAATTTTCAG
GATGTTACAACGAGGCTCCTGGCGGCGAGCAGCGAGTGCGTGTCCATGGTCTCCGCGGCT
CTCCAGTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5744#0      TTTATCCCGATTTTAGCCCATTTTCTATACTATTTTAATCCTATAAGCTCTAATTTTACT 60
consensus_5744#1      ------------------------------------------------------CGGGCG 6
                                                                                * 

consensus_5744#0      TAGTTAAATGTTAACTAAATTTAGGCACTAAATCCTCATGAAAATTTATCCAAAATTATT 120
consensus_5744#1      GGGTTCGAGGCCGGCTAGGGCGGTGCAGCAG---TGGGGAGAAAGAGAGCTGGGATGGCT 63
                        ***  * *    ***       ***  *           ***   * *    **   *

consensus_5744#0      ACCACCCATATTTATTTATTTATCACACAAACGAGTTCTTTTTAGATTAATTTAGATTAT 180
consensus_5744#1      AGAAACAAAATCGAACACCTAGGGGCTAATGAACAGTGCTAGCCAACTATTTCTGATTTT 123
                      *  * * * **  *     *     *  *       *  *     * ** **  **** *

consensus_5744#0      TGGCCCTAAAGTGAACTTATATATTTTTGAAGATTTTGGGGTAATATTGAATTTAATATA 240
consensus_5744#1      AGAGGGTACTTTGCAATTTGCAATTAGGAAAAATATACTGTTACCACTAATTTTGTCATA 183
                       *    **   ** * **    ***    ** ** *   * **  * * * ***   ***

consensus_5744#0      ACGACTTGTCATGATTAATACATTAGCAGATTGGTCGAGTTTAGTTGTATAGCAATATAT 300
consensus_5744#1      AAG--TAAAAATACACCGCGTCTAAGTTATTTCATCGAAATTTATATTCAAATAA-ATAT 240
                      * *  *    **          * **    **  ****  **  *  *  *  ** ****

consensus_5744#0      TTTACACGGATAGGTTCAATCTATTTATTCTATAAATAGTAAATTGAGACT-----CGAC 355
consensus_5744#1      GGTCCAAATTTAAGTTTTAT-TAAAGATTCTATAATTTCCTAAT-GAGACTATTATTAAC 298
                        * **    ** ***  ** **   ********* *    *** ******       **

consensus_5744#0      ACAATATTAATCTAATT-GTTTAATTAAAACCTCATAAAATTTCATAAAGCTTAATTTAA 414
consensus_5744#1      ACATTAGCACATTAGCTCAATTTATTTATATGTTAGTTTATTTTATATGGAGGGGTTTAA 358
                      *** **  *   **  *   ** *** * *  * *    **** ***  *     *****

consensus_5744#0      TTATATGACCATTATTTCATGTGAATTGGTTTACCTCTATATAGACCCTTATAGTTTAGT 474
consensus_5744#1      TATATTAAATTTCAATCCCT--AAATGCAATTAGG--AACTTGGTGCAATATCGATCTAC 414
                      *    * *   * * * * *   ***    ***     *  * *  *  *** * *    

consensus_5744#0      AATATCCCATTAATTACTCCTAGTGAAACTATGTTATAGATAGAGTTC-CATTATA---- 529
consensus_5744#1      A-TATCGAATTAAATACTCCCA-TAATTCTATTATATATATAGAGAGCACAGTTTATTTG 472
                      * ****  ***** ****** * * *  ****  **** ******  * ** * **    

consensus_5744#0      AATGGTCATTATTTCATGTGTATNTAGATGTCATGGCACGCAAC-ACATGGTTCAAGTAT 588
consensus_5744#1      AATGATCATCATTTCATGTGTACTCA--TATTATAGCACCCACCTACATTATTCAAATAT 530
                      **** **** ************   *  * * ** **** ** * ****  ***** ***

consensus_5744#0      TTAGTAATTAATCCATAATTTAAATTAGTAATTAACCTTCCGTTTGTATGGCTTTGTTTT 648
consensus_5744#1      TT--TAAT-ATTTGATAAAATAGGTTAATAAT-AACTTTTCTTTTATTTGATTTTAATAT 586
                      **  **** * *  ****  **  *** **** *** ** * *** * **  ***  * *

consensus_5744#0      CTTGTACGTAATTATTTGTAGGGTTAACAATTAAATATTCTCGTAAATT-TATCTGTTAC 707
consensus_5744#1      CTTGTGTATAATTATTTGTAGGATTAA-----ATATATTCTCGTAAATTATATCTATTGC 641
                      *****   ************** ****     * *************** ***** ** *

consensus_5744#0      TTAAATTTTAGA-----------------TGTGATCATTTACGGTTTGGCAAGCAATAAC 750
consensus_5744#1      TTAAATTTAGATCTTTTCTTTACTTTCTTTGTGATCATTTACGGTTTGGTAAGCAATAGC 701
                      ********                     ******************** ******** *

consensus_5744#0      ATTCATAACAACCAGCATGATGCAAAAGTTTTAAAAAGTTCAAAA--TTTTAGTGATTTT 808
consensus_5744#1      AATCATAACAACCAGCATGATGCAAAAGTTTTAAAAAGTTCAAAAAATTTTAGTGATTTT 761
                      * *******************************************  *************

consensus_5744#0      TATTGTCTTGAATTTTCAGGATGTTACAGCAAGTCATCACTAATCTTTGAGCATGTTGAA 868
consensus_5744#1      TATTATTGGGAATTTTCAGGATGTTACAACGAGGCT---CCTGGCGGCGAGCAGCGAGTG 818
                      **** *   ******************* * ** *    *    *   *****    *  

consensus_5744#0      CCTATTGCGAAAATTATGTTGATTTAAATAAAATTGCATGCTATATATATGAATATGAAT 928
consensus_5744#1      CGTGTC-CATGGTCTCCGCGGCTCTCCAGTA----------------------------- 848
                      * * *  *      *  *  * * *  *  *                             

consensus_5744#0      GTCCTACTTGTTATATATGCCATGCCTTGATATTGATTATCTGTATGACCATTGTAAACC 988
consensus_5744#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5744#0      CTGCTATCGTGTGTACTTAGTCAATATTGAACAAATGCTTAGTCATGCTAATTAGAATCA 1048
consensus_5744#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5744#0      TGCATTCTCATATTTATCAAGTG 1071
consensus_5744#1      -----------------------